cluster # 1395

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Schistosoma mansoni
cluster # 1395 cluster # 1395 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_1395#0 length = 766 sequences # 1

consensus_1395#1 length = 577 sequences # 1

consensusID : consensus_1395#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 766
fasta sequence

                              [GNAGCCAAGATTCGGCACGAGGGTGAATTATGCGCAGATATTTATGAATCATTTGATGATTATTTAGAAATGGTTTTACAACATGGTTATCTTGTATTATTCGCTTATGCATCACCATTATTTATTACAATTTTAGCTATATTATGTACATTTCTTGAAATACATTTTGATGTATTCAAATTATTTTGGGTAACACAATGTCCTAAATCGAATTTATTACTTAGAGGACAATCTATATGGTTATTGCTATTAGGTATACAAGCTTGGTTATCTGTATTAACTAATGCTGGTTTATTAATATCAGAAATTCATCGATTAGAAATGTTAACTGATGTGACAGCAAGCACTATATTTCTAATATTTGAACATTGTCTTATATTCATTGCTTTGTGTATACACTTTTTAATATCTGACATACCAGTTACTGTACGAGATGCTAGATTAGCTCGAGATTTCGCTAGAGCACGTTTGTTGAACCCTAAAAAAGATAATTAATCGCATGAAGATAGTGCACATGAATGTACGTATTACATAATTCACAAAGTTTAAAAGATCGTAATGTGATATATAAGTAAATGTTNTAGCTCTTTTCACCTACTTACATTTATTAGTATTTTTTTGAATAAGNTGTATTTGCTTAATATACTNTATACTTTTACTACATGAGATAGTAAATTTTGTAGACTTTTGTTTATACTCACCAACATACACAGTACTTTTNTTTTNAATAAANNNNNNNNNNANNAAATNNNAAACGTTTTTCCTT]

[+] EMBL CD083171             [GNAGCCAAGATTCGGCACGAGGGTGAATTATGCGCAGATATTTATGAATCATTTGATGATTATTTAGAAATGGTTTTACAACATGGTTATCTTGTATTATTCGCTTATGCATCACCATTATTTATTACAATTTTAGCTATATTATGTACATTTCTTGAAATACATTTTGATGTATTCAAATTATTTTGGGTAACACAATGTCCTAAATCGAATTTATTACTTAGAGGACAATCTATATGGTTATTGCTATTAGGTATACAAGCTTGGTTATCTGTATTAACTAATGCTGGTTTATTAATATCAGAAATTCATCGATTAGAAATGTTAACTGATGTGACAGCAAGCACTATATTTCTAATATTTGAACATTGTCTTATATTCATTGCTTTGTGTATACACTTTTTAATATCTGACATACCAGTTACTGTACGAGATGCTAGATTAGCTCGAGATTTCGCTAGAGCACGTTTGTTGAACCCTAAAAAAGATAATTAATCGCATGAAGATAGTGCACATGAATGTACGTATTACATAATTCACAAAGTTTAAAAGATCGTAATGTGATATATAAGTAAATGTTNTAGCTCTTTTCACCTACTTACATTTATTAGTATTTTTTTGAATAAGNTGTATTTGCTTAATATACTNTATACTTTTACTACATGAGATAGTAAATTTTGTAGACTTTTGTTTATACTCACCAACATACACAGTACTTTTNTTTTNAATAAANNNNNNNNNNANNAAATNNNAAACGTTTTTCCTT]




>consensus_1395#0
GNAGCCAAGATTCGGCACGAGGGTGAATTATGCGCAGATATTTATGAATCATTTGATGAT
TATTTAGAAATGGTTTTACAACATGGTTATCTTGTATTATTCGCTTATGCATCACCATTA
TTTATTACAATTTTAGCTATATTATGTACATTTCTTGAAATACATTTTGATGTATTCAAA
TTATTTTGGGTAACACAATGTCCTAAATCGAATTTATTACTTAGAGGACAATCTATATGG
TTATTGCTATTAGGTATACAAGCTTGGTTATCTGTATTAACTAATGCTGGTTTATTAATA
TCAGAAATTCATCGATTAGAAATGTTAACTGATGTGACAGCAAGCACTATATTTCTAATA
TTTGAACATTGTCTTATATTCATTGCTTTGTGTATACACTTTTTAATATCTGACATACCA
GTTACTGTACGAGATGCTAGATTAGCTCGAGATTTCGCTAGAGCACGTTTGTTGAACCCT
AAAAAAGATAATTAATCGCATGAAGATAGTGCACATGAATGTACGTATTACATAATTCAC
AAAGTTTAAAAGATCGTAATGTGATATATAAGTAAATGTTNTAGCTCTTTTCACCTACTT
ACATTTATTAGTATTTTTTTGAATAAGNTGTATTTGCTTAATATACTNTATACTTTTACT
ACATGAGATAGTAAATTTTGTAGACTTTTGTTTATACTCACCAACATACACAGTACTTTT
NTTTTNAATAAANNNNNNNNNNANNAAATNNNAAACGTTTTTCCTT

consensusID : consensus_1395#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 577
fasta sequence

                              [CACAATGTCCTAAATCGAATTTATTACTTAGAGGACAATCTATATGGTTATTGCTATTAGGTATACAAGCTTGGTTATCTGTATTAACTAATGCTGGTTTATTAATATCAGAAATTCATCGATTAGAAATGTTAACTGATGTGACAGCAAGCACTATATTTCTAATATTTGAACATTGTCTTATATTCATTGCTTTGTGTATACACTTTTTAATATCTGACATACCAGTTACTGTACGAGATGCTAGATTAGCTCGAGATTTCGCTAGAGCACGTTTGTTGAACCCTAAAAAAGATAATTAATCGCATGAAGATAGTGCACATGAATGTACGTATTACATAATTCACAAAGTTTAAAAGATCGTAATGTGATATATAAGTAAATGTTTTAGCTCTTTTCACCTACTTACATTTATTAGTATTTTTTTGAATAAGTTGTATTTGCTTAATATACTTTATACTTTTACTACATGAGATAGTAAATTTTGTAGACTTTTGTTTATACTCACCAAACATACACAGTACTTTTCTTTTCAATGAATTGTTATTGAATGATATTTTGAACGTTTATCCATAAA]

[-] EMBL CD076744             [CACAATGTCCTAAATCGAATTTATTACTTAGAGGACAATCTATATGGTTATTGCTATTAGGTATACAAGCTTGGTTATCTGTATTAACTAATGCTGGTTTATTAATATCAGAAATTCATCGATTAGAAATGTTAACTGATGTGACAGCAAGCACTATATTTCTAATATTTGAACATTGTCTTATATTCATTGCTTTGTGTATACACTTTTTAATATCTGACATACCAGTTACTGTACGAGATGCTAGATTAGCTCGAGATTTCGCTAGAGCACGTTTGTTGAACCCTAAAAAAGATAATTAATCGCATGAAGATAGTGCACATGAATGTACGTATTACATAATTCACAAAGTTTAAAAGATCGTAATGTGATATATAAGTAAATGTTTTAGCTCTTTTCACCTACTTACATTTATTAGTATTTTTTTGAATAAGTTGTATTTGCTTAATATACTTTATACTTTTACTACATGAGATAGTAAATTTTGTAGACTTTTGTTTATACTCACCAAACATACACAGTACTTTTCTTTTCAATGAATTGTTATTGAATGATATTTTGAACGTTTATCCATAAA]




>consensus_1395#1
CACAATGTCCTAAATCGAATTTATTACTTAGAGGACAATCTATATGGTTATTGCTATTAG
GTATACAAGCTTGGTTATCTGTATTAACTAATGCTGGTTTATTAATATCAGAAATTCATC
GATTAGAAATGTTAACTGATGTGACAGCAAGCACTATATTTCTAATATTTGAACATTGTC
TTATATTCATTGCTTTGTGTATACACTTTTTAATATCTGACATACCAGTTACTGTACGAG
ATGCTAGATTAGCTCGAGATTTCGCTAGAGCACGTTTGTTGAACCCTAAAAAAGATAATT
AATCGCATGAAGATAGTGCACATGAATGTACGTATTACATAATTCACAAAGTTTAAAAGA
TCGTAATGTGATATATAAGTAAATGTTTTAGCTCTTTTCACCTACTTACATTTATTAGTA
TTTTTTTGAATAAGTTGTATTTGCTTAATATACTTTATACTTTTACTACATGAGATAGTA
AATTTTGTAGACTTTTGTTTATACTCACCAAACATACACAGTACTTTTCTTTTCAATGAA
TTGTTATTGAATGATATTTTGAACGTTTATCCATAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_1395#0      GNAGCCAAGATTCGGCACGAGGGTGAATTATGCGCAGATATTTATGAATCATTTGATGAT 60
consensus_1395#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1395#0      TATTTAGAAATGGTTTTACAACATGGTTATCTTGTATTATTCGCTTATGCATCACCATTA 120
consensus_1395#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1395#0      TTTATTACAATTTTAGCTATATTATGTACATTTCTTGAAATACATTTTGATGTATTCAAA 180
consensus_1395#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1395#0      TTATTTTGGGTAACACAATGTCCTAAATCGAATTTATTACTTAGAGGACAATCTATATGG 240
consensus_1395#1      -------------CACAATGTCCTAAATCGAATTTATTACTTAGAGGACAATCTATATGG 47
                                   ***********************************************

consensus_1395#0      TTATTGCTATTAGGTATACAAGCTTGGTTATCTGTATTAACTAATGCTGGTTTATTAATA 300
consensus_1395#1      TTATTGCTATTAGGTATACAAGCTTGGTTATCTGTATTAACTAATGCTGGTTTATTAATA 107
                      ************************************************************

consensus_1395#0      TCAGAAATTCATCGATTAGAAATGTTAACTGATGTGACAGCAAGCACTATATTTCTAATA 360
consensus_1395#1      TCAGAAATTCATCGATTAGAAATGTTAACTGATGTGACAGCAAGCACTATATTTCTAATA 167
                      ************************************************************

consensus_1395#0      TTTGAACATTGTCTTATATTCATTGCTTTGTGTATACACTTTTTAATATCTGACATACCA 420
consensus_1395#1      TTTGAACATTGTCTTATATTCATTGCTTTGTGTATACACTTTTTAATATCTGACATACCA 227
                      ************************************************************

consensus_1395#0      GTTACTGTACGAGATGCTAGATTAGCTCGAGATTTCGCTAGAGCACGTTTGTTGAACCCT 480
consensus_1395#1      GTTACTGTACGAGATGCTAGATTAGCTCGAGATTTCGCTAGAGCACGTTTGTTGAACCCT 287
                      ************************************************************

consensus_1395#0      AAAAAAGATAATTAATCGCATGAAGATAGTGCACATGAATGTACGTATTACATAATTCAC 540
consensus_1395#1      AAAAAAGATAATTAATCGCATGAAGATAGTGCACATGAATGTACGTATTACATAATTCAC 347
                      ************************************************************

consensus_1395#0      AAAGTTTAAAAGATCGTAATGTGATATATAAGTAAATGTTNTAGCTCTTTTCACCTACTT 600
consensus_1395#1      AAAGTTTAAAAGATCGTAATGTGATATATAAGTAAATGTTTTAGCTCTTTTCACCTACTT 407
                      **************************************** *******************

consensus_1395#0      ACATTTATTAGTATTTTTTTGAATAAGNTGTATTTGCTTAATATACTNTATACTTTTACT 660
consensus_1395#1      ACATTTATTAGTATTTTTTTGAATAAGTTGTATTTGCTTAATATACTTTATACTTTTACT 467
                      *************************** ******************* ************

consensus_1395#0      ACATGAGATAGTAAATTTTGTAGACTTTTGTTTATACTCACCAA-CATACACAGTACTTT 719
consensus_1395#1      ACATGAGATAGTAAATTTTGTAGACTTTTGTTTATACTCACCAAACATACACAGTACTTT 527
                      ******************************************** ***************

consensus_1395#0      TNTTTTNAATAAANNNNNNNNNNANNAAATNNNAAACGTTTTTCCTT--- 766
consensus_1395#1      TCTTTTCAATGAATTGTTATTGAATGATATTTTGAACGTTTATCCATAAA 577
                      * **** *** **          *  * **    ******* *** *