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These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_6792#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 1022 fasta sequence
[CTATTCTTTTAGATACAACAAATTCAAATTTGAAGACAGATACAAAATTTTCTTATATTTGCATCACAGAAGAAGAGTTTCGATTAAAACGTAAACAAAAAGAATTCATTGAATGGGGATTATTTAATCGTGATTATTATGGAACTAGTAAATTAACNNNNNAACAATTAGTAAATGAAGGCAAAATATGTTGTATATCCTTAAGACCTGATTCTTTACGTAAAATACGTTCAAGTGGTCTGGATCCATATGTCATATTTATTTCACCACCAGAACGAGTAGATGATTTACAACGTTTACGTAAAAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTCTAATGATGAATTGAAAGCATGTATTGAAACAAGTCGTAAAATGGAATTACGTTTTGGTCATTGGTTTGATAGAGTAATCATTCCTGAAACATTGGATACAACTGTTACAGAATTAATTCGCTTAGCTATTAAACTTGAACTAGATCTGGAATAAATCACTGCTTGTATGGTTATTGTATTACTTTCAAATCTGGCATTTCTTTTTTTTTCTCTTTTTTCTTTTGTGTTTACTGTATAATATGTTATGAATAAACTACTGAGAACTAAATTGATCGGTAACATTGTTCTATTCAAGAAAAACAAAACATATCAACAGTTTGTTGATCTATTCAGTGTACAATGAAACGACGGACCGTGTACGAAAGTTCTTATATATATATATATATCAACAGTTTGATATTGCTGATTTTTTTTTACAATGAGAATATATTTTTGCCTTTTACTTTTAGGTGTACTTTTCTGTTTACCATTTTTCTGTAAATTAACAGTTACCTTTTATAAAACATAATTTTAATTATTATTGTGGTTGCTAATTTTTTTAACTTATTAATTTATTATTATTATTATTTTACCTCAGTATTTTGATTAGTTGTTTCTATTTTGTTCCCCTTTTTGTACGAATATGCAATTATTTAACCATTTTTTTATACAAAATAATTATGCAGAATAAAAGATTGAATAGTTGTTTTAT]
[+] EMBL CD080885 [CTATTCTTTTAGATACAACAAATTCAAATTTGAAGACAGATACAAAATTTTCTTATATTTGCATCACAGAAGAAGAGTTTCGATTAAAACGTAAACAAAAAGAATTCATTGAATGGGGATTATTTAATCGTGATTATTATGGAACTAGTAAATTAACNNNNNAACAATTAGTAAATGAAGGCAAAATATGTTGTATATCCTTAAGACCTGATTCTTTACGTAAAATACGTTCAAGTGGTCTGGATCCATATGTCATATTTATTTCACCACCAGAACGAGTAGATGATTTACAACGTTTACGTAAAAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTCTAATGATGAATTGAAAGCATGTATTGAAACAAGTCGTAAAATGGAATTACGTTTTGGTCATTGGTTTGATAGAGTAATCATTCCTGAAACATTGGATACAACTGTTACAGAATTAATTCGCTTAGCTATTAAACTTGAACTAGATCTGGAATAAATCACTGCTTGTATGGTTATTGTATTACTTTC ]
[-] EMBL CD075803 [ gatatggtTAGATCTGGAATAAATCACTGCTTGTATGGTTATTGTATTACTTTCAAATCTGGCATTTCTTTTTTTTTCTCTTTTTTCTTTTGTGTTTACTGTATAATATGTTATGAATAAACTACTGAGAACTAAATTGATCGGTAACATTGTTCTATTCAAGAAAAACAAAACATATCAACAGTTTGTTGATCTATTCAGTGTACAATGAAACGACGGACCGTGTACGAAAGTTCTTATATATATATATATATCAACAGTTTGATATTGCTGATTTTTTTTTACAATGAGAATATATTTTTGCCTTTTACTTTTAGGTGTACTTTTCTGTTTACCATTTTTCTGTAAATTAACAGTTACCTTTTATAAAACATAATTTTAATTATTATTGTGGTTGCTAATTTTTTTAACTTATTAATTTATTATTATTATTATTTTACCTCAGTATTTTGATTAGTTGTTTCTATTTTGTTCCCCTTTTTGTACGAATATGCAATTATTTAACCATTTTTTTATACAAAATAATTATGCAGAATAAAAGATTGAATAGTTGTTTTAT]
[+] EMBL CD080886 [ GTATAATATGTTATGAATAAACTACTGAGAACTAAATTGATCGGTAACATTGTTCTATTCAAG AAAAC ANACATATCAACgtgtcg ]
consensusID : consensus_6792#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 847 fasta sequence
[GGTACGAGGACAAATATGTTGTATATCCTTAAGACCTGATTTTTTACGTAAAATACGTTCACAGTGGTCTGGATCCATATGTCATATTTATTTCACCACCAGAACGAGTAGATGATTTACAACGTTTACGTAAAAATTTAAATCTAGCTGGTAATTGTTCTAATGATGAATTGAAAGCATGTATTGAAACAAGTCGTAAAATGGAATTACGTTTTGGTCATTGGTTTGATAGAGTAATCATTCCTGAAACATTGGATACAACTGTTACAGAATTAATTCGCTTAGCTATTAAACTTGAACGTGAACCAACTTGGGTACCAAGATATTGGTTAGATCTGGAATAAATCACTGCTTGTATGGTTATTGTATTACTTTCAAATCTGGCATTTCTTTTTTTTTCTCTTTTTTCTTTTGTGTTTACTGTATAATATGTTATGAATAAACTACTGAGAACTAAATTGATCGGTAACATTGTTCTATTCAAGAAAAACAAAACATATCAACAGTTTGTTGATCTATTCAGTGTACAATGAAACGACGGACCGTGTACGAAAGTTCTTATATATATATATATATCAACAGTTTGATATTGCTGATTNTTTTTTACAATGAGAATATATTTTTGCCTTTTACTTTTAGGTGTACTTTTCTGTTTACCATTTTTCTGTANATTACAGTTACCTTTTATAAACATAATTNTATTTATTATGGGGNNTGCTATTTTTTAAACTATAAATTNNATATATATTATTTACTCAGTATTTTGATAGTGTNCTATTTTGTCCCTTTTGTACGATATGCATATTAACATTTTTATACAATATATGCGNATAAGANTGATAGTGTT]
[+] EMBL CD082189 [GGTACGAGGACAAATATGTTGTATATCCTTAAGACCTGATTTTTTACGTAAAATACGTTCACAGTGGTCTGGATCCATATGTCATATTTATTTCACCACCAGAACGAGTAGATGATTTACAACGTTTACGTAAAAATTTAAATCTAGCTGGTAATTGTTCTAATGATGAATTGAAAGCATGTATTGAAACAAGTCGTAAAATGGAATTACGTTTTGGTCATTGGTTTGATAGAGTAATCATTCCTGAAACATTGGATACAACTGTTACAGAATTAATTCGCTTAGCTATTAAACTTGAACGTGAACCAACTTGGGTACCAAGATATTGGTTAGATCTGGAATAAATCACTGCTTGTATGGTTATTGTATTACTTTCAAATCTGGCATTTCTTTTTTTTTCTCTTTTTTCTTTTGTGTTTACTGTATAATATGTTATGAATAAACTACTGAGAACTAAATTGATCGGTAACATTGTTCTATTCAAGAAAAACAAAACATATCAACAGTTTGTTGATCTATTCAGTGTACAATGAAACGACGGACCGTGTACGAAAGTTCTTATATATATATATATATCAACAGTTTGATATTGCTGATTNTTTTTTACAATGAGAATATATTTTTGCCTTTTACTTTTAGGTGTACTTTTCTGTTTACCATTTTTCTGTANATTACAGTTACCTTTTATAAACATAATTNTATTTATTATGGGGNNTGCTATTTTTTAAACTATAAATTNNATATATATTATTTACTCAGTATTTTGATAGTGTNCTATTTTGTCCCTTTTGTACGATATGCATATTAACATTTTTATACAATATATGCGNATAAGANTGATAGTGTT]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_6792#0 CTATTCTTTTAGATACAACAAATTCAAATTTGAAGACAGATACAAAATTTTCTTATATTT 60
consensus_6792#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6792#0 GCATCACAGAAGAAGAGTTTCGATTAAAACGTAAACAAAAAGAATTCATTGAATGGGGAT 120
consensus_6792#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6792#0 TATTTAATCGTGATTATTATGGAACTAGTAAATTAACNNNNNAACAATTAGTAAATGAAG 180
consensus_6792#1 ---------------------------------------------------GGTACGAGG 9
* ** *
consensus_6792#0 GCAAAATATGTTGTATATCCTTAAGACCTGATTCTTTACGTAAAATACGTTCA-AGTGGT 239
consensus_6792#1 ACAAA-TATGTTGTATATCCTTAAGACCTGATTTTTTACGTAAAATACGTTCACAGTGGT 68
**** *************************** ******************* ******
consensus_6792#0 CTGGATCCATATGTCATATTTATTTCACCACCAGAACGAGTAGATGATTTACAACGTTTA 299
consensus_6792#1 CTGGATCCATATGTCATATTTATTTCACCACCAGAACGAGTAGATGATTTACAACGTTTA 128
************************************************************
consensus_6792#0 CGTAAAAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTCTAATGATGAATTGAAAGCATGTATTGAA 359
consensus_6792#1 CGTAAAAATTTAAATCTAGCTGGTAATTGTTCTAATGATGAATTGAAAGCATGTATTGAA 188
*********** *********************************
consensus_6792#0 ACAAGTCGTAAAATGGAATTACGTTTTGGTCATTGGTTTGATAGAGTAATCATTCCTGAA 419
consensus_6792#1 ACAAGTCGTAAAATGGAATTACGTTTTGGTCATTGGTTTGATAGAGTAATCATTCCTGAA 248
************************************************************
consensus_6792#0 ACATTGGATACAACTGTTACAGAATTAATTCGCTTAGCTATTAAACTTGAAC-------- 471
consensus_6792#1 ACATTGGATACAACTGTTACAGAATTAATTCGCTTAGCTATTAAACTTGAACGTGAACCA 308
****************************************************
consensus_6792#0 ----------------------TAGATCTGGAATAAATCACTGCTTGTATGGTTATTGTA 509
consensus_6792#1 ACTTGGGTACCAAGATATTGGTTAGATCTGGAATAAATCACTGCTTGTATGGTTATTGTA 368
**************************************
consensus_6792#0 TTACTTTCAAATCTGGCATTTCTTTTTTTTTCTCTTTTTTCTTTTGTGTTTACTGTATAA 569
consensus_6792#1 TTACTTTCAAATCTGGCATTTCTTTTTTTTTCTCTTTTTTCTTTTGTGTTTACTGTATAA 428
************************************************************
consensus_6792#0 TATGTTATGAATAAACTACTGAGAACTAAATTGATCGGTAACATTGTTCTATTCAAGAAA 629
consensus_6792#1 TATGTTATGAATAAACTACTGAGAACTAAATTGATCGGTAACATTGTTCTATTCAAGAAA 488
************************************************************
consensus_6792#0 AACAAAACATATCAACAGTTTGTTGATCTATTCAGTGTACAATGAAACGACGGACCGTGT 689
consensus_6792#1 AACAAAACATATCAACAGTTTGTTGATCTATTCAGTGTACAATGAAACGACGGACCGTGT 548
************************************************************
consensus_6792#0 ACGAAAGTTCTTATATATATATATATATCAACAGTTTGATATTGCTGATTTTTTTTTACA 749
consensus_6792#1 ACGAAAGTTCTTATATATATATATATATCAACAGTTTGATATTGCTGATTNTTTTTTACA 608
************************************************** *********
consensus_6792#0 ATGAGAATATATTTTTGCCTTTTACTTTTAGGTGTACTTTTCTGTTTACCATTTTTCTGT 809
consensus_6792#1 ATGAGAATATATTTTTGCCTTTTACTTTTAGGTGTACTTTTCTGTTTACCATTTTTCTGT 668
************************************************************
consensus_6792#0 AAATTAACAGTTACCTTTTATAAAACATAATTTTAATTATTATTGTGGTTGCTAATTTTT 869
consensus_6792#1 ANATTA-CAGTTACCTTTTATAAA-CATAATTNTATTTATTATGGGGNNTGCTA--TTTT 724
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consensus_6792#0 TTAACTTATTAATTTATTATTATTATTATTTTACCTCAGTATTTTGATTAGTTGTTTCTA 929
consensus_6792#1 TTAAACTATAAATTNNATATA--TATTATTT--ACTCAGTATTTTGAT-AGTG--TNCTA 777
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consensus_6792#0 TTTTGTTCCCCTTTTTGTACGAATATGCAATTATTTAACCATTTTTTTATACAAAATAAT 989
consensus_6792#1 TTTTGTCCC---TTTTGTACGA-TATGCA--TATTAA--CATTTTTATACAATATATGCG 829
****** ** ********** ****** **** * ******* ** * * **
consensus_6792#0 TATGCAGAATAAAAGATTGAATAGTTGTTTTAT 1022
consensus_6792#1 NATA-AGANTGATAGTGTT-------------- 847
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||