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root/pymsxml/pymsxml.py
(Generate patch)
# Line 18 | Line 18
18          self.name_ = "PyMsXML"
19          self.majorVer = 0
20          self.minorVer = 5
21 <        self.revVer = 0
21 >        self.revVer = 3
22      def version(self):
23          return "%d.%d.%d"%(self.majorVer,self.minorVer,self.revVer)
24      def name(self):
# Line 518 | Line 518
518              prevSpec = s
519  
520          outStr = ""
521 <        for m in xrange(0,msLevel):
521 >        for m in xrange(0,len(ancestors)+1):
522              outStr += "</scan>\n"
523  
524          self.writeString(xmlFile,outStr)
# Line 1052 | Line 1052
1052          return "Quadrupole"
1053  
1054      def msDetector(self):
1055 <        return "LE"
1055 >        return None
1056  
1057      def acquisitionSoftware(self):
1058          return "Analyst"
# Line 1083 | Line 1083
1083          # print >>sys.stderr, ">>",self.context
1084          # sys.stderr.flush()
1085          if self.context.endswith(':msRun'):
1086 <            self.md['startTime'] = float(attrs['startTime'][2:-1])
1087 <            self.md['endTime'] = float(attrs['endTime'][2:-1])
1086 >            if attrs.has_key('startTime'):
1087 >                self.md['startTime'] = float(attrs['startTime'][2:-1])
1088 >            if attrs.has_key('endTime'):
1089 >                self.md['endTime'] = float(attrs['endTime'][2:-1])
1090          elif self.context.endswith(':parentFile'):
1091 <            self.md['fileName'] = unquote(attrs['fileName'])
1092 <            self.md['fileType'] = attrs['fileType']
1093 <            self.md['fileSha1'] = attrs['fileSha1']
1091 >            if not self.md.has_key('parentFile'):
1092 >                self.md['parentFile'] = []
1093 >            self.md['parentFile'].append((unquote(attrs['fileName']),attrs['fileType'],attrs['fileSha1']))
1094          elif self.context.endswith(':instrument'):
1095              self.md['msManufacturer'] = attrs['manufacturer']
1096              self.md['msModel'] = attrs['model']
# Line 1143 | Line 1145
1145              self.scannum = int(attrs['num'])
1146              if attrs.has_key('retentionTime'):
1147                  self.rt = float(attrs['retentionTime'][2:-1])
1148 <            self.endMz = float(attrs['endMz'])
1149 <            self.startMz = float(attrs['startMz'])
1148 >            if attrs.has_key('endMz'):
1149 >                self.endMz = float(attrs['endMz'])
1150 >            if attrs.has_key('startMz'):
1151 >                self.startMz = float(attrs['startMz'])
1152              self.polarity = attrs.get('polarity',None)
1153              for (k,v) in attrs.items():
1154                  self.scanmd[k] = v
# Line 1156 | Line 1160
1160              self.context = ':msRun'
1161          elif name == 'scanOrigin':
1162              self.scanmd['scanOrigin'] = attrs
1163 +        elif self.context.endswith(':scan:nameValue'):
1164 +            self.scanmd['nameValue.%s:%%s'%attrs['name']] = attrs['value']
1165              
1166      def characters(self, content):
1167          if self.scancount >= self.scanstart:
# Line 1167 | Line 1173
1173          if self.scancount >= self.scanstart:
1174              if self.context.endswith('scan:peaks'):
1175                  
1176 <                spec = array('f')
1176 >                self.spec = array('f')
1177                  # print >>sys.stderr, len(self.content), len(b64decode(self.content)), self.content
1178 <                spec.fromstring(b64decode(self.content))
1178 >                self.spec.fromstring(b64decode(self.content))
1179                  if sys.byteorder != 'big':
1180 <                    spec.byteswap()
1180 >                    self.spec.byteswap()
1181 >            elif self.context.endswith(':scan'):
1182                  d = {'msLevel':self.scanlevel}
1183                  # Optional ('scan.' and prefixformat spec. needed)
1184 <                d.update({
1185 <                    'scan.retentionTime:PT%fS':self.rt,
1186 <                    'scan.startMz:%f':self.startMz,
1187 <                    'scan.endMz:%f':self.endMz
1188 <                    })
1184 >                if hasattr(self,'rt'):
1185 >                    d.update({'scan.retentionTime:PT%fS':self.rt})
1186 >                if hasattr(self,'startMz'):
1187 >                    d.update({'scan.startMz:%f':self.startMz})
1188 >                if hasattr(self,'endMz'):
1189 >                    d.update({'scan.endMz:%f':self.endMz})
1190                  if self.polarity != None:
1191                      d.update({'scan.polarity:%s':self.polarity})
1192                  if self.scanlevel == 2:
1193                      d.update({'precursorMz':self.precursorMz})
1194                  if self.scanmd.has_key('scanOrigin'):
1195                      d.update({'scanOrigin.parentFileID:%s': self.scanmd['scanOrigin']['parentFileID'],
1196 <                              'scanOrigin.num:%d': self.scanmd['scanOrigin']['num']})
1196 >                              'scanOrigin.num:%d': int(self.scanmd['scanOrigin']['num'])})
1197                  for (k,v) in self.scanmd.items():
1198                      if not d.has_key(k):
1199                          d[k] = v
1200 <                self.spectra.append((spec,d))
1200 >                self.spectra.append((self.spec,d))
1201                  if len(self.spectra) >= self.scanmax:
1202                      self.scanstart = self.scancount+1
1203                      raise SAXException("Early termination")
# Line 1274 | Line 1282
1282  
1283      def getMsRunMetaData(self):
1284          self.open()
1285 <        d = {'startTime:PT%fS':self.md['startTime'],
1286 <             'endTime:PT%fS':self.md['endTime']
1287 <             }
1285 >        d = {}
1286 >        if self.md.has_key('startTime'):
1287 >            d.update({'startTime:PT%fS':self.md['startTime']})
1288 >        if self.md.has_key('endTime'):
1289 >            d.update({'endTime:PT%fS':self.md['endTime']})
1290          return d
1291  
1292      def getFilenames(self):
1293 <        return [ (self.md['fileName'],self.md['fileType'],self.md['fileSha1']) ]
1293 >        return self.md['parentFile']
1294 >
1295 >    def msInstrumentID(self):
1296 >        return "1"
1297 >
1298 >    def peakDetect(self,level):
1299 >        return False
1300  
1301      def msManufacturer(self):
1302          return self.md.get('msManufacturer','')
# Line 1338 | Line 1354
1354          # Probably unnecessary
1355          self.close()
1356  
1357 <    def open(self):
1357 >    def read_metadata(self):
1358 >                
1359 >        h = open(self.filename,'rb')
1360 >        r = csv.reader(h,'excel-tab')
1361  
1362 <        if self.deapp is None:
1362 >        self.metadata['PLATEDEF'] = []
1363 >        self.metadata['PLATE'] = []
1364 >        self.metadata['SPOT'] = []
1365 >        self.metadata['SCAN'] = []
1366  
1367 <            self.metadata['PLATEDEF'] = []
1368 <            self.metadata['PLATE'] = []
1369 <            self.metadata['SPOT'] = []
1370 <            self.metadata['SCAN'] = []
1371 <
1372 <            h = open(self.filename,'rb')
1373 <            r = csv.reader(h,'excel-tab')
1374 <            for l in r:
1375 <                if len(l) == 0:
1376 <                    continue
1377 <                kw = l.pop(0).upper()
1378 <                if kw in ('PLATEDEF','PLATE','SPOT','SCAN'):
1379 <                    self.metadata[kw].append({})
1380 <                    while len(l)>=2:
1381 <                        k = l.pop(0);v = l.pop(0);
1382 <                        if (kw == 'PLATE' and \
1383 <                            (k in ('plateID','spotXCount','spotYCount','plateManufacturer','plateModel'))) or \
1384 <                           (kw == 'PLATEDEF' and \
1385 <                            (k in ('plateID','plateManufacturer','plateModel','spotNaming','maldiMatrix'))) or \
1364 <                           (kw == 'SPOT' and \
1365 <                            (k in ('plateID','spotID','spotXPosition','spotYPosition','maldiMatrix'))) or \
1366 <                           (kw == 'SCAN' and \
1367 <                            (k in ('plateID','spotID','filename','index'))):
1368 <                            self.metadata[kw][-1][k] = v
1369 <                        elif k == '':
1370 <                            break
1371 <                        else:
1372 <                            print >>sys.stderr,"Bad key %s for %s row"%(k,kw)
1373 <                            sys.exit(1)
1374 <            h.close()
1375 <
1376 <            for pd in self.metadata['PLATEDEF']:
1377 <                # insert all the gory details needed for a particular plate model etc...
1378 <                if pd['plateManufacturer'] == 'ABI / SCIEX' and pd['plateModel'] == '01-192+06-BB':
1379 <                    if not pd.has_key('spotNaming') or not pd.has_key('maldiMatrix') or \
1380 <                       not pd['spotNaming'] in ('alpha','parallel','antiparallel'):
1381 <                        print >>sys.stderr,"Bad plate definition, missing maldiMatrix or spotNaming, or bad spotNaming value."
1382 <                        sys.exit(1)
1383 <                    self.metadata['PLATE'].append({
1384 <                        'plateID':pd['plateID'],
1385 <                        'plateManufacturer':pd['plateManufacturer'],
1386 <                        'plateModel':pd['plateModel'],
1387 <                        'spotXCount':24,
1388 <                        'spotYCount':8,
1389 <                        })
1390 <                    if pd['spotNaming'] == 'alpha':
1391 <                            for y in xrange(0,8):
1392 <                                for x in xrange(0,24):
1393 <                                    self.metadata['SPOT'].append({
1394 <                                        'plateID':pd['plateID'],
1395 <                                        'spotID':"%c%d"%(y+ord('A'),x+1),
1396 <                                        'spotXPosition':x,
1397 <                                        'spotYPosition':2*y+(x%2),
1398 <                                        'maldiMatrix':pd['maldiMatrix']
1399 <                                        })
1367 >        for l in r:
1368 >            if len(l) == 0:
1369 >                continue
1370 >            kw = l.pop(0).upper()
1371 >            if kw in ('PLATEDEF','PLATE','SPOT','SCAN'):
1372 >                self.metadata[kw].append({})
1373 >                while len(l)>=2:
1374 >                    k = l.pop(0);v = l.pop(0);
1375 >                    if (kw == 'PLATE' and \
1376 >                        (k in ('plateID','spotXCount','spotYCount','plateManufacturer','plateModel'))) or \
1377 >                       (kw == 'PLATEDEF' and \
1378 >                        (k in ('plateID','plateManufacturer','plateModel','spotNaming','maldiMatrix'))) or \
1379 >                       (kw == 'SPOT' and \
1380 >                        (k in ('plateID','spotID','spotXPosition','spotYPosition','maldiMatrix'))) or \
1381 >                       (kw == 'SCAN' and \
1382 >                        (k in ('plateID','spotID','filename','index'))):
1383 >                        self.metadata[kw][-1][k] = v
1384 >                    elif k == '':
1385 >                        break
1386                      else:
1387 <                        print >>sys.stderr,"Valid spotNaming value, not yet implemented."
1387 >                        print >>sys.stderr,"Bad key %s for %s row"%(k,kw)
1388                          sys.exit(1)
1389 +        h.close()
1390 +
1391 +        for pd in self.metadata['PLATEDEF']:
1392 +            # insert all the gory details needed for a particular plate model etc...
1393 +            if pd['plateManufacturer'] == 'ABI / SCIEX' and pd['plateModel'] == '01-192+06-BB':
1394 +                if not pd.has_key('spotNaming') or not pd.has_key('maldiMatrix') or \
1395 +                   not pd['spotNaming'] in ('alpha','parallel','antiparallel'):
1396 +                    print >>sys.stderr,"Bad plate definition, missing maldiMatrix or spotNaming, or bad spotNaming value."
1397 +                    sys.exit(1)
1398 +                self.metadata['PLATE'].append({
1399 +                    'plateID':pd['plateID'],
1400 +                    'plateManufacturer':pd['plateManufacturer'],
1401 +                    'plateModel':pd['plateModel'],
1402 +                    'spotXCount':24,
1403 +                    'spotYCount':8,
1404 +                    })
1405 +                if pd['spotNaming'] == 'alpha':
1406 +                        for y in xrange(0,8):
1407 +                            for x in xrange(0,24):
1408 +                                self.metadata['SPOT'].append({
1409 +                                    'plateID':pd['plateID'],
1410 +                                    'spotID':"%c%d"%(y+ord('A'),x+1),
1411 +                                    'spotXPosition':x,
1412 +                                    'spotYPosition':2*y+(x%2),
1413 +                                    'maldiMatrix':pd['maldiMatrix']
1414 +                                    })
1415 +                else:
1416 +                    print >>sys.stderr,"Valid spotNaming value, not yet implemented."
1417 +                    sys.exit(1)
1418 +
1419 +        for pl in self.metadata['PLATE']:
1420 +            self.platespots[pl['plateID']] = []
1421 +
1422 +        for sp in self.metadata['SPOT']:
1423 +            self.platespots[sp['plateID']].append(sp)
1424  
1425 <            for pl in self.metadata['PLATE']:
1426 <                self.platespots[pl['plateID']] = []
1425 >        self.datafiles = [ (os.path.join(self.dir,md['filename']),int(md['index'])) for md in self.metadata['SCAN'] ]
1426 >        self.distinct_datafiles = dict([(os.path.join(self.dir,md['filename']),
1427 >                                        fileSHA(os.path.join(self.dir,md['filename']))) for md in self.metadata['SCAN']])
1428 >
1429 >        self.maptoscan = {}
1430 >        index = 0
1431 >        for md in self.metadata['SCAN']:
1432 >            self.maptoscan[(os.path.join(self.dir,md['filename']),int(md['index']))] = index
1433 >            index += 1
1434 >
1435 >    def make_metadata(self):
1436 >        self.deapp.Documents.Open(self.filename)
1437 >        doc = self.deapp.Documents.Item(0)
1438 >        sv = doc.SpecView
1439 >        nspectra = sv.TotalSpectrum;
1440 >        self.deapp.Documents.Close()
1441 >        self.remsettingsfile(self.filename)
1442  
1443 <            for sp in self.metadata['SPOT']:
1444 <                self.platespots[sp['plateID']].append(sp)
1443 >        self.datafiles = [ (self.filename,i) for i in range(1,nspectra+1) ]
1444 >        self.distinct_datafiles = dict([ (self.filename, fileSHA(self.filename)) ])
1445 >        self.maptoscan = {}
1446 >        for (f,i) in self.datafiles:
1447 >            self.maptoscan[(f,i)] = i
1448 >            
1449 >    def open(self):
1450  
1451 <            self.datafiles = [ (os.path.join(self.dir,md['filename']),int(md['index'])) for md in self.metadata['SCAN'] ]
1411 <            self.distinct_datafiles = dict([(os.path.join(self.dir,md['filename']),
1412 <                                            fileSHA(os.path.join(self.dir,md['filename']))) for md in self.metadata['SCAN']])
1413 <
1414 <            self.maptoscan = {}
1415 <            index = 0
1416 <            for md in self.metadata['SCAN']:
1417 <                self.maptoscan[(os.path.join(self.dir,md['filename']),int(md['index']))] = index
1418 <                index += 1
1451 >        if self.deapp is None:
1452  
1453              from win32com.client import Dispatch, gencache
1454              self.deapp = Dispatch('DataExplorer.Application',
1455                                    resultCLSID='{3FED40F1-D409-11D1-8B56-0060971CB54B}')
1456              self.delib = gencache.EnsureModule('{06972F50-13F6-11D3-A5CB-0060971CB54B}',0,4,2)
1457 <            self.deapp.AutomatedProcessing = 1
1458 <            self.deapp.Visible             = 0
1457 >            try:
1458 >                self.deapp.AutomatedProcessing = 1
1459 >            except AttributeError:
1460 >                pass
1461 >            try:
1462 >                self.deapp.Visible = 0
1463 >            except AttributeError:
1464 >                pass
1465 >            
1466 >            try:
1467 >                self.read_metadata()
1468 >            except:
1469 >                self.make_metadata()
1470  
1471      def close(self):
1472  
# Line 1462 | Line 1506
1506                  self.deapp.Documents.Open(f)
1507                  # print "open %s"%f
1508  
1509 <
1510 <            doc = self.deapp.Documents.Item(0)
1511 <            sv = doc.SpecView
1512 <
1509 >                doc = self.deapp.Documents.Item(0)
1510 >                sv = doc.SpecView
1511 >                try:
1512 >                    cv = doc.ChroView
1513 >                    cv.XAxisUnits = self.delib.constants.deChroXAxisTime
1514 >                    n,xaxis = cv.GetRawData(0,0)
1515 >                except:
1516 >                    xaxis = None
1517 >                
1518 >            if i > sv.TotalSpectrum:
1519 >                prevfile = f
1520 >                continue
1521 >            
1522              sv.SetSpectrumAt(i-1)
1523  
1524 +            if xaxis != None:
1525 +                retentionTime = xaxis[i-1][0]*60.0;
1526 +            else:
1527 +                retentionTime = None
1528              (tf,fixedMass) = doc.InstrumentSettings.GetSetting(self.delib.constants.dePreCursorIon,i-1,None)
1529                  
1530              if fixedMass > 0:
# Line 1512 | Line 1569
1569                  })
1570  
1571              scanindex = self.maptoscan[(f,i)]
1572 <            d.update({
1573 <                'plateID':self.metadata['SCAN'][scanindex]['plateID'],
1574 <                'spotID':self.metadata['SCAN'][scanindex]['spotID'],
1575 <                })
1572 >            if len(self.metadata['SCAN']) > 0:
1573 >                d.update({
1574 >                    'plateID':self.metadata['SCAN'][scanindex]['plateID'],
1575 >                    'spotID':self.metadata['SCAN'][scanindex]['spotID'],
1576 >                    })
1577 >            if retentionTime != None:
1578 >                d.update({'scan.retentionTime:PT%fS':retentionTime});
1579              d.update({'scanOrigin.parentFileID:%s': self.distinct_datafiles[f],
1580                        'scanOrigin.num:%d': i})
1581              if msLevel == 1:
# Line 1557 | Line 1617
1617          return "TOF"
1618  
1619      def msDetector(self):
1620 <        return "LE"
1620 >        return None
1621  
1622      def acquisitionSoftware(self):
1623          return "DataExplorer"
# Line 1572 | Line 1632
1632          return False
1633  
1634      def lc(self):
1635 <        return False
1635 >        return len(self.metadata['PLATE']) == 0
1636  
1637      def maldi(self):
1638          return not self.lc()
# Line 1725 | Line 1785
1785              x = ToMzXML(r,o,opts.compress,filt,opts.compress_peaks,opts.version)
1786          elif opts.xmlformat.lower() == 'mzdata':
1787              x = ToMzData(r,o,opts.compress,filt)
1788 <        elif opts.output[-6:].lower() in ('.mzxml',):
1788 >        elif re.search(r'\.mzxml(\.gz)?$',opts.output,re.IGNORECASE):
1789              x = ToMzXML(r,opts.output,opts.compress,filt,opts.compress_peaks,opts.version)
1790 <        elif opts.output[-7:].lower() in ('.mzdata',):
1790 >        elif re.search(r'\.mzdata(\.gz)?$',opts.output,re.IGNORECASE):
1791              x = ToMzData(r,opts.output,opts.compress,filt)
1792          else:
1793              parser.error("Bad xml format specification.")

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