cluster # 6762

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Schistosoma mansoni
cluster # 6762 cluster # 6762 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_6762#0 length = 1044 sequences # 3

consensus_6762#1 length = 318 sequences # 1

consensusID : consensus_6762#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 1044
fasta sequence

                              [CNAGGCCATTATTCGGCACGAGGTGAAAATATTTCTGGAACGTTTAATGCCATTAGAAACGATTTAATTTATTTTTATTTTCAATCTTGACAACAACAAAAAATGGTTAACGAATAATTGATTAATATGATTACAAGTTACATAACCTTAATTGTTAACTTACATTGTTGACAATGTGATAACATATACAAATTGTACGCATATATATAAATATACATACTACTCAATAAGAAGGATCCATTCACCCCTGTTACCCTCTCTCTGTCTCTCTCCCTTTCAGTATTGCTTTATTTTTCTCTATATACACATTTATTATTGATCATGTATTCTATTATTTAACTTGATAATGATCAACTTTCAAGTGCCTAAAGTCGGTTACATAATCTTTTCTTACTCTTTATGTTTCTATTTCATATGTTGATTAAGTAATAAATACTATTACTCTTTCAATACACACACTTCGAACAAGTGTATTATTTATAATAATGATTAAGAAATTAATTCTTTAAAAGCATTTTTACCCTTCTATTTTGTTTGTTTGTTCCTCTTTTTTGGGTGTGCACCAGTTTGTTTCATGTTACTTATTACCCTGTTTGTTTGCGTGTGTTTCGGCGTCAATTTATCCTTATCTGAGGTTGAGATTACATTTGATTTTAAATGAAAAATACAATCTATCCCTAATAATAGATCAACTCACCTTCATATAGTTACTTATCTTTGCTTTTCATCATTAGGTATAATTAATTATTTATTCTGTTGCCGGTTTTTCTTCTCAAGACATAATTGATTGGTCCTTCCACGTTATAGNTTATTCTTCTTTTATTGTTGCTTTAATTATACTGTTTTGTTTTATTCTTGTGAAGTCGAAAGACAACTTGG-AAAAACAA-TATTTGCCTTTGTGCT-ATGTANTTATTG-ATTGGTACTTGAACC-ATGCACATATATATATATGCGCC-AGTTCAAA-TCATTG-TTATT-TATT-AGTG-ATA-CATT-ACTAA-TGG-TTTG-ATG-AG-NTATTG-CTTG-CTA-TTA-TTGATTAAAAAAAGAAGGAATTTG]

[+] EMBL CD081604             [CNAGGCCATTATTCGGCACGAGGTGAAAATATTTCTGGAACGTTTAATGCCATTAGAAACGATTTAATTTATTTTTATTTTCAATCTTGACAACAACAAAAAATGGTTAACGAATAATTGATTAATATGATTACAAGTTACATAACCTTAATTGTTAACTTACATTGTTGACAATGTGATAACATATACAAATTGTACGCATATATATAAATATACATACTACTCAATAAGAAGGATCCATTCACCCCTGTTACCCTCTCTCTGTCTCTCTCCCTTTCAGTATTGCTTTATTTTTCTCTATATACACATTTATTATTGATCATGTATTCTATTATTTAACTTGATAATGATCAACTTTCAAGTGCCTAAAGTCGGTTACATAATCTTTTCTTACTCTTTATGTTTCTATTTCATATGTTGATTAAGTAATAAATACTATTACTCTTTCAATACACACACTTCGAACAAGTGTATTATTTATAATAATGATTAAGAAATTAATTCTTTAAAAGCATTTTTACCCTTCTATTTTGTTTGTTTGTTCCTCTTTTTTGGGTGTGCACCAGTTTGTTTCATGTTACTTATTACCCTGTTTGTTTGCGTGTGTTTCGGCGTCAATTTATCCTTATCTGAGGTTGAGATTACATTTGATTTTAAATGAAAAATACAATCTATCCCTAATAATAGATCAACTCACCTTCATATAGTTACTTATCTTTGCTTTTCATCATTAGGTATAATTAATTATTTATTCTGTTGCCGGTTNTTCTTCTCAAGACATAATTGATTGGTCCTTCCACGTTATAGNTTATTCTTCTTTTATTGTTGCTTTAATTATACTGTTTTGTTTTATTCTTGTGAAGTCGAAAGACAACTTGG AAAAACAA TATTTGCCTTTGTGCT ATGTANTTATTG ATTGGTACTTGAACC ATGCACATATATATATATGCGCC AGTTCAAA TCATTG TTATT TATT AGTG ATA CATT ACTAA TGG TTTG ATG AG NTATTG CTTG CTA TTA TTGATTAAAAAAAG          ]
[-] EMBL CD075427             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TGATANAGTAATAAATACTA TACTCTTTCAATACACACACTTCGAACAAGTGTATTATTTATAATAATGATTAAGAAATTAATTCTTTAAAAGCATTTTTACCCTTCTATTTTGTTTGTTTGTTCCTCTTTTTTGGGTGTGCACCAGTTTGTTTCATGTTACTTATTACCCTGTTTGTTTGCGTGTGTTTCGGCGTCAATTTATCCTTATCTGAGGTTGAGATTACATTTGATTTTAAATGAAAAATACAATCTATCCCTAATAATAGATCAACTCACCTTCATATAGTTACTTATCTTTGCTTTTCATCATTAGGTATAATTAATTATTTATTCTGTTGCCGGTTTTTCTTCTCAAGACATAATTGATTGGTCCTTCCACGTTATAGTTTATTCTTCTTTTATTGTTGCTTTAATTATACTGTTTTGTTTTATTCTTGTGAGGTCGAAAGACAACTTGGAAAAAACAATTATTTGCCTTTGTGCTAATGTA TTATTGTATTGGTACTTGAACCAATGCACATATATATATATGCGCCAAGTTCAAATTCATTGTTTATTCTATTAAGTGTATACCATTAACTAAGTGGTTTTGTATGTAGTCTATTGTCTTGTCTATTTATTTGATTTAAAAAAAAAGGAATTTG]
[+] EMBL CD140544             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGATTAAGAAATTAATTCTTTAAAAGCATTTTTACCCTTCTATTTTGTTTGTTTGTTCCTCTTTTTTGGGTGTGCACCAGTTTGTTTCATGTTACTTATTACCCTGTTTGTTTGCGTGTGTTTCGGCGTCAATTTATCCTTATCTGAGGTTGAGATTACATTCGATTTTAAATGAAAAATACAATCTATCCCTAATAATAGATCAACTCACCTTCATATAGTTACTTATCTTTGCTTTTCATCATTAGGTATAATTAATTATTTATTCTGTTGCCGGTTTTTCTTCTCAAGACATAATTGATTGGTCCTTCCACGTTA                                                                                                                                                                                                                                                                      ]




>consensus_6762#0
CNAGGCCATTATTCGGCACGAGGTGAAAATATTTCTGGAACGTTTAATGCCATTAGAAAC
GATTTAATTTATTTTTATTTTCAATCTTGACAACAACAAAAAATGGTTAACGAATAATTG
ATTAATATGATTACAAGTTACATAACCTTAATTGTTAACTTACATTGTTGACAATGTGAT
AACATATACAAATTGTACGCATATATATAAATATACATACTACTCAATAAGAAGGATCCA
TTCACCCCTGTTACCCTCTCTCTGTCTCTCTCCCTTTCAGTATTGCTTTATTTTTCTCTA
TATACACATTTATTATTGATCATGTATTCTATTATTTAACTTGATAATGATCAACTTTCA
AGTGCCTAAAGTCGGTTACATAATCTTTTCTTACTCTTTATGTTTCTATTTCATATGTTG
ATTAAGTAATAAATACTATTACTCTTTCAATACACACACTTCGAACAAGTGTATTATTTA
TAATAATGATTAAGAAATTAATTCTTTAAAAGCATTTTTACCCTTCTATTTTGTTTGTTT
GTTCCTCTTTTTTGGGTGTGCACCAGTTTGTTTCATGTTACTTATTACCCTGTTTGTTTG
CGTGTGTTTCGGCGTCAATTTATCCTTATCTGAGGTTGAGATTACATTTGATTTTAAATG
AAAAATACAATCTATCCCTAATAATAGATCAACTCACCTTCATATAGTTACTTATCTTTG
CTTTTCATCATTAGGTATAATTAATTATTTATTCTGTTGCCGGTTTTTCTTCTCAAGACA
TAATTGATTGGTCCTTCCACGTTATAGNTTATTCTTCTTTTATTGTTGCTTTAATTATAC
TGTTTTGTTTTATTCTTGTGAAGTCGAAAGACAACTTGGAAAAACAATATTTGCCTTTGT
GCTATGTANTTATTGATTGGTACTTGAACCATGCACATATATATATATGCGCCAGTTCAA
ATCATTGTTATTTATTAGTGATACATTACTAATGGTTTGATGAGNTATTGCTTGCTATTA
TTGATTAAAAAAAGAAGGAATTTG

consensusID : consensus_6762#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 318
fasta sequence

                              [TTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCTTTGTGCTAATGTATTATTGTATTGGTACTTGAACCAATGCACATATATATATATATGCGCCAAGTTCAAATTCATTGTTTATTCTATTAAGTGTATACCATTAACTAAGTGGTTTTGTATGTAGTCTATTGTCTTGTCTATTTATTTGATTTAAAAAAAAAGGAATTTGTTATGTGTAACATTGTTTCTTATTCCTGACGAATATGTATACTTGTTATTCATGTTTTACGTTATGCGGTCATCCGGTCCCGATACGCGCGCTTCCCCATACTCGGACGTCGACATGCAATAAATC]

[+] EMBL AI395753             [TTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCTTTGTGCTAATGTATTATTGTATTGGTACTTGAACCAATGCACATATATATATATATGCGCCAAGTTCAAATTCATTGTTTATTCTATTAAGTGTATACCATTAACTAAGTGGTTTTGTATGTAGTCTATTGTCTTGTCTATTTATTTGATTTAAAAAAAAAGGAATTTGTTATGTGTAACATTGTTTCTTATTCCTGACGAATATGTATACTTGTTATTCATGTTTTACGTTATGCGGTCATCCGGTCCCGATACGCGCGCTTCCCCATACTCGGACGTCGACATGCAATAAATC]




>consensus_6762#1
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCTTTGTGCTAATGTATTATTGTATTGGTACTTGAACCAA
TGCACATATATATATATATGCGCCAAGTTCAAATTCATTGTTTATTCTATTAAGTGTATA
CCATTAACTAAGTGGTTTTGTATGTAGTCTATTGTCTTGTCTATTTATTTGATTTAAAAA
AAAAGGAATTTGTTATGTGTAACATTGTTTCTTATTCCTGACGAATATGTATACTTGTTA
TTCATGTTTTACGTTATGCGGTCATCCGGTCCCGATACGCGCGCTTCCCCATACTCGGAC
GTCGACATGCAATAAATC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6762#0      CNAGGCCATTATTCGGCACGAGGTGAAAATATTTCTGGAACGTTTAATGCCATTAGAAAC 60
consensus_6762#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6762#0      GATTTAATTTATTTTTATTTTCAATCTTGACAACAACAAAAAATGGTTAACGAATAATTG 120
consensus_6762#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6762#0      ATTAATATGATTACAAGTTACATAACCTTAATTGTTAACTTACATTGTTGACAATGTGAT 180
consensus_6762#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6762#0      AACATATACAAATTGTACGCATATATATAAATATACATACTACTCAATAAGAAGGATCCA 240
consensus_6762#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6762#0      TTCACCCCTGTTACCCTCTCTCTGTCTCTCTCCCTTTCAGTATTGCTTTATTTTTCTCTA 300
consensus_6762#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6762#0      TATACACATTTATTATTGATCATGTATTCTATTATTTAACTTGATAATGATCAACTTTCA 360
consensus_6762#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6762#0      AGTGCCTAAAGTCGGTTACATAATCTTTTCTTACTCTTTATGTTTCTATTTCAT-ATGTT 419
consensus_6762#1      --------------TTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCTTTGTGCTAATGTATTATTGTATT 46
                                     **   *  * **** **   **** ** *  * * * **  * **

consensus_6762#0      GATTAAGTAATAAATACTATTACTCTTTCAATACACACACTTCGAACAAGTGTATTATTT 479
consensus_6762#1      GGTACTTGAACCAATGCACATA---TATATATATATGCGCCAAGTTCAAATTCATTGTTT 103
                      * *     **  *** *   **   * *  *** *  * *   *  *** *  *** ***

consensus_6762#0      ATAATAATGATTAAGAAATTAATTCTTTAAAAGCATTTTTACCCT-TCTATTTTGTTTGT 538
consensus_6762#1      ATTCTATTAAGT--GTATACCATTAACTAAGTGGTTTTGTATGTAGTCTATTGT-CTTGT 160
                      **  ** * * *  * *    ***   ***  *  *** **     ****** *  ****

consensus_6762#0      TTGTTCCTCTTTTTTGGGTGTGCACCAGTTTGTTTCATGTTACTTATTACCCTGTTTGTT 598
consensus_6762#1      CTATTTATTTGATTTAAAAAAAAAGGAATTTGTTATGTGTAACATTGTTTCTTATTC-CT 219
                       * **  * *  ***        *  * ******   *** ** *  *  * * **   *

consensus_6762#0      TGCGTGTGTTTCGGCGTCAATTTATCCTTATCTGAGGTTGAGATTACATTTGATTTTAAA 658
consensus_6762#1      GACGAATATGTATACTTG---TTATTCATGTTTTACGTTATGCGGTCATCCGGTCCCGA- 275
                        **  * * *   * *    **** * * * * * ***  *    ***  * *    * 

consensus_6762#0      TGAAAAATACAATCTATCCCTAATAATAGATCAACTCACCTTCATATAGTTACTTATCTT 718
consensus_6762#1      -------TACGCGCGCTTCCCCATACTCGGACG-----TCGACATGCAATAAATC----- 318
                             ***   *  * **  *** * *  *       *  ***  * * * *      

consensus_6762#0      TGCTTTTCATCATTAGGTATAATTAATTATTTATTCTGTTGCCGGTTTTTCTTCTCAAGA 778
consensus_6762#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6762#0      CATAATTGATTGGTCCTTCCACGTTATAGNTTATTCTTCTTTTATTGTTGCTTTAATTAT 838
consensus_6762#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6762#0      ACTGTTTTGTTTTATTCTTGTGAAGTCGAAAGACAACTTGGAAAAACAATATTTGCCTTT 898
consensus_6762#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6762#0      GTGCTATGTANTTATTGATTGGTACTTGAACCATGCACATATATATATATGCGCCAGTTC 958
consensus_6762#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6762#0      AAATCATTGTTATTTATTAGTGATACATTACTAATGGTTTGATGAGNTATTGCTTGCTAT 1018
consensus_6762#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6762#0      TATTGATTAAAAAAAGAAGGAATTTG 1044
consensus_6762#1      --------------------------