cluster # 6789

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Schistosoma mansoni
cluster # 6789 cluster # 6789 Sequences # 4 consensus # 2

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consensus_6789#0 length = 825 sequences # 3

consensus_6789#1 length = 437 sequences # 1

consensusID : consensus_6789#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 825
fasta sequence

                              [ATGTTTATGATTATATTCATGAAAGATGAAAACTTAAAAAGTATAATATAACTTTAAAGATATTCACAAAAATAAGTTGAAATTCATAACAATTAAAATGAAGAACTACAAAGTGAATCTTACAAATCGAGGGGGGAGGGGACAAATTTACAGAAAATAAAAAAATATATAAATACATTAAATATTTACACATCAATGAATATACTACTTAAATACTAACTATACAAATATACTACTTATTATTGATATATAAGAGCAATAAAGAAATAATTTAGAGTGTAATTGGTTGAAAATGTATATATATACAAAATGAATGAATTAACAATTGACACCTTCATTTTCCATACCTTTGTTAAATCGTGTCAGATTTTTTGTATCCGATTGAATATTGTAAGATTCATTGAGTTTTATTTGTCGTGATGGTTGCAATGATGTTTTCGATTGATTTACAACAATAACAGGTTCTAGATCAATTAAAGCTGTTTGTGAACCATCACTTTGACAACTATCACGACGATGTGAACAATTACCGGTTTTTGTTTCAATTCTATCTACATTGGAATCGATTTCACTGATAATATCATTTGTAAATACATGACTTGAATGAATTAAAAGTGAATTTCCAGTAAATGTTTCATGTTCAGATGGTGAAACTAGTAATTCATGCTTTTTACGATGTGTTGAATGAGATAAACGTTTTAAATTTAAACCACTAGGTTGTCCAGTTCTAGATAATTCTTTAACACGTGTTGGACGTGATTGATGAACTACAGATATTGATGGTGATGATAATGTAGCTGTTGAT-AATGCAATACTCCTAGTTAT]

[+] EMBL CD075757             [ATGTTTATGATTATATTCATGAAAGATGAAAACTTAAAAAGTATAATATAACTTTAAAGATATTCACAAAAATAAGTTGAAATTCATAACAATTAAAATGAAGAACTACAAAGTGAATCTTACAAATCGAGGGGGGAGGGGACAAATTTACAGAAAATAAAAAAATATATAAATACATTAAATATTTACACATCAATGAATATACTACTTAAATACTAACTATACAAATATACTACTTATTATTGATATATAAGAGCAATAAAGAAATAATTTAGAGTGTAATTGGTTGAAAATGTATATATATACAAAATGAATGAATTAACAATTGACACCTTCATTTTCCATACCTTTGTTAAATCGTGTCAGATTTTTTGTATCCGATTGAATATTGTAAGATTCATTGAGTTTTATTTGTCGTGATGGTTGCAATGATGTTTTCGATTGATTTACAACAATAACAGGTTCTAGATCAATTAAAGCTGTTTGTGAACCATCACTTTGACAACTATCACGACGATGTGAACAATTACCGGTTTTTGTTTCAATTCTATCTACATTGGAATCGATTTCACTGATAATATCATTTGTAAATACATGACTTGAATGAATTAAAAGTGAATTTncc                                                                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL CD123037             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AGATTCATTGAGTTTTATTTGTCGTGATGGTTGCAATGATGTTTTCGATTGATTTACAACAATAACAGGTTCTAGATCAATTAAAGCTGTTTGTGAACCATCACTTTGACAACTATCACGACGATGTGAACAATTACCGGTTTTTGTTTCAATTCTATCTACATTGGAATCCATTTCACTGATAATATCATTTGGAAATACATGACTTGAATGAATTAAAAGTGAATTTCCAGTAAATGTTTCATGTTCAGATGGTGAAACTAGTAATTCATGCTTTTTACGATGTGTTGAATGAGATAAACGTTTTAAATTTAAACCACTAGGTTGTCCAGTTCTAGATAATTCTTTAACACGTGTTGGACGTGATTGATGAACTACAGATATTGATGGTGATGATAATGTAGCTGTTGATAAATGCAATACTCCTAGTTAT]
[+] EMBL CD123032             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AGATTCATTGAGTTTTATTTGTCGTGATGGTTGCAATGATGTTTTCGATTGATTTACAACAATAACAGGTTCTAGATCAATTAAAGCTGTTTGTGAACCATCACTTTGACAACTATCACGACGATGTGAACAATTACCGGTTTTTGTTTCAATTCTATCTACATTGGAATCGATTTCACTGATAATATCATTTGTAAATACATGACTTGAATGAATTAAAAGTGAATTTCCAGTAAGTGTTTCATGTTCAGATGGTGAAACTAGTAATTCATGCTTTTTACGATGTGTTGAATGAGATAAACGTTTTAAATTTAAACCACTAGGTTGTCCAGTTCTAGATAATACTTTAACACGTGTTGGACGTGATTGATGAACTACAGATATTGATGGTGATGATAATGTACCTGTTGAT AATGC               ]




>consensus_6789#0
ATGTTTATGATTATATTCATGAAAGATGAAAACTTAAAAAGTATAATATAACTTTAAAGA
TATTCACAAAAATAAGTTGAAATTCATAACAATTAAAATGAAGAACTACAAAGTGAATCT
TACAAATCGAGGGGGGAGGGGACAAATTTACAGAAAATAAAAAAATATATAAATACATTA
AATATTTACACATCAATGAATATACTACTTAAATACTAACTATACAAATATACTACTTAT
TATTGATATATAAGAGCAATAAAGAAATAATTTAGAGTGTAATTGGTTGAAAATGTATAT
ATATACAAAATGAATGAATTAACAATTGACACCTTCATTTTCCATACCTTTGTTAAATCG
TGTCAGATTTTTTGTATCCGATTGAATATTGTAAGATTCATTGAGTTTTATTTGTCGTGA
TGGTTGCAATGATGTTTTCGATTGATTTACAACAATAACAGGTTCTAGATCAATTAAAGC
TGTTTGTGAACCATCACTTTGACAACTATCACGACGATGTGAACAATTACCGGTTTTTGT
TTCAATTCTATCTACATTGGAATCGATTTCACTGATAATATCATTTGTAAATACATGACT
TGAATGAATTAAAAGTGAATTTCCAGTAAATGTTTCATGTTCAGATGGTGAAACTAGTAA
TTCATGCTTTTTACGATGTGTTGAATGAGATAAACGTTTTAAATTTAAACCACTAGGTTG
TCCAGTTCTAGATAATTCTTTAACACGTGTTGGACGTGATTGATGAACTACAGATATTGA
TGGTGATGATAATGTAGCTGTTGATAATGCAATACTCCTAGTTAT

consensusID : consensus_6789#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 437
fasta sequence

                              [AGATTCATTGATTTTTATTTGTCGAGATGGTCAGCAATGATGATTTGTCCATTGATTTACAACAATAACAGGTTCTAAATCAATTAAACCTGTATGCGAACCATCACTTTGACAACTATCACGACTATGAGACCAATTACCGGATTTTGTTCCAATCCTATCTACATTGGAATCGATTTCACTGACAATATCATTTGAAAATACATGACTTGAATGAATTAACAGAGAATTTCCAATCATTGTTTCATGTTCATATGGCCGAAACTAGTAATTCATGCTTTTTACGATGTGTAGAATGAGATAAACGTTGTACATTTAAACCACTAGGTTGTCCAGATCTAGATAATTCTTTAACACGTGTTGGACGTGATTGATGAACTACAGATATTGATGGTGATGATAATGTATCTGATGATAATGCAATACTCGTACTTATT]

[+] EMBL CD123047             [AGATTCATTGATTTTTATTTGTCGAGATGGTCAGCAATGATGATTTGTCCATTGATTTACAACAATAACAGGTTCTAAATCAATTAAACCTGTATGCGAACCATCACTTTGACAACTATCACGACTATGAGACCAATTACCGGATTTTGTTCCAATCCTATCTACATTGGAATCGATTTCACTGACAATATCATTTGAAAATACATGACTTGAATGAATTAACAGAGAATTTCCAATCATTGTTTCATGTTCATATGGCCGAAACTAGTAATTCATGCTTTTTACGATGTGTAGAATGAGATAAACGTTGTACATTTAAACCACTAGGTTGTCCAGATCTAGATAATTCTTTAACACGTGTTGGACGTGATTGATGAACTACAGATATTGATGGTGATGATAATGTATCTGATGATAATGCAATACTCGTACTTATT]




>consensus_6789#1
AGATTCATTGATTTTTATTTGTCGAGATGGTCAGCAATGATGATTTGTCCATTGATTTAC
AACAATAACAGGTTCTAAATCAATTAAACCTGTATGCGAACCATCACTTTGACAACTATC
ACGACTATGAGACCAATTACCGGATTTTGTTCCAATCCTATCTACATTGGAATCGATTTC
ACTGACAATATCATTTGAAAATACATGACTTGAATGAATTAACAGAGAATTTCCAATCAT
TGTTTCATGTTCATATGGCCGAAACTAGTAATTCATGCTTTTTACGATGTGTAGAATGAG
ATAAACGTTGTACATTTAAACCACTAGGTTGTCCAGATCTAGATAATTCTTTAACACGTG
TTGGACGTGATTGATGAACTACAGATATTGATGGTGATGATAATGTATCTGATGATAATG
CAATACTCGTACTTATT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6789#0      ATGTTTATGATTATATTCATGAAAGATGAAAACTTAAAAAGTATAATATAACTTTAAAGA 60
consensus_6789#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6789#0      TATTCACAAAAATAAGTTGAAATTCATAACAATTAAAATGAAGAACTACAAAGTGAATCT 120
consensus_6789#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6789#0      TACAAATCGAGGGGGGAGGGGACAAATTTACAGAAAATAAAAAAATATATAAATACATTA 180
consensus_6789#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6789#0      AATATTTACACATCAATGAATATACTACTTAAATACTAACTATACAAATATACTACTTAT 240
consensus_6789#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6789#0      TATTGATATATAAGAGCAATAAAGAAATAATTTAGAGTGTAATTGGTTGAAAATGTATAT 300
consensus_6789#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6789#0      ATATACAAAATGAATGAATTAACAATTGACACCTTCATTTTCCATACCTTTGTTAAATCG 360
consensus_6789#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6789#0      TGTCAGATTTTTTGTATCCGATTGAATATTGTAAGATTCATTGAGTTTTATTTGTCGTGA 420
consensus_6789#1      ---------------------------------AGATTCATTGATTTTTATTTGTCGAGA 27
                                                       *********** ************ **

consensus_6789#0      TGGTT-GCAATGATGTTTT--CGATTGATTTACAACAATAACAGGTTCTAGATCAATTAA 477
consensus_6789#1      TGGTCAGCAATGATGATTTGTCCATTGATTTACAACAATAACAGGTTCTAAATCAATTAA 87
                      ****  ********* ***  * *************************** *********

consensus_6789#0      AGCTGTTTGTGAACCATCACTTTGACAACTATCACGACGATGTGAACAATTACCGGTTTT 537
consensus_6789#1      ACCTGTATGCGAACCATCACTTTGACAACTATCACGACTATGAGACCAATTACCGGATTT 147
                      * **** ** **************************** *** ** ********** ***

consensus_6789#0      TGTTTCAATTCTATCTACATTGGAATCGATTTCACTGATAATATCATTTGTAAATACATG 597
consensus_6789#1      TGTTCCAATCCTATCTACATTGGAATCGATTTCACTGACAATATCATTTGAAAATACATG 207
                      **** **** **************************** *********** *********

consensus_6789#0      ACTTGAATGAATTAAAAGTGAATTTCCAGTAAATGTTTCATGTTCAGATGGT-GAAACTA 656
consensus_6789#1      ACTTGAATGAATTAACAGAGAATTTCCAATCATTGTTTCATGTTCATATGGCCGAAACTA 267
                      *************** ** ********* * * ************* ****  *******

consensus_6789#0      GTAATTCATGCTTTTTACGATGTGTTGAATGAGATAAACGTTTTAAATTTAAACCACTAG 716
consensus_6789#1      GTAATTCATGCTTTTTACGATGTGTAGAATGAGATAAACGTTGTACATTTAAACCACTAG 327
                      ************************* **************** ** **************

consensus_6789#0      GTTGTCCAGTTCTAGATAATTCTTTAACACGTGTTGGACGTGATTGATGAACTACAGATA 776
consensus_6789#1      GTTGTCCAGATCTAGATAATTCTTTAACACGTGTTGGACGTGATTGATGAACTACAGATA 387
                      ********* **************************************************

consensus_6789#0      TTGATGGTGATGATAATGTAGCTGTTGATAATGCAATACTCCTAGTTAT- 825
consensus_6789#1      TTGATGGTGATGATAATGTATCTGATGATAATGCAATACTCGTACTTATT 437
                      ******************** *** **************** ** ****