cluster # 2024

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 2024 cluster # 2024 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_2024#0 length = 697 sequences # 1

consensus_2024#1 length = 545 sequences # 1

consensusID : consensus_2024#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 697
fasta sequence

                              [AANAATTTGGCACGAGGGCCAGTTTTAAAGTTAGAATACATAAATCCCGTTCACGTAAATCTGATCCGAAAAGCTACAATGCATTTACAAGTCGTCCGATTGCTATGGTTATTTTAGACTTAATGATAGAATTTGCTCACGGACATTTGATGAAGAAACTTCCACATCGTTTATACAGACTTTGTTTAATCGTATGTCAAAATTTATTGTGCTATCAGAAAATGCAGAAAATTCGTTTGGAATTCGACTGGAAATCACTATGGACAGTTATTTTAAGTTTACTGAAATTTGTCCTCAACTTGGATTGTAATAATTTACAATTACTTGATGCTTTGAAATTAATGGAAAAGTCACTTCAAATATTCAACTTTTTCATTCTTCATGGTGACAAATTTCTTCAATCGCCTGACGTTTATGATAACTTATATTATGAACTAATACGTATGCATTTACTTGTTGAGAATCTTTATGAATATTCTCTTCAACATTCAACTAGTACTAACATGGAGATTAAAGATGTTGCATCTTGTGTTGTACTTCAATTAAGCACTCTACGATCGATTGTTAATCATTTCAACGCTAAAATTGCTTCATTCTCAACATTAAATAATGTGACTTCTCTTACAGAGAATCAGGTTTTAGACATTGTTCGAGCCAATTATGATTCATTGACATTACGATTTTTAGAGAATTTANG]

[+] EMBL CD081397             [AANAATTTGGCACGAGGGCCAGTTTTAAAGTTAGAATACATAAATCCCGTTCACGTAAATCTGATCCGAAAAGCTACAATGCATTTACAAGTCGTCCGATTGCTATGGTTATTTTAGACTTAATGATAGAATTTGCTCACGGACATTTGATGAAGAAACTTCCACATCGTTTATACAGACTTTGTTTAATCGTATGTCAAAATTTATTGTGCTATCAGAAAATGCAGAAAATTCGTTTGGAATTCGACTGGAAATCACTATGGACAGTTATTTTAAGTTTACTGAAATTTGTCCTCAACTTGGATTGTAATAATTTACAATTACTTGATGCTTTGAAATTAATGGAAAAGTCACTTCAAATATTCAACTTTTTCATTCTTCATGGTGACAAATTTCTTCAATCGCCTGACGTTTATGATAACTTATATTATGAACTAATACGTATGCATTTACTTGTTGAGAATCTTTATGAATATTCTCTTCAACATTCAACTAGTACTAACATGGAGATTAAAGATGTTGCATCTTGTGTTGTACTTCAATTAAGCACTCTACGATCGATTGTTAATCATTTCAACGCTAAAATTGCTTCATTCTCAACATTAAATAATGTGACTTCTCTTACAGAGAATCAGGTTTTAGACATTGTTCGAGCCAATTATGATTCATTGACATTACGATTTTTAGAGAATTTANG]




>consensus_2024#0
AANAATTTGGCACGAGGGCCAGTTTTAAAGTTAGAATACATAAATCCCGTTCACGTAAAT
CTGATCCGAAAAGCTACAATGCATTTACAAGTCGTCCGATTGCTATGGTTATTTTAGACT
TAATGATAGAATTTGCTCACGGACATTTGATGAAGAAACTTCCACATCGTTTATACAGAC
TTTGTTTAATCGTATGTCAAAATTTATTGTGCTATCAGAAAATGCAGAAAATTCGTTTGG
AATTCGACTGGAAATCACTATGGACAGTTATTTTAAGTTTACTGAAATTTGTCCTCAACT
TGGATTGTAATAATTTACAATTACTTGATGCTTTGAAATTAATGGAAAAGTCACTTCAAA
TATTCAACTTTTTCATTCTTCATGGTGACAAATTTCTTCAATCGCCTGACGTTTATGATA
ACTTATATTATGAACTAATACGTATGCATTTACTTGTTGAGAATCTTTATGAATATTCTC
TTCAACATTCAACTAGTACTAACATGGAGATTAAAGATGTTGCATCTTGTGTTGTACTTC
AATTAAGCACTCTACGATCGATTGTTAATCATTTCAACGCTAAAATTGCTTCATTCTCAA
CATTAAATAATGTGACTTCTCTTACAGAGAATCAGGTTTTAGACATTGTTCGAGCCAATT
ATGATTCATTGACATTACGATTTTTAGAGAATTTANG

consensusID : consensus_2024#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 545
fasta sequence

                              [TCCCGTTTATCCTTATAACAACAAAATAATTCACTCATGTTATAAATTTATGTTAATCAAAATTATATAACTACTACACTAGCTTACTTGAAAATTATTATTAACGTTAAAAGATAATCATCTCGTGTATACAACTCTAAATTTATATTGTTAATTCCGTAGTTCAATAATGTAACTTAAATATTATTCTATTGTATGTGGTCAATTTAATACGACCACTGCTCAAACCGAATCAAATAATACAAGATTCGAATCTAGAACCTAATACTGTATCGTTCATTTACGCATACAAATCCATACACAAGTTTACGTAACTTTATCAATAGATATGAATAACAATTAAAAAGAGTATCAAATCAATAATTGAAACCTTCCTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTTGTTTACATTATTAGTTATTTTAAGTTTACTGAAATTTGTCCTCAACTTGGATTGTAATAATTTACAATTACTTGATGCTTTGAAATTAATGGAAAAGGTATGCTTTGATCTAGTTATTGATTTGATGTTTATAGAATTCTTGATACTA]

[+] EMBL CD117098             [TCCCGTTTATCCTTATAACAACAAAATAATTCACTCATGTTATAAATTTATGTTAATCAAAATTATATAACTACTACACTAGCTTACTTGAAAATTATTATTAACGTTAAAAGATAATCATCTCGTGTATACAACTCTAAATTTATATTGTTAATTCCGTAGTTCAATAATGTAACTTAAATATTATTCTATTGTATGTGGTCAATTTAATACGACCACTGCTCAAACCGAATCAAATAATACAAGATTCGAATCTAGAACCTAATACTGTATCGTTCATTTACGCATACAAATCCATACACAAGTTTACGTAACTTTATCAATAGATATGAATAACAATTAAAAAGAGTATCAAATCAATAATTGAAACCTTCCTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTTGTTTACATTATTAGTTATTTTAAGTTTACTGAAATTTGTCCTCAACTTGGATTGTAATAATTTACAATTACTTGATGCTTTGAAATTAATGGAAAAGGTATGCTTTGATCTAGTTATTGATTTGATGTTTATAGAATTCTTGATACTA]




>consensus_2024#1
TCCCGTTTATCCTTATAACAACAAAATAATTCACTCATGTTATAAATTTATGTTAATCAA
AATTATATAACTACTACACTAGCTTACTTGAAAATTATTATTAACGTTAAAAGATAATCA
TCTCGTGTATACAACTCTAAATTTATATTGTTAATTCCGTAGTTCAATAATGTAACTTAA
ATATTATTCTATTGTATGTGGTCAATTTAATACGACCACTGCTCAAACCGAATCAAATAA
TACAAGATTCGAATCTAGAACCTAATACTGTATCGTTCATTTACGCATACAAATCCATAC
ACAAGTTTACGTAACTTTATCAATAGATATGAATAACAATTAAAAAGAGTATCAAATCAA
TAATTGAAACCTTCCTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTTGTTTACATTATTAGTTATTTTAA
GTTTACTGAAATTTGTCCTCAACTTGGATTGTAATAATTTACAATTACTTGATGCTTTGA
AATTAATGGAAAAGGTATGCTTTGATCTAGTTATTGATTTGATGTTTATAGAATTCTTGA
TACTA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_2024#0      AANAATTTGGCACGAGGGCCAGTTTTAAAGTTAGAATACATAAATCCCGTTCACGTAAAT 60
consensus_2024#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2024#0      CTGATCCGAAAAGCTACAATGCATTTACAAGTCGTCCGATTGCTATGGTTATTTTAGACT 120
consensus_2024#1      ----------------------------------TCCCGTT--TATCCTTATAACA-ACA 23
                                                        ***  **  ***  ****   * ** 

consensus_2024#0      TAATGATAGAATTTGCTCACGGACATTTGATGAAGAAACTTCCACATCGTTTATACAGAC 180
consensus_2024#1      AAATAATTCACTCATGTTATAAATTTATGTTAATCAAAATTATATAACTACTACACTAGC 83
                       *** **  * *    * *   *  * ** * *  *** **  * * *   ** **   *

consensus_2024#0      TTTGTTTAATCGTATGTCAAAATTTATTGTGCTATCAGAAAATGCAGAAAATTCGTTTGG 240
consensus_2024#1      TTACTTGAAAATTATTATTAACGTTAAAAGATAATCATCTCGTGTATACAACTC---TAA 140
                      **  ** **   ***    **  ***       ****     ** * * ** **   *  

consensus_2024#0      AATTCGACTGGAAATCACTATGGACAGTTATTTTAAGTTTACTGAAATTTGTCCTCAACT 300
consensus_2024#1      ATTTATATTGTTAATT-CCGTAGTTCAATAATGTAACTTAAATATTATTC-TATTGTATG 198
                      * **  * **  ***  *  * *     ** * *** ** * *   ***  *  *  *  

consensus_2024#0      TGGATTGTAATAATTTACAATTACTTGATGCTTTGAAATTAATGGAAAAGTCACTTCAAA 360
consensus_2024#1      TGGTCAATTTAATACGACCACTGCTCAAACCGAATCAAATAATACAAGATTCGAATCTAG 258
                      ***    *   *    ** * * **  *  *     ** ****  ** * **   ** * 

consensus_2024#0      TATTCAA--CTTTTTCATTC-TTCATGGTGACAAATTTCTTCAA----TCGCCTGACGTT 413
consensus_2024#1      AACCTAATACTGTATCGTTCATTTACGCATACAAATCCATACACAAGTTTACGTAACTTT 318
                       *   **  ** * ** *** ** * *   ******   * **     *  * * ** **

consensus_2024#0      TATGATAACTTATATTATGAACTAATACG--TATGCATTTACTTGTTGAGAATCTTTATG 471
consensus_2024#1      ATCAATAGATATGAATAACAATTAAAAAGAGTATCAAATCAATAATTGA-AACCTTCCTC 377
                          ***  *   * **  ** *** * *  ***  * * * *  **** ** ***  * 

consensus_2024#0      AATATTCTCTTCAACATTCAACTAGTACTAACATGGAGATTAAAGATGTTGCATCTTGTG 531
consensus_2024#1      TTTTCTTTTCTTTTCTTTTTGTTTACATTATTAGTTATTTTAAGTTTACTGAAATTTGTC 437
                        *  * *  *   * **    *   * **  *   *  ****   *  ** *  **** 

consensus_2024#0      TTGTACTTCAATTA-AGCACTCTACGATCGATTGTTAATC--ATTTCAACGCTAAAATTG 588
consensus_2024#1      CTCAACTTGGATTGTAATAATTTACAATTACTTGATGCTTTGAAATTAATGGAAAAGGTA 497
                       *  ****  ***  *  * * *** **   *** *  *   *  * ** *  ***  * 

consensus_2024#0      CTTCATTCTCAACATTAAATAATGTGACTTCTCTTACAGAGAATCAGGTTTTAGACATTG 648
consensus_2024#1      TGCTTTGATC--TAGTTATTGATTTGATGT---TTATAGAATTCTTGATACTA------- 545
                           *  **   * * * * ** ***  *   *** ***      * *  **       

consensus_2024#0      TTCGAGCCAATTATGATTCATTGACATTACGATTTTTAGAGAATTTANG 697
consensus_2024#1      -------------------------------------------------