cluster # 381

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Schistosoma mansoni
cluster # 381 cluster # 381 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_381#0 length = 656 sequences # 1

consensus_381#1 length = 625 sequences # 1

consensusID : consensus_381#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 656
fasta sequence

                              [ATTAATCGGTGTTATTCAAGATTCAAAATGTTTAATGAAAGGCATTACGATTTATGGGATATTAGGTGATCAACAAGCATCACTTGTTGCACAAACATGGGGACTGTCTTGTTCTGTAAATGAAAATAATTTGTATGGGACTGGAGCATTTATGCTATGGAATATTGGTTGTCAACCATATTTTTCAGATAAAGGTGTTCTAACCACAATAGCTTATAAAATGGGTTCAAAAGGAAGACCATATTATGCTTTAGAGGGTGCTATATCATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGACTAAACTGGATGCGTTTAAAGATGATGCAGAATGTGAGAAATTGTCTGCTTCAGTATACGGGAAACAAGGATTTAATGAACCAGATCCATGCTATTTGGTTCCAGCATTTAGTGGTCTTTTCTGTCCATGGTGGCAAGAAAGTATGTTGATAAATCTGATCTTATTTATGCTGGCTTAAGATCATCTGTATATCAAACATATGATGTTCTCTTTGTGGCTACTTTAGCTAAAGCTAATAATAAATACCATTCACTAGCTCCATTAATGACATTAAAAAAACCAACTGAAATTATGGTTGATGGTGGAATGTCCAATAGTGACACACTCATATCATTCTGATGTATGACTGCATTNGTG]

[+] EMBL CD080905             [ATTAATCGGTGTTATTCAAGATTCAAAATGTTTAATGAAAGGCATTACGATTTATGGGATATTAGGTGATCAACAAGCATCACTTGTTGCACAAACATGGGGACTGTCTTGTTCTGTAAATGAAAATAATTTGTATGGGACTGGAGCATTTATGCTATGGAATATTGGTTGTCAACCATATTTTTCAGATAAAGGTGTTCTAACCACAATAGCTTATAAAATGGGTTCAAAAGGAAGACCATATTATGCTTTAGAGGGTGCTATATCATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGACTAAACTGGATGCGTTTAAAGATGATGCAGAATGTGAGAAATTGTCTGCTTCAGTATACGGGAAACAAGGATTTAATGAACCAGATCCATGCTATTTGGTTCCAGCATTTAGTGGTCTTTTCTGTCCATGGTGGCAAGAAAGTATGTTGATAAATCTGATCTTATTTATGCTGGCTTAAGATCATCTGTATATCAAACATATGATGTTCTCTTTGTGGCTACTTTAGCTAAAGCTAATAATAAATACCATTCACTAGCTCCATTAATGACATTAAAAAAACCAACTGAAATTATGGTTGATGGTGGAATGTCCAATAGTGACACACTCATATCATTCTGATGTATGACTGCATTNGTG]




>consensus_381#0
ATTAATCGGTGTTATTCAAGATTCAAAATGTTTAATGAAAGGCATTACGATTTATGGGAT
ATTAGGTGATCAACAAGCATCACTTGTTGCACAAACATGGGGACTGTCTTGTTCTGTAAA
TGAAAATAATTTGTATGGGACTGGAGCATTTATGCTATGGAATATTGGTTGTCAACCATA
TTTTTCAGATAAAGGTGTTCTAACCACAATAGCTTATAAAATGGGTTCAAAAGGAAGACC
ATATTATGCTTTAGAGGGTGCTATATCATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGACT
AAACTGGATGCGTTTAAAGATGATGCAGAATGTGAGAAATTGTCTGCTTCAGTATACGGG
AAACAAGGATTTAATGAACCAGATCCATGCTATTTGGTTCCAGCATTTAGTGGTCTTTTC
TGTCCATGGTGGCAAGAAAGTATGTTGATAAATCTGATCTTATTTATGCTGGCTTAAGAT
CATCTGTATATCAAACATATGATGTTCTCTTTGTGGCTACTTTAGCTAAAGCTAATAATA
AATACCATTCACTAGCTCCATTAATGACATTAAAAAAACCAACTGAAATTATGGTTGATG
GTGGAATGTCCAATAGTGACACACTCATATCATTCTGATGTATGACTGCATTNGTG

consensusID : consensus_381#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 625
fasta sequence

                              [TAATTTATTAAATAGATGAATTAACTAATAATAAGATAGTTTGTTTTAAAATGAAGTTAAAATTATCGTCTATATATATGTGGAAGTATAGAGTAAACAGATCATTTAATTCTTTGACCAACGAACAGTCCAAGTAAAAATAAACCAATAGCTGTTAGACCAAACGATATTTTTTGTGAATTCAATGAACACTGATTTTTTTTAATTCTGTTCTCATTTTCACATTCCTCATTACAAATAAGATCCAATGAATCGAGAAGTGTATTCTGTGATTCATTTATTGATTTATTGGGTATCCAGTGTAAACTTCGTTTAACTGATTCATGCCAACCGTATAATTTAACTGCACGATCATTTGAACTAATTTTTGAATAAAATGTTGACTGATAATCATCTGATTTATAAGATGAATATTCTCGAATTTTTAATAACCCAGTTGGATCAATATCCAGTGCTAATGCCACAGTAATTGCTGCACCTAATGCAGTCATAACATCAGAATGATTATGACGTCGAACAGTTACATTCAAAATGTCAGCTAAACTTTGCATAAGAGTGTCACTATTGGACATTCCACCATCAACCATAATTTCAGTTGGTTNTTTTAATGTCATTAATGGAGCTA]

[+] EMBL CD074738             [TAATTTATTAAATAGATGAATTAACTAATAATAAGATAGTTTGTTTTAAAATGAAGTTAAAATTATCGTCTATATATATGTGGAAGTATAGAGTAAACAGATCATTTAATTCTTTGACCAACGAACAGTCCAAGTAAAAATAAACCAATAGCTGTTAGACCAAACGATATTTTTTGTGAATTCAATGAACACTGATTTTTTTTAATTCTGTTCTCATTTTCACATTCCTCATTACAAATAAGATCCAATGAATCGAGAAGTGTATTCTGTGATTCATTTATTGATTTATTGGGTATCCAGTGTAAACTTCGTTTAACTGATTCATGCCAACCGTATAATTTAACTGCACGATCATTTGAACTAATTTTTGAATAAAATGTTGACTGATAATCATCTGATTTATAAGATGAATATTCTCGAATTTTTAATAACCCAGTTGGATCAATATCCAGTGCTAATGCCACAGTAATTGCTGCACCTAATGCAGTCATAACATCAGAATGATTATGACGTCGAACAGTTACATTCAAAATGTCAGCTAAACTTTGCATAAGAGTGTCACTATTGGACATTCCACCATCAACCATAATTTCAGTTGGTTNTTTTAATGTCATTAATGGAGCTA]




>consensus_381#1
TAATTTATTAAATAGATGAATTAACTAATAATAAGATAGTTTGTTTTAAAATGAAGTTAA
AATTATCGTCTATATATATGTGGAAGTATAGAGTAAACAGATCATTTAATTCTTTGACCA
ACGAACAGTCCAAGTAAAAATAAACCAATAGCTGTTAGACCAAACGATATTTTTTGTGAA
TTCAATGAACACTGATTTTTTTTAATTCTGTTCTCATTTTCACATTCCTCATTACAAATA
AGATCCAATGAATCGAGAAGTGTATTCTGTGATTCATTTATTGATTTATTGGGTATCCAG
TGTAAACTTCGTTTAACTGATTCATGCCAACCGTATAATTTAACTGCACGATCATTTGAA
CTAATTTTTGAATAAAATGTTGACTGATAATCATCTGATTTATAAGATGAATATTCTCGA
ATTTTTAATAACCCAGTTGGATCAATATCCAGTGCTAATGCCACAGTAATTGCTGCACCT
AATGCAGTCATAACATCAGAATGATTATGACGTCGAACAGTTACATTCAAAATGTCAGCT
AAACTTTGCATAAGAGTGTCACTATTGGACATTCCACCATCAACCATAATTTCAGTTGGT
TNTTTTAATGTCATTAATGGAGCTA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_381#0      ATTAATCGGTGTTATTCAAGATTCAAAATGTTTAATGAAAGGCATTACGATTTATGGGAT 60
consensus_381#1      -----------------------------------------------TAATTTATTAAAT 13
                                                                      ******   **

consensus_381#0      A--TTAGGTGATCAACAAGCATCACTTGTTGCACAAACATGGGGACTGTCTTGTTCTGTA 118
consensus_381#1      AGATGAATTAACTAATAA-TAAGATAGTTTGTTTTAAAATGAAGTTAAAATTATCGTCTA 72
                     *  * *  * *  ** **  *  *    ***    ** ***  *      ** *  * **

consensus_381#0      AATGAAAATAATTTGTATGGGACTGGAGCATTTATGCTATGGAATATTGGTTGTCAACCA 178
consensus_381#1      TAT-------ATATGTGGAAGTATAGAGTAAACAGATCATTTAATTCT--TTGACCAACG 123
                      **       ** ***    *  * *** *   *    **  ***  *  *** * * * 

consensus_381#0      TATTTTTCAGATAAAGGTGTTCTAACCACAAT-AGCTTATAAAATGGGTTCAAAAGGAAG 237
consensus_381#1      AACAGTCCAAGTAAAAATAAACCAATAGCTGTTAGACCAAACGATATTTTTTGTGAATTC 183
                      *   * **  ****  *   * **   *  * **   * *  **   **          

consensus_381#0      ACCATATTATGCTTTAGAGGGTGCTATATCATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAG 297
consensus_381#1      AATGAACACTGATTT------TTTTTAATTCTGTTCTCATTTTCACATTCCTCATTACAA 237
                     *    *   ** ***      *  *  **  *                          * 

consensus_381#0      ACTAAACTGGATGCGTTTAAAGATG-ATGCAGAATGTGAGAAATTGTCTGCTTCAGTATA 356
consensus_381#1      ATAAGATCCAATGAATCGAGAAGTGTATTCTGTGATTCATTTATTGATTTATTGGGTATC 297
                     *  * *    ***  *  * *  ** ** * *    * *   ****  *  **  **** 

consensus_381#0      CGGG--AAACAAGGATTTAATGAACCAGATC---CATGCTATTTGGTTCCAGCATTTAGT 411
consensus_381#1      CAGTGTAAACTTCGTTTAACTGATTCATGCCAACCGTATAATTTAACTGCACGATCATTT 357
                     * *   ****   * ** * ***  **   *   * *   ****   * **  **    *

consensus_381#0      GGTCT--TTTCTGTCCATGGTGGCAA--GAAAGTATGTTGATAAATCTGATCT-TATTTA 466
consensus_381#1      GAACTAATTTTTGAATAAAATGTTGACTGATAATCATCTGATTTATAAGATGAATATTCT 417
                     *  **  *** **   *   **   *  ** * *    ****  **  ***   ****  

consensus_381#0      TGCTGGCTTAAGATCATCTGTATATCAAA--CATATGATGTTCTCTTTGTGGCTACTTTA 524
consensus_381#1      CGAATTTTTAATAACCCAGTTGGATCAATATCCAGTGCTAATGCCACAGTAATTGCTGCA 477
                      *     **** * *     *  *****   *   ** *  *  *   **   * **  *

consensus_381#0      GCTAAAGC--TAATAATAA-ATACCATTCACTAGCTCCATTAATGACATTAAAAAAACCA 581
consensus_381#1      CCTAATGCAGTCATAACATCAGAATGATTATGACGTCGAACAGTTACATTCAAAATGTCA 537
                      **** **  * **** *  * *    * *  *  ** *  * * ***** ****   **

consensus_381#0      ACTGAAATT-----ATGGTTG--ATGGTGGAATGTCCAATAGTGACACACTCATATCATT 634
consensus_381#1      GCTAAACTTTGCATAAGAGTGTCACTATTGGACATTCCACCATCA-ACCATAATTTCAGT 596
                      ** ** **     * *  **  *   * * *  * * *   * * **  * ** *** *

consensus_381#0      CTGATGTATGACTG-CATTNGTG------ 656
consensus_381#1      TGGTTNTTTTAATGTCATTAATGGAGCTA 625
                       * * * * * ** ****  **