cluster # 407

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Schistosoma mansoni
cluster # 407 cluster # 407 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_407#0 length = 434 sequences # 1

consensus_407#1 length = 410 sequences # 1

consensusID : consensus_407#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 434
fasta sequence

                              [CCACTCTGCTCAGTGTACGACCAGTAGTGGATCAACAATCTTTGGGTTTGTGGACTGTGAGTGAGTGTGTGAGTAATTAAGTAAGTGAGTAAGTAAGTGAGTGCCTATATGAATGGGTATTGTGGAATGTTTTCTCTCTGTGTATATTTCCACTAGTGAGATTTAGGTTTTCATGTGGATAGTGAGTGTTGGGTATTGTGATGATCACGGAGAAATGGAAGGAGTAGGCGTAGAATTATGGTGTTTGGTGTACAGGTATGTATTTCTGTGTGTTATGCCGCGAAAGAATCAATCAGGTATGTCACAAATGACGACGCGTAATAATATAATAGATGATGATATTAATTATTGTAGGGTGTTAGTTGCCTGAGTGTTTATTTCTCGCTTTAGATTAGTGTGAATTAATTGTATTATAGACGCTTGTATTGGTTGGA]

[+] EMBL CD160552             [CCACTCTGCTCAGTGTACGACCAGTAGTGGATCAACAATCTTTGGGTTTGTGGACTGTGAGTGAGTGTGTGAGTAATTAAGTAAGTGAGTAAGTAAGTGAGTGCCTATATGAATGGGTATTGTGGAATGTTTTCTCTCTGTGTATATTTCCACTAGTGAGATTTAGGTTTTCATGTGGATAGTGAGTGTTGGGTATTGTGATGATCACGGAGAAATGGAAGGAGTAGGCGTAGAATTATGGTGTTTGGTGTACAGGTATGTATTTCTGTGTGTTATGCCGCGAAAGAATCAATCAGGTATGTCACAAATGACGACGCGTAATAATATAATAGATGATGATATTAATTATTGTAGGGTGTTAGTTGCCTGAGTGTTTATTTCTCGCTTTAGATTAGTGTGAATTAATTGTATTATAGACGCTTGTATTGGTTGGA]




>consensus_407#0
CCACTCTGCTCAGTGTACGACCAGTAGTGGATCAACAATCTTTGGGTTTGTGGACTGTGA
GTGAGTGTGTGAGTAATTAAGTAAGTGAGTAAGTAAGTGAGTGCCTATATGAATGGGTAT
TGTGGAATGTTTTCTCTCTGTGTATATTTCCACTAGTGAGATTTAGGTTTTCATGTGGAT
AGTGAGTGTTGGGTATTGTGATGATCACGGAGAAATGGAAGGAGTAGGCGTAGAATTATG
GTGTTTGGTGTACAGGTATGTATTTCTGTGTGTTATGCCGCGAAAGAATCAATCAGGTAT
GTCACAAATGACGACGCGTAATAATATAATAGATGATGATATTAATTATTGTAGGGTGTT
AGTTGCCTGAGTGTTTATTTCTCGCTTTAGATTAGTGTGAATTAATTGTATTATAGACGC
TTGTATTGGTTGGA

consensusID : consensus_407#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 410
fasta sequence

                              [TTTATTTCTCGTTTTAGATTAGTGTGAATTAATTGTATTATAGACGCTTGTATTGGTTGGAAGAATGTGCTTCCTGCGGATAGGATTCGTTGAATTTGGAAATGAATTTTGAGTTGGTGATGGTAGTGTTAGTGGTGGGTAACTGAGTGACTAGTTAGTATATTGTTGTTTATTGTTAACTATGCAAATGTGTGGTTATTTCTTTCCTGTGATAGAGTTAGTGGACAAGGCGAGCTGTGGATGATAGGTGATCAGTGTACGACCAGTAGTGGATCAACAAGTAAGCTTTGAGACATGTTAATGCTTTGACAGGAGAACTGAAGTCTTTGGGTTTGTGGACTGTGAGTGAGTGTGTGAGTAATTAAGTAAGTGAGTAAGTAAGTGAGTGCCTATATGAATGGGTATTGTGG]

[+] EMBL CD145117             [TTTATTTCTCGTTTTAGATTAGTGTGAATTAATTGTATTATAGACGCTTGTATTGGTTGGAAGAATGTGCTTCCTGCGGATAGGATTCGTTGAATTTGGAAATGAATTTTGAGTTGGTGATGGTAGTGTTAGTGGTGGGTAACTGAGTGACTAGTTAGTATATTGTTGTTTATTGTTAACTATGCAAATGTGTGGTTATTTCTTTCCTGTGATAGAGTTAGTGGACAAGGCGAGCTGTGGATGATAGGTGATCAGTGTACGACCAGTAGTGGATCAACAAGTAAGCTTTGAGACATGTTAATGCTTTGACAGGAGAACTGAAGTCTTTGGGTTTGTGGACTGTGAGTGAGTGTGTGAGTAATTAAGTAAGTGAGTAAGTAAGTGAGTGCCTATATGAATGGGTATTGTGG]




>consensus_407#1
TTTATTTCTCGTTTTAGATTAGTGTGAATTAATTGTATTATAGACGCTTGTATTGGTTGG
AAGAATGTGCTTCCTGCGGATAGGATTCGTTGAATTTGGAAATGAATTTTGAGTTGGTGA
TGGTAGTGTTAGTGGTGGGTAACTGAGTGACTAGTTAGTATATTGTTGTTTATTGTTAAC
TATGCAAATGTGTGGTTATTTCTTTCCTGTGATAGAGTTAGTGGACAAGGCGAGCTGTGG
ATGATAGGTGATCAGTGTACGACCAGTAGTGGATCAACAAGTAAGCTTTGAGACATGTTA
ATGCTTTGACAGGAGAACTGAAGTCTTTGGGTTTGTGGACTGTGAGTGAGTGTGTGAGTA
ATTAAGTAAGTGAGTAAGTAAGTGAGTGCCTATATGAATGGGTATTGTGG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_407#0      CCACTCTGCTCAGTGTACGACCAGTAGTGGATCAACAATCTT-TGGGTTTGTGGACTGTG 59
consensus_407#1      -TTTATTTCTCGTTTTA-GATTAGT-GTGAATTAATTGTATTATAGACGCTTGTATTGGT 57
                           * ***  * ** **  *** *** ** **   * ** * *     ** * **  

consensus_407#0      AGTGAGTGTGTGAGTAAT-TAAGTAAG--TGAGTAAGTAAGTGAGTGCCTATATGAATGG 116
consensus_407#1      TGGAAGAATGTGCTTCCTGCGGATAGGATTCGTTGAATTTGGAAATGAATTT-TGAGTTG 116
                      *  **  ****  *  *     ** *  *   * * *  *  * **  * * *** * *

consensus_407#0      GTATTGTGGAATGTTTTCTCTCTGTGTATATTTCCACTAGTGAGATTTAGGTTTTCATGT 176
consensus_407#1      GTGATG-GTAGTGTTAGTGGTGGGTAACTGAGTG-ACTAGTTAG---TATATTGTTGTTT 171
                     **  ** * * ****     *  **   *   *  ****** **   **  ** *  * *

consensus_407#0      GGATAGTGAGTGTTGGGTAT-TGTGATGATCACGGAGAAATGGAAGGAGTAGGCGTAGAA 235
consensus_407#1      --ATTGTTAACTATGCAAATGTGTGGTTATTTCTTTCCTGTGATAGAGTTAGTGGACAAG 229
                       ** ** *    **   ** **** * **  *       **  **   ***  *   * 

consensus_407#0      TTATGGTGTTTGGTGTACAGGTATGTATTTCTGTGTGTTATGCCGCGAAAGAATCAATCA 295
consensus_407#1      GCGAGCTGT--GGATGATAGGTG---ATCAGTGTACGACCAGTAGTGGATCAACAAGTAA 284
                         * ***  **   * ****    **   ***  *    *  * * *  **  * * *

consensus_407#0      GGTATGTCACAAATGACGACGCGTAATAATATAATAGATGATGATATTAATTATTGTAGG 355
consensus_407#1      GCTTTG--AGACATGTTAATGCTT--TGACAGGAGAACTGAAGTCTTTGGGT-TTGTGGA 339
                     * * **  * * ***   * ** *  * * *  * *  *** *   **   * **** * 

consensus_407#0      GTGTTAGTTGCCTGAGTGTTTATTTCTCGCTTTAGATTAGT--GTGAATTAATTGTATTA 413
consensus_407#1      CTGTGAGT-----GAGTGTGTGAGTAATTAAGTAAGTGAGTAAGTAAGTGAGTGCCTATA 394
                      *** ***     ****** *   *       **  * ***  ** * * * *     **

consensus_407#0      TAGACGCTTGTATTGGTTGGA 434
consensus_407#1      TGAATGGGTATTGTGG----- 410
                     *  * *  * *  ***