cluster # 4701

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Schistosoma mansoni
cluster # 4701 cluster # 4701 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_4701#0 length = 408 sequences # 2

consensus_4701#1 length = 408 sequences # 1

consensusID : consensus_4701#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 408
fasta sequence

                              [CACACACACATTAAACGCTCTACCCAAAACCGATTTACGTAAACCTGTGTTTTTAGTGAAGGATTTCTATTAAATTTAAACCATAATGTTTATCAGCGGAAAAAAAGATCGTTCAAAATGATAAATTTTTATCGACTGAAACAGTTTAGATAATGTATTAAATACTTTTAAATAATCTCTAATATTTTTTACATCATAGTTAAATTGAATAATAGTAGTATAATCAAAATAAATCTCTTAATAATCTGGTTTATTTTTTCTAACAAAACTCTTGATTGTCCGACATTAGGTTAAGAAAATACACATCCATTTTTAATCTTTTATGCACCTTACTCTGACTGCTTATAAAAACCAATCCCAGATATAGTCAGTTGATTATTGATTTGTTAGTTAAAACATATGGCTTCC]

[+] EMBL CD119956             [CACACACACATTAAACGCTCTACCCAAAACCGATTTACGTAAACCTGTGTTTTTAGTGAAGGATTTCTATTAAATTTAAACCATAATGTTTATCAGCGGAAAAAAAGATCGTTCAAAATGATAAATTTTTATCGACTGAAACAGTTTAGATAATGTATTAAATACTTTTAAATAATCTCTAATATTTTTTACATCATAGTTAAATTGAATAATAGTAGTATAATCAAAATAAATCTCTTAATAATCTGGTTTATTTTTTCTAACAAAACTCTTGATTGTCCGACATTAGGTTAAGAAAATACACATCCATTTTTAATCTTTTATGCACCTTACTCTGACTGCTTATAAAAACCAATCCCAGATATAGTCAGTTGATTATTGATTTGTTAGTTAAAACATATGGCTTCC]
[+] EMBL CD119756             [CACACACACATTAAACGCTCTACCCAAAACCGATTTACGTAAACCTGTGTTTTTAGTGAAGGATTTCTATTAAATTTAAACCATAATGTTTATCAGCGGAAAAAAAGATCGTTCAAAATGATAAATTTTTATCGACTGAAACAGTTTAGATAATGTATTAAATACTTTTAAATAATCTCTAATATTTTTTACCTCATAGTTAAATTGAATAATAGTAGTATAATCAAAATAAATCTCTTAATAATCTGGTTTATTTTTTCTAACAAAACTCTTGATTGTCCGACATTAGGTTAAGAAAATACACATCCATTTTCAATCTTTTATGCACCTTACTCTGACTGCTTATAAAAACCAATCCCAGATATAGTCAGTTGATTATTGATTTGTTAGTTAAAACATATGGCTTCC]




>consensus_4701#0
CACACACACATTAAACGCTCTACCCAAAACCGATTTACGTAAACCTGTGTTTTTAGTGAA
GGATTTCTATTAAATTTAAACCATAATGTTTATCAGCGGAAAAAAAGATCGTTCAAAATG
ATAAATTTTTATCGACTGAAACAGTTTAGATAATGTATTAAATACTTTTAAATAATCTCT
AATATTTTTTACATCATAGTTAAATTGAATAATAGTAGTATAATCAAAATAAATCTCTTA
ATAATCTGGTTTATTTTTTCTAACAAAACTCTTGATTGTCCGACATTAGGTTAAGAAAAT
ACACATCCATTTTTAATCTTTTATGCACCTTACTCTGACTGCTTATAAAAACCAATCCCA
GATATAGTCAGTTGATTATTGATTTGTTAGTTAAAACATATGGCTTCC

consensusID : consensus_4701#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 408
fasta sequence

                              [CACACACACATTAAACGCTCTACCCAAAACCGATTTACGTAAACCTGTGTTTTTAGTGAAGGATTTCTATTAAATTTAAACCATAATGTTTATCAGCGGAAAAAAAGATCGTTCAAAATGATAAATTTTTATCGACTGAAACAGTTAAAATAGTGTATAAAACTTTTAAAAATCTTCTTTTTTACCTCTAACAAAAAGAAAAAATGGAATAATAGTAGTATAATCAAAATAAATCTCTTAATAATCGTGGTTTATTTTTTATAACAAAACTCTTGATTGTCCGACATTAGGTTAAGAGAAACACATTCATTTTTAATCTTTTATGCACCTTACTCTGACTGCTTATAAAAACCAATCCCAGATATAGTCAGTTGATTATTGATTNGTTAGTTAAAACATATGGCTTNC]

[+] EMBL CD119796             [CACACACACATTAAACGCTCTACCCAAAACCGATTTACGTAAACCTGTGTTTTTAGTGAAGGATTTCTATTAAATTTAAACCATAATGTTTATCAGCGGAAAAAAAGATCGTTCAAAATGATAAATTTTTATCGACTGAAACAGTTAAAATAGTGTATAAAACTTTTAAAAATCTTCTTTTTTACCTCTAACAAAAAGAAAAAATGGAATAATAGTAGTATAATCAAAATAAATCTCTTAATAATCGTGGTTTATTTTTTATAACAAAACTCTTGATTGTCCGACATTAGGTTAAGAGAAACACATTCATTTTTAATCTTTTATGCACCTTACTCTGACTGCTTATAAAAACCAATCCCAGATATAGTCAGTTGATTATTGATTNGTTAGTTAAAACATATGGCTTNC]




>consensus_4701#1
CACACACACATTAAACGCTCTACCCAAAACCGATTTACGTAAACCTGTGTTTTTAGTGAA
GGATTTCTATTAAATTTAAACCATAATGTTTATCAGCGGAAAAAAAGATCGTTCAAAATG
ATAAATTTTTATCGACTGAAACAGTTAAAATAGTGTATAAAACTTTTAAAAATCTTCTTT
TTTACCTCTAACAAAAAGAAAAAATGGAATAATAGTAGTATAATCAAAATAAATCTCTTA
ATAATCGTGGTTTATTTTTTATAACAAAACTCTTGATTGTCCGACATTAGGTTAAGAGAA
ACACATTCATTTTTAATCTTTTATGCACCTTACTCTGACTGCTTATAAAAACCAATCCCA
GATATAGTCAGTTGATTATTGATTNGTTAGTTAAAACATATGGCTTNC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4701#0      CACACACACATTAAACGCTCTACCCAAAACCGATTTACGTAAACCTGTGTTTTTAGTGAA 60
consensus_4701#1      CACACACACATTAAACGCTCTACCCAAAACCGATTTACGTAAACCTGTGTTTTTAGTGAA 60
                      ************************************************************

consensus_4701#0      GGATTTCTATTAAATTTAAACCATAATGTTTATCAGCGGAAAAAAAGATCGTTCAAAATG 120
consensus_4701#1      GGATTTCTATTAAATTTAAACCATAATGTTTATCAGCGGAAAAAAAGATCGTTCAAAATG 120
                      ************************************************************

consensus_4701#0      ATAAATTTTTATCGACTGAAACAGTTTAGATAATGTATTAAATACTTTTAAATAATCTCT 180
consensus_4701#1      ATAAATTTTTATCGACTGAAACAGTTAAAATAGTGTATAAAACTTTTAAAAATCTTCTTT 180
                      ************************** * *** ***** ***   **  ****  *** *

consensus_4701#0      AATATTTTTTACATCATAGTTAAATTGAATAATAGTAGTATAATCAAAATAAATCTCTTA 240
consensus_4701#1      TTTACCTCTAACAAAAAGAAAAAATGGAATAATAGTAGTATAATCAAAATAAATCTCTTA 240
                        **  * * ***  *     **** **********************************

consensus_4701#0      ATAATC-TGGTTTATTTTTTCTAACAAAACTCTTGATTGTCCGACATTAGGTTAAGAAAA 299
consensus_4701#1      ATAATCGTGGTTTATTTTTTATAACAAAACTCTTGATTGTCCGACATTAGGTTAAGAGAA 300
                      ****** ************* ************************************ **

consensus_4701#0      TACACATCCATTTTTAATCTTTTATGCACCTTACTCTGACTGCTTATAAAAACCAATCCC 359
consensus_4701#1      -ACACATTCATTTTTAATCTTTTATGCACCTTACTCTGACTGCTTATAAAAACCAATCCC 359
                       ****** ****************************************************

consensus_4701#0      AGATATAGTCAGTTGATTATTGATTTGTTAGTTAAAACATATGGCTTCC 408
consensus_4701#1      AGATATAGTCAGTTGATTATTGATTNGTTAGTTAAAACATATGGCTTNC 408
                      ************************* ********************* *