cluster # 6713

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Schistosoma mansoni
cluster # 6713 cluster # 6713 Sequences # 4 consensus # 2

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consensus_6713#0 length = 1145 sequences # 3

consensus_6713#1 length = 797 sequences # 1

consensusID : consensus_6713#0
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Sequences nbr = 3
consensus length = 1145
fasta sequence

                              [TCGNAGGCCANAATTCGGCACGAGGGCTACTTTTAAAATGGACTTAGATGAGTGGATGTTTTGTGTCAAAACTTGTAAATACCTTCCAGAAAATGAACTCAGAAAATTATGCAGCTACGTTAGTGAGTTGCTGATTGAAGAGTGCAATGTACAGCCTGTTTCTTTCCCTGTTACTATATGTGGTGATATTCATGGACAGTTCTATGATCTTTTACAGTTATTTCGCAGAGGGGGCAAACTTCCTGACAGGAATTATATTTTCATGGGAGATTTTGTTGACCGTGGTTATTACAGCCTTGAAACTCTCACATTTCTTCTCGTTTTAAAAGCCAAGTATCCTGCACGAATAACATTATTGAGAGGAAACCATGAAAGTCGGCAAGTTACCCAGTGCTATGGCTTCTATGATGAATGTATCAATAAATATGGCAATGCAAATCCATGGCATTATTGTTGCAAAGTCTTCGATCTTCTTACTATAGCTGCATTGGTTGGGGAAAAAGTCCTTTGTGTTCATGGAGGTCTGTCACCTCAAATCAAAACACTCGATCAAATCCGGACAATCGACAGACATATGGAAATACCCCATGAAGGTCCCTTTTGTGACATTTTATGGTCAGATCCTGATGATGTAGCTCAGTGGGCTGTCAGTCCGCGTGGTGCAGGATACTTGTTTGGACCAAAAGTCACTCATGAATTTGTTGAGTTAAATGGTTTAGAGTCTATTTGTAGAGCTCATCAACTTGTCCATGAAGGTTACAAGTGTATGTTTGATGGACGGCTAATCACTATTTGGTCAGCTCCAAATTACTGTTATCGTTGCGGAAATATAGCAGCAATTTTGGAGTTTCAGAGTCCGACACAATTTGACGCCAAACTTTTCGAGGCTGTACCAGATGAAGAAAGAAGCAAACCTCCTTTGAGAATTACTCCTTACTTCTTGTGACATAATTTAATTCAAAACCTTAACTTCTTTTTCCAGCATATAATAACTTTTTTGTTAATTCCCATTAACATTACGGTCTTTAACTGCAGCTAAAAAACAATGTGTTGCAACGTAAAAATAGGCAATAAAGTTGTACAGATCTCTAAGATTTTCATACAAAAATTCATGTATTCTTTTTAATTTTTCAAATCAATACATC]

[+] EMBL CD080511             [TCGNAGGCCANAATTCGGCACGAGGGCTACTTTTAAAATGGACTTAGATGAGTGGATGTTTTGTGTCAAAACTTGTAAATACCTTCCAGAAAATGAACTCAGAAAATTATGCAGCTACGTTAGTGAGTTGCTGATTGAAGAGTGCAATGTACAGCCTGTTTCTTTCCCTGTTACTATATGTGGTGATATTCATGGACAGTTCTATGATCTTTTACAGTTATTTCGCAGAGGGGGCAAACTTCCTGACAGGAATTATATTTTCATGGGAGATTTTGTTGACCGTGGTTATTACAGCCTTGAAACTCTCACATTTCTTCTCGTTTTAAAAGCCAAGTATCCTGCACGAATAACATTATTGAGAGGAAACCATGAAAGTCGGCAAGTTACCCAGTGCTATGGCTTCTATGATGAATGTATCAATAAATATGGCAATGCAAATCCATGGCATTATTGTTGCAAAGTCTTCGATCTTCTTACTATAGCTGCATTGGTTGGGGAAAAAGTCCTTTGTGTTCATGGAGGTCTGTCACCTCAAATCAAAACACTCGATCAAATCCGGACAATCGACAGACATATGGAAATACCCCATGAAGGTCCCTTTTGTGACATTNTATGGTCAGATCCTGATGATGTAGCTCAGTGGGCTGTCAGTCCGCG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[-] EMBL CD074422             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GGGAAAAAGTCCTTTGTGTTCATGGAGGTCTGTCACCTCAAATCAAAACACTCGATCAAATCCGGACAATCGACAGACATATGGAAATACCCCATGAAGGTCCCTTTTGTGACATTTTATGGTCAGATCCTGATGATGTAGCTCAGTGGGCTGTCAGTCCGCGTGGTGCAGGATACTTGTTTGGACCAAAAGTCACTCATGAATTTGTTGAGTTAAATGGTTTAGAGTCTATTTGTAGAGCTCATCAACTTGTCCATGAAGGTTACAAGTGTATGTTTGATGGACGGCTAATCACTATTTGGTCAGCTCCAAATTACTGTTATCGTTGCGGAAATATAGCAGCAATTTTGGAGTTTCAGAGTCCGACACAATTTGACGCCAAACTTTTCGAGGCTGTACCAGATGAAGAAAGAAGCAAACCTCCTTTGAGAATTACTCCTTACTTCTTGTGACATAATTTAATTCAAAACCTTAACTTCTTTTTCCAGCATATAATAACTTTTTTGTTAATTCCCATTAACATTACGGTCTTTAACTGCAGCTAAAAAACAATGTGTTGCAACGTAAAAATAGGCAATAAAGTTGTACAGATCTCTAAGATTTTCATACAAAAATTCATGTATTCTTTTTAATTTTTCAAATCAATACATC]
[-] EMBL CD113963             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GTCTGTCACCTCAAATCAAAACACTCGATCAAATCCGGACAATCGACAGACATATGGAAATACCCCATGAAGGTCCCTTTTGTGACATTTTATGGTCAGATCCTGATGATGTAGCTCAGTGGGCTGTCAGTCCGCGTGGTGCAGGATACTTGTTTGGACCAAAAGTCACTCATGAATTTGTTGAGTTAAATGGTTTAGAGTCTATTTGTAGAGCTCATCAACTTGTCCATGAAGGTTACAAGTGTATGTTTGATGGACGGCTAATCACTATTTGGTCAGCTCCAAATTACTGTTATCGTTGCGGAAATATAGCAGCAATTTTGGAGTTTCAGAGTCCGACACAATTTGACGCCAAA TTTTCGA                                                                                                                                                                                                                                                                    ]




>consensus_6713#0
TCGNAGGCCANAATTCGGCACGAGGGCTACTTTTAAAATGGACTTAGATGAGTGGATGTT
TTGTGTCAAAACTTGTAAATACCTTCCAGAAAATGAACTCAGAAAATTATGCAGCTACGT
TAGTGAGTTGCTGATTGAAGAGTGCAATGTACAGCCTGTTTCTTTCCCTGTTACTATATG
TGGTGATATTCATGGACAGTTCTATGATCTTTTACAGTTATTTCGCAGAGGGGGCAAACT
TCCTGACAGGAATTATATTTTCATGGGAGATTTTGTTGACCGTGGTTATTACAGCCTTGA
AACTCTCACATTTCTTCTCGTTTTAAAAGCCAAGTATCCTGCACGAATAACATTATTGAG
AGGAAACCATGAAAGTCGGCAAGTTACCCAGTGCTATGGCTTCTATGATGAATGTATCAA
TAAATATGGCAATGCAAATCCATGGCATTATTGTTGCAAAGTCTTCGATCTTCTTACTAT
AGCTGCATTGGTTGGGGAAAAAGTCCTTTGTGTTCATGGAGGTCTGTCACCTCAAATCAA
AACACTCGATCAAATCCGGACAATCGACAGACATATGGAAATACCCCATGAAGGTCCCTT
TTGTGACATTTTATGGTCAGATCCTGATGATGTAGCTCAGTGGGCTGTCAGTCCGCGTGG
TGCAGGATACTTGTTTGGACCAAAAGTCACTCATGAATTTGTTGAGTTAAATGGTTTAGA
GTCTATTTGTAGAGCTCATCAACTTGTCCATGAAGGTTACAAGTGTATGTTTGATGGACG
GCTAATCACTATTTGGTCAGCTCCAAATTACTGTTATCGTTGCGGAAATATAGCAGCAAT
TTTGGAGTTTCAGAGTCCGACACAATTTGACGCCAAACTTTTCGAGGCTGTACCAGATGA
AGAAAGAAGCAAACCTCCTTTGAGAATTACTCCTTACTTCTTGTGACATAATTTAATTCA
AAACCTTAACTTCTTTTTCCAGCATATAATAACTTTTTTGTTAATTCCCATTAACATTAC
GGTCTTTAACTGCAGCTAAAAAACAATGTGTTGCAACGTAAAAATAGGCAATAAAGTTGT
ACAGATCTCTAAGATTTTCATACAAAAATTCATGTATTCTTTTTAATTTTTCAAATCAAT
ACATC

consensusID : consensus_6713#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 797
fasta sequence

                              [TGTCCTTTCAGAGGAGCTACTTTTAAAATGGACTTAGATGAGTGGATGTTTTGTGTCAAAACTTGTAAATACCTTCCATAAAATGAACTCACAAAATTATGCAGCTACGTTAGTGAGTTGCTGATTGAAGAGTGCAATGTACAGCCTGTTTCTTTCCCTGTTACTATATGTGTTATTTCGCAGAGGGGGCAAACTTCCTGACAGGAATTATATTTTCATGGGAGATTTTGTTGACCGTGGTTATTACAGAACTTGAAACTCTCACATTTCTTCTCGTTTTAAAAGCCAAGTATCCTGCACGAATAACATTATTGAGAGGAAACCATGAAAGTCGGCAAGTTACCCAGTGCTATGGCTTCTATGATGAATGTATCAATAAATATGGCAATGCANATCCATGGCATTATTGTTGCAAAGTCTTCGATCTTCGTACTATAGCTGCATTGGTTAGGGAAAAGTCCTTTGTGTTCATGGAAGTCTGTCACCTCAATCAAAACACTTGATCAAATCCCGACATCGACAGACATATGGGAATACCCCATGAGGGTCCCCTTTGTGACTTTTATGGTCAAATCCTGAAGATGGAACTTAAGGGGCTGCAATCCCCGTTGTCCAGAATTCTTGTTTGACCCAAATCCCTTTGAAATTGGTGAATAAAAGGTTAAAGTCATTTTGAGAACCCTCAACTGCCCCAAAATTCAAAGTTTTTTAAAGCCCCTTAACCTATTTGGCACCCCAAAATCTGTTTCTGTGGAAAATTCACAATTTGGATTTAAAACCCCCCATTTGCCCCCTTT]

[+] EMBL CD080096             [TGTCCTTTCAGAGGAGCTACTTTTAAAATGGACTTAGATGAGTGGATGTTTTGTGTCAAAACTTGTAAATACCTTCCATAAAATGAACTCACAAAATTATGCAGCTACGTTAGTGAGTTGCTGATTGAAGAGTGCAATGTACAGCCTGTTTCTTTCCCTGTTACTATATGTGTTATTTCGCAGAGGGGGCAAACTTCCTGACAGGAATTATATTTTCATGGGAGATTTTGTTGACCGTGGTTATTACAGAACTTGAAACTCTCACATTTCTTCTCGTTTTAAAAGCCAAGTATCCTGCACGAATAACATTATTGAGAGGAAACCATGAAAGTCGGCAAGTTACCCAGTGCTATGGCTTCTATGATGAATGTATCAATAAATATGGCAATGCANATCCATGGCATTATTGTTGCAAAGTCTTCGATCTTCGTACTATAGCTGCATTGGTTAGGGAAAAGTCCTTTGTGTTCATGGAAGTCTGTCACCTCAATCAAAACACTTGATCAAATCCCGACATCGACAGACATATGGGAATACCCCATGAGGGTCCCCTTTGTGACTTTTATGGTCAAATCCTGAAGATGGAACTTAAGGGGCTGCAATCCCCGTTGTCCAGAATTCTTGTTTGACCCAAATCCCTTTGAAATTGGTGAATAAAAGGTTAAAGTCATTTTGAGAACCCTCAACTGCCCCAAAATTCAAAGTTTTTTAAAGCCCCTTAACCTATTTGGCACCCCAAAATCTGTTTCTGTGGAAAATTCACAATTTGGATTTAAAACCCCCCATTTGCCCCCTTT]




>consensus_6713#1
TGTCCTTTCAGAGGAGCTACTTTTAAAATGGACTTAGATGAGTGGATGTTTTGTGTCAAA
ACTTGTAAATACCTTCCATAAAATGAACTCACAAAATTATGCAGCTACGTTAGTGAGTTG
CTGATTGAAGAGTGCAATGTACAGCCTGTTTCTTTCCCTGTTACTATATGTGTTATTTCG
CAGAGGGGGCAAACTTCCTGACAGGAATTATATTTTCATGGGAGATTTTGTTGACCGTGG
TTATTACAGAACTTGAAACTCTCACATTTCTTCTCGTTTTAAAAGCCAAGTATCCTGCAC
GAATAACATTATTGAGAGGAAACCATGAAAGTCGGCAAGTTACCCAGTGCTATGGCTTCT
ATGATGAATGTATCAATAAATATGGCAATGCANATCCATGGCATTATTGTTGCAAAGTCT
TCGATCTTCGTACTATAGCTGCATTGGTTAGGGAAAAGTCCTTTGTGTTCATGGAAGTCT
GTCACCTCAATCAAAACACTTGATCAAATCCCGACATCGACAGACATATGGGAATACCCC
ATGAGGGTCCCCTTTGTGACTTTTATGGTCAAATCCTGAAGATGGAACTTAAGGGGCTGC
AATCCCCGTTGTCCAGAATTCTTGTTTGACCCAAATCCCTTTGAAATTGGTGAATAAAAG
GTTAAAGTCATTTTGAGAACCCTCAACTGCCCCAAAATTCAAAGTTTTTTAAAGCCCCTT
AACCTATTTGGCACCCCAAAATCTGTTTCTGTGGAAAATTCACAATTTGGATTTAAAACC
CCCCATTTGCCCCCTTT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6713#0      TCGNAGGCCANAATTCGGCACGAGGGCTACTTTTAAAATGGACTTAGATGAGTGGATGTT 60
consensus_6713#1      ----------TGTCCTTTCAGAGGAGCTACTTTTAAAATGGACTTAGATGAGTGGATGTT 50
                                        **   * ***********************************

consensus_6713#0      TTGTGTCAAAACTTGTAAATACCTTCCAGAAAATGAACTCAGAAAATTATGCAGCTACGT 120
consensus_6713#1      TTGTGTCAAAACTTGTAAATACCTTCCATAAAATGAACTCACAAAATTATGCAGCTACGT 110
                      **************************** ************ ******************

consensus_6713#0      TAGTGAGTTGCTGATTGAAGAGTGCAATGTACAGCCTGTTTCTTTCCCTGTTACTATATG 180
consensus_6713#1      TAGTGAGTTGCTGATTGAAGAGTGCAATGTACAGCCTGTTTCTTTCCCTGTTACTATATG 170
                      ************************************************************

consensus_6713#0      TGGTGATATTCATGGACAGTTCTATGATCTTTTACAGTTATTTCGCAGAGGGGGCAAACT 240
consensus_6713#1      TG-----------------------------------TTATTTCGCAGAGGGGGCAAACT 195
                      **                                   ***********************

consensus_6713#0      TCCTGACAGGAATTATATTTTCATGGGAGATTTTGTTGACCGTGGTTATTACAGC-CTTG 299
consensus_6713#1      TCCTGACAGGAATTATATTTTCATGGGAGATTTTGTTGACCGTGGTTATTACAGAACTTG 255
                      ******************************************************  ****

consensus_6713#0      AAACTCTCACATTTCTTCTCGTTTTAAAAGCCAAGTATCCTGCACGAATAACATTATTGA 359
consensus_6713#1      AAACTCTCACATTTCTTCTCGTTTTAAAAGCCAAGTATCCTGCACGAATAACATTATTGA 315
                      ************************************************************

consensus_6713#0      GAGGAAACCATGAAAGTCGGCAAGTTACCCAGTGCTATGGCTTCTATGATGAATGTATCA 419
consensus_6713#1      GAGGAAACCATGAAAGTCGGCAAGTTACCCAGTGCTATGGCTTCTATGATGAATGTATCA 375
                      ************************************************************

consensus_6713#0      ATAAATATGGCAATGCAAATCCATGGCATTATTGTTGCAAAGTCTTCGATCTTCTTACTA 479
consensus_6713#1      ATAAATATGGCAATGCANATCCATGGCATTATTGTTGCAAAGTCTTCGATCTTCGTACTA 435
                      ***************** ************************************ *****

consensus_6713#0      TAGCTGCATTGGTTGGGGAAAAAGTCCTTTGTGTTCATGGAGGTCTGTCACCTCAAATCA 539
consensus_6713#1      TAGCTGCATTGGTTAGGGAAAA-GTCCTTTGTGTTCATGGAAGTCTGTCACCTCAA-TCA 493
                      ************** ******* ****************** ************** ***

consensus_6713#0      AAACACTCGATCAAATCCGGACAATCGACAGACATATGGAAATACCCCATGAAGGTCCCT 599
consensus_6713#1      AAACACTTGATCAAATCCCGACA-TCGACAGACATATGGGAATACCCCATGAGGGTCCCC 552
                      ******* ********** **** *************** ************ ****** 

consensus_6713#0      TTTGTGACATTTTATGGTCAGATCCTGATGATGTAGCTCAGTGGGCTGTCAGTCCGCGTG 659
consensus_6713#1      TTTGTGAC-TTTTATGGTCAAATCCTGAAGATGGAACTTAAGGGGCTG-CAATCCCCGTT 610
                      ******** *********** ******* **** * ** *  ****** ** *** *** 

consensus_6713#0      GTGCAGGATACTTGTTTGGACCAAAAGTCACTCATGAATTTGTTGAGTTAAATGGTTTAG 719
consensus_6713#1      GTCCAGAATTCTTGTTTGACCCAAA--TCCCTT-TGAAATTGGTGAATAAAAGG--TTAA 665
                      ** *** ** ********  *****  ** **  **** *** *** * *** *  *** 

consensus_6713#0      AGTCTATTTGTAGAGCTCATCAACTTGTCCATGAAGGTTACAAGTGTATGTTTGATGGAC 779
consensus_6713#1      AGTC-ATTTTGAGAACCC-TCAACTGCCCCA---AAATTCAAAGT----TTTTTAAAGCC 716
                      **** ****  *** * * ******   ***   *  **  ****     *** *  * *

consensus_6713#0      GGCTAATCACTATTTGGTCAGCTCCAAATTACTGTTATCGTTGCGGAAATATAGCAGCAA 839
consensus_6713#1      CCTTAAC--CTATTTGGC--ACCCCAAAAT----CTGTTTCTGTGGAAAATTCACAA--- 765
                         ***   ********    * ***** *     * *   ** *****  *  **    

consensus_6713#0      TTTTGGAGTTTCAGAGTCCGACACAATTTGACGCCAAACTTTTCGAGGCTGTACCAGATG 899
consensus_6713#1      -TTTGGA-TTTAAAACCCC----CCATTTGCCCCC----TTT------------------ 797
                       ****** *** * *  **    * ***** * **    ***                  

consensus_6713#0      AAGAAAGAAGCAAACCTCCTTTGAGAATTACTCCTTACTTCTTGTGACATAATTTAATTC 959
consensus_6713#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6713#0      AAAACCTTAACTTCTTTTTCCAGCATATAATAACTTTTTTGTTAATTCCCATTAACATTA 1019
consensus_6713#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6713#0      CGGTCTTTAACTGCAGCTAAAAAACAATGTGTTGCAACGTAAAAATAGGCAATAAAGTTG 1079
consensus_6713#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6713#0      TACAGATCTCTAAGATTTTCATACAAAAATTCATGTATTCTTTTTAATTTTTCAAATCAA 1139
consensus_6713#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6713#0      TACATC 1145
consensus_6713#1      ------