cluster # 6726

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Schistosoma mansoni
cluster # 6726 cluster # 6726 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_6726#0 length = 789 sequences # 3

consensus_6726#1 length = 688 sequences # 1

consensusID : consensus_6726#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 789
fasta sequence

                              [ACGAAGCGTCATTAAGAGGAATTGAAAAAACTTATCCATTAAACCAAATACATTCCCTTCTTTTGGCCGGTTTCGAATCTGGGCACTTAATTTTACTAGGTGATGGTCGAGTATTAAGTGTGCTCAATTATCCCTTGGGTCAATCTATTCCCATTATGACACTTTCTATTCAACCTGATTTCAAACAACAATTATGTAAGGAAAGTACTGATCGAATAAAAACAAATGTCAAATTCGTTGTTTTAGGTGGACCTAGTGTGGATAGTTGTGATACAGATCCATCAGTCGATGGAAACATAGCTTTTGTACAATTGGAATTCGATTCTCAAATGTCAAATTATTTTAAATTATCCAAAATTCATAAATCACTTGATAATTGTACTACTGGTATTTCGTGTTTTACATGGCGTGATGATGGTCGTCTGTTAGCAGTTGGTCAATGGGATGGTCAAATACATTTAATTGATGTGTATTTCAAAAATAATCAACTTAAAATAAAATCTTTAGGTTATCTTCCTAGTCTAGGTAGTTTAAATGAAGGAAGTTTAATTGGTGAATGGAGTTCTACAACACTAACTAAACCACATGGACCTAATATTGATCAACAATCCAGAATAATTCGATCATGTACATTTACAAAACAATCTCATTTTTTAATTACATCTGTTCCAGCAAATGGTGGAGCACTAGGTAGTTTACTTATATGGGATATTTACAGATAGATTTGTGAACATTTTATTTGGAACTTTCAGTTTTGTATTATTTTTGTTAATAGAAATGTATTCATCT]

[+] EMBL CD083261             [ACGAAGCGTCATTAAGAGGAATTGAAAAAACTTATCCATTAAACCAAATACATTCCCTTCTTTTGGCCGGTTTCGAATCTGGGCACTTAATTTTACTAGGTGATGGTCGAGTATTAAGTGTGCTCAATTATCCCTTGGGTCAATCTATTCCCATTATGACACTTTCTATTCAACCTGATTTCAAACAACAATTATGTAAGGAAAGTACTGATCGAATAAAAACAAATGTCAAATTCGTTGTTTTAGGTGGACCTAGTGTGGATAGTTGTGATACAGATCCATCAGTCGATGGAAACATAGCTTTTGTACAATTGGAATTCGATTCTCAAATGTCAAATTATTTTAAATTATCCAAAATTCATAAATCACTTGATAATTGTACTACTGGTATTTCGTGTTTTACATGGCGTGATGATGGTCGTCTGTTAGCAGTTGGTCAATGGGATGGTCAAATACATTTAATTGATGTGTATTTCAAAAATAATCAACTTAAAATAAAATCTTTAGGTTATCTTCCTAGTCTAGGTAGTTTAAATGAAGGAAGTTTAATTGGTGAATGGAGTTCTACAACACTAACTAAACCACATGGACCTAATATTGATCAAACATCCAGAAATATTCGATCATGTAC                                                                                                                                                              ]
[-] EMBL CD074840             [                                                                                                                                                                                  TTTCAAACAACAATTATGTAAGGAAAGTACTGATCGAATAAAAACAAATGTCAAATTCGTTGTTTTAGGTGGACCTAGTGTGGATAGTTGTGATACAGATCCATCAGTCGATGGAAACATAGCTTTTGTACGATTGGAATTCGATTCTCAAATGTCAAATTATTTTAAATTATCTAAAATTCATAAATCACTTGATAATTGTACTACTGGTATTTCGTGTTTTACATGGCGTGATGATGGTCGTCTGTTAGCAGTTGGTCAATGGGATGGTCAAATACATTTAATTGATGTGTATTTCAAAAATAATCAACTTAAAATAAAATCTTTAGGTTATCTTCCTAGTCTAGGTAGTTTAAATGAAGGAAGTTTAATTGGTGAATGGAGTTCTACACCAATAACTAAACCACATGGACCTAATATTGATCAACAATCCAGATTAATTCGATCATGTACATTTACAAAACAATCTCATTTTTTAATTACATCTGTTCCAGCAAATGGTGGAGCACTAGGTAGTTTACTTATATGGGATATTTACAGATAGATTTGTGAACATTTTATTTGGAACTTTCAGTTTTGTATTATTTTTGTTAATAGAAATGTATTCATCT]
[-] EMBL CD076831             [                                                                                                                                                                                                                            AACAAATGTCAAATTCGTTGTTTTAGGTGGACCTAGTGTGGATAGTTGTGATACAGATCCATCAGTCGATGGAAACATAGCTTTTGTACAATTGGAATTCGATTCTCAAATGTCAAATTATTTTAAATTATCCAAAATTCATAAATCACTTGATAATTGTACTACTGGTATTTCGTGTTTTACATGGCGTGATGATGGTCGTCTGTTAGCAGTTGGTCAATGGGATGGTCAAATACATTTAATTGATGTGTATTTCAAAAATAATCAACTTAAAATAAAATCTTTAGGTTATCTTCCTAGTCTAGGTAGTTTAAATGAAGGAAGTTTAATTGGTGAATGGAGTTCTACAACACTAACTAAACCACATGGACCTAATATTGATCAACAATCCAGAATAATTCGATCATGTACATTTACAAAACAATCTCATTTTTTAATTACATCTGTTCCAGCAAATGGTGGAGCACTAGGTAGTTTACTTATATGGGATATTTACAGATAGATTTGTGAACATTTTATTTGGAACTTTCAGTTTTGTATTATTTTTGTTAATAGAAATGTATTCATC ]




>consensus_6726#0
ACGAAGCGTCATTAAGAGGAATTGAAAAAACTTATCCATTAAACCAAATACATTCCCTTC
TTTTGGCCGGTTTCGAATCTGGGCACTTAATTTTACTAGGTGATGGTCGAGTATTAAGTG
TGCTCAATTATCCCTTGGGTCAATCTATTCCCATTATGACACTTTCTATTCAACCTGATT
TCAAACAACAATTATGTAAGGAAAGTACTGATCGAATAAAAACAAATGTCAAATTCGTTG
TTTTAGGTGGACCTAGTGTGGATAGTTGTGATACAGATCCATCAGTCGATGGAAACATAG
CTTTTGTACAATTGGAATTCGATTCTCAAATGTCAAATTATTTTAAATTATCCAAAATTC
ATAAATCACTTGATAATTGTACTACTGGTATTTCGTGTTTTACATGGCGTGATGATGGTC
GTCTGTTAGCAGTTGGTCAATGGGATGGTCAAATACATTTAATTGATGTGTATTTCAAAA
ATAATCAACTTAAAATAAAATCTTTAGGTTATCTTCCTAGTCTAGGTAGTTTAAATGAAG
GAAGTTTAATTGGTGAATGGAGTTCTACAACACTAACTAAACCACATGGACCTAATATTG
ATCAACAATCCAGAATAATTCGATCATGTACATTTACAAAACAATCTCATTTTTTAATTA
CATCTGTTCCAGCAAATGGTGGAGCACTAGGTAGTTTACTTATATGGGATATTTACAGAT
AGATTTGTGAACATTTTATTTGGAACTTTCAGTTTTGTATTATTTTTGTTAATAGAAATG
TATTCATCT

consensusID : consensus_6726#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 688
fasta sequence

                              [GAGGCCANAATTCGGCACGAGGACGAATTGAAAAAACTTATCCAATAAACCAAATACATTCCATTCTTTTGNTTTACTAGGTGATGGTCGAGTATTAAGTGTGCTCAATTATCCTTTGGGTCAATCTATTCCCATTATGACACTTTCTATTCAACCTGCTTTCAAACAACAATTATGTAAGGAAAGTACTGATCGAATAAGGTGGACCTAGTGTGGATAGTTGTGATACAGATCCATCAGTCGATGGAAACATAGCTTTTGTACGATTGGAATTCGATTCTCAAATGTCAAATTATTTTAAATTATCTAAAATTCATAAATCACTTGTTTACATGGCGTGATGATGGTCGTCTGTTAGCAGTTGGTCAATGGGATGGTCAAATACATTTAATTGATGTGTATTTCAAAAATAATCAACTTAAAATAAAATCTTTAGGTTATCTTCCTAGTCTAGGTAGTTTAAACTACAACAATAACTAAACCACATGGACCTAATATTGATCAACAATCCAGATTAATTCGATCATGTACATTTACAAAACAATCTCATTTTTTAATTACATCTGTTCCAGCANATGGTGGAGCACTANGTAGTTTACTTATATGGGATATTTACAGATAGATTTGTGAACATTNTATTTGGAACTTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATAGAAATGTATTCATC]

[+] EMBL CD081014             [GAGGCCANAATTCGGCACGAGGACGAATTGAAAAAACTTATCCAATAAACCAAATACATTCCATTCTTTTGNTTTACTAGGTGATGGTCGAGTATTAAGTGTGCTCAATTATCCTTTGGGTCAATCTATTCCCATTATGACACTTTCTATTCAACCTGCTTTCAAACAACAATTATGTAAGGAAAGTACTGATCGAATAAGGTGGACCTAGTGTGGATAGTTGTGATACAGATCCATCAGTCGATGGAAACATAGCTTTTGTACGATTGGAATTCGATTCTCAAATGTCAAATTATTTTAAATTATCTAAAATTCATAAATCACTTGTTTACATGGCGTGATGATGGTCGTCTGTTAGCAGTTGGTCAATGGGATGGTCAAATACATTTAATTGATGTGTATTTCAAAAATAATCAACTTAAAATAAAATCTTTAGGTTATCTTCCTAGTCTAGGTAGTTTAAACTACAACAATAACTAAACCACATGGACCTAATATTGATCAACAATCCAGATTAATTCGATCATGTACATTTACAAAACAATCTCATTTTTTAATTACATCTGTTCCAGCANATGGTGGAGCACTANGTAGTTTACTTATATGGGATATTTACAGATAGATTTGTGAACATTNTATTTGGAACTTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATAGAAATGTATTCATC]




>consensus_6726#1
GAGGCCANAATTCGGCACGAGGACGAATTGAAAAAACTTATCCAATAAACCAAATACATT
CCATTCTTTTGNTTTACTAGGTGATGGTCGAGTATTAAGTGTGCTCAATTATCCTTTGGG
TCAATCTATTCCCATTATGACACTTTCTATTCAACCTGCTTTCAAACAACAATTATGTAA
GGAAAGTACTGATCGAATAAGGTGGACCTAGTGTGGATAGTTGTGATACAGATCCATCAG
TCGATGGAAACATAGCTTTTGTACGATTGGAATTCGATTCTCAAATGTCAAATTATTTTA
AATTATCTAAAATTCATAAATCACTTGTTTACATGGCGTGATGATGGTCGTCTGTTAGCA
GTTGGTCAATGGGATGGTCAAATACATTTAATTGATGTGTATTTCAAAAATAATCAACTT
AAAATAAAATCTTTAGGTTATCTTCCTAGTCTAGGTAGTTTAAACTACAACAATAACTAA
ACCACATGGACCTAATATTGATCAACAATCCAGATTAATTCGATCATGTACATTTACAAA
ACAATCTCATTTTTTAATTACATCTGTTCCAGCANATGGTGGAGCACTANGTAGTTTACT
TATATGGGATATTTACAGATAGATTTGTGAACATTNTATTTGGAACTTTCANNNNNNNNN
NNNNNNNNTTAATAGAAATGTATTCATC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6726#0      ------ACGAAGCGTCATTAAGAGGAATTGAAAAAACTTATCCATTAAACCAAATACATT 54
consensus_6726#1      GAGGCCANAATTCGGCACGAGGACGAATTGAAAAAACTTATCCAATAAACCAAATACATT 60
                            *  *  ** **  * ** ******************** ***************

consensus_6726#0      CCCTTCTTTTGGCCGGTTTCGAATCTGGGCACTTAATTTTACTAGGTGATGGTCGAGTAT 114
consensus_6726#1      CCATTCTTTTGN-------------------------TTTACTAGGTGATGGTCGAGTAT 95
                      ** ********                          ***********************

consensus_6726#0      TAAGTGTGCTCAATTATCCCTTGGGTCAATCTATTCCCATTATGACACTTTCTATTCAAC 174
consensus_6726#1      TAAGTGTGCTCAATTATCCTTTGGGTCAATCTATTCCCATTATGACACTTTCTATTCAAC 155
                      ******************* ****************************************

consensus_6726#0      CTGATTTCAAACAACAATTATGTAAGGAAAGTACTGATCGAATAAAAACAAATGTCAAAT 234
consensus_6726#1      CTGCTTTCAAACAACAATTATGTAAGGAAAGTACTGATCGAATAA--------------- 200
                      *** *****************************************               

consensus_6726#0      TCGTTGTTTTAGGTGGACCTAGTGTGGATAGTTGTGATACAGATCCATCAGTCGATGGAA 294
consensus_6726#1      -----------GGTGGACCTAGTGTGGATAGTTGTGATACAGATCCATCAGTCGATGGAA 249
                                 *************************************************

consensus_6726#0      ACATAGCTTTTGTACAATTGGAATTCGATTCTCAAATGTCAAATTATTTTAAATTATCCA 354
consensus_6726#1      ACATAGCTTTTGTACGATTGGAATTCGATTCTCAAATGTCAAATTATTTTAAATTATCTA 309
                      *************** ****************************************** *

consensus_6726#0      AAATTCATAAATCACTTGATAATTGTACTACTGGTATTTCGTGTTTTACATGGCGTGATG 414
consensus_6726#1      AAATTCATAAATCACTTG--------------------------TTTACATGGCGTGATG 343
                      ******************                          ****************

consensus_6726#0      ATGGTCGTCTGTTAGCAGTTGGTCAATGGGATGGTCAAATACATTTAATTGATGTGTATT 474
consensus_6726#1      ATGGTCGTCTGTTAGCAGTTGGTCAATGGGATGGTCAAATACATTTAATTGATGTGTATT 403
                      ************************************************************

consensus_6726#0      TCAAAAATAATCAACTTAAAATAAAATCTTTAGGTTATCTTCCTAGTCTAGGTAGTTTAA 534
consensus_6726#1      TCAAAAATAATCAACTTAAAATAAAATCTTTAGGTTATCTTCCTAGTCTAGGTAGTTTAA 463
                      ************************************************************

consensus_6726#0      ATGAAGGAAGTTTAATTGGTGAATGGAGTTCTACAACACTAACTAAACCACATGGACCTA 594
consensus_6726#1      A-----------------------------CTACAACAATAACTAAACCACATGGACCTA 494
                      *                             ******** *********************

consensus_6726#0      ATATTGATCAACAATCCAGAATAATTCGATCATGTACATTTACAAAACAATCTCATTTTT 654
consensus_6726#1      ATATTGATCAACAATCCAGATTAATTCGATCATGTACATTTACAAAACAATCTCATTTTT 554
                      ******************** ***************************************

consensus_6726#0      TAATTACATCTGTTCCAGCAAATGGTGGAGCACTAGGTAGTTTACTTATATGGGATATTT 714
consensus_6726#1      TAATTACATCTGTTCCAGCANATGGTGGAGCACTANGTAGTTTACTTATATGGGATATTT 614
                      ******************** ************** ************************

consensus_6726#0      ACAGATAGATTTGTGAACATTTTATTTGGAACTTTCAGTTTTGTATTATTTTTGTTAATA 774
consensus_6726#1      ACAGATAGATTTGTGAACATTNTATTTGGAACTTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATA 674
                      ********************* ***************                 ******

consensus_6726#0      GAAATGTATTCATCT 789
consensus_6726#1      GAAATGTATTCATC- 688
                      **************