cluster # 6863

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Schistosoma mansoni
cluster # 6863 cluster # 6863 Sequences # 4 consensus # 2

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consensus_6863#0 length = 849 sequences # 3

consensus_6863#1 length = 687 sequences # 1

consensusID : consensus_6863#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 849
fasta sequence

                              [GGTCACGACAACCTCATTGGAATTATTAGTAATCTATAATTGTGGATTATGGTGCCGTATGCAGCTCGATCACACCAAGCTATTCTGATTTAAGTAGTTATGTTAAAATTGTTAGACAGTTACTGCGTCAAAACATTACCACCAAATGTTCTTTATCTACCAGATTTTATAAATGAAGAAGAAGAACAAGAACTATTAAAACATATTTATTCTGCCCCATTACCAAAGTGGGTTTCTCTACGTGGTAGACGCTTACAAAATTGGGGTGGTATTCCTCATGTCAAAGGAATGTTGGCTGAAAAAGTTCCACAGTGGTTGCAGAAGTATATGGATCGTGTTTCTGCATTGTGTTTATTTGATAAAAACAACAGTAATAATAAGGCGAATCATGTTTTGGTGAATGAATATGAATCAGGACAAGGTATATTTCCTCATCATGATGGACCACTTTACTATCCTGTTGTTGCTACAATCAATCTTAATTCTTATGGAATTCTGGACTTTTATGAGCCGTTGGATACTTCTTCAGACCCACAAACAAAATCAACGTTATTTAATGATCGTTATATTGGCTCAGTTTATTTGAAAGCTCGTAGCTTAAATATTGTTGCCGA-AAAATGTATACACATTATATGCATGGGATTGCTGAACGTANCAATGACTTATTAATAATTATGAGACTGCTTGAACGTTCTGAAGAATCGTTGAAATGCTGCTGTATTCATAATGGACTGCGACAGTTTCGAGATATCAGTCCAGTATGTCGTCTGGTAACGTGTTCAGTACTATCCTTGTGCTATGTAGTAGACACTGGATACTTATTGCGGAATAACTGTTCCTTATACTATA]

[+] EMBL CD081949             [GGTCACGACAACCTCATTGGAATTATTAGTAATCTATAATTGTGGATTATGGTGCCGTATGCAGCTCGATCACACCAAGCTATTCTGATTTAAGTAGTTATGTTAAAATTGTTAGACAGTTACTGCGTCAAAACATTACCACCAAATGTTCTTTATCTACCAGATTTTATAAATGAAGAAGAAGAACAAGAACTATTAAAACATATTTATTCTGCCCCATTACCAAAGTGGGTTTCTCTACGTGGTAGACGCTTACAAAATTGGGGTGGTATTCCTCATGTCAAAGGAATGTTGGCTGAAAAAGTTCCACAGTGGTTGCAGAAGTATATGGATCGTGTTTCTGCATTGTGTTTATTTGATAAAAACAACAGTAATAATAAGGCGAATCATGTTTTGGTGAATGAATATGAATCAGGACAAGGTATATTTCCTCATCATGATGGACCACTTTACTATCCTGTTGTTGCTACAATCAATCTTAATTCTTATGGAATTCTGGACTTTTATGAGCCGTTGGATACTTCTTCAGACCCACAAACAAAATCAACGTTATTTAATGATCGTTATATTGGCTCAGTTTATTTGAAAGCTCGTAGCTTAAATATTGTTGCCGA AAAATGTATACACATTATATGCATGGGATTGCTGAACGTANCAATGACTTATTAATAATTATGAGACTGCTTGAACGTTCTGAAGAATCGTTGAAATGCTGCTGTATTCATAATGGACTGCGACAGTTTCGAGATATCAGTCCAGTATGTCGTCTGGTAACGTGTTCAGTACTATCCTTGTGCTATGTAGTAGACACTGGATACTTATTGCGGAATAACTGTTCCTTATACTATA]
[+] EMBL CD077769             [                                                                                                                                                                                    GAAGAGCATG ACTATTAAAACATATTTATTCTGCCCCATTACCAAAGTGGGTTTCTCTACGTGGTAGACGCTTACAAAATTGGGGTGGGATTCCTCATGTCAAAGGAATGTTGGCTGAAAAAGTcc                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[-] EMBL CD142782             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TCCTCATCATGATGGACCACTTTACTACCCTGTTGTGGCTACAATCAATCTTAATTCTTATGGGATTCTGGACTTTTATGAGCCGTGGGATACTTCTTCAAATCCACAAACAAAATCAACGTTATTTAATGATCGTTATATTGGCTCAGTTTATCTAAAAGCTCGTAGCTTAAATATTGTTGCCGATAAAATGTATAC                                                                                                                                                                                                                                ]




>consensus_6863#0
GGTCACGACAACCTCATTGGAATTATTAGTAATCTATAATTGTGGATTATGGTGCCGTAT
GCAGCTCGATCACACCAAGCTATTCTGATTTAAGTAGTTATGTTAAAATTGTTAGACAGT
TACTGCGTCAAAACATTACCACCAAATGTTCTTTATCTACCAGATTTTATAAATGAAGAA
GAAGAACAAGAACTATTAAAACATATTTATTCTGCCCCATTACCAAAGTGGGTTTCTCTA
CGTGGTAGACGCTTACAAAATTGGGGTGGTATTCCTCATGTCAAAGGAATGTTGGCTGAA
AAAGTTCCACAGTGGTTGCAGAAGTATATGGATCGTGTTTCTGCATTGTGTTTATTTGAT
AAAAACAACAGTAATAATAAGGCGAATCATGTTTTGGTGAATGAATATGAATCAGGACAA
GGTATATTTCCTCATCATGATGGACCACTTTACTATCCTGTTGTTGCTACAATCAATCTT
AATTCTTATGGAATTCTGGACTTTTATGAGCCGTTGGATACTTCTTCAGACCCACAAACA
AAATCAACGTTATTTAATGATCGTTATATTGGCTCAGTTTATTTGAAAGCTCGTAGCTTA
AATATTGTTGCCGAAAAATGTATACACATTATATGCATGGGATTGCTGAACGTANCAATG
ACTTATTAATAATTATGAGACTGCTTGAACGTTCTGAAGAATCGTTGAAATGCTGCTGTA
TTCATAATGGACTGCGACAGTTTCGAGATATCAGTCCAGTATGTCGTCTGGTAACGTGTT
CAGTACTATCCTTGTGCTATGTAGTAGACACTGGATACTTATTGCGGAATAACTGTTCCT
TATACTATA

consensusID : consensus_6863#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 687
fasta sequence

                              [CATTGGGATTATTAATAATCTATTATTGTGGATTATGGTGCCGTATGCGGCTCGGTCACGCCAAACTTTTCTGATCTAAGTAACGTCTCCTAACTTTTCTTTGTGTTTATAAATGGTAGTTATGTTAAAATTATTGGACAGTTACTGCGTCAAAACATTACCACCAAATGTTCTTTATCTACCAGGTTTTATAAATGAAGAAGAAGAACAGGAACTACTAAAATATATTTATTCTGCCCCATTACCAAAGTGGGTTTCTCTACGTGGTAGACGTTTACAAAATTGGGGTGGTATTCCTCATGTTAAAGGAATGTTGACTGAAAAAGTTCCACAGTGGTTACAGAAGTACATGGATCGTGTTTCTGAATTGTGTTTATTTGATAATAACAACAGTAATAATAAGGCGAATCATGTTTTGGTGAATGAATATGAATCAGGACAAGGTATATTTCCTCATCATGATGGACCACTNTACTATCCTGTTGTTGCTACAATCAATCTTAATTCTTATGGGATTCTGGACTTTTATGAGCCGGTGAATACTTCTTCAAATCCACAAACAAAATCAACGTTATTTAATGATCGTTATATTGGCTCAGTTTATCCTAAAGCTCGTAGCTTAAATATTTGTGCCGATAAAATGGATACACATTATATGCATGGGATCGCTGAACGTACAACTGACTT]

[+] EMBL CD136914             [CATTGGGATTATTAATAATCTATTATTGTGGATTATGGTGCCGTATGCGGCTCGGTCACGCCAAACTTTTCTGATCTAAGTAACGTCTCCTAACTTTTCTTTGTGTTTATAAATGGTAGTTATGTTAAAATTATTGGACAGTTACTGCGTCAAAACATTACCACCAAATGTTCTTTATCTACCAGGTTTTATAAATGAAGAAGAAGAACAGGAACTACTAAAATATATTTATTCTGCCCCATTACCAAAGTGGGTTTCTCTACGTGGTAGACGTTTACAAAATTGGGGTGGTATTCCTCATGTTAAAGGAATGTTGACTGAAAAAGTTCCACAGTGGTTACAGAAGTACATGGATCGTGTTTCTGAATTGTGTTTATTTGATAATAACAACAGTAATAATAAGGCGAATCATGTTTTGGTGAATGAATATGAATCAGGACAAGGTATATTTCCTCATCATGATGGACCACTNTACTATCCTGTTGTTGCTACAATCAATCTTAATTCTTATGGGATTCTGGACTTTTATGAGCCGGTGAATACTTCTTCAAATCCACAAACAAAATCAACGTTATTTAATGATCGTTATATTGGCTCAGTTTATCCTAAAGCTCGTAGCTTAAATATTTGTGCCGATAAAATGGATACACATTATATGCATGGGATCGCTGAACGTACAACTGACTT]




>consensus_6863#1
CATTGGGATTATTAATAATCTATTATTGTGGATTATGGTGCCGTATGCGGCTCGGTCACG
CCAAACTTTTCTGATCTAAGTAACGTCTCCTAACTTTTCTTTGTGTTTATAAATGGTAGT
TATGTTAAAATTATTGGACAGTTACTGCGTCAAAACATTACCACCAAATGTTCTTTATCT
ACCAGGTTTTATAAATGAAGAAGAAGAACAGGAACTACTAAAATATATTTATTCTGCCCC
ATTACCAAAGTGGGTTTCTCTACGTGGTAGACGTTTACAAAATTGGGGTGGTATTCCTCA
TGTTAAAGGAATGTTGACTGAAAAAGTTCCACAGTGGTTACAGAAGTACATGGATCGTGT
TTCTGAATTGTGTTTATTTGATAATAACAACAGTAATAATAAGGCGAATCATGTTTTGGT
GAATGAATATGAATCAGGACAAGGTATATTTCCTCATCATGATGGACCACTNTACTATCC
TGTTGTTGCTACAATCAATCTTAATTCTTATGGGATTCTGGACTTTTATGAGCCGGTGAA
TACTTCTTCAAATCCACAAACAAAATCAACGTTATTTAATGATCGTTATATTGGCTCAGT
TTATCCTAAAGCTCGTAGCTTAAATATTTGTGCCGATAAAATGGATACACATTATATGCA
TGGGATCGCTGAACGTACAACTGACTT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6863#0      GGTCACGACAACCTCATTGGAATTATTAGTAATCTATAATTGTGGATTATGGTGCCGTAT 60
consensus_6863#1      --------------CATTGGGATTATTAATAATCTATTATTGTGGATTATGGTGCCGTAT 46
                                    ****** ******* ******** **********************

consensus_6863#0      GCAGCTCGATCACACCAAGCTATTCTGATTTAAGTA------------------------ 96
consensus_6863#1      GCGGCTCGGTCACGCCAAACTTTTCTGATCTAAGTAACGTCTCCTAACTTTTCTTTGTGT 106
                      ** ***** **** **** ** ******* ******                        

consensus_6863#0      ------------GTTATGTTAAAATTGTTAGACAGTTACTGCGTCAAAACATTACCACCA 144
consensus_6863#1      TTATAAATGGTAGTTATGTTAAAATTATTGGACAGTTACTGCGTCAAAACATTACCACCA 166
                                  ************** ** ******************************

consensus_6863#0      AATGTTCTTTATCTACCAGATTTTATAAATGAAGAAGAAGAACAAGAACTATTAAAACAT 204
consensus_6863#1      AATGTTCTTTATCTACCAGGTTTTATAAATGAAGAAGAAGAACAGGAACTACTAAAATAT 226
                      ******************* ************************ ****** ***** **

consensus_6863#0      ATTTATTCTGCCCCATTACCAAAGTGGGTTTCTCTACGTGGTAGACGCTTACAAAATTGG 264
consensus_6863#1      ATTTATTCTGCCCCATTACCAAAGTGGGTTTCTCTACGTGGTAGACGTTTACAAAATTGG 286
                      *********************************************** ************

consensus_6863#0      GGTGGTATTCCTCATGTCAAAGGAATGTTGGCTGAAAAAGTTCCACAGTGGTTGCAGAAG 324
consensus_6863#1      GGTGGTATTCCTCATGTTAAAGGAATGTTGACTGAAAAAGTTCCACAGTGGTTACAGAAG 346
                      ***************** ************ ********************** ******

consensus_6863#0      TATATGGATCGTGTTTCTGCATTGTGTTTATTTGATAAAAACAACAGTAATAATAAGGCG 384
consensus_6863#1      TACATGGATCGTGTTTCTGAATTGTGTTTATTTGATAATAACAACAGTAATAATAAGGCG 406
                      ** **************** ****************** *********************

consensus_6863#0      AATCATGTTTTGGTGAATGAATATGAATCAGGACAAGGTATATTTCCTCATCATGATGGA 444
consensus_6863#1      AATCATGTTTTGGTGAATGAATATGAATCAGGACAAGGTATATTTCCTCATCATGATGGA 466
                      ************************************************************

consensus_6863#0      CCACTTTACTATCCTGTTGTTGCTACAATCAATCTTAATTCTTATGGAATTCTGGACTTT 504
consensus_6863#1      CCACTNTACTATCCTGTTGTTGCTACAATCAATCTTAATTCTTATGGGATTCTGGACTTT 526
                      ***** ***************************************** ************

consensus_6863#0      TATGAGCCGTTGGATACTTCTTCAGACCCACAAACAAAATCAACGTTATTTAATGATCGT 564
consensus_6863#1      TATGAGCCGGTGAATACTTCTTCAAATCCACAAACAAAATCAACGTTATTTAATGATCGT 586
                      ********* ** *********** * *********************************

consensus_6863#0      TATATTGGCTCAGTTTATTTGAAAGCTCGTAGCTTAAATATTGTTGCCGA-AAAATGTAT 623
consensus_6863#1      TATATTGGCTCAGTTTATCCTAAAGCTCGTAGCTTAAATATTTGTGCCGATAAAATGGAT 646
                      ******************   *********************  ****** ****** **

consensus_6863#0      ACACATTATATGCATGGGATTGCTGAACGTANCAATGACTTATTAATAATTATGAGACTG 683
consensus_6863#1      ACACATTATATGCATGGGATCGCTGAACGTACAACTGACTT------------------- 687
                      ******************** **********  * ******                   

consensus_6863#0      CTTGAACGTTCTGAAGAATCGTTGAAATGCTGCTGTATTCATAATGGACTGCGACAGTTT 743
consensus_6863#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6863#0      CGAGATATCAGTCCAGTATGTCGTCTGGTAACGTGTTCAGTACTATCCTTGTGCTATGTA 803
consensus_6863#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6863#0      GTAGACACTGGATACTTATTGCGGAATAACTGTTCCTTATACTATA 849
consensus_6863#1      ----------------------------------------------