cluster # 12

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Schistosoma mansoni
cluster # 12 cluster # 12 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_12#0 length = 519 sequences # 1

consensus_12#1 length = 476 sequences # 1

consensusID : consensus_12#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 519
fasta sequence

                              [AAACTCAAATTATCGAGTGGTCAAAAGAAAACTCAATTAAATTCCCCCTTAGAAATCACATTTTGAACTCAGATTATGTTTATTTGTTTGCTTTTTTTCTGTATTTGTTTACAATAACTTAAAGATTAGTCAAATTTATGTATATGCTATTTGATTACTTTATAAGAACTGAAAAATTTCCTTTTCAGTTATATATGTACAGTTATATGGATCCATGAACTAATGACACTACTGATAATGATAATAATGATAATGATAAAGCTTGATTCATACATATTTATAAGATGTTATTCATTCAATTGTTTTCTCATTTCAAAGCATGCTCACCCTCTTAAAAAAATGAAAAAACTGTATGAACATATGAACAGCTAGTTGTTCAATGTTTTAATTGAAATGATCATTGGTCAATTAATGTATCATTAAATTTTCTTCTACTTTAGTTTTATCTAATAATCAAAGTACCTTCTCTTTTTGGGTTATACAATTATTGTCTTTATTGTACTTAAATACAATATAAAT]

[+] EMBL AI381063             [AAACTCAAATTATCGAGTGGTCAAAAGAAAACTCAATTAAATTCCCCCTTAGAAATCACATTTTGAACTCAGATTATGTTTATTTGTTTGCTTTTTTTCTGTATTTGTTTACAATAACTTAAAGATTAGTCAAATTTATGTATATGCTATTTGATTACTTTATAAGAACTGAAAAATTTCCTTTTCAGTTATATATGTACAGTTATATGGATCCATGAACTAATGACACTACTGATAATGATAATAATGATAATGATAAAGCTTGATTCATACATATTTATAAGATGTTATTCATTCAATTGTTTTCTCATTTCAAAGCATGCTCACCCTCTTAAAAAAATGAAAAAACTGTATGAACATATGAACAGCTAGTTGTTCAATGTTTTAATTGAAATGATCATTGGTCAATTAATGTATCATTAAATTTTCTTCTACTTTAGTTTTATCTAATAATCAAAGTACCTTCTCTTTTTGGGTTATACAATTATTGTCTTTATTGTACTTAAATACAATATAAAT]




>consensus_12#0
AAACTCAAATTATCGAGTGGTCAAAAGAAAACTCAATTAAATTCCCCCTTAGAAATCACA
TTTTGAACTCAGATTATGTTTATTTGTTTGCTTTTTTTCTGTATTTGTTTACAATAACTT
AAAGATTAGTCAAATTTATGTATATGCTATTTGATTACTTTATAAGAACTGAAAAATTTC
CTTTTCAGTTATATATGTACAGTTATATGGATCCATGAACTAATGACACTACTGATAATG
ATAATAATGATAATGATAAAGCTTGATTCATACATATTTATAAGATGTTATTCATTCAAT
TGTTTTCTCATTTCAAAGCATGCTCACCCTCTTAAAAAAATGAAAAAACTGTATGAACAT
ATGAACAGCTAGTTGTTCAATGTTTTAATTGAAATGATCATTGGTCAATTAATGTATCAT
TAAATTTTCTTCTACTTTAGTTTTATCTAATAATCAAAGTACCTTCTCTTTTTGGGTTAT
ACAATTATTGTCTTTATTGTACTTAAATACAATATAAAT

consensusID : consensus_12#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 476
fasta sequence

                              [AAACTCAAATTATAGTGGTCAAAAGAAAACTCAATTAAATTCCCCCTTAGAAATCACATTTTGAACTCAGATTATGTTTATTTGTTTGCTTTTTTTCTGTATTTGTTTACAATAACTTAAAGATTAGTCAAATTTATGTATATGCTATTTGATTACTTTATAAGAACTGAAAAATTTCCTTTTCAGTTATATATGTACAGTTATATGGATCCATGAACTAATGACACTACTGATAATGATAATAATGATAATGATAACGCTTGATTCATACATATTTATAAGATGTTATTCATTCAATTGTTCTCTCATTACAAAGCATGCTCCTCTCTTAAAAAAATGAAAAAACTGTATGAACCATAAGCAGCGCTAGGTGCTCATGTTATAAGTGAAATGATCATGGCGCAATAGAGTGAACATTAATCTCTCCGCCATGTGATTATAAGCCAATAACAAGCCTCTCCGTTGGGGGATAACAT]

[+] EMBL AI723342             [AAACTCAAATTATAGTGGTCAAAAGAAAACTCAATTAAATTCCCCCTTAGAAATCACATTTTGAACTCAGATTATGTTTATTTGTTTGCTTTTTTTCTGTATTTGTTTACAATAACTTAAAGATTAGTCAAATTTATGTATATGCTATTTGATTACTTTATAAGAACTGAAAAATTTCCTTTTCAGTTATATATGTACAGTTATATGGATCCATGAACTAATGACACTACTGATAATGATAATAATGATAATGATAACGCTTGATTCATACATATTTATAAGATGTTATTCATTCAATTGTTCTCTCATTACAAAGCATGCTCCTCTCTTAAAAAAATGAAAAAACTGTATGAACCATAAGCAGCGCTAGGTGCTCATGTTATAAGTGAAATGATCATGGCGCAATAGAGTGAACATTAATCTCTCCGCCATGTGATTATAAGCCAATAACAAGCCTCTCCGTTGGGGGATAACAT]




>consensus_12#1
AAACTCAAATTATAGTGGTCAAAAGAAAACTCAATTAAATTCCCCCTTAGAAATCACATT
TTGAACTCAGATTATGTTTATTTGTTTGCTTTTTTTCTGTATTTGTTTACAATAACTTAA
AGATTAGTCAAATTTATGTATATGCTATTTGATTACTTTATAAGAACTGAAAAATTTCCT
TTTCAGTTATATATGTACAGTTATATGGATCCATGAACTAATGACACTACTGATAATGAT
AATAATGATAATGATAACGCTTGATTCATACATATTTATAAGATGTTATTCATTCAATTG
TTCTCTCATTACAAAGCATGCTCCTCTCTTAAAAAAATGAAAAAACTGTATGAACCATAA
GCAGCGCTAGGTGCTCATGTTATAAGTGAAATGATCATGGCGCAATAGAGTGAACATTAA
TCTCTCCGCCATGTGATTATAAGCCAATAACAAGCCTCTCCGTTGGGGGATAACAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_12#0      AAACTCAAATTATCGAGTGGTCAAAAGAAAACTCAATTAAATTCCCCCTTAGAAATCACA 60
consensus_12#1      AAACTCAAATTAT--AGTGGTCAAAAGAAAACTCAATTAAATTCCCCCTTAGAAATCACA 58
                    *************  *********************************************

consensus_12#0      TTTTGAACTCAGATTATGTTTATTTGTTTGCTTTTTTTCTGTATTTGTTTACAATAACTT 120
consensus_12#1      TTTTGAACTCAGATTATGTTTATTTGTTTGCTTTTTTTCTGTATTTGTTTACAATAACTT 118
                    ************************************************************

consensus_12#0      AAAGATTAGTCAAATTTATGTATATGCTATTTGATTACTTTATAAGAACTGAAAAATTTC 180
consensus_12#1      AAAGATTAGTCAAATTTATGTATATGCTATTTGATTACTTTATAAGAACTGAAAAATTTC 178
                    ************************************************************

consensus_12#0      CTTTTCAGTTATATATGTACAGTTATATGGATCCATGAACTAATGACACTACTGATAATG 240
consensus_12#1      CTTTTCAGTTATATATGTACAGTTATATGGATCCATGAACTAATGACACTACTGATAATG 238
                    ************************************************************

consensus_12#0      ATAATAATGATAATGATAAAGCTTGATTCATACATATTTATAAGATGTTATTCATTCAAT 300
consensus_12#1      ATAATAATGATAATGATAACGCTTGATTCATACATATTTATAAGATGTTATTCATTCAAT 298
                    ******************* ****************************************

consensus_12#0      TGTTTTCTCATTTCAAAGCATGCTCACCCTCTTAAAAAAATGAAAAAACTGTATGAAC-A 359
consensus_12#1      TGTTCTCTCATTACAAAGCATGCTC-CTCTCTTAAAAAAATGAAAAAACTGTATGAACCA 357
                    **** ******* ************ * ****************************** *

consensus_12#0      TATGAACAGCTAGTTGTTCAATGTTTTAATTGAAATGATCATTGGTCAATTAATGTATCA 419
consensus_12#1      TAAGCAGCGCTAGGTGCTCA-TGTTATAAGTGAAATGATCATGGCGCAATAGAGTGAACA 416
                    ** * *  ***** ** *** **** *** ************ *  ****  *   * **

consensus_12#0      TTAAATTTTCTTCTACTTTAGTTTTATCTAATAATCAAAGTACCTTCTCTTTTTGGGTTA 479
consensus_12#1      TTAATCTCTCCGCCATGTGATTATAAGCCAATAAC--AAGC-CTCTCCGTTGGGGGATAA 473
                    ****  * **  * *  * * * * * * *****   ***  *  **  **   ** * *

consensus_12#0      TACAATTATTGTCTTTATTGTACTTAAATACAATATAAAT 519
consensus_12#1      CAT------------------------------------- 476
                     *