cluster # 4157

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Schistosoma mansoni
cluster # 4157 cluster # 4157 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_4157#0 length = 359 sequences # 2

consensus_4157#1 length = 324 sequences # 1

consensusID : consensus_4157#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 359
fasta sequence

                              [AACTGTCTCAACTAACTCCACACACATAATAGTTTATGGATT-AGTTTCTAAT-TGGCTTTTCTTGTTATATTTAG-TAGTGATTAACTGATGTAAATTTTGAGTAATCGTTTATATTCAGTTATGTTCTAATGAATATTCGTTTTGAATTTTTGAGGATGTTGATGAATAATAGTGGCAGGTCGAAATTGATATCGCTCACCTTTAATATTACAAAATATTTATGTACATTTGACATTAACTGGTTAACTTTAACATTGGAGTCTGAAATATCTGTCAAAAATGAAGTTATAATAATATGATCTTAGTTCATTACTAAACGAAAGCTTTCGTCATATTTGGTTATGGCTTCATCCAGCAAT]

[+] EMBL CD163596             [AACTGTCTCAACTAACTCCACACACATAATAGTTTATGGATT AGTTTCTAAT TGGCTTTTCTTGTTATATTTAG TAGTGATTAACTGATGTAAATTTTGAGTAATCGTTTATATTCAGTTATGTTCTAATGAATATTCGTTTTGAATTTTTGAGGATGTTGATGAATAATAGTGGCAGGTCGAAATTGATATCGCTCACCTTTAATATTACAAAATATTTATGTACATTTGACATTAACTGGTTAACTTTAACATTGGAGTCTGAAATATCTGTCAAAAATGAAGTTATAATAATATGATCTTAGTTCATTACTAAACGAAAGCTTTCGTCATATTTGGTTATGGCTTCATCCAGCAAT]
[+] EMBL CD163655             [                           AATAGTTTATGGATTNAGTTTCTAATATGGCTTTTCTTGTTATATTTAGATAGTGATTAACTGATGTAAATTTTGAGTAATCGTTTATATTCAGTTATGTTCTAATGAATATTCGTTTTGAATTTTTGAGGATGTTGATGAATAATAGTGGCAGGTCGAAATTGATATCGCTCACCTTTAATATTACAAAATATTTATGTACATTTGACATTAACTGGTTAACTTTAACATTGGAGTCTGAAATATCTGTCAAAAATGAAGTTATAATAATATGATCTTAGTTCATTACTAAACGAAAGCTTTCGTCATATTTGGTTATGGCTTCATCCAGCAAT]




>consensus_4157#0
AACTGTCTCAACTAACTCCACACACATAATAGTTTATGGATTAGTTTCTAATTGGCTTTT
CTTGTTATATTTAGTAGTGATTAACTGATGTAAATTTTGAGTAATCGTTTATATTCAGTT
ATGTTCTAATGAATATTCGTTTTGAATTTTTGAGGATGTTGATGAATAATAGTGGCAGGT
CGAAATTGATATCGCTCACCTTTAATATTACAAAATATTTATGTACATTTGACATTAACT
GGTTAACTTTAACATTGGAGTCTGAAATATCTGTCAAAAATGAAGTTATAATAATATGAT
CTTAGTTCATTACTAAACGAAAGCTTTCGTCATATTTGGTTATGGCTTCATCCAGCAAT

consensusID : consensus_4157#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 324
fasta sequence

                              [AATATTCGTTTTGAATTTTTGAGGATGTTGATGAATAATAGTGGCAGGTCGAAATTGATATCGCTCACCTTTAATATTACAAAATATTTATGTACACTTGACATTAACTGGTTAACTTTAACATTGGAGTCTGAAATATCTGTCAAAAATGAAGTTATAATAATATGATCTTAGTTCATTAGTGAGTGATAGATTTGCAGTTCTTATACTTTTATATATACTTTTTTAATCTATAACCAATTTCATTTAAATCATGAACTGATCGAAGTTAGGTAATCGTTGAAAACATGGAAGACCTGAATGACCATTTCGTCCCNGGGTGGG]

[+] EMBL CD117066             [AATATTCGTTTTGAATTTTTGAGGATGTTGATGAATAATAGTGGCAGGTCGAAATTGATATCGCTCACCTTTAATATTACAAAATATTTATGTACACTTGACATTAACTGGTTAACTTTAACATTGGAGTCTGAAATATCTGTCAAAAATGAAGTTATAATAATATGATCTTAGTTCATTAGTGAGTGATAGATTTGCAGTTCTTATACTTTTATATATACTTTTTTAATCTATAACCAATTTCATTTAAATCATGAACTGATCGAAGTTAGGTAATCGTTGAAAACATGGAAGACCTGAATGACCATTTCGTCCCNGGGTGGG]




>consensus_4157#1
AATATTCGTTTTGAATTTTTGAGGATGTTGATGAATAATAGTGGCAGGTCGAAATTGATA
TCGCTCACCTTTAATATTACAAAATATTTATGTACACTTGACATTAACTGGTTAACTTTA
ACATTGGAGTCTGAAATATCTGTCAAAAATGAAGTTATAATAATATGATCTTAGTTCATT
AGTGAGTGATAGATTTGCAGTTCTTATACTTTTATATATACTTTTTTAATCTATAACCAA
TTTCATTTAAATCATGAACTGATCGAAGTTAGGTAATCGTTGAAAACATGGAAGACCTGA
ATGACCATTTCGTCCCNGGGTGGG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4157#0      AACTGTCTCAACTAACTCCACACACATAATAGTTTATGGATTAGTTTCTAATTGGCTTTT 60
consensus_4157#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4157#0      CTTGTTATATTTAGTAGTGATTAACTGATGTAAATTTTGAGTAATCGTTTATATTCAGTT 120
consensus_4157#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4157#0      ATGTTCTAATGAATATTCGTTTTGAATTTTTGAGGATGTTGATGAATAATAGTGGCAGGT 180
consensus_4157#1      -----------AATATTCGTTTTGAATTTTTGAGGATGTTGATGAATAATAGTGGCAGGT 49
                                 *************************************************

consensus_4157#0      CGAAATTGATATCGCTCACCTTTAATATTACAAAATATTTATGTACATTTGACATTAACT 240
consensus_4157#1      CGAAATTGATATCGCTCACCTTTAATATTACAAAATATTTATGTACACTTGACATTAACT 109
                      *********************************************** ************

consensus_4157#0      GGTTAACTTTAACATTGGAGTCTGAAATATCTGTCAAAAATGAAGTTATAATAATATGAT 300
consensus_4157#1      GGTTAACTTTAACATTGGAGTCTGAAATATCTGTCAAAAATGAAGTTATAATAATATGAT 169
                      ************************************************************

consensus_4157#0      CTTAGTTCATTACTAAACGAAAGCTTT-----CGTCATATTTGGTTATG-GCTTCATCCA 354
consensus_4157#1      CTTAGTTCATTAGTGAGTGATAGATTTGCAGTTCTTATACTTTTATATATACTTTTTTAA 229
                      ************ * *  ** ** ***       * *** **   ***   ***  *  *

consensus_4157#0      GCAAT------------------------------------------------------- 359
consensus_4157#1      TCTATAACCAATTTCATTTAAATCATGAACTGATCGAAGTTAGGTAATCGTTGAAAACAT 289
                       * **                                                       

consensus_4157#0      -----------------------------------
consensus_4157#1      GGAAGACCTGAATGACCATTTCGTCCCNGGGTGGG 324