cluster # 6728

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 6728 cluster # 6728 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_6728#0 length = 1003 sequences # 3

consensus_6728#1 length = 688 sequences # 1

consensusID : consensus_6728#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 1003
fasta sequence

                              [CCAGGCCAANAATTTGGCACGAGGAGCTATTATGTTCTCACGTGATTCAAGTCTACAGTCAGATAAAGCAAAAGAGGCTTTTGAAGTAGCAGATGACCTACTATCAAGTACTAATGTTGCTAGACGTGAAACTTTAGATACATTACAACAAATTGAACTTGTTGAGGTCTCATTTAAACAATTGGACGAGAAAATGTTAGAACTTGACAAATTGATGCGTGCATTAGATACAGGTGATCGTGGTACTGGTGATGAAGATTTACCAGATACTACATTAACTGATCCAGCTAAACTAATGGAAGAAATTCAAAATTATACCAGTACTTTAGAATTAAATACAGATGAGGTTAAAAGTATAATAACAAATTTAAAAAGATTAGAAATAGAAAGTGAATTATTAACTGATGAATTAAAAGGTTATATGGATAAAATGCAAAAATTAAGTATCCATTTATCACGTACGACAAAACATCATCAATTATGCACTTAATACATTAATTGAACTCATTTATTATAACAACTTCTTCTTTTGTTTTATTATTATTATTATTTGTTACTACTCATTTAATCCTCTTATACTACTTATTATTAAATATTGTATTATATAATTCTACCGGTTATTATTATCACCATTAGAAATTATGAATCATTTACTAATAGTATTATATTACTACTCATATTGTATGCTCAGTTACTAGTAATTACTATAAATTAATGTTTCTTTGTTGTTGTTTGCTTGTTTGTTTACTACTTAATAATAAGAATATTAATTTTAGAACTTATATACATACTACTTATTCATTCTTTCAACGTATTAACCGTAGGAAGAAGAAGAGGAAGAAGGAGAATCATTATGAAAAGTTTTAAAATATATTTGATCATATAATAGTTTGATGGATATGCATTATTTAATAGGGAAAAATTTATATTTAAATAATAGATAAATTGTTGGTTAGAGTAATTTAATGTGAATATGAAATTGTATGTATTTTATTAAATGATC]

[+] EMBL CD081061             [CCAGGCCAANAATTTGGCACGAGGAGCTATTATGTTCTCACGTGATTCAAGTCTACAGTCAGATAAAGCAAAAGAGGCTTTTGAAGTAGCAGATGACCTACTATCAAGTACTAATGTTGCTAGACGTGAAACTTTAGATACATTACAACAAATTGAACTTGTTGAGGTCTCATTTAAACAATTGGACGAGAAAATGTTAGAACTTGACAAATTGATGCGTGCATTAGATACAGGTGATCGTGGTACTGGTGATGAAGATTTACCAGATACTACATTAACTGATCCAGCTAAACTAATGGAAGAAATTCAAAATTATACCAGTACTTTAGAATTAAATACAGATGAGGTTAAAAGTATAATAACAAATTTAAAAAGATTAGAAATAGAAAGTGAATTATTAACTGATGAATTAAAAGGTTATATGGATAAAATGCAAAAATTAAGTATCCATTTATCACGTACGACAAAACATCATCAATTATGCACTTAATACATTAATTGAACTCATTTATTATAACAACTTCTTCTTTTGTTTTATTATTATTATTATTTGTTACTACTCATTTAATCCTCTTATACTACTTATTATTAAATATTGTATTATATAATTCTACCGGTTATTATTATCACCATTAGAAATTATGAATCATTTACTAATAGTATTATATTACTACTCATATTGTATGCTCAGTTACTAGTAATTACTATAAATTAATGTTTCTTTGTTGTTGTTTGCTTGTTTGTTTACTACTTAAat                                                                                                                                                                                                                                                      ]
[-] EMBL CD074883             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AAATTATACCAGTACTTTAGAATTAAATACAGATGAGGTTAAAAGTATAATANCAAATTTAAAAAGATTAGAAATAGAAAGTGAATTATTAACTGATGAATTAAAAGGTTATATGGATAAAATGCAAAAATTAAGTATCCATTTATCACGTACGACAAAACATCATCAATTATGCACTTAATACATTAATTGAACTCATTTATTATAACAACTTCTTCTTTTGTTTTATTATTATTATTATTTGTTACTACTCATTTAATCCTCTTATACTACTTATTATTAAATATTGTATTATATAATTCTACCGGTTATTATTATCACCATTAGAAATTATGAATCATTTACTAATAGTATTATATTACTACTCATATTGTATGCTCAGTTACTAGTAATTACTATAAATTAATGTTTCTTTGTTGTTGTTTGCTTGTTTGTTTACTACTTAATAATAAGAATATTAATTTTAGAACTTATATACATACTACTTATTCATTCTTTCAACGTATTAACCGTAGGAAGAAGAAGAGGAAGAAGGAGAATCATTATGAAAAGTTTTAAAATATATTTGATCATATAATAGTTTGATGGATATGCATTATTTAATAGGGAAAAATTTATATTTAAATAATAGATAAATTGTTGGTTAGAGTAATTTAATGTGAATATGAAATTGTATGTATTTTATTAAATGATC]
[-] EMBL CD076343             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AAAAGTATAATAACAAATTTANAAAGATTAGAAATAGAAAGTGAATTATTAACTGATGAATTAAAAGGTTATATGGATAAAATGCAAAAATTAAGTATCCATTTATCACGTACGACAAAACATCATCAATTATGCACTTAATACATTAATTGAACTCATTTATTATAACAACTTCTTCTTTTGTTTTATTATTATTATTATTTGTTACTACTCATTTAATCCTCTTATACTACTTATTATTAAATATTGTATTATATAATTCTACCGGTTATTATTATCACCATTAGAAATTATGAATCATTTACTAATAGTATTATATTACTACTCATATTGTATGCTCAGTTACTAGTAATTACTATAAATTAATGTTTCTTTGTTGTTGTTTGCTTGTTTGTTTACTACTTAATAATAAGAATATTAATTTTAGAACTTATATACATACTACTTATTCATTCTTTCAACGTATTAACCGTAGGAAGAAGAAGAGGAAGAAGGAGAATCATTATGAAAAGTTTTAAAATATATTTGATCATATAATAGTTTGATGGATATGCATTATTTAATAGGGAAAAATTTATATTTAAATAATAGATAAATTGTTGGTTAGAGTAATTTAATGTGAATATGAAATTGTATGTATTTTATTAAATGATC]




>consensus_6728#0
CCAGGCCAANAATTTGGCACGAGGAGCTATTATGTTCTCACGTGATTCAAGTCTACAGTC
AGATAAAGCAAAAGAGGCTTTTGAAGTAGCAGATGACCTACTATCAAGTACTAATGTTGC
TAGACGTGAAACTTTAGATACATTACAACAAATTGAACTTGTTGAGGTCTCATTTAAACA
ATTGGACGAGAAAATGTTAGAACTTGACAAATTGATGCGTGCATTAGATACAGGTGATCG
TGGTACTGGTGATGAAGATTTACCAGATACTACATTAACTGATCCAGCTAAACTAATGGA
AGAAATTCAAAATTATACCAGTACTTTAGAATTAAATACAGATGAGGTTAAAAGTATAAT
AACAAATTTAAAAAGATTAGAAATAGAAAGTGAATTATTAACTGATGAATTAAAAGGTTA
TATGGATAAAATGCAAAAATTAAGTATCCATTTATCACGTACGACAAAACATCATCAATT
ATGCACTTAATACATTAATTGAACTCATTTATTATAACAACTTCTTCTTTTGTTTTATTA
TTATTATTATTTGTTACTACTCATTTAATCCTCTTATACTACTTATTATTAAATATTGTA
TTATATAATTCTACCGGTTATTATTATCACCATTAGAAATTATGAATCATTTACTAATAG
TATTATATTACTACTCATATTGTATGCTCAGTTACTAGTAATTACTATAAATTAATGTTT
CTTTGTTGTTGTTTGCTTGTTTGTTTACTACTTAATAATAAGAATATTAATTTTAGAACT
TATATACATACTACTTATTCATTCTTTCAACGTATTAACCGTAGGAAGAAGAAGAGGAAG
AAGGAGAATCATTATGAAAAGTTTTAAAATATATTTGATCATATAATAGTTTGATGGATA
TGCATTATTTAATAGGGAAAAATTTATATTTAAATAATAGATAAATTGTTGGTTAGAGTA
ATTTAATGTGAATATGAAATTGTATGTATTTTATTAAATGATC

consensusID : consensus_6728#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 688
fasta sequence

                              [CCTCCGAGCCAATATTCGGCACGAGGCACACAATTAACTGAACAAATAGATGGATTCAAAAATCAAGTTATTATGTTCTCACGTGATTCAAGTCTACAGTCAGATAAAGCAAAAGAGGCTTTTGAAGTAGCAGATGACCTACTATCAAGTACTAATGTTGCTAGACGTGAAACTTTAGATACATTACAACAAATTGAACTTGTTGAGGTCTCATTTAAACAATTGGACGAGAAAATGTTAGAACTTGACAAATTGATGCGTGCATTAGATACAGGTGATCGTGGTACTGGTGATGAATATTTACCAGATACTACATTAACTGATCCAGCTAAACTAATGGAAGAAATTCAAAATTATACCAGTACTTTAGAATTAAATACAGATGAGGTTAAAAGTATAATAACAAATTTAAAAAGATTAGAAATAGAAAGTGAATTATTAACTGATGAATTAAAAGGTTATATGGATAAAATGCAAAAATTAAGTATCCATTTATCACGTACGACAAAACATCATCAATTATGCACTTAATACATTAATTGAACTCATTTATTATAACAACTTCTTCTTTTGTTTTATTATTATTATTATTTGGTACTACTCATTTAATCCTCTTATACTACTTATTATTAAATATTGTATTATATAATTCTACCGGTTATTATTATCACCATTAGAAAATATGAAT]

[+] EMBL CD082753             [CCTCCGAGCCAATATTCGGCACGAGGCACACAATTAACTGAACAAATAGATGGATTCAAAAATCAAGTTATTATGTTCTCACGTGATTCAAGTCTACAGTCAGATAAAGCAAAAGAGGCTTTTGAAGTAGCAGATGACCTACTATCAAGTACTAATGTTGCTAGACGTGAAACTTTAGATACATTACAACAAATTGAACTTGTTGAGGTCTCATTTAAACAATTGGACGAGAAAATGTTAGAACTTGACAAATTGATGCGTGCATTAGATACAGGTGATCGTGGTACTGGTGATGAATATTTACCAGATACTACATTAACTGATCCAGCTAAACTAATGGAAGAAATTCAAAATTATACCAGTACTTTAGAATTAAATACAGATGAGGTTAAAAGTATAATAACAAATTTAAAAAGATTAGAAATAGAAAGTGAATTATTAACTGATGAATTAAAAGGTTATATGGATAAAATGCAAAAATTAAGTATCCATTTATCACGTACGACAAAACATCATCAATTATGCACTTAATACATTAATTGAACTCATTTATTATAACAACTTCTTCTTTTGTTTTATTATTATTATTATTTGGTACTACTCATTTAATCCTCTTATACTACTTATTATTAAATATTGTATTATATAATTCTACCGGTTATTATTATCACCATTAGAAAATATGAAT]




>consensus_6728#1
CCTCCGAGCCAATATTCGGCACGAGGCACACAATTAACTGAACAAATAGATGGATTCAAA
AATCAAGTTATTATGTTCTCACGTGATTCAAGTCTACAGTCAGATAAAGCAAAAGAGGCT
TTTGAAGTAGCAGATGACCTACTATCAAGTACTAATGTTGCTAGACGTGAAACTTTAGAT
ACATTACAACAAATTGAACTTGTTGAGGTCTCATTTAAACAATTGGACGAGAAAATGTTA
GAACTTGACAAATTGATGCGTGCATTAGATACAGGTGATCGTGGTACTGGTGATGAATAT
TTACCAGATACTACATTAACTGATCCAGCTAAACTAATGGAAGAAATTCAAAATTATACC
AGTACTTTAGAATTAAATACAGATGAGGTTAAAAGTATAATAACAAATTTAAAAAGATTA
GAAATAGAAAGTGAATTATTAACTGATGAATTAAAAGGTTATATGGATAAAATGCAAAAA
TTAAGTATCCATTTATCACGTACGACAAAACATCATCAATTATGCACTTAATACATTAAT
TGAACTCATTTATTATAACAACTTCTTCTTTTGTTTTATTATTATTATTATTTGGTACTA
CTCATTTAATCCTCTTATACTACTTATTATTAAATATTGTATTATATAATTCTACCGGTT
ATTATTATCACCATTAGAAAATATGAAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6728#0      -------------------------------------CCAGGCCAANAATTTGGCACGAG 23
consensus_6728#1      CCTCCGAGCCAATATTCGGCACGAGGCACACAATTAACTGAACAAATAGATGGATTCAAA 60
                                                           *    * ** *  * *   * * 

consensus_6728#0      GA----GCTATTATGTTCTCACGTGATTCAAGTCTACAGTCAGATAAAGCAAAAGAGGCT 79
consensus_6728#1      AATCAAGTTATTATGTTCTCACGTGATTCAAGTCTACAGTCAGATAAAGCAAAAGAGGCT 120
                       *    * ****************************************************

consensus_6728#0      TTTGAAGTAGCAGATGACCTACTATCAAGTACTAATGTTGCTAGACGTGAAACTTTAGAT 139
consensus_6728#1      TTTGAAGTAGCAGATGACCTACTATCAAGTACTAATGTTGCTAGACGTGAAACTTTAGAT 180
                      ************************************************************

consensus_6728#0      ACATTACAACAAATTGAACTTGTTGAGGTCTCATTTAAACAATTGGACGAGAAAATGTTA 199
consensus_6728#1      ACATTACAACAAATTGAACTTGTTGAGGTCTCATTTAAACAATTGGACGAGAAAATGTTA 240
                      ************************************************************

consensus_6728#0      GAACTTGACAAATTGATGCGTGCATTAGATACAGGTGATCGTGGTACTGGTGATGAAGAT 259
consensus_6728#1      GAACTTGACAAATTGATGCGTGCATTAGATACAGGTGATCGTGGTACTGGTGATGAATAT 300
                      ********************************************************* **

consensus_6728#0      TTACCAGATACTACATTAACTGATCCAGCTAAACTAATGGAAGAAATTCAAAATTATACC 319
consensus_6728#1      TTACCAGATACTACATTAACTGATCCAGCTAAACTAATGGAAGAAATTCAAAATTATACC 360
                      ************************************************************

consensus_6728#0      AGTACTTTAGAATTAAATACAGATGAGGTTAAAAGTATAATAACAAATTTAAAAAGATTA 379
consensus_6728#1      AGTACTTTAGAATTAAATACAGATGAGGTTAAAAGTATAATAACAAATTTAAAAAGATTA 420
                      ************************************************************

consensus_6728#0      GAAATAGAAAGTGAATTATTAACTGATGAATTAAAAGGTTATATGGATAAAATGCAAAAA 439
consensus_6728#1      GAAATAGAAAGTGAATTATTAACTGATGAATTAAAAGGTTATATGGATAAAATGCAAAAA 480
                      ************************************************************

consensus_6728#0      TTAAGTATCCATTTATCACGTACGACAAAACATCATCAATTATGCACTTAATACATTAAT 499
consensus_6728#1      TTAAGTATCCATTTATCACGTACGACAAAACATCATCAATTATGCACTTAATACATTAAT 540
                      ************************************************************

consensus_6728#0      TGAACTCATTTATTATAACAACTTCTTCTTTTGTTTTATTATTATTATTATTTGTTACTA 559
consensus_6728#1      TGAACTCATTTATTATAACAACTTCTTCTTTTGTTTTATTATTATTATTATTTGGTACTA 600
                      ****************************************************** *****

consensus_6728#0      CTCATTTAATCCTCTTATACTACTTATTATTAAATATTGTATTATATAATTCTACCGGTT 619
consensus_6728#1      CTCATTTAATCCTCTTATACTACTTATTATTAAATATTGTATTATATAATTCTACCGGTT 660
                      ************************************************************

consensus_6728#0      ATTATTATCACCATTAGAAATTATGAATCATTTACTAATAGTATTATATTACTACTCATA 679
consensus_6728#1      ATTATTATCACCATTAGAAAATATGAAT-------------------------------- 688
                      ******************** *******                                

consensus_6728#0      TTGTATGCTCAGTTACTAGTAATTACTATAAATTAATGTTTCTTTGTTGTTGTTTGCTTG 739
consensus_6728#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6728#0      TTTGTTTACTACTTAATAATAAGAATATTAATTTTAGAACTTATATACATACTACTTATT 799
consensus_6728#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6728#0      CATTCTTTCAACGTATTAACCGTAGGAAGAAGAAGAGGAAGAAGGAGAATCATTATGAAA 859
consensus_6728#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6728#0      AGTTTTAAAATATATTTGATCATATAATAGTTTGATGGATATGCATTATTTAATAGGGAA 919
consensus_6728#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6728#0      AAATTTATATTTAAATAATAGATAAATTGTTGGTTAGAGTAATTTAATGTGAATATGAAA 979
consensus_6728#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6728#0      TTGTATGTATTTTATTAAATGATC 1003
consensus_6728#1      ------------------------