<<<<< Input Tree (Top_node = 29) >>>>>

( seq0020{28}:0.1529, ( seq0018{26}:0.1741, ( ( seq0015{23}:0.1492, ( seq0013{20}:0.1827, seq0014{21}:0.1659 ){22}:0.0049 ){24}:0.0297, ( ( seq0008{16}:0.0865, seq0009{17}:0.1286 ){18}:0.0335, ( ( seq0005{10}:0.0368, ( seq0006{11}:0.0286, seq0007{12}:0.0362 ){13}:0.0065 ){14}:0.0368, ( ( seq0000{1}:0.0054, seq0001{2}:0.0081 ){3}:0.0232, ( seq0002{4}:0.0189, ( seq0003{5}:0.0124, seq0004{6}:0.0108 ){7}:0.0070 ){8}:0.0270 ){9}:0.0205 ){15}:0.0703 ){19}:0.0383 ){25}:0.0314 ){27}:0.0130 ){29};


<<<<< Input MSA >>>>>

#{Sequences} = 15 .
#{Sites in the segment}_ref = 500 ,
#{Sites in the segment}_rec = 441 .


<< Correspondence between sequence IDs and sequence indices >>

Indx:	Seq_ID

0:	seq0000
1:	seq0001
2:	seq0002
3:	seq0003
4:	seq0004
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6:	seq0006
7:	seq0007
8:	seq0008
9:	seq0009
10:	seq0013
11:	seq0014
12:	seq0015
13:	seq0018
14:	seq0020


<< Original Segment of the Reference Alignment: >>

(position)     000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
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(position)     000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111
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seq0005        CCGT-ACTGGTGTACTACTTCACGGGGATCCAA-------------------------CG
seq0006        CCGT-ACTGGTGTACGACTTCACGG-GATCCAAAATGCCCAATCAAGATACAAGAATTCG
seq0007        CCGT-ACTGGTGTACGACTTCACGG-GATCCAA-------------------------CG
seq0008        CCGT-TCTGGTGTACGAA----------TCCGA-------------------------CG
seq0009        ------------------------------------------------------------
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(position)     111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
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seq0000        TGTGGCA-----------------------------------------------------
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seq0006        TGTGGCA-----------------------------------------------------
seq0007        TGTGGCA-----------------------------------------------------
seq0008        TGTGGCG-----------------------------------------------------
seq0009        ------------------------------------------------------------
seq0013        TGCGGCT-----------------------------------------------------
seq0014        TGTTGAAAGATCTAAACAGCGATTTTGGGGAGACAAATGTAGAGACTTCGCCCGCGGTGG
seq0015        TGTGGCA-----------------------------------------------------
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seq0020        TGTGGCA-----------------------------------------------------

(position)     111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222
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seq0000        -----------------------------CGGATAGTCCTCGACACGGTGGGCGAACCTG
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seq0009        ------------------------------------------------------------
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seq0020        -----------------------------CGGATAGTCC-CCACACGTTGGGCGAT---G

(position)     222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
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seq0000        ATTTACTTGAC-----------------------------------------GATAGACC
seq0001        ATTTACTTGAC-----------------------------------------GATTGACC
seq0002        ATATACTTCAC-----------------------------------------GATTGACC
seq0003        ATATGCTTCAC-----------------------------------------GATTGCCC
seq0004        ATATACTTCAC-----------------------------------------GATTGACC
seq0005        ATATACTACAC-----------------------------------------GATTGACG
seq0006        ATATACTACAC-----------------------------------------GATTGACA
seq0007        ATATACGACAC-----------------------------------------GATTGACA
seq0008        ATATAGTTCAC-----------------------------------------GATTGGCG
seq0009        ----------C-----------------------------------------GCTTGACC
seq0013        ATATAGTTCAC-----------------------------------------GCTTA-CC
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seq0020        ATTTAGTTGAA-----------------------------------------GCTTG-CC

(position)     333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
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seq0000        T--CTGGTGACTTTTTTGGGTG-T--GACTTACGTAATCTGA--TGCCC-----------
seq0001        T--CTGGTGACTTCTTTGGGTG-T--GACTTACGTAATCGGA--TGCCC-----------
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seq0003        T--CTGGTGACTTTTTTGGGTG-T--GACTTACGTAATCGGA--TGCCT-----------
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seq0007        T--CTGGTGACTTTTTTGGGTG-T--GACCTACGTAATCGAA--TGCCT-----------
seq0008        T--CCGGGGTCTTCTTTGGGAG-T--GACT-----AATCGGC--TGCTTTCTCCGTGTCT
seq0009        T--CCCTGGTCTGTCTTGGGAG-T--GACT-----AATCGGA--TCCCT-----------
seq0013        T--CGGGTTACTTTCTTGGGAG-T--GACT-----A-TCGGC--TGACC-----------
seq0014        T--CTGGTGACCTTTTTGGGCG-CCAGACT-----ACTCGGA--TGA-------------
seq0015        T---TGTTGCCTTTTTCAGGAG-T--TACT-----ACGCGGACTTGACA-----------
seq0018        T--TTGGAGACTATTTTGATAGAT--GAGC-----ACTCGGA---GCCT-----------
seq0020        T--CGGGTGACTTTTTTGTTAA-T--GACT-----ACTCGGA--TGCCA-----------

(position)     333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444
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seq0000        --------------------TCCAGTGTGACGATAGACGATATGATCA-CATTG------
seq0001        --------------------TCCAGTGTGACGATAGACGATATGATCA-CATTG------
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seq0003        --------------------CCCAGTGTGACGATAGACGATATGATCA-CATTG------
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seq0005        --------------------CACAGTGTGACGATAGATGATATGATCA-CATTGCCCTGC
seq0006        --------------------CCCAGTGTGACGGTAGATGA----------ATTG------
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seq0009        --------------------CCCAATGTGCCGACTGATGATATGATTA-CTTTG------
seq0013        --------------------ACCAGGGTGCCGGTCCAGGACATTATTA-CAATA------
seq0014        ---------------------------------------ATATGATCAGCATTA------
seq0015        --------------------CCCAGGGAGCCGATAGAGGATATGATTA-CATTG------
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seq0020        --------------------CCCAGGGTGCACA-AGAGGTTATCTTTT-CATTG------

(position)     444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
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seq0000        AA----TTATGTCG----------------------------------------------
seq0001        AA----TTATGTCG----------------------------------------------
seq0002        AA----TAATGTCG----------------------------------------------
seq0003        AA----TAATGTCGCGCATACCGTAAGGGACACCGAACGCCCAGCCCGAACCAAAGGCCG
seq0004        AA----TAATGTCG----------------------------------------------
seq0005        AC----TAATGTCG----------------------------------------------
seq0006        AA----AAATGTCG----------------------------------------------
seq0007        AA----TAATGTCG----------------------------------------------
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seq0013        AATCATAAAAGTTA----------------------------------------------
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seq0020        AA----TGCATTT-----------------------------------------------

(position)     44444444444444444444
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seq0001        ---CAA------------G-
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seq0004        ---CAA------------G-
seq0005        ---CAA------------G-
seq0006        ---CAA------------G-
seq0007        ---CAA------------G-
seq0008        ---CAC------------G-
seq0009        ---CAA------------G-
seq0013        ---CAT------------T-
seq0014        ---CTT------------G-
seq0015        ---CATCGTCTCCACGCCG-
seq0018        ---CAA------------G-
seq0020        ---CAT------------GA


<< Original Segment of the Reconstructed Alignment: >>

(position)     000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
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seq0000        ACAGATGTCTA-CTT----------GTGAAGTGTCAATTGTGTGCCGTTGACCGTA-CTG
seq0001        ACAGATGTCTA-CTT----------GTGAAGTGTCAATTGTGTGCCGTTGACCGTA-CTG
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seq0003        ACAGATGTCTA-CTT----------GTGAAGTGTCAATTGTGTGCCGTTGACCGTA-GCG
seq0004        ACAGATGTCTA-CTT----------GTGAAGTGTCAATTGTGTGCCGTTGACCGTA-GCG
seq0005        ACAGATGTCTA-CTC----------GTCAAGTGTCAACTGTGTTCCGTTGACCGTA-CTG
seq0006        ACAGATGTCTA-CTC----------GTTAAGTGTCAACTGTGTTCCGTTGGCCGTA-CTG
seq0007        ACAGATGTCTA-ATC----------GTTAAGTGTCAACAGTGTTCCGTTGACCGTA-CTG
seq0008        ACACGTGTCTA-CTT----------GTGAAGTCTCAACTGTGTGCCGGTGACCGTT-CTG
seq0009        G--------------------------GATATTTCA------TTCC----ACCATA-CAG
seq0013        ACACCGGTCTTACTTGTAAAGTGTC----------AGATGTGTTACTTTCACAGTC----
seq0014        ACAGATGTCTT-CTT--------------------AGCCGGGGTTCTTCCCCCGCCTCTG
seq0015        ACAGATTTCTA-CTC--------------------AGCTGTGTTTCGTTTACCGTC-CTG
seq0018        ACA-ATCTGTA-CTT----------GTGAAGTGTCAGCGCTGGTGCGTTGACCGTT-CTG
seq0020        ACGGATCTCTA-CTG----------GTGAAGTGTCCGCTGTGGTTCGTTGACCGTT-CTT

(position)     000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111
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seq0000        GTGTACGA----------ATCCGA-------------------------CGTGTGGCACG
seq0001        GTGTACGA----------ATCCGA-------------------------CGTGTGGCACG
seq0002        GTGTACGA----------ATCCAA-------------------------CGTTTGGCACG
seq0003        GTGTACGA----------ATCCAA-------------------------CGTGTGGCACG
seq0004        GTGTACGA----------ATCCAA-------------------------CGTGTGGCACG
seq0005        GTGTACTACTTCACGGGGATCCAA-------------------------CGCGTGGCACC
seq0006        GTGTACGACTTCACG-GGATCCAAAATGCCCAATCAAGATACAAGAATTCGTGTGGCACC
seq0007        GTGTACGACTTCACG-GGATCCAA-------------------------CGTGTGGCACC
seq0008        GTGTACGA----------ATCCGA-------------------------CGTGTGGCGCG
seq0009        ATGT-----------------CTA-------------------------CTTTTC-----
seq0013        -CGTAC-A----------ATCTGA-------------------------CGTGCGGCTCG
seq0014        GCGTAC-A----------ATCCGA-------------------------CGTGTTGAAAG
seq0015        GCGTAC-A----------CA------------------------------GTGTGGCACG
seq0018        ACGCAC-A----------GTCCGA-------------------------CGTGTGGCACG
seq0020        GGGTCC-A----------GTCCGA-------------------------CGTGTGGCACG

(position)     111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
               222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777
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seq0000        GATAGTCCTCGACACGGTG---GGCGAA--------------------------------
seq0001        GATAGTCCGCGACACGGTG---GGCGAA--------------------------------
seq0002        GATAGTCCGCGACACGGTG---GGAGAA--------------------------------
seq0003        GATAGTCCGCGACACGGTT---GGAGAA--------------------------------
seq0004        GATAGTCCGCGACACGGTT---GGAGAA--------------------------------
seq0005        GATAGTCCACGACACTATG---GGCGAA--------------------------------
seq0006        GATAGTCCACGACACCGTG---GGCGAA--------------------------------
seq0007        GATAGGCCACGACATCGTG---GGCGAA--------------------------------
seq0008        GAAAGTCCACGAAACGTTG---GGCAAA--------------------------------
seq0009        --AAGTGTAC-------TG---TG------------------------------------
seq0013        GTGAGTCAC-GACAGGTTG---AGCCAA--------------------------------
seq0014        ATCTAAACA-GCGATTTTGGGGAGACAA--------------------------------
seq0015        GATAATCCACGACCCGTTG---GGCCAA--------------------------------
seq0018        GCTCGTCC-CGACAAGTTG---GGCGAAGAAATAGTTGACCCGTCGACAATTAGTTACAA
seq0020        GATAGTCC-CCACACGTTG---GGCGA---------------------------------

(position)     111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222
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seq0000        -----CCTG--ATTTACTTGAC--------GAT-AGACCT--CTGGT--GACTTTTTTGG
seq0001        -----CCTG--ATTTACTTGAC--------GAT-TGACCT--CTGGT--GACTTCTTTGG
seq0002        -----CCTG--ATATACTTCAC--------GAT-TGACCT--CTGGT--GACTTTTTTGG
seq0003        -----CCTG--ATATGCTTCAC--------GAT-TGCCCT--CTGGT--GACTTTTTTGG
seq0004        -----CCTG--ATATACTTCAC--------GAT-TGACCT--CTGGT--GACTTTTTTGG
seq0005        -----CCTG--ATATACTACAC--------GAT-TGACGT--CTGGC--GACTTTTTTTG
seq0006        -----CCTC--ATATACTACAC--------GAT-TGACATGGCTGGT--GACTTTTTTGG
seq0007        -----CCTG--ATATACGACAC--------GAT-TGACAT--CTGGT--GACTTTTTTGG
seq0008        -----CCTG--ATATAGTTCAC--------GAT-TGGCGT--CCGGG--GTCTTCTTTGG
seq0009        ------------TTCCGTTCAC--------GCT-TGACCT--CCCTG--GTCTGTCTTGG
seq0013        -----CCAG--ATATAGTTCAC--------GCT-T-ACCT--CGGGTTA--CTTTCTTGG
seq0014        -----ATGT--AGAGACTTCGCCCGCGGTGGCTCT-AAGA--CGCCTAAGACTTTCAAGG
seq0015        -----CCTG--GTATAGTTCAA--------GCT-T-GCCT--TG---TTGCCTTTTTCAG
seq0018        CTGTTCCTGCGACATA-TTCAC--------GCC-G-GCCT--TTGGA--GACTATTTTGA
seq0020        -------TG--ATTTAGTTGAA--------GCT-T-GCCT--CGGGT--GACTTTTTTGT

(position)     222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
               444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999
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seq0000        GTG-TG----------------AC-----TTACGTAATCTGA---TGCCC----------
seq0001        GTG-TG----------------AC-----TTACGTAATCGGA---TGCCC----------
seq0002        GTG-TG----------------AC-----TTACGTAATCGGA---TGCCT----------
seq0003        GTG-TG----------------AC-----TTACGTAATCGGA---TGCCT----------
seq0004        GTG-TG----------------AC-----TTACGTAATCGGA---TGCCT----------
seq0005        GTG-TG----------------AC-----TTACGTAATCGAC---TGCTT----------
seq0006        GTG-TG----------------AC-----TTACGTAATCGAA---TGCCT----------
seq0007        GTG-TG----------------AC-----CTACGTAATCGAA---TGCCT----------
seq0008        GAG-TG----------------AC----------TAATCGGC---TGCTTTCTCCGTGTC
seq0009        GAG-TG----------------AC----------TAATCGGA---TCCCT----------
seq0013        GAG-TG----------------AC----------TA-TCGGC---TGACC----------
seq0014        CTA-TGGTTAATCGAAAATTTCACGCCTG-----TA-TCTGG---TGACC----------
seq0015        GAG-TT----------------AC----------TA-CGCGGACTTGACA----------
seq0018        TAGATG----------------AG----------CACTCGGA----GCCT----------
seq0020        TAA-TG----------------AC----------TACTCGGA---TGCCA----------

(position)     333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
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seq0000        ---------------------TCC-AGTGTGA-CGATAGA---CGAT-ATGATCACATTG
seq0001        ---------------------TCC-AGTGTGA-CGATAGA---CGAT-ATGATCACATTG
seq0002        ---------------------CCC-AGTGTGA-CGATAGA---CGAT-ATGATCACATTG
seq0003        ---------------------CCC-AGTGTGA-CGATAGA---CGAT-ATGATCACATTG
seq0004        ---------------------CCC-AGTGTGA-CGATAGA---CGAT-ATGATCACATTG
seq0005        ---------------------CAC-AGTGTGA-CGATAGA---TGAT-ATGATCACATTG
seq0006        ---------------------CCC-AGTGTGA-CGGTAGA---TGA----------ATTG
seq0007        ---------------------CCC-AGTGTGA-CGTTAGA---TCAT-ATGATCACATTG
seq0008        TCTCAGCTAGGCACATCTGTACCG-AGTGTGC-CGATTGA---GGAT-ATAATTACTTTG
seq0009        ---------------------CCC-AATGTGC-CGACTGA---TGAT-ATGATTACTTTG
seq0013        ---------------------ACC-AGGGTGC-CGGTCCA---GGAC-ATTATTACA---
seq0014        ---------------------TTTTTGGGCGC-CAGACTACTCGGATGAATATGATC---
seq0015        ---------------------CCC-AGGGAGC-CGATAGA---GGAT-ATGATTACATTG
seq0018        ---------------------CCC-AGGGTGG-CGA--GA---GGAT-ATGTTCTCATTG
seq0020        ---------------------CCC-AGGGTGCACAA--GA---GGTT-ATCTTTTCATTG

(position)     333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444
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seq0000        ------AATTAT--------GTCG------------------------------------
seq0001        ------AATTAT--------GTCG------------------------------------
seq0002        ------AATAAT--------GTCG------------------------------------
seq0003        ------AATAAT--------GTCGCGCATACCGTAAGGGACACCGAACGCCCAGCCCGAA
seq0004        ------AATAAT--------GTCG------------------------------------
seq0005        CCCTGCACTAAT--------GTCG------------------------------------
seq0006        ------AAAAAT--------GTCG------------------------------------
seq0007        ------AATAAT--------GTCG------------------------------------
seq0008        ------AATATA--------GTCA------------------------------------
seq0009        ------AATAAA--------GTGA------------------------------------
seq0013        -------ATAAATCATAAAAGTTA------------------------------------
seq0014        -------AGCATTAACTAAATCCA------------------------------------
seq0015        ------GATAAAGAGCCATCGTCT------------------------------------
seq0018        ------AATTCA--------TTTT------------------------------------
seq0020        ------AATGCA--------TTTC------------------------------------

(position)     444444444444444444444
               222222222233333333334
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seq0000        -------------CA----AG
seq0001        -------------CA----AG
seq0002        -------------CA----AG
seq0003        CCAAAGGCCGGGGCA----AG
seq0004        -------------CA----AG
seq0005        -------------CA----AG
seq0006        -------------CA----AG
seq0007        -------------CA----AG
seq0008        -------------CA----CG
seq0009        -------------CA----AG
seq0013        -------------CA----TT
seq0014        -------------CT----TG
seq0015        -------------CCACGCCG
seq0018        -------------CA----AG
seq0020        -------------AT----GA


<<<<< Preliminary (0): Map the residue numbers onto the reference & reconstructed MSAs... >>>>>

<<<<< Preliminary (1): Map the position shifts (from reference to reconstructed) onto the Reconstructed MSA... >>>>>

<< Output of 'map_shifts_respos_bw_2msas' >>

($shift_lf, $shift_rf) = (0, -59) .

[ Shifts in the Reconstructed MSA ]

(position)	    0    1    2    3    4    5    6    7    8    9   10   11   12   13   14   15   16   17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   49

seq0000   	  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -20    -  -19  -19  -19    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9
seq0001   	  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -20    -  -19  -19  -19    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9
seq0002   	  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -20    -  -19  -19  -19    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9
seq0003   	  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -20    -  -19  -19  -19    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9
seq0004   	  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -20    -  -19  -19  -19    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9
seq0005   	  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -20    -  -19  -19  -19    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9
seq0006   	  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -20    -  -19  -19  -19    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9
seq0007   	  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -20    -  -19  -19  -19    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9
seq0008   	  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -20    -  -19  -19  -19    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9
seq0009   	    0    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -   26   26   26   26   26   26   26   26   26    -    -    -    -    -    -   32   32   32   32    -    -    -    -
seq0013   	  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19  -19    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9   -9
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seq0006   	    -    -    -    -    -    -  -54  -54  -54  -54    -    -    -    -    -    -  -54  -54  -58  -58  -58  -58    -    -    -    -    -    -    -    -  -50  -50  -50  -50    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -
seq0007   	  -53  -53  -53  -53  -53  -54  -54  -54  -54  -54    -    -    -    -    -    -  -54  -54  -58  -58  -58  -58    -    -    -    -    -    -    -    -  -50  -50  -50  -50    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -
seq0008   	  -53  -53  -53  -53  -53  -54  -54  -54  -54  -54    -    -    -    -    -    -  -54  -54  -58  -58  -58  -58    -    -    -    -    -    -    -    -  -50  -50  -50  -50    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -
seq0009   	  -53  -53  -53  -53  -53  -54  -54  -54  -54  -54    -    -    -    -    -    -  -54  -54  -58  -58  -58  -58    -    -    -    -    -    -    -    -  -50  -50  -50  -50    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -
seq0013   	  -53  -53  -53  -53  -53  -54  -54    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -  -44  -44  -44  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -
seq0014   	  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -  -40  -40  -40  -40  -40  -40  -40  -46  -46  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -
seq0015   	  -53  -53  -53  -53  -53  -54  -54  -54  -54  -54    -    -    -    -    -    -  -54  -54  -58  -58  -58  -58  -58  -58  -58  -58 -107 -107 -107 -107 -107 -107 -107 -107    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -
seq0018   	  -53  -53  -53  -53  -53  -54  -54  -54  -54  -54    -    -    -    -    -    -  -54  -54  -58  -58  -58  -58    -    -    -    -    -    -    -    -  -50  -50  -50  -50    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -
seq0020   	  -53  -53  -53  -53  -53  -54  -54  -54  -54  -54    -    -    -    -    -    -  -54  -54  -58  -58  -58  -58    -    -    -    -    -    -    -    -  -50  -50  -50 -100    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -



(position)	  400  401  402  403  404  405  406  407  408  409  410  411  412  413  414  415  416  417  418  419  420  421  422  423  424  425  426  427  428  429  430  431  432  433  434  435  436  437  438  439  440

seq0000   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -  -50  -50    -    -    -    -  -46  -58
seq0001   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -  -50  -50    -    -    -    -  -46  -58
seq0002   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -  -50  -50    -    -    -    -  -46  -58
seq0003   	  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50  -50    -    -    -    -  -46  -58
seq0004   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -  -50  -50    -    -    -    -  -46  -58
seq0005   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -  -50  -50    -    -    -    -  -46  -58
seq0006   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -  -50  -50    -    -    -    -  -46  -58
seq0007   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -  -50  -50    -    -    -    -  -46  -58
seq0008   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -  -50  -50    -    -    -    -  -46  -58
seq0009   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -  -50  -50    -    -    -    -  -46  -58
seq0013   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -  -50  -50    -    -    -    -  -46  -58
seq0014   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -  -50  -50    -    -    -    -  -46  -58
seq0015   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -  -58  -58  -58  -58  -58  -58  -58  -58
seq0018   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -  -50  -50    -    -    -    -  -46  -58
seq0020   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -  -51  -51    -    -    -    -  -59  -59




[INFORMATION] The original $commoner_shift_flank = -59. Thus, we will shift the entire reconstructed MSA ...

<< REVISED Output of 'map_shifts_respos_bw_2msas' >>

New ($shift_lf, $shift_rf) = (0, 0) .

[ New Shifts in the Reconstructed MSA ]

(position)	    0    1    2    3    4    5    6    7    8    9   10   11   12   13   14   15   16   17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   49

seq0000   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -
seq0001   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -
seq0002   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -
seq0003   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -
seq0004   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -
seq0005   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -
seq0006   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -
seq0007   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -
seq0008   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -
seq0009   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -
seq0013   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -
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seq0015   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -
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(position)	  450  451  452  453  454  455  456  457  458  459  460  461  462  463  464  465  466  467  468  469  470  471  472  473  474  475  476  477  478  479  480  481  482  483  484  485  486  487  488  489  490  491  492  493  494  495  496  497  498  499

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seq0001   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    9    9    -    -    -    -   13    1
seq0002   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    9    9    -    -    -    -   13    1
seq0003   	    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    9    -    -    -    -   13    1
seq0004   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    9    9    -    -    -    -   13    1
seq0005   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    9    9    -    -    -    -   13    1
seq0006   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    9    9    -    -    -    -   13    1
seq0007   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    9    9    -    -    -    -   13    1
seq0008   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    9    9    -    -    -    -   13    1
seq0009   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    9    9    -    -    -    -   13    1
seq0013   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    9    9    -    -    -    -   13    1
seq0014   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    9    9    -    -    -    -   13    1
seq0015   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    1    1    1    1    1    1    1    1
seq0018   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    9    9    -    -    -    -   13    1
seq0020   	    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    -    8    8    -    -    -    -    0    0



<<<<< Preliminary (2): Put together the mapped position shifts into some Classes ... >>>>>

<< Output of 'br_list_classes_shift_respos' >>

$commoner_shift_flank = 0 .


<<<<< Preliminary (3'): For each MINI-class of shifts, parsimoniously infer the branch(es) separating the affected sequences from the rest. >>>>>

<<<<< ADDITIONAL Preliminary Process (3.5'): Split mini-classes each of which consists of unnaturally remote sequences... >>>>>

... NO CHANGES were made ...


<<<<< Preliminary (4): Merge the MINI-classes of shifts. >>>>>

<<<<< Preliminary (5'): Identify 'trivial' MINI-blocks. >>>>>

<<<<< Preliminary (6): Identify gap-pattern blocks, calculate their Dollo parsimony scenarios, and the initial parsimony candidate scenario of each gapped segment in the segmental MSAs (reference & reconstructed). >>>>>

SKIPPED the Calculation, because either reference or reconstructed MSA contains (a) gap(s) or (a) gapped segment(s) that is (are) too long ...


