cluster # 6803

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Schistosoma mansoni
cluster # 6803 cluster # 6803 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_6803#0 length = 820 sequences # 1

consensus_6803#1 length = 805 sequences # 3

consensusID : consensus_6803#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 820
fasta sequence

                              [CAAGATTTATTTTAAGTCATTAACAAACAAAAATGTTGAAACATATATCTACAAAGTTATTAGTGATGCGAATGACTATTTATAGATGCTTATGGAGGATGTCTTTAAGATAATTTCTCAACTTGAACAGCTGGAGGGGGTTCCTTTTTATTANACCTNCATTCGTTGGGAGGAGTCGCCCTTCCTTATTTGTGCTATCCCAGTTAGCCACCCTGGGACTTTTAACTTTCTGTTCTAACAGTCCATCTTGCTCTTNCAATATTATTTTATAATAAAAGNNCCCNNNGNGNGGGGGGGNNNNNNNNNNNAATGTCTGCCCAGCGGAAACAGAACGTGAACTGCTCTTTTTTTTTTCCCNNCCCCCCCTGAATCAGCAGATAGTGTTTTTTTTNNNNNNCNNTTGACCCAATTATGGATGGAAAAACCCTGATTCACCCTAATTTTTTGAAAAAAAAACCATCCATATGGGGCTCAGTGGGTTGAATTTTACTATCCACTGATGGAGGGATGAATATTTGCTCTACCTTCAATGGACCAGCCATAATGACTGATGTTTTAGGTTGGCCCTTTTTAAAAATTTTAATCCACTTTAACACTTTGAATTTAGGCTGCCCCTTTTACCTCGAAAAAATGATTTTCCATGTTCCAGTTGGGATTCAAAACAAGGTTTGGAAGGGAAATAACCGGGCCAATTTTGTCTGCGGCCACCTCGGAAAAAAAACAATCTTTTGGGGGGGGGAAACCCCCCCGGAGGGAGGGGGGGGGGCCACCCACCACACCCCCAAANNNNTTTANNNGGGGGCTGGTTTTTCCTCTTTTT]

[+] EMBL CD076146             [CAAGATTTATTTTAAGTCATTAACAAACAAAAATGTTGAAACATATATCTACAAAGTTATTAGTGATGCGAATGACTATTTATAGATGCTTATGGAGGATGTCTTTAAGATAATTTCTCAACTTGAACAGCTGGAGGGGGTTCCTTTTTATTANACCTNCATTCGTTGGGAGGAGTCGCCCTTCCTTATTTGTGCTATCCCAGTTAGCCACCCTGGGACTTTTAACTTTCTGTTCTAACAGTCCATCTTGCTCTTNCAATATTATTTTATAATAAAAGNNCCCNNNGNGNGGGGGGGNNNNNNNNNNNAATGTCTGCCCAGCGGAAACAGAACGTGAACTGCTCTTTTTTTTTTCCCNNCCCCCCCTGAATCAGCAGATAGTGTTTTTTTTNNNNNNCNNTTGACCCAATTATGGATGGAAAAACCCTGATTCACCCTAATTTTTTGAAAAAAAAACCATCCATATGGGGCTCAGTGGGTTGAATTTTACTATCCACTGATGGAGGGATGAATATTTGCTCTACCTTCAATGGACCAGCCATAATGACTGATGTTTTAGGTTGGCCCTTTTTAAAAATTTTAATCCACTTTAACACTTTGAATTTAGGCTGCCCCTTTTACCTCGAAAAAATGATTTTCCATGTTCCAGTTGGGATTCAAAACAAGGTTTGGAAGGGAAATAACCGGGCCAATTTTGTCTGCGGCCACCTCGGAAAAAAAACAATCTTTTGGGGGGGGGAAACCCCCCCGGAGGGAGGGGGGGGGGCCACCCACCACACCCCCAAANNNNTTTANNNGGGGGCTGGTTTTTCCTCTTTTT]




>consensus_6803#0
CAAGATTTATTTTAAGTCATTAACAAACAAAAATGTTGAAACATATATCTACAAAGTTAT
TAGTGATGCGAATGACTATTTATAGATGCTTATGGAGGATGTCTTTAAGATAATTTCTCA
ACTTGAACAGCTGGAGGGGGTTCCTTTTTATTANACCTNCATTCGTTGGGAGGAGTCGCC
CTTCCTTATTTGTGCTATCCCAGTTAGCCACCCTGGGACTTTTAACTTTCTGTTCTAACA
GTCCATCTTGCTCTTNCAATATTATTTTATAATAAAAGNNCCCNNNGNGNGGGGGGGNNN
NNNNNNNNAATGTCTGCCCAGCGGAAACAGAACGTGAACTGCTCTTTTTTTTTTCCCNNC
CCCCCCTGAATCAGCAGATAGTGTTTTTTTTNNNNNNCNNTTGACCCAATTATGGATGGA
AAAACCCTGATTCACCCTAATTTTTTGAAAAAAAAACCATCCATATGGGGCTCAGTGGGT
TGAATTTTACTATCCACTGATGGAGGGATGAATATTTGCTCTACCTTCAATGGACCAGCC
ATAATGACTGATGTTTTAGGTTGGCCCTTTTTAAAAATTTTAATCCACTTTAACACTTTG
AATTTAGGCTGCCCCTTTTACCTCGAAAAAATGATTTTCCATGTTCCAGTTGGGATTCAA
AACAAGGTTTGGAAGGGAAATAACCGGGCCAATTTTGTCTGCGGCCACCTCGGAAAAAAA
ACAATCTTTTGGGGGGGGGAAACCCCCCCGGAGGGAGGGGGGGGGGCCACCCACCACACC
CCCAAANNNNTTTANNNGGGGGCTGGTTTTTCCTCTTTTT

consensusID : consensus_6803#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 805
fasta sequence

                              [CAAGATTTATTTTAAGTCATTAACAA-ACAANAATGTTGAAACATATATCTACAAAGTTATTAGTGATGCGAATGACTATTTATAGATGCTTATGGAGGATGTCTTTAAGATAATTTCTCAACTTGAACAGCTGGAGGGGGTTCACTTGTTAATAAATCCACAATCGTTTGGAGGAGTCGTCCTTCCTTATTTGTGCTATCCCAGTTAGCCACGCTAGGACTTTTAAACTTCTGTTCTAACAGTCCATCCATGCATTTCCGTAAATCTTTTAATAAATTGACTACTTTCAACTCCCCACTGAATTTAATCCATTGATCAATGGTGAAAAGACTTGTATCGTTCTTTGATATTTCTATATTACCACTGAAAAATAGCAAAGGTCTCAGTGATATAACAGTTGAGTCGAATATGGATGGATAAGATCCTGATTCAAGCTTAGTTTTTGTAAAATAAACCATCCATATAGGCTCAGTTGGTTGAATTTTACTATTTACTGATGATGGATGAATATTTGCTCTACCTTCAGATGGACAAGCCATAATGACTGATGTTTTAGGTTTGCCCTCTTTAGTAAATCTTGGATCCACTTTTACAACATTTGGATATAATGCTGCACACATTATAGCTCGGAAAAGATTGATATTCCATTGATTACAGTTTGCATTCGAATCATCAGGTTTTGGAGTGGCAATATACCTTCGTTCATATAACAATTGTGCATAATCATTCATAAGTCGAATAATGTCTTTGTATCCTCTACATCACAGAGTACCAGTATCTCACCTGCGTGCCGAATTAAGGCCTC]

[+] EMBL AA999235             [CAAGATTTATTTTAAGTCATTAACAA ACAAAAATGTTGAAACATATATCTACAAAGTTATTAGTGATGCGAATGACTATTTATAGATGCTTATGGAGGATGTCTTTAAGATAATTTCTCAACTTGAACAGCTGGCGGGGGTTCACTTGTTAATAAATCCACAATCGTTTGGAGGAGTCGTCCTTCCTTATTTGTGCTATCCCAGTTAGCCACGCTAGGACTTTTAAACTTCTGTTCTAACAGTCCATCCATGCATTTCCGTAAATCTTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[-] EMBL CD081760             [ AAGATTTA TTTAAGTCATTAACAA ACAANAATGTTGAAACATATATCTACAAAGTTATTAGTGATGCGAATGACTATTTATAGATGCTTATGGAGGATGTCTTTAAGATAATTTCTCAACTTGAACAGCTGGAGGGGGTTCACTTGTTAATAAATCCACAATCGTTTGGAGGAGTCGTCCTTCCTTATTTGTGCTATCCCAGTTAGCCACGCTAGGACTTTTAAACTTCTGTTCTAACAGTCCATCCATGCATTTCCGTAAATCTTTTAATAAATTGACTACTTTCAACTCCCCACTGAATTTAATCCATTGATCAATGGTGAAAAGACTTGTATCGTTCTTTGATATTTCTATATTACCACTGAAAAATAGCAAAGGTCTCAGTGATATAACAGTTGAGTCGAATATGGATGGATAAGATCCTGATTCAAGCTTAGTTTTTGTAAAATAAACCATCCATATAGGCTCAGTTGGTTGAATTTTACTATTTACTGATGATGGATGAATATTTGCTCTACCTTCAGATGGACAAGCCATAATGACTGATGTTTTAGGTTTGCCCTCTTTAGTAAATCTTGGATCCACTTTTACAACATTTGGATATAATGCTGCACACATTATAGCTCGGAAAAGATTGATATTCCATTGATTACAGTTTGCATTCGAATCATCAGGTTTTGGAGTGGCAATATACCTTCGTTCATATAACAATTGTGCATAATCATTCATAAGTCGAATAATGTCTTTGTATCCTCTACATCACAGAGTACCAGTATCTCACCTGCGTGCCGAATTAAGGCCTC]
[-] EMBL CD082548             [ AAGATTTATTNTAAGTCATTAACAACANNANAATGTTGAAACATATATCTACANAGTTATTAGTGATGCGAATGACTATTANTAGATGCTTATGGAGGATGTCTNTAAGATAATTTCTCAACTTGAACAGCTGGAGGGGGTTCACTTGTTAATAAATCCACAATCGTTTGGAGGAGTCGTCCTTCCTTATTTGTGCTATCCCAGTTAGCCACGCTAGGACTTTTAAACTTCTGTTCTAACAGTCCATCCATGCATTTCCGTAAATCTTTTAATAAATTGACTACTTTCAACTCCCCACTGAATTTAATCCATTGATCAATGGTGAAAAGACTTGTATCGTTCTTTGATATTTCTATATTACCACTGAAAAATAGCAAAGGTCTCAGTGATATAACAGTTGAGTCGAATATGGATGGATAAGATCCTGATTCAAGCTTAGTTTTTGTAAAATAAACCATCCATATAGGCTCAGTTGGTTGAATTTTACTATTTACTGATGATGGATGAATATTTGCTCTACCTTCAGATGGACAAGCCATAATGACTGATGTTTTAGGTTTGCCCTCTTTAGTAAATCTTGGATCCACTTTTACAACATTTGGATATAATGCTGCACACATTATAGCTCGGAAAAGATTGATATTCCATTGATTACAGTTTGCATTCGAATCATCAGGTTTTGGAGTGGCAATATA                                                                                                              ]




>consensus_6803#1
CAAGATTTATTTTAAGTCATTAACAAACAANAATGTTGAAACATATATCTACAAAGTTAT
TAGTGATGCGAATGACTATTTATAGATGCTTATGGAGGATGTCTTTAAGATAATTTCTCA
ACTTGAACAGCTGGAGGGGGTTCACTTGTTAATAAATCCACAATCGTTTGGAGGAGTCGT
CCTTCCTTATTTGTGCTATCCCAGTTAGCCACGCTAGGACTTTTAAACTTCTGTTCTAAC
AGTCCATCCATGCATTTCCGTAAATCTTTTAATAAATTGACTACTTTCAACTCCCCACTG
AATTTAATCCATTGATCAATGGTGAAAAGACTTGTATCGTTCTTTGATATTTCTATATTA
CCACTGAAAAATAGCAAAGGTCTCAGTGATATAACAGTTGAGTCGAATATGGATGGATAA
GATCCTGATTCAAGCTTAGTTTTTGTAAAATAAACCATCCATATAGGCTCAGTTGGTTGA
ATTTTACTATTTACTGATGATGGATGAATATTTGCTCTACCTTCAGATGGACAAGCCATA
ATGACTGATGTTTTAGGTTTGCCCTCTTTAGTAAATCTTGGATCCACTTTTACAACATTT
GGATATAATGCTGCACACATTATAGCTCGGAAAAGATTGATATTCCATTGATTACAGTTT
GCATTCGAATCATCAGGTTTTGGAGTGGCAATATACCTTCGTTCATATAACAATTGTGCA
TAATCATTCATAAGTCGAATAATGTCTTTGTATCCTCTACATCACAGAGTACCAGTATCT
CACCTGCGTGCCGAATTAAGGCCTC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6803#0      CAAGATTTATTTTAAGTCATTAACAAACAAAAATGTTGAAACATATATCTACAAAGTTAT 60
consensus_6803#1      CAAGATTTATTTTAAGTCATTAACAAACAANAATGTTGAAACATATATCTACAAAGTTAT 60
                      ****************************** *****************************

consensus_6803#0      TAGTGATGCGAATGACTATTTATAGATGCTTATGGAGGATGTCTTTAAGATAATTTCTCA 120
consensus_6803#1      TAGTGATGCGAATGACTATTTATAGATGCTTATGGAGGATGTCTTTAAGATAATTTCTCA 120
                      ************************************************************

consensus_6803#0      ACTTGAACAGCTGGAGGGGGTTC-CTTTTTATTANACCTNCATTCGTTGGGAGGAGTCGC 179
consensus_6803#1      ACTTGAACAGCTGGAGGGGGTTCACTTGTTAATAAATCCACAATCGTTTGGAGGAGTCGT 180
                      *********************** *** *** ** * *  ** ***** ********** 

consensus_6803#0      CCTTCCTTATTTGTGCTATCCCAGTTAGCCACCCTGGGACTTTTAACTTTCTGTTCTAAC 239
consensus_6803#1      CCTTCCTTATTTGTGCTATCCCAGTTAGCCACGCTAGGACTTTTAAACTTCTGTTCTAAC 240
                      ******************************** ** **********  ************

consensus_6803#0      AGTCCATCTTGCTCTTNCAATATTATTTTATAATAAAAGNNCCCNNNGNGNGGGGGGGNN 299
consensus_6803#1      AGTCCATCCATGCATTTCCGTAA-ATCTTTTAATAAATTGACTACTTTCAACTCCC--CA 297
                      ********      ** *  **  ** ** *******    *                  

consensus_6803#0      NNNNNNNNNAATGTCTGCCCAGCGGAAACAGAACGTGAACTGCTCTTTTTTTTTTCCCNN 359
consensus_6803#1      CTGAATTTAATCCATTGATCAATGGTGAAAAGACTTGTATCGTTCTTTGATATTTCTATA 357
                               *     **  **  **  * *  ** ** *  * *****  * ****    

consensus_6803#0      CCCCCCCTGAATCAGCAGATAGTGTTTTTTTTNNNNNNCNNTTGACCCAATTATGGATGG 419
consensus_6803#1      TTACCACTGAAA-AATAGCAAAGGTCTCAGTGATATAACAGTTGAGTCGAATATGGATGG 416
                         ** *****  *  **  *  ** *   *       *  ****  * * *********

consensus_6803#0      A-AAAACCCTGATTCACCCTAATTTTTTGAAAAAAAAACCATCCATATGGGGCTCAGTGG 478
consensus_6803#1      ATAAGATCCTGATTCAAGCTTAGTTTTTGTAAAATAAACCATCCATATAGG-CTCAGTTG 475
                      * ** * *********  ** * ****** **** ************* ** ****** *

consensus_6803#0      GTTGAATTTTACTATCCACTGATGGAGGGATGAATATTTGCTCTACCTTCA-ATGGACCA 537
consensus_6803#1      GTTGAATTTTACTATTTACTGATG-ATGGATGAATATTTGCTCTACCTTCAGATGGACAA 534
                      ***************  ******* * ************************ ****** *

consensus_6803#0      GCCATAATGACTGATGTTTTAGGTTGGCCCTTTTTA--AAAATTTTAATCCACTTT---A 592
consensus_6803#1      GCCATAATGACTGATGTTTTAGGTTTGCCCTCTTTAGTAAATCTTGGATCCACTTTTACA 594
                      ************************* ***** ****  ***  **  *********   *

consensus_6803#0      ACACTTTGAATTTAGGCTGCCCCTTTTAC--CTCGAAAAAA--TGATTTTCCAT--GTTC 646
consensus_6803#1      ACATTTGGATATAATGCTGCACACATTATAGCTCGGAAAAGATTGATATTCCATTGATTA 654
                      *** ** **  * * ***** *   ***   **** ****   **** ******   ** 

consensus_6803#0      CAGTTGGGATTCAAAACA--AGGTTTGGAAGGGAAATAACCGGGCCAATTTTGTCTGCGG 704
consensus_6803#1      CAGTTTGCATTCGAATCATCAGGTTTTGGAGTGG-----------CAATAT-ACCTTCGT 702
                      ***** * **** ** **  ****** * ** *            **** *   ** ** 

consensus_6803#0      CCACCTCGGAAAAAAA-ACAATCTTTTGGGGGGGGGAAACCCCCCCGGAGGGAGGGGGGG 763
consensus_6803#1      TCATATAACAATTGTGCATAATCATTCATAAGTCGAATAATGTCTTTGTATC-------- 754
                       **  *   **      * **** **     *  * * *    *   *            

consensus_6803#0      GGGCCACCCACCACACCCCCAAANNNNTTTANNNGGGGGCTGGTTTTTCCTCTTTTT 820
consensus_6803#1      ---CTCTACATCACAGAGTACCAGTATCTCACCTGCGTGCCGAATTAAGGCCTC--- 805
                         *    ** ****       *     * *   * * ** *  **     **