cluster # 606

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Schistosoma mansoni
cluster # 606 cluster # 606 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_606#0 length = 734 sequences # 1

consensus_606#1 length = 363 sequences # 1

consensusID : consensus_606#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 734
fasta sequence

                              [CGGGCCTGNATTCGGCACGAGGGAGATTGTGAACTTGATTTTGGATTGGCATATCGAGATTGTCTGTTGATTGTGCCAGGTGTCGTGATGGTCGATGTAGTTGACTTGAGTTTTCTACTTATGAGTAATTGTGAGGTGATAGTGTGTGGATTGATGGTATTGGATCAGGAAGCGAGAGGGAGAGAGAGATTGAGTAGTTTGTGGTTCATCAGCGATTGGCAATGTGGACATATGATGTGGTCTAGTGAAGCGATCCTATCGGTCATGCGTCACGATGATACCGGTGTGTGTTGTGTGGTGTTGGCTGAGTGATTTGTTCTAACGTACAGAAAAGAGACAGTGAAAAACAGTGTGAATACGAAGGAATGCAACATAGAGTATATGTGAGGTTGTGAACTTGATTTTGGATTGGCATATCGAGATTGTCTGTTGATTGTGCCAGGTGTCGTGATGGTCGATGTAGTTGACTTGAGTTTTCTACTTATGAGTAATTGTGAGGTGATAGTGTGTGGATTGATGGTATTGGATCAGGAAGCGAGAGGGAGAGAGAGATTGAGTAGTTTGTGGTTCATCAGCGATTGGCAATGTGGACATATGATGTGGTCTAGTGAAGCGATCCTATCGGTCATGCGTCACGATGATACCGGTGTGTGTTGTGTGGTGTTGGCTGAGTGATTTGTTCTAACGTACAGAAAAGAGACGGTGAAAAACAGTGTGAATACGAAGGAAATGCA]

[+] EMBL CD081548             [CGGGCCTGNATTCGGCACGAGGGAGATTGTGAACTTGATTTTGGATTGGCATATCGAGATTGTCTGTTGATTGTGCCAGGTGTCGTGATGGTCGATGTAGTTGACTTGAGTTTTCTACTTATGAGTAATTGTGAGGTGATAGTGTGTGGATTGATGGTATTGGATCAGGAAGCGAGAGGGAGAGAGAGATTGAGTAGTTTGTGGTTCATCAGCGATTGGCAATGTGGACATATGATGTGGTCTAGTGAAGCGATCCTATCGGTCATGCGTCACGATGATACCGGTGTGTGTTGTGTGGTGTTGGCTGAGTGATTTGTTCTAACGTACAGAAAAGAGACAGTGAAAAACAGTGTGAATACGAAGGAATGCAACATAGAGTATATGTGAGGTTGTGAACTTGATTTTGGATTGGCATATCGAGATTGTCTGTTGATTGTGCCAGGTGTCGTGATGGTCGATGTAGTTGACTTGAGTTTTCTACTTATGAGTAATTGTGAGGTGATAGTGTGTGGATTGATGGTATTGGATCAGGAAGCGAGAGGGAGAGAGAGATTGAGTAGTTTGTGGTTCATCAGCGATTGGCAATGTGGACATATGATGTGGTCTAGTGAAGCGATCCTATCGGTCATGCGTCACGATGATACCGGTGTGTGTTGTGTGGTGTTGGCTGAGTGATTTGTTCTAACGTACAGAAAAGAGACGGTGAAAAACAGTGTGAATACGAAGGAAATGCA]




>consensus_606#0
CGGGCCTGNATTCGGCACGAGGGAGATTGTGAACTTGATTTTGGATTGGCATATCGAGAT
TGTCTGTTGATTGTGCCAGGTGTCGTGATGGTCGATGTAGTTGACTTGAGTTTTCTACTT
ATGAGTAATTGTGAGGTGATAGTGTGTGGATTGATGGTATTGGATCAGGAAGCGAGAGGG
AGAGAGAGATTGAGTAGTTTGTGGTTCATCAGCGATTGGCAATGTGGACATATGATGTGG
TCTAGTGAAGCGATCCTATCGGTCATGCGTCACGATGATACCGGTGTGTGTTGTGTGGTG
TTGGCTGAGTGATTTGTTCTAACGTACAGAAAAGAGACAGTGAAAAACAGTGTGAATACG
AAGGAATGCAACATAGAGTATATGTGAGGTTGTGAACTTGATTTTGGATTGGCATATCGA
GATTGTCTGTTGATTGTGCCAGGTGTCGTGATGGTCGATGTAGTTGACTTGAGTTTTCTA
CTTATGAGTAATTGTGAGGTGATAGTGTGTGGATTGATGGTATTGGATCAGGAAGCGAGA
GGGAGAGAGAGATTGAGTAGTTTGTGGTTCATCAGCGATTGGCAATGTGGACATATGATG
TGGTCTAGTGAAGCGATCCTATCGGTCATGCGTCACGATGATACCGGTGTGTGTTGTGTG
GTGTTGGCTGAGTGATTTGTTCTAACGTACAGAAAAGAGACGGTGAAAAACAGTGTGAAT
ACGAAGGAAATGCA

consensusID : consensus_606#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 363
fasta sequence

                              [CGTGAGTTGATTTGTTCTAACGCTACAGAACGACAGCGAGGGTTGAGGCATAGCGAGGGTTAACTTCATTTTGGATTGGCATATCGAGATTGTCTGTTTATTGTGCCACGTGTCTGGATGGCCAAAGCCGTGGACTTGAGTTTTCTACTTATGAGTAATTGTGAGGTGATAGTGTGTGGATTGATGGTATTGGATCAGGAAGCGAGAGGGAGAGAGAGATTGAGTAGTTTGTGGTTCATCAGCGATTGGCAATGTGGACCTATGATGTGGTCTAGTGAAGCGATCCTATCGGTCATGCGTCACGATGATACCGGTGTGTGTTGTGTGGTGTAGGCTGAGTGATTTGTTCTAACGTACAGAAGG]

[+] EMBL CD186726             [CGTGAGTTGATTTGTTCTAACGCTACAGAACGACAGCGAGGGTTGAGGCATAGCGAGGGTTAACTTCATTTTGGATTGGCATATCGAGATTGTCTGTTTATTGTGCCACGTGTCTGGATGGCCAAAGCCGTGGACTTGAGTTTTCTACTTATGAGTAATTGTGAGGTGATAGTGTGTGGATTGATGGTATTGGATCAGGAAGCGAGAGGGAGAGAGAGATTGAGTAGTTTGTGGTTCATCAGCGATTGGCAATGTGGACCTATGATGTGGTCTAGTGAAGCGATCCTATCGGTCATGCGTCACGATGATACCGGTGTGTGTTGTGTGGTGTAGGCTGAGTGATTTGTTCTAACGTACAGAAGG]




>consensus_606#1
CGTGAGTTGATTTGTTCTAACGCTACAGAACGACAGCGAGGGTTGAGGCATAGCGAGGGT
TAACTTCATTTTGGATTGGCATATCGAGATTGTCTGTTTATTGTGCCACGTGTCTGGATG
GCCAAAGCCGTGGACTTGAGTTTTCTACTTATGAGTAATTGTGAGGTGATAGTGTGTGGA
TTGATGGTATTGGATCAGGAAGCGAGAGGGAGAGAGAGATTGAGTAGTTTGTGGTTCATC
AGCGATTGGCAATGTGGACCTATGATGTGGTCTAGTGAAGCGATCCTATCGGTCATGCGT
CACGATGATACCGGTGTGTGTTGTGTGGTGTAGGCTGAGTGATTTGTTCTAACGTACAGA
AGG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_606#0      CGGGCCTGNATTCGGCACGAGGGAGATTGTGAACTTGATTTTGGATTGGCATATCGAGAT 60
consensus_606#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_606#0      TGTCTGTTGATTGTGCCAGGTGTCGTGATGGTCGATGTAGTTGACTTGAGTTTTCTACTT 120
consensus_606#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_606#0      ATGAGTAATTGTGAGGTGATAGTGTGTGGATTGATGGTATTGGATCAGGAAGCGAGAGGG 180
consensus_606#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_606#0      AGAGAGAGATTGAGTAGTTTGTGGTTCATCAGCGATTGGCAATGTGGACATATGATGTGG 240
consensus_606#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_606#0      TCTAGTGAAGCGATCCTATCGGTCATGCGTCACGATGATACCGGTGTGTGTTGTGTGGTG 300
consensus_606#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_606#0      TTGGCTGAGTGATTTGTTCTAACG-TACAGAAAAGAGACAGTGAAAAACAGTGTGAATAC 359
consensus_606#1      --CGTGAGTTGATTTGTTCTAACGCTACAGAAC---GACAGCGA---------------- 39
                        *     *************** *******    ***** **                

consensus_606#0      GAAGGAATGCAACATAGAGTATATGTGAGGTTGTGAACTTGATTTTGGATTGGCATATCG 419
consensus_606#1      ---GGGTTGAGGCATAG--------CGAGG--GTTAACTTCATTTTGGATTGGCATATCG 86
                        **  **   *****         ****  ** ***** *******************

consensus_606#0      AGATTGTCTGTTGATTGTGCCAGGTGTCGTGATGGTCGATGTAGTTGACTTGAGTTTTCT 479
consensus_606#1      AGATTGTCTGTTTATTGTGCCACGTGTCTGGATGGCCAAAGCCGTGGACTTGAGTTTTCT 146
                     ************ ********* *****  ***** * * *  ** **************

consensus_606#0      ACTTATGAGTAATTGTGAGGTGATAGTGTGTGGATTGATGGTATTGGATCAGGAAGCGAG 539
consensus_606#1      ACTTATGAGTAATTGTGAGGTGATAGTGTGTGGATTGATGGTATTGGATCAGGAAGCGAG 206
                     ************************************************************

consensus_606#0      AGGGAGAGAGAGATTGAGTAGTTTGTGGTTCATCAGCGATTGGCAATGTGGACATATGAT 599
consensus_606#1      AGGGAGAGAGAGATTGAGTAGTTTGTGGTTCATCAGCGATTGGCAATGTGGACCTATGAT 266
                     ***************************************************** ******

consensus_606#0      GTGGTCTAGTGAAGCGATCCTATCGGTCATGCGTCACGATGATACCGGTGTGTGTTGTGT 659
consensus_606#1      GTGGTCTAGTGAAGCGATCCTATCGGTCATGCGTCACGATGATACCGGTGTGTGTTGTGT 326
                     ************************************************************

consensus_606#0      GGTGTTGGCTGAGTGATTTGTTCTAACGTACAGAAAAGAGACGGTGAAAAACAGTGTGAA 719
consensus_606#1      GGTGTAGGCTGAGTGATTTGTTCTAACGTACAGAAGG----------------------- 363
                     ***** *****************************                         

consensus_606#0      TACGAAGGAAATGCA 734
consensus_606#1      ---------------