cluster # 4488

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Schistosoma mansoni
cluster # 4488 cluster # 4488 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_4488#0 length = 858 sequences # 2

consensus_4488#1 length = 393 sequences # 1

consensusID : consensus_4488#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 858
fasta sequence

                              [TTAGTCAATAACTCTCCTAATTTTCCTTTTATTCATAAAGCCAGTACTGGTAACGGGAATAACGGTAATAGTAGTTGTCATGCTACTACTACTACTACTACTACTTCTACAACCGTACATGCTCAAGTTTATTTAATTGA-TTTTGCCCATTGGTCTGAAAAACAT-TATTCTCCCTTATTTAATAATGATATTGAACATAATAAAAATTATTGGACATGTGAATTAACTAATGGTTTTCGGCATGGATTAGAAAATTTAATCAAATTAATGCATTATATTGTGAATAATGAAAGTGCAATTTGTATAAATTCATAAACGGTTATTTAACTTTTTCTTATGTATCAATATATATATATTACTAATTACATAACTAGTCTTAGTTAATTACTATATCAGTTTAGTTGATCTTCTTTTCAACATTTTTTTTATTGAAAGTAATCACATACTACTGATATATGTACACAGAAATAATCTCTCATTGATGAAGAGTTGAACACTGTCGCTCATTAGTCAGTTACACCGTAGAAGTTCGTACGTACGTACGTACGTACATCAGTTCGAGTTGCTATAGCACATATCTAAACACACACACACAAACACTTTTTTTGAAATCCACTATTGTTATTTTTTTTTCTGCGACGATCAATCATATTATTGGTATTGGTATTATTACTTATATGATATTGTATGCATATTACAAGAGAAAAGGGGGGTTTCTGCATTTTGACAAATTTGATTTATTCCTCACTTACTCTTATCTATCTCTCTGGGGTTTTTGCCTTCTCCTCTCTCAATCTATCGAATGACTCACTATGATTCAGATGTATTTATTTGTGACCCCCCCTCCTTTATATTATA]

[+] EMBL CD080175             [TTAGTCAATAACTCTCCTAATTTTCCTTTTATTCATAAAGCCAGTACTGGTAACGGGAATAACGGTAATAGTAGTTGTCATGCTACTACTACTACTACTACTACTTCTACAACCGTACATGCTCAAGTTTATTTAATTGA TTTTGCCCATTGGTCTGAAAAACAT TATTCTCCCTTATTTAATAATGATATTGAACATAATAAAAATTATTGGACATGTGAATTAACTAATGGTTTTCGGCATGGATTAGAAAATTTAATCAAATTAATGCATTATATTGTGAATAATGAAAGTGCAATTTGTATAAATTCATAAACGGTTATTTAACTTTTTCTTATGTATCAATATATATATATTACTAATTACATAACTAGTCTTAGTTAATTACTATATCAGTTTAGTTGATCTTCTTTTCAACATTTTTTTTATTGAAAGTAATCACATACTACTGATATATGTACACAGAAATAATCTCTCATTGATGAAGAGTTGAACACTGTCGCTCATTAGTCAGTTACACCGTAGAAGTTCGTACGTACGTACGTACGTACATCAGTTCGAGTTGCTATAGCACATATCTAAACACACACACACAAACACTTTTTTTGAAATCCACTATTGTTATTTTTTTTTCTGCGACGATCAATCATATTATTGGTATTGGTATTATTACTTATATGATATTGTATGCATATTACAAGAGAAAAGGGGGGTTTCTGCATTTTGACAAATTTGATTTATTCCTCACTTACTCTTATCTATCTCTCTGGGGTTTTTGCCTTCTCCTCTCTCAATCTATCGAATGACTCACTATGATTCAGATGTATTTATTTGTGACCCCCCCTCCTTTATATTATA]
[-] EMBL CD114153             [                                                               GGTAATAGTAGTTGTCATGCTACTACTACTACTACTACTACTTCTACANCCGTACATGCTCAAGTTTATTTAA TGATTTTTGCCCATTGGTCTG AAAACATATTTTCTCCCTTATTTAATAATGATATTGNACATAATAAAAATTATTGGACATGTGAATTAACTAATGGTNTTCGGCATGGATTAGANAATTTAATCAAATTAATGCATTATATTGTGAATAATGAAAGTGCAATTTGTATAAATTCATAAACGGTTATTTAACTTTTTCTTATGTATCAATATATATATATTACTAATTACATAACTAGTCTTAGTTAATTACTATATCAGTTTAGTTGATCTTCTTTTCAACATTTTTTTTATTGAAAGTAATCACATACTACTGATATATGTACACAGAAATAATCTCTCATTGATGAAGAGTTGAACACTGTCGCTCATTAGTCAGTTACAACGTAGAAGTTCGTACGTACGTACGTACGTACATCAGTTCGAGTTGCTATAGCACATATCTAAACACACACACACAAACACTTTTTTTGAAATCCACTATTGTTATTTTTTTTTCTGCGACGATCAATCATATTATTGTTATTGTTATTATTACTTATATGATATTGTATGCATATTACAAGAGAAAAGGGGGGTTTCTGCATTTTGACAATTTTGATTTATTCCTCACTTA                                                                                                           ]




>consensus_4488#0
TTAGTCAATAACTCTCCTAATTTTCCTTTTATTCATAAAGCCAGTACTGGTAACGGGAAT
AACGGTAATAGTAGTTGTCATGCTACTACTACTACTACTACTACTTCTACAACCGTACAT
GCTCAAGTTTATTTAATTGATTTTGCCCATTGGTCTGAAAAACATTATTCTCCCTTATTT
AATAATGATATTGAACATAATAAAAATTATTGGACATGTGAATTAACTAATGGTTTTCGG
CATGGATTAGAAAATTTAATCAAATTAATGCATTATATTGTGAATAATGAAAGTGCAATT
TGTATAAATTCATAAACGGTTATTTAACTTTTTCTTATGTATCAATATATATATATTACT
AATTACATAACTAGTCTTAGTTAATTACTATATCAGTTTAGTTGATCTTCTTTTCAACAT
TTTTTTTATTGAAAGTAATCACATACTACTGATATATGTACACAGAAATAATCTCTCATT
GATGAAGAGTTGAACACTGTCGCTCATTAGTCAGTTACACCGTAGAAGTTCGTACGTACG
TACGTACGTACATCAGTTCGAGTTGCTATAGCACATATCTAAACACACACACACAAACAC
TTTTTTTGAAATCCACTATTGTTATTTTTTTTTCTGCGACGATCAATCATATTATTGGTA
TTGGTATTATTACTTATATGATATTGTATGCATATTACAAGAGAAAAGGGGGGTTTCTGC
ATTTTGACAAATTTGATTTATTCCTCACTTACTCTTATCTATCTCTCTGGGGTTTTTGCC
TTCTCCTCTCTCAATCTATCGAATGACTCACTATGATTCAGATGTATTTATTTGTGACCC
CCCCTCCTTTATATTATA

consensusID : consensus_4488#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 393
fasta sequence

                              [ACATCATACTTCATGTACAACAAGAAATCCAACATTGAATAATCAATTAGTCAATAACTCTCCTAATTTTCCTTTTATTCATAAAGCCAGTACTGGTAACGGGAATAACGGTAATAGTAGTTGTCATGCTACTACTACTACTACTACTTCTACAACCGTACATGCTCAAGTTTATTTAATTGATTTTGCCCATTGGTCTGAAAACATTATTCTCCCTTATTTAATAATGATATTGAACATTATAAAATTATTGGACATGGGAATTAACTAATGGTTTTCGGCGATGGATTAAGAATTTTATCCAAATTATGGCATTATATTGTGAAAATGAAGGTGCTATTTGTATAATTCTAACGGTTATTTACTTTTCCTAGGCACAATATATATATTCAC]

[+] EMBL AW061388             [ACATCATACTTCATGTACAACAAGAAATCCAACATTGAATAATCAATTAGTCAATAACTCTCCTAATTTTCCTTTTATTCATAAAGCCAGTACTGGTAACGGGAATAACGGTAATAGTAGTTGTCATGCTACTACTACTACTACTACTTCTACAACCGTACATGCTCAAGTTTATTTAATTGATTTTGCCCATTGGTCTGAAAACATTATTCTCCCTTATTTAATAATGATATTGAACATTATAAAATTATTGGACATGGGAATTAACTAATGGTTTTCGGCGATGGATTAAGAATTTTATCCAAATTATGGCATTATATTGTGAAAATGAAGGTGCTATTTGTATAATTCTAACGGTTATTTACTTTTCCTAGGCACAATATATATATTCAC]




>consensus_4488#1
ACATCATACTTCATGTACAACAAGAAATCCAACATTGAATAATCAATTAGTCAATAACTC
TCCTAATTTTCCTTTTATTCATAAAGCCAGTACTGGTAACGGGAATAACGGTAATAGTAG
TTGTCATGCTACTACTACTACTACTACTTCTACAACCGTACATGCTCAAGTTTATTTAAT
TGATTTTGCCCATTGGTCTGAAAACATTATTCTCCCTTATTTAATAATGATATTGAACAT
TATAAAATTATTGGACATGGGAATTAACTAATGGTTTTCGGCGATGGATTAAGAATTTTA
TCCAAATTATGGCATTATATTGTGAAAATGAAGGTGCTATTTGTATAATTCTAACGGTTA
TTTACTTTTCCTAGGCACAATATATATATTCAC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4488#0      ----------------------------------------------TTAGTCAATAACTC 14
consensus_4488#1      ACATCATACTTCATGTACAACAAGAAATCCAACATTGAATAATCAATTAGTCAATAACTC 60
                                                                    **************

consensus_4488#0      TCCTAATTTTCCTTTTATTCATAAAGCCAGTACTGGTAACGGGAATAACGGTAATAGTAG 74
consensus_4488#1      TCCTAATTTTCCTTTTATTCATAAAGCCAGTACTGGTAACGGGAATAACGGTAATAGTAG 120
                      ************************************************************

consensus_4488#0      TTGTCATGCTACTACTACTACTACTACTACTTCTACAACCGTACATGCTCAAGTTTATTT 134
consensus_4488#1      TTGTCATGCTACTACTACTACTACTA---CTTCTACAACCGTACATGCTCAAGTTTATTT 177
                      **************************   *******************************

consensus_4488#0      AATTGATTTTGCCCATTGGTCTGAAAAACATTATTCTCCCTTATTTAATAATGATATTGA 194
consensus_4488#1      AATTGATTTTGCCCATTGGTCTGAAAA-CATTATTCTCCCTTATTTAATAATGATATTGA 236
                      *************************** ********************************

consensus_4488#0      ACATAATAAAAATTATTGGACATGTGAATTAACTAATGGTTTTCGGC-ATGGATTAGAAA 253
consensus_4488#1      ACATTATAAAA-TTATTGGACATGGGAATTAACTAATGGTTTTCGGCGATGGATTAAGAA 295
                      **** ****** ************ ********************** ********  **

consensus_4488#0      ATTTAATCAAATTAATGCATTATATTGTGAATAATGAAAGTGCAATTTGTATAAATTCAT 313
consensus_4488#1      TTTTATCCAAATTATGGCATTATATTGTGAA-AATGAAGGTGCTATTTGTATAATTCT-- 352
                       ****  *******  *************** ****** **** ********** *    

consensus_4488#0      AAACGGTTATTTAACTTTTTCTTATGTATCAATATATATATATTACTAATTACATAACTA 373
consensus_4488#1      -AACGGTTATTTA--CTTTTCCTAGGCA-CAATATATATAT-TCAC-------------- 393
                       ************   ***** ** * * ************ * **              

consensus_4488#0      GTCTTAGTTAATTACTATATCAGTTTAGTTGATCTTCTTTTCAACATTTTTTTTATTGAA 433
consensus_4488#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4488#0      AGTAATCACATACTACTGATATATGTACACAGAAATAATCTCTCATTGATGAAGAGTTGA 493
consensus_4488#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4488#0      ACACTGTCGCTCATTAGTCAGTTACACCGTAGAAGTTCGTACGTACGTACGTACGTACAT 553
consensus_4488#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4488#0      CAGTTCGAGTTGCTATAGCACATATCTAAACACACACACACAAACACTTTTTTTGAAATC 613
consensus_4488#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4488#0      CACTATTGTTATTTTTTTTTCTGCGACGATCAATCATATTATTGGTATTGGTATTATTAC 673
consensus_4488#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4488#0      TTATATGATATTGTATGCATATTACAAGAGAAAAGGGGGGTTTCTGCATTTTGACAAATT 733
consensus_4488#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4488#0      TGATTTATTCCTCACTTACTCTTATCTATCTCTCTGGGGTTTTTGCCTTCTCCTCTCTCA 793
consensus_4488#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4488#0      ATCTATCGAATGACTCACTATGATTCAGATGTATTTATTTGTGACCCCCCCTCCTTTATA 853
consensus_4488#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4488#0      TTATA 858
consensus_4488#1      -----