cluster # 628

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Schistosoma mansoni
cluster # 628 cluster # 628 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_628#0 length = 373 sequences # 1

consensus_628#1 length = 364 sequences # 1

consensusID : consensus_628#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 373
fasta sequence

                              [GGAGCACTCACTCACACCTGGACGTGCTGGATACTGTGCGCTTACCGAACATTGAAAACGAAACTGACAGTCTTAGTGTATTCATTATGTCGATCAAGTACAAAATGATCACTAAAACGTTGTATTATACCCTGTGGAAAATAAGTAGTAATTGTTTAATGAGTTCAGGTAGAAATGTTTGATTATAATAAATTTAAGTGGTTCTACAAGAGACGTCTGTTCTGAATTTAACTGTGTTAACTGATCAACAATTTTAATTGTTAAAATGAATTTAAACGGAATAATTAAAATGAAAATTGTTCGTTTGAATCTTTTAATTTGTTGTTTAAGAACTGCATTGAATAAGTCTCTAATGACAAATGCGCATTACTGT]

[+] EMBL CD157930             [GGAGCACTCACTCACACCTGGACGTGCTGGATACTGTGCGCTTACCGAACATTGAAAACGAAACTGACAGTCTTAGTGTATTCATTATGTCGATCAAGTACAAAATGATCACTAAAACGTTGTATTATACCCTGTGGAAAATAAGTAGTAATTGTTTAATGAGTTCAGGTAGAAATGTTTGATTATAATAAATTTAAGTGGTTCTACAAGAGACGTCTGTTCTGAATTTAACTGTGTTAACTGATCAACAATTTTAATTGTTAAAATGAATTTAAACGGAATAATTAAAATGAAAATTGTTCGTTTGAATCTTTTAATTTGTTGTTTAAGAACTGCATTGAATAAGTCTCTAATGACAAATGCGCATTACTGT]




>consensus_628#0
GGAGCACTCACTCACACCTGGACGTGCTGGATACTGTGCGCTTACCGAACATTGAAAACG
AAACTGACAGTCTTAGTGTATTCATTATGTCGATCAAGTACAAAATGATCACTAAAACGT
TGTATTATACCCTGTGGAAAATAAGTAGTAATTGTTTAATGAGTTCAGGTAGAAATGTTT
GATTATAATAAATTTAAGTGGTTCTACAAGAGACGTCTGTTCTGAATTTAACTGTGTTAA
CTGATCAACAATTTTAATTGTTAAAATGAATTTAAACGGAATAATTAAAATGAAAATTGT
TCGTTTGAATCTTTTAATTTGTTGTTTAAGAACTGCATTGAATAAGTCTCTAATGACAAA
TGCGCATTACTGT

consensusID : consensus_628#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 364
fasta sequence

                              [GGAGCACTCACTCACACCTGGACGTGCTGGATACTGTGCGCTTATCGAACATTGAAAACGAAACTGACAGTCTTAGTGTATTCATTATGTCGATCAAGTACAAAATGATCACTAAAACGTTGTATTATACCCTGTGGAAATAAGTAGTAATTGTTTAATGAGTTCAGGTAGAAATGTTTGATTATAATTAATTTAAGTGGTTCTACAAGAGACGTCTGTTCTGATTTCACTGTGTTAACTGATCACATTTTCATTGTTAAATGATTTAACGGAATAATTCATTTGTGATTGTTCGTTTGAATCTTTTCATTTGTTGTTTAGGACTGCGATTGATCAGTCTCTTATTGACATATGCGCATACNTG]

[+] EMBL CD157915             [GGAGCACTCACTCACACCTGGACGTGCTGGATACTGTGCGCTTATCGAACATTGAAAACGAAACTGACAGTCTTAGTGTATTCATTATGTCGATCAAGTACAAAATGATCACTAAAACGTTGTATTATACCCTGTGGAAATAAGTAGTAATTGTTTAATGAGTTCAGGTAGAAATGTTTGATTATAATTAATTTAAGTGGTTCTACAAGAGACGTCTGTTCTGATTTCACTGTGTTAACTGATCACATTTTCATTGTTAAATGATTTAACGGAATAATTCATTTGTGATTGTTCGTTTGAATCTTTTCATTTGTTGTTTAGGACTGCGATTGATCAGTCTCTTATTGACATATGCGCATACNTG]




>consensus_628#1
GGAGCACTCACTCACACCTGGACGTGCTGGATACTGTGCGCTTATCGAACATTGAAAACG
AAACTGACAGTCTTAGTGTATTCATTATGTCGATCAAGTACAAAATGATCACTAAAACGT
TGTATTATACCCTGTGGAAATAAGTAGTAATTGTTTAATGAGTTCAGGTAGAAATGTTTG
ATTATAATTAATTTAAGTGGTTCTACAAGAGACGTCTGTTCTGATTTCACTGTGTTAACT
GATCACATTTTCATTGTTAAATGATTTAACGGAATAATTCATTTGTGATTGTTCGTTTGA
ATCTTTTCATTTGTTGTTTAGGACTGCGATTGATCAGTCTCTTATTGACATATGCGCATA
CNTG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_628#0      GGAGCACTCACTCACACCTGGACGTGCTGGATACTGTGCGCTTACCGAACATTGAAAACG 60
consensus_628#1      GGAGCACTCACTCACACCTGGACGTGCTGGATACTGTGCGCTTATCGAACATTGAAAACG 60
                     ******************************************** ***************

consensus_628#0      AAACTGACAGTCTTAGTGTATTCATTATGTCGATCAAGTACAAAATGATCACTAAAACGT 120
consensus_628#1      AAACTGACAGTCTTAGTGTATTCATTATGTCGATCAAGTACAAAATGATCACTAAAACGT 120
                     ************************************************************

consensus_628#0      TGTATTATACCCTGTGGAAAATAAGTAGTAATTGTTTAATGAGTTCAGGTAGAAATGTTT 180
consensus_628#1      TGTATTATACCCTGTGGAAA-TAAGTAGTAATTGTTTAATGAGTTCAGGTAGAAATGTTT 179
                     ******************** ***************************************

consensus_628#0      GATTATAATAAATTTAAGTGGTTCTACAAGAGACGTCTGTTCTGAATTTAACTGTGTTAA 240
consensus_628#1      GATTATAATTAATTTAAGTGGTTCTACAAGAGACGTCTGTTCTGA-TTTCACTGTGTTAA 238
                     ********* *********************************** *** **********

consensus_628#0      CTGATCAACAATTTTAATTGTTAAAATGAATTTAAACGGAATAATTAAAATGAAAATTGT 300
consensus_628#1      CTGATCA--CATTTTCATTGTTAAA-TGA--TTTAACGGAATAATTCATTTGTGA-TTGT 292
                     *******   ***** ********* ***  ** ************ *  **  * ****

consensus_628#0      TCGTTTGAATCTTTTAATTTGTTGTTTAAGAACTGCATTGAATAAGTCTCTAAT-GACAA 359
consensus_628#1      TCGTTTGAATCTTTTCATTTGTTGTTTAGGA-CTGCGATTGATCAGTCTCTTATTGACAT 351
                     *************** ************ ** ****  *  ** ******* ** **** 

consensus_628#0      ATGCGCATTACTGT 373
consensus_628#1      ATGCGCATACNTG- 364
                     ********   **