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consensusID : consensus_10302#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 6 consensus length = 816 fasta sequence
[CCCTCGAGGGCCANAATTCGGCACGAGGATCTATGATTAACAAAATAGATGAGAATTCAAGCTCTGGTATTCCAGTCAAATTTCGTCATCCCAGAGGACATATTGTTTGCGTTTCATCAATAGCTGGTCGGGTACCTTTAGCAGGTGGTGCAGACTATTGTGCATCTAAAGCTGCAGCTCTATTATTTTCTGAATCATTAGAATTGGAGCTGCTTAAGTTGGGAGTGGATGATGAAATTCGTGTTACACGTGTATTACCTTTTCTACTTAATACAGATATGTTTAAGGGTGTTACACCCAAACATCCTTTGCTCTTCCCTACTGTGGATGCTAGCTATTGTGCAAATCGAATCGTTCAATCTGTACGTTTAAATGAACGAGTTGTTTATGTAACGACGCGATATCGTATATTGCCCATCTTACAAATACTTCTTCCAACTAAAATGATCCATTGTCTGTATGAATACGCCAATACAGGCATGTATGTTGATCAATTGAAGCTTTATCGAAAAAAAGTCGGTGCCTTCAGTTAACCAAACCACTTTTTCTAAAATCGCCTATTTTATACATAAATACTTTGGTTTATTCATTTAATTCTCTTTACATTTAAATGAACTTCTTGATACTTGTTTTTTTTGCATAGATTAGGAAATAAATATTTATTACGAGATATAAAGTCGTTCAAAGTTCAGTGTTGTGAG-AAGTGTTTTATGTGTTTATCGTTTGTCTTTTTTTAATAGACTGCAATTAACAACCACTTGATTATCATGCATACTTTTACACTTGTTTTATTTTGTACTGGCTAATAAAACCTCT]
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[+] EMBL CD194385 [ ATTGTGCATCTAAAGCTGCAGCTCTATTATTTTCTGAATCATTAGAATTGGAGCTGCTTAAGTTGGGAGTGGATGATGAAATTCGTGTTACACGTGTATTACCTTTTCTACCTAATACAGATATGTTTAAGGGTGTTACACCCAAACATCCTTTGCTCTTCCCTACTGTGGATGCTAGCTATTGTGCAAATCGAATCGTTCAATCTGTACGTTTAAATGAACGAGTTGTTTATGTAACGACGCGATATCGTATATTGCCCATCTTACAAATACTTCTTCCAACTAAAATGATCCATTGTCTGTATGAATACGCCAATACAGGCATGTATGTTGATCAATTGAAGCTTTATCGAAAAAAAGTCGGTGCCTTCAGTTAACCAAACCACTTTTTCTAAAATCGCCTATTTTATACATAAATACTTTGGTTTATTCATTTAATTCTCTTTACATTTAAATGAACTTCTTGATACTTGTTTTTTTTGCATAGATTAGGAAATAA ]
[-] EMBL CD075616 [ CTGCAGCTCTATTATTTTCTGAATCATTAGAATTGGAGCTGCTTAAGTTGGGAGTGGATGATGAAATTCGTGTTACACGTGTATTACCTTTTCTACTTAATACAGATATGTTTAAGGGTGTTACACCCAAACATCCTTTGCTCTTCCCTACTGTGGATGCTAGCTATTGTGCAAATCGAATCGTTCAATCTGTACGTTTAAATGAACGAGTTGTTTATGTAACGACGCGATATCGTATATTGCCCATCTTACAAATACTTCTTCCAACTAAAATGATCCATTGTCTGTATGAATACGCCAATACAGGCATGTATGTTGATCAATTGAAGCTTTATCGAAAAAAAGTCGGTGCCTTCAGTTAACCAAACCACTTTTTCTAAAATCGCCTATTTTATACATAAATACTTTGGTTTATTCATTTAATTCTCTTTACATTTAAATGAACTTCTTGATACTTGTTTTTTTTGCATAGATTAGGAAATAAATATTTATTACGAGATATAAAGTCGTTCAAAGTTCAGTGTTGTGAG AAGTGTTTTATGTGTTTATCGTTTGTCTTTTTTTAATAGACTGCAATTAACAACCACTTGATTATCATGCATACTTTTACACTTGTTTTATTTTGTACTGGCTAATAAAACCTC ]
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[-] EMBL CD075375 [ CCCAAACATCCTTTGCTCTTCCCTACTGTGGATGCTAGCTATTGTGCAAATCGAATCGTTCAATCTGTACGTTTAAATGAACGAGTTGTTTATGTAACGACGCGATATCGTATATTGCCCATCTTACAAATACTTCTTCCAACTAAAATGATCCATTGTCTGTATGAATACGCCAATACAGGCATGTATGTTGATCAATTGAAGCTTTATCGAAAAAAAGTCGGTGCCTTCAGTTAACCAAACCACTTTTTCTAAAATCGCCTATTTTATACATAAATACTTTGGTTTATTCATTTAATTCTCTTTACATTTAAATGAACTTCTTGATACTTGTTTTTTTTGCATAGATTAGGAAATAAATATTTATTACGAGATATAAAGTCGTTCAAAGTTCAGTGTTGTGAG AAGTGTTTTATGTGTTTATCGTTTGTCTTTTTTTAATAGACTGCAATTAACAACCACTTGATTATCATGCATACTTTTACACTTGTTTTATTTTGTACTGGCTAATAAAACCTC ]
[-] EMBL AI976646 [ ATACAGGCATGTATGTTGATCAATTGAAGCTTTATCGAAAAAAAGTCGGTGCCTTCAGTTAACCAAACCACTTTTTCTAAAATCGCCTATTTTATACATAAATACTTTGGTTTATTCATTTAATTCTCTTTACATTTAAATGAACTTCTTGATACTTGTTTTTTTTGCATAGATTAGGAAATAAATATTTATTACGAGATATAAAGTCGTTCAAAGTTCAGTGTTGTGAA AAGTGTTTTATGTGTTTATCGTTTGTCTTTTTTTAATAGACTGCAATTAACAACCACTTGATTATCATGCATACTTTTACACTTGTTTTATTTTGTACTGGCTAATAAAACCTCT]
consensusID : consensus_10302#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 5 consensus length = 745 fasta sequence
[TCGAGGCCAGAA-TCGGCACGAGG-------CCAAAACGTGATTAACTACTCTGTACTTTGTAATAAATATCGTGACTTTTTTCCTTCAAATTGCATCTTGGTAAATTAAGGTAATCAAAATGATTCAATGCGAACACCGAATGCCACACTTGGAACTCGTTATTGAACATATTGTGTTTATTTTCAAACTCCTCTGGTGCTATTTTCGTGAAGTTGCTAGCTATATCTTGCAAAAAATCAGTCCAGTTTATAAGGATCTGTCATCGGACGTCATACTTGTCACTGGTGCAGGCAATGGTATTGGCAGGCTCATGTGTTTGGAGTTTGCGAAATTTTGTCCAAACATAATAGCTGTTGATAAAAATGAGAAGGGCCTATTAGAAACATCAAAATTGGTTCAAAAGGAAACTAACACTCAAATTAAAGTTTATGTATGCGATTTGAGACACAAAAAAGCTATTGATGAACTGTCGACAAGCGTTTTGAAAGAATTTGGAAAAGTTACTGTTTTAGTGAATAATGCGGGTGTCATGAATGCAGATTTTATCGCTGACCTAACACAGGATTCCATAGAAGATTGTTTCCGAGTCAATGTCTTTTCACATTTCTATTTAATTCAAGCATTCTTACCATCTATGATTAACAAAATAGATGAGAATTCAAGCTCTGGTATTCCAGTCAAATTTCGTCATCCCAGAGGACATATTGTTTGCGTTTCATCAATAGCTGGTCGGGTACCTTTAGCAGGTGGT]
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[+] EMBL CD081550 [ CGAGGCCTTAATTCGGCACCAGGTGAAGTTCCAAAACGTGATTAACTACTCTGTACTTTGTAATAAATATCGTGACTTTTTTCCTTCAAATTGCATCTTGGTAAATTAAGGTAATCAAAATGATTCAATGCGAACACCGAATGCCACACTTGGAACTCGTTATTGAACATATTGTGTTTATTTTCAAACTCCTCTGGTGCTATTTTCGTGAAGTTGCTAGCTATATCTTGCAAAAAATCAGTCCAGTTTATAAGGATCTGTCATCGGACGTCATACTTGTCACTGGTGCAGGCAATGGTATTGGCAGGCTCATGTGTTTGGAGTTTGCGAAATTTTGTCCAAACATAATAGCTGTTGATAAAAATGAGAAGGGCCTATTAGAAACATCAAAATTGGTTCAAAAGGAAACTAACACTCAAATTAAAGTTTATGTATGCGATTTGAGACACAAAAAAGCTATTGATGAACTGTCGACAAGCGTTTTGAAAGAATTTGGAAAAGTTACTGTTTTAGTGAATAATGCGGGTGTCATGAATGCAGATTTTATCGCTGACCTAACACAGGATTCCATAGAAGATTGTTTCCGAGTCAATGTCTTTTCACATTTCTATTTAATTCAAGCATTCTTACCATCTATGATTAACAAAATAGATGAGAATTCAAGCTCTGGTATTCCAGTCAAATTTCGTCATCCCAGAGGACATATTGTTTGCGTTTCATCAATAGCTGGTCGGGTACCTTTAGCAGGTGGT]
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[-] EMBL CD177957 [ TCACTGGTGCAGGCAATGGTATTGGCAGGCTCATGTGTTTGGAGTTTGCGAAATTTTGTCCAAACATAATAGCTGTTGATAAAAATGAGAAGGGCCTATTAGAAACATCAAAATTGGTTCAAAAGGAAACTAACACTCAAATTAAAGTTTATGTATGCGATTTGAGACACAAAAAAGCTATTGATGAACTGTCGACAAGCGTTTTGAAAGAATTTGGAAAAGTTACTGTTTTAGTGAATAATGCGGGTGTCATGAATGCAGATTTTATCGCTGACCTAACACAGGATTCCATAGAAGATTGTTTCCGAGTCAATGTCTTTTCACATTTCTATTTAATTCAAGCATTCTTACCATCTATGATTAACAAAATAGATGAGAATTCAAGCTTTGGTATTCCAGTCAAATTTTGTCATCCCAGAGGACATATTGTTTGCGTTTTATCAATAGCTGGTCG ]
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consensusID : consensus_10302#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 723 fasta sequence
[CTCGCGGCCAAAAATTCGGCACGAGGTTTAATTCAAGCATTCTTACCATCTATGATTAACAAAATAGATGAGAATTCAAGCTCTGGTATTCCAGTCAAATTTCGTCATCCCAGAGGACATATTGTTTGCGTTTCATCAATAGCTGGTCGGGTACCTTTAGCAGGTGGTGCAGACTATTGTGCATCTAAAGCTGCAGCTCTATTATTTTCTGAATCATTAGAATTGGAGCTGCTTAAGTTGGGAGTGGATGATGAAATTCGTGTTACACGTGTATTACCTTTTCTACTTAATACAGATATGTTTAAGGGTGTTACACCCAAACATCCTTTGCTCTTCCCTACTGTGGATGCTAGCTATTGTGCAAATCGAATCGTTCAATCTGTACGTTTAAATGAACGAGTTGTTTATGTAACGACGCGATATCGTATATTGCCCATCTTACAAATACTTCTTCCAACTAAAATGATCCATTGTCTGTATGAATACGCCAATACAGGCATGTATGTTGATCAATTGAAGCTTTATCGAAAAAAAGTCGGTGCCTTCAGTTAACCAAACCACTTTTTCTAAAATCGCCTATTTTATACATAAATACTNTTGGTTTATTCATTTAATTCTCTTTACATTTAAATGAACTTCTTGATACTTGTTTTTTTTGCATAGATTANGAAATAAATATTTATTACGAGATATAAAGTCGTTCAAGTTCAGTGTTGTGAGAAG]
[+] EMBL CD079979 [CTCGCGGCCAAAAATTCGGCACGAGGTTTAATTCAAGCATTCTTACCATCTATGATTAACAAAATAGATGAGAATTCAAGCTCTGGTATTCCAGTCAAATTTCGTCATCCCAGAGGACATATTGTTTGCGTTTCATCAATAGCTGGTCGGGTACCTTTAGCAGGTGGTGCAGACTATTGTGCATCTAAAGCTGCAGCTCTATTATTTTCTGAATCATTAGAATTGGAGCTGCTTAAGTTGGGAGTGGATGATGAAATTCGTGTTACACGTGTATTACCTTTTCTACTTAATACAGATATGTTTAAGGGTGTTACACCCAAACATCCTTTGCTCTTCCCTACTGTGGATGCTAGCTATTGTGCAAATCGAATCGTTCAATCTGTACGTTTAAATGAACGAGTTGTTTATGTAACGACGCGATATCGTATATTGCCCATCTTACAAATACTTCTTCCAACTAAAATGATCCATTGTCTGTATGAATACGCCAATACAGGCATGTATGTTGATCAATTGAAGCTTTATCGAAAAAAAGTCGGTGCCTTCAGTTAACCAAACCACTTTTTCTAAAATCGCCTATTTTATACATAAATACTNTTGGTTTATTCATTTAATTCTCTTTACATTTAAATGAACTTCTTGATACTTGTTTTTTTTGCATAGATTANGAAATAAATATTTATTACGAGATATAAAGTCGTTCAAGTTCAGTGTTGTGAGAAG]
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consensusID : consensus_10302#3 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 675 fasta sequence
[CTGTCGAGGCCATCGTGACTTTTTTCCTTCAAATTGCATCTTTTGTAAATTAAGGTAATCAAAATGATTCAATGCGAACACCGAATGCCACACTTGGAACTCGTTATTGAACATATTGTGTTTATTTTCAAACTCCTCTGGTGCTATTTTCGTGAAGTTGCTAGCTATATCTTGCAAAAAATCAGTCCAGTTTATAAGGATCTGTCATCGGACGTCATACTTGTCACTGGTGCAGGCAATGGTATTGGCAGGCTCATGTGTTTGGAGTTTGCGAAATTTTGTCCAAACATAATAGCTGTTGATAAAAATGAGAAGGGCCTATTAGAAACATCAAAATTGGTTCAAAAGGAAACTAACACTCAAATTAAAGTTTATGTATGCGATTTGAGACACAAAAAAGCTATTGATGAACTGTCGACAAGCGTTTTGAAAGAATTTGGAAAAGTTACTGTTTTAGTGAATAATGCGGGTGTCATGAATGCAGATTTTATCGCTGACCTAACACAGGATTCCATAGAAGATTGTTTCCGAGTCAATGTCTTTTCACATTTCTATTTAATTCAAGCATTCTTACCATCTATGATTAACAAAATAGATGAGAATTCAAGCTCTGGTATTCCAGTCAAATTTCGTCATCCCAGAGGACATATTNGTTTGCGTTTCATCAATAGCTNG]
[+] EMBL CD082274 [CTGTCGAGGCCATCGTGACTTTTTTCCTTCAAATTGCATCTTTTGTAAATTAAGGTAATCAAAATGATTCAATGCGAACACCGAATGCCACACTTGGAACTCGTTATTGAACATATTGTGTTTATTTTCAAACTCCTCTGGTGCTATTTTCGTGAAGTTGCTAGCTATATCTTGCAAAAAATCAGTCCAGTTTATAAGGATCTGTCATCGGACGTCATACTTGTCACTGGTGCAGGCAATGGTATTGGCAGGCTCATGTGTTTGGAGTTTGCGAAATTTTGTCCAAACATAATAGCTGTTGATAAAAATGAGAAGGGCCTATTAGAAACATCAAAATTGGTTCAAAAGGAAACTAACACTCAAATTAAAGTTTATGTATGCGATTTGAGACACAAAAAAGCTATTGATGAACTGTCGACAAGCGTTTTGAAAGAATTTGGAAAAGTTACTGTTTTAGTGAATAATGCGGGTGTCATGAATGCAGATTTTATCGCTGACCTAACACAGGATTCCATAGAAGATTGTTTCCGAGTCAATGTCTTTTCACATTTCTATTTAATTCAAGCATTCTTACCATCTATGATTAACAAAATAGATGAGAATTCAAGCTCTGGTATTCCAGTCAAATTTCGTCATCCCAGAGGACATATTNGTTTGCGTTTCATCAATAGCTNG]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
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* * * * * *** * * ** * ***
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** * ** * * * ** * * * ** * * ****
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consensus_10302#2 GTGC---ATCTAAAGCTGCAGCTCTATTATTTTC-TGAATCATTAGAATTGGAGCTGCTT 234
*** * * ** ** * * ******* **** * ***
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consensus_10302#3 AAAATCAGTCCAGTTTATAAGGATC-TGTCAT-CGGACGTCATACTTGTCACT-GGTGCA 234
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consensus_10302#2 AAGTTGGGAGTGGATGATGAAATTCGTGTTACACGTGTATTACCTTTTCTACTTAATACA 294
** * * * * ** * ** *** * ** * * ** *** * **
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consensus_10302#3 GGCAATGGTATTGGCAGGCTCATGTGTTTGGAGTTTGCGAAATTTTGTCCAAACATAATA 294
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* * ** * ** * ** ***** * * ** **
consensus_10302#1 GCTGTTGATAAAAATGAGAAG---GGCCTATTAG---AAACATCAAAATTGGTT-CAAAA 396
consensus_10302#3 GCTGTTGATAAAAATGAGAAG---GGCCTATTAG---AAACATCAAAATTGGTT-CAAAA 347
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*** *** *** ** * ** * * *** * *** ** **
consensus_10302#1 GGAAACTAACACTCAAATTAA--AGTTTATGTATGCGATTTGAGACACAAAAAAGCTATT 454
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** * * * * *** * *** ** * ** ** *** * * ***
consensus_10302#1 GATGAACTGTCGACAAGCGTTTTGAAA-GAATTTGGAAAAGTTACTGTTTTAGTGAATAA 513
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consensus_10302#1 T-GCGGGTGTCATGAATG---CAGATT-TTATCGCTGACCTAACACAGGAT-TCCATAGA 567
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* **** * * * * ** * * * ** * * * * * * **** *
consensus_10302#1 AGATT---GTTTCCGAGTCAATGTCTTTTCACATTTCTATTTAATTCAAGCATTCTTACC 624
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consensus_10302#1 ATCTATGATTAACAAAATAGATGAGAATTCAAGCTCTGGTATT---CCAGTCAAATTTCG 681
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* * ** ** * * ** * *** * * *** * **** ***
consensus_10302#1 TCATCCCAGAGGACATATTG----TTTGCGTTTCATCAATAGCTGGTCGGGTACCTTTAG 737
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*
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consensus_10302#1 -----
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consensus_10302#2 -----
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||