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root/pymsxml/pymsxml.py
(Generate patch)
# Line 18 | Line 18
18          self.name_ = "PyMsXML"
19          self.majorVer = 0
20          self.minorVer = 5
21 <        self.revVer = 3
21 >        self.revVer = 4
22      def version(self):
23          return "%d.%d.%d"%(self.majorVer,self.minorVer,self.revVer)
24      def name(self):
# Line 1506 | Line 1506
1506                  self.deapp.Documents.Open(f)
1507                  # print "open %s"%f
1508  
1509 <
1510 <            doc = self.deapp.Documents.Item(0)
1511 <            sv = doc.SpecView
1512 <
1509 >                doc = self.deapp.Documents.Item(0)
1510 >                sv = doc.SpecView
1511 >                try:
1512 >                    cv = doc.ChroView
1513 >                    cv.XAxisUnits = self.delib.constants.deChroXAxisTime
1514 >                    n,xaxis = cv.GetRawData(0,0)
1515 >                except:
1516 >                    xaxis = None
1517 >                
1518              if i > sv.TotalSpectrum:
1519                  prevfile = f
1520                  continue
1521              
1522              sv.SetSpectrumAt(i-1)
1523  
1524 +            if xaxis != None:
1525 +                retentionTime = xaxis[i-1][0]*60.0;
1526 +            else:
1527 +                retentionTime = None
1528              (tf,fixedMass) = doc.InstrumentSettings.GetSetting(self.delib.constants.dePreCursorIon,i-1,None)
1529                  
1530              if fixedMass > 0:
# Line 1565 | Line 1574
1574                      'plateID':self.metadata['SCAN'][scanindex]['plateID'],
1575                      'spotID':self.metadata['SCAN'][scanindex]['spotID'],
1576                      })
1577 +            if retentionTime != None:
1578 +                d.update({'scan.retentionTime:PT%fS':retentionTime});
1579              d.update({'scanOrigin.parentFileID:%s': self.distinct_datafiles[f],
1580                        'scanOrigin.num:%d': i})
1581              if msLevel == 1:

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