cluster # 6656

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Schistosoma mansoni
cluster # 6656 cluster # 6656 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_6656#0 length = 686 sequences # 3

consensus_6656#1 length = 613 sequences # 1

consensusID : consensus_6656#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 686
fasta sequence

                              [CTCCAGGCCAANAATTTGGCACGAGGCAAAACAGTATGGTATAATTTTTATATTCTGGTTTAATGAATTTTATTTTAGGTGATTTGTTTCATTCCTGTTCATTATGTGATAAAAATTTTTATGTTTTTGTTTAGTTTGTTCTCTCTCGAAAATTTACTTCACTTAATTTTGTTTTACATTCAAGTAAATAGTCATGAATACACTAGAAGGTTATTAAGCGTTATGCCTTAACTTTTTTCTTTCATTCTCCCTACTTCATTTTCATGTATTTTCAAAATAAACTGCAAATGCTCATTTGATTTATACTTATCAGTTTTTATTTGTTTCTTTGTTTATACTGAATTATCCTTTTACTATGTATGTCTCTCTTTACTTGAGGTTTTGTTTCTTAAATTAAATTACCACCGACTTTATTGATTTTATTATATGGAACATTTGTTCATTCATTGCATTGCCAAGTTATCTGTGCATTTTGTGATATACACTTTTTGAGTTATATGTATATGTACTCATGGTGGTAGTATTGTGGTGTTTGCATGTCTGTGTTGTTGTCCTTGGAATTACCTTTGACCTGAATATTCAACTTATTTTTTTCATGGGAAAGTTCAGTAGTCACCCAATACGTAAATTATTATCTAGATTTTATTTGAAACANATTTAAAGTTTTTGTGATTCATATCCATTGA]

[+] EMBL CD079738             [CTCCAGGCCAANAATTTGGCACGAGGCAAAACAGTATGGTATAATTTTTATATTCTGGTTTAATGAATTTTATTTTAGGTGATTTGTTTCATTCCTGTTCATTATGTGATAAAAATTTTTATGTTTTTGTTTAGTTTGTTCTCTCTCGAAAATTTACTTCACTTAATTTTGTTTTACATTCAAGTAAATAGTCATGAATACACTAGAAGGTTATTAAGCGTTATGCCTTAACTTTTTTCTTTCATTCTCCCTACTTCATTTTCATGTATTTTCAAAATAAACTGCAAATGCTCATTTGATTTATACTTATCAGTTTTTATTTGTTTCTTTGTTTATACTGAATTATCCTTTTACTATGTATGTCTCTCTTTACTTGAGGTTTTGTTTCTTAAATTAAATTACCACCGACTTTATTGATTTTATTATATGGAACATTTGTTCATTCATTGCATTGCCAAGTTATCTGTGCATTTTGTGATATACACTTTTTGAGTTATATGTATATGTACTCATGGTGGTAGTATTGTGGTGTTTGCATGTCTGTGTTGTTGTCCTTGGAATTACCTTTGACCTGAATATTCAACTTATTTTTTTCATGGGAAAGTTCAGTAGTCACCCAATACGTAAATTATTATCTAGATTTTATTTGAAACANATTTAAAGTTTTTGTGATTCATATCCATTG ]
[-] EMBL CD073995             [                           AAAACAGTATGGTATAATTTTTATATTCTGGTTTAATGAATTTTATTTTAGGTGATTTGTTTCATTCCTGTTCATTATGTGATAAAAATTTTTATGTTTTTGTTTAGTTTGTTCTCTCTCGAAAATTTACTTCACTTAATTTTGTTTTACATTCAAGTAAATAGTCATGAATACACTAGAAGGTTATTAAGCGTTATGCCTTAACTTTTTTCTTTCATTCTCCCTACTTCATTTTCATGTATTTTCAAAATAAACTGCAAATGCTCATTTGATTTATACTTATCAGTTTTTATTTGTTTCTTTGTTTATACTGAATTATCCTTTTACTATGTATGTCTCTCTTTACTTGAGGTTTTGTTTCTTAAATTAAATTACCACCGACTTTATTGATTTTATTATATGGAACATTTGTTCATTCATTGCATTGCCAAGTTATCTGTGCATTTTGTGATATACACTTTTTGAGTTATATGTATATGTACTCATGGTGGTAGTATTGTGGTGTTTGCATGTCTGTGTTGTTGTCCTTGGAATTACCTTTGACCTGAATATTCAACTTATTTTTTTCATGGGAAAGTTCAGTAGTCACCCAATACGTAAATTATTATCTAGATTTTATTTGAAACAAATTTAAAGTTTTTGTGATTCATATCCATTGA]
[-] EMBL CD073570             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CTGAATTATCCTTTTACTATGTATGTCTCTCTTTACTTGAGGTTTTGTTTTTTAAATTAAATTACCACCGACTTTATTGATTTTATTATATGGAACATTTGTTCATTCATTGCATTGCCAAGTTATCTGTGCATTTTGTGATATACACTTTTTGAGTTAAATGGATAAGGAATCATGGTGGTAGTAGTGTGGTGTTTGCATGTCTGTGTTGTTGTCCTTGGAATTACCTTTGACCTGAATATTTAAATTATTTTTTTCATGGGAAAGTTCAGTAGTCACCCAATACGTAAATTATTATTTAGA                                              ]




>consensus_6656#0
CTCCAGGCCAANAATTTGGCACGAGGCAAAACAGTATGGTATAATTTTTATATTCTGGTT
TAATGAATTTTATTTTAGGTGATTTGTTTCATTCCTGTTCATTATGTGATAAAAATTTTT
ATGTTTTTGTTTAGTTTGTTCTCTCTCGAAAATTTACTTCACTTAATTTTGTTTTACATT
CAAGTAAATAGTCATGAATACACTAGAAGGTTATTAAGCGTTATGCCTTAACTTTTTTCT
TTCATTCTCCCTACTTCATTTTCATGTATTTTCAAAATAAACTGCAAATGCTCATTTGAT
TTATACTTATCAGTTTTTATTTGTTTCTTTGTTTATACTGAATTATCCTTTTACTATGTA
TGTCTCTCTTTACTTGAGGTTTTGTTTCTTAAATTAAATTACCACCGACTTTATTGATTT
TATTATATGGAACATTTGTTCATTCATTGCATTGCCAAGTTATCTGTGCATTTTGTGATA
TACACTTTTTGAGTTATATGTATATGTACTCATGGTGGTAGTATTGTGGTGTTTGCATGT
CTGTGTTGTTGTCCTTGGAATTACCTTTGACCTGAATATTCAACTTATTTTTTTCATGGG
AAAGTTCAGTAGTCACCCAATACGTAAATTATTATCTAGATTTTATTTGAAACANATTTA
AAGTTTTTGTGATTCATATCCATTGA

consensusID : consensus_6656#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 613
fasta sequence

                              [CAATTCGAAGTTTCTCAACCAGGAACCCTGGTATCATTTTCGATATATTGGACAGTGTGAAGTGGGTTCAAGTGGTGGAGTTAATTTTATAAATCAGTCTATTGTTTCTGTTCTAAGTAACTTAAAAAATCCAGATGAGCAAAGTCCTGTGCACATTGAATTAGGTGAATTGGGAGTGACTGTATGGCAATTACAGCGGAAAGATAATAAAGTTTCTCGTAGTGAAGAACCTCTACTACGTCATTCCTATCCACAAATATCTTCATGCGGTCGAAGAACCGATGGAACCAATTATTTTGCATATATAGCCGGAGAAGAATCGTGCACTACAGCTAGTCATTTTACGTGTTATGTATTTGAATCAATGGATAAAGAAGAAGCTAGAAGAATTATATCTGGTTTGTCAATGGGCTTTGATAGAACACATTGGACTTTATAATTATTAAAGACAATATAATATAAGAGCATTTCTAAATAATGGATCTATTTTAATAGCATAAATTCATTCAATACTTGTGATCAACTTTCTTATAAACATACAAAACAGTATGGTATAATTNTTATATTCTGGTTTAATGAATTNTATTNTAGGTGATTTGTTTCATTCCTGTTC]

[+] EMBL CD079118             [CAATTCGAAGTTTCTCAACCAGGAACCCTGGTATCATTTTCGATATATTGGACAGTGTGAAGTGGGTTCAAGTGGTGGAGTTAATTTTATAAATCAGTCTATTGTTTCTGTTCTAAGTAACTTAAAAAATCCAGATGAGCAAAGTCCTGTGCACATTGAATTAGGTGAATTGGGAGTGACTGTATGGCAATTACAGCGGAAAGATAATAAAGTTTCTCGTAGTGAAGAACCTCTACTACGTCATTCCTATCCACAAATATCTTCATGCGGTCGAAGAACCGATGGAACCAATTATTTTGCATATATAGCCGGAGAAGAATCGTGCACTACAGCTAGTCATTTTACGTGTTATGTATTTGAATCAATGGATAAAGAAGAAGCTAGAAGAATTATATCTGGTTTGTCAATGGGCTTTGATAGAACACATTGGACTTTATAATTATTAAAGACAATATAATATAAGAGCATTTCTAAATAATGGATCTATTTTAATAGCATAAATTCATTCAATACTTGTGATCAACTTTCTTATAAACATACAAAACAGTATGGTATAATTNTTATATTCTGGTTTAATGAATTNTATTNTAGGTGATTTGTTTCATTCCTGTTC]




>consensus_6656#1
CAATTCGAAGTTTCTCAACCAGGAACCCTGGTATCATTTTCGATATATTGGACAGTGTGA
AGTGGGTTCAAGTGGTGGAGTTAATTTTATAAATCAGTCTATTGTTTCTGTTCTAAGTAA
CTTAAAAAATCCAGATGAGCAAAGTCCTGTGCACATTGAATTAGGTGAATTGGGAGTGAC
TGTATGGCAATTACAGCGGAAAGATAATAAAGTTTCTCGTAGTGAAGAACCTCTACTACG
TCATTCCTATCCACAAATATCTTCATGCGGTCGAAGAACCGATGGAACCAATTATTTTGC
ATATATAGCCGGAGAAGAATCGTGCACTACAGCTAGTCATTTTACGTGTTATGTATTTGA
ATCAATGGATAAAGAAGAAGCTAGAAGAATTATATCTGGTTTGTCAATGGGCTTTGATAG
AACACATTGGACTTTATAATTATTAAAGACAATATAATATAAGAGCATTTCTAAATAATG
GATCTATTTTAATAGCATAAATTCATTCAATACTTGTGATCAACTTTCTTATAAACATAC
AAAACAGTATGGTATAATTNTTATATTCTGGTTTAATGAATTNTATTNTAGGTGATTTGT
TTCATTCCTGTTC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6656#0      CTCCAGGCCAANAATTTGGCACGAGGCAAAACAGTATGGTATAATTTTT-ATATTCTGGT 59
consensus_6656#1      ---CAATTCGAAGTTTCTCAACCAGG---AAC--CCTGGTATCATTTTCGATATATTGGA 52
                         **   * *   **    ** ***   ***    ****** *****  ****  *** 

consensus_6656#0      TTAATGAATTTTATTTTAGGTGATTTGTTTCATTCCTGTTCATTATGTGATAAAAATTTT 119
consensus_6656#1      CAGTGTGAAGTGGGTTCAAGTGGTGGAGTTAATT--------TTATA----AATCAGTCT 100
                             *  *   ** * *** *    ** ***        ****     **  * * *

consensus_6656#0      TATGTTTTTGTTTAGTTTGTTCTCTCTCGAAAATTTACTTCACTTAATTTTGTTTTACAT 179
consensus_6656#1      ATTGTTTCTGTTCTAAGTAACTTA----AAAAATCCAGATGAGCAAAGTCCTGTGCACAT 156
                        ***** ****     *    *      *****  *  * *   ** *    *  ****

consensus_6656#0      TCAAGTAAATAGTCATGAATACACTAGAAGGTTATTA-AGCGTTATGCCT-TAACTTTTT 237
consensus_6656#1      TGAATTAGGTGAATTGGGAGTGACTGTATGGCAATTACAGCGGAAAGATAATAAAGTTTC 216
                      * ** **  *      * *   ***  * **  **** ****  * *    ***  *** 

consensus_6656#0      TCTTTCATTCTCCCTACTTCATTTTCATGTATTTTCAAAATAAACTGCAAATGCTCATTT 297
consensus_6656#1      TCGTAGTGAAGAACCTCTACTACGTCATTCCTATCCACAAATATCTTCATGCGGTCGAAG 276
                      ** *         *  ** *    ****   * * ** **  * ** **   * **    

consensus_6656#0      GATTTATACTTATCAGTTTTTATTTGTTTCTTTGTTTATACTGAATTATCCTTTTACTAT 357
consensus_6656#1      AACCGATGGA-ACCAATTATT--TTGCATATATAGCCGGA--GAAGAATCGTGC-ACTAC 330
                       *   **    * ** ** **  ***  * * *      *  ***  *** *   **** 

consensus_6656#0      GTATGTCTCTCTTTACTTGAGGTTTTGTTTCTTAAATTAAATTACCACCGACTTTATTGA 417
consensus_6656#1      A------GCTAGTCATTTTACGTGTTATGTATTTGAATCAATGGATAAAGAAGAAGCTAG 384
                              **  * * ** * ** ** * * **  * * ***    *  **      *  

consensus_6656#0      TTTTATTATATGGAACATTTGTTCATTCATTGCATTGCCAAGTTATCTGTGCATTTTGTG 477
consensus_6656#1      AAGAATTATATCTG--GTTTGTCAAT---GGGCTTTGATAGAACACAT-TGGACTTTATA 438
                          *******      *****  **     ** ***  *    *  * ** * *** * 

consensus_6656#0      ATA--TACACTTTTTGAGTTATATGTATATGTACTCATGGTGGTAGTATTGTGGTGTTTG 535
consensus_6656#1      ATTATTAAAGACAATATAATATAAGAGCATTTCTAAATAATGGATCTATTTTAATA---G 495
                      **   ** *     *    **** *   ** *    **  ***   **** *  *    *

consensus_6656#0      CATGTCTGTGTTGTTGTCCTTGGAATTACCTTTGACCTGAATATTCAACTTATTTTTTTC 595
consensus_6656#1      CATAAATTCATT-CAATACTTGTGATCAACTTTCTTATAAACATACAAAACAGT------ 548
                      ***   *   **    * ****  ** * ****    * ** ** ***   * *      

consensus_6656#0      ATGGGAAAGTTCAGTAGTCACCCAATACGTAAATTATTATCTAGAT--TTTATTTGAAAC 653
consensus_6656#1      ATGGTATAATTNT-TATATTCTGGTTTAATGAATTNTATTNTAGGTGATTTGTTTCATTC 607
                      **** * * **   **    *    *   * **** *  * *** *  *** *** *  *

consensus_6656#0      ANATTTAAAGTTTTTGTGATTCATATCCATTGA 686
consensus_6656#1      CTGTTC--------------------------- 613
                         **