cluster # 6946

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Schistosoma mansoni
cluster # 6946 cluster # 6946 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_6946#0 length = 647 sequences # 3

consensus_6946#1 length = 228 sequences # 1

consensusID : consensus_6946#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 647
fasta sequence

                              [TTATTTAGATGTTTATTTTCGGTGAGTTTTTATTTGTGTACAGATCTGTGTCCATACACAATGAAAAACAGATAGATAATTTGTTTATTTTCTTCTGCTTTCTAATCTGCTAAACATGAATATGTAAAAGGTCGTACTTTTGTAGTTCCCTTTCTGAATCACTACTTATCAGTTTGCAGTTTTAATGTTCTATATTTTGTTATGTATGCGTGTTTTGTCCATCGAACAAGCCTATTTGCCTCACTCTATACCATTAATATACTAAACTATTCATAAGTCTATTTATTTACACGTACCTTCACAAATCTAGTAAATGTCAAATATCCATCAAATCCATTGATG-AAGTAAG-AATTCATTTATTTTTTTAGTAGAAAAGCTTTTCCAGTGATGAAAAAGAAGAAATACCAATTTTGTACCTTTTTGAAAAGATGTCATATTATTTTTCGTTTGATAATGATAATGTTATTATTGATAATAATAATAATGATGGTTTAAGCCTGGAAAAAATAGTTGATAAATAATTAACTATTTTGTTCAAGCTTAAATTGTATTTCATTTTTGCTATTTTCAGTTTCTTTAGTGTTTTAATTTGTTAATCTTGTTAATTTTTTTCATTAAATACACATAAACGTTTTGTTTCGTGTTAT]

[+] EMBL CD094213             [TTATTTAGATGTTTATTTTCGGTGAGTTTTTATTTGTGTACAGATCTGTGTCCATACACAATGAAAAACAGATAGATAATTTGTTTATTTTCTTCTGCTTTCTAATCTGCTAAACATGAATATGTAAAAGGTCGTACTTTTGTAGTTCCCTTTCTGAATCACTACTTATCAGTTTGCAGTTTTAATGTTCTATATTTTGTTATGTATGCGTGTTTTG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AI977586             [                                                                                    TTATTTTCTTCTGCTTTCTAATCTGCTAAACATGAATATGTAAAAGGTCGTACTTTTGTAGTTCCCTTTCTGAATCACTACTTATCAGTTTGCAGTTTTAATGTTCTATATTTTGTTATGTATGCGTGTTTTGTCCATCGAACAAGCCTATTTGCCTCACTCTATACCATTAATATACTAAACTATTCATAAGTCTATTTATTTACACGTACCTTCACAAATCTAGTAAATGTCAAATATCCATCAAATCCATTGATG AAGTAAG AATTCATTTATTTTTTTAGTAGAAAAGCTTTTCCAGTGATGAAAAAGAAGAAATACCAATTTTGTACCTTTTTGAAAAGATGTCATATTATTTTTCGTTTGATAATGATAATGTTATTATTGATAATAATAATAATGATGGTTTAAGCCTGGAAAAAATAGTTGATAAATAATTAACTATTTTGTTCAAGCTTAAATTGTATTTCATTTTTGCTATTTTCAGTTTCTTTAGTGTTTTAATTTGTTAATCTTGTTAATTTTTTTCATTAAATACACATAAACGTTTTGTTTCGTGTTAT]
[+] EMBL AA559735             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATCAAATCCATTGATGAAAGTAAGAAATNCATTTATTTTTTTAGTAGAAAAGCTTTNCCAGTGATGAAAAAGAAGAAATACCAATTTTGTACCTTTTTGAAAAGATGTCATATTATTTTNCGTTTGATAATGATAATGTTATTATTGATAATAATAATAATGATGGTTTAAGCCTGGAAAAAATAGTTGATAAATAATTAACTATTTTGTNCAAGCTTAAATTGTATTTCATTTTNGCTATTTCCAGTTNCTTTAGTGTTTTAATTTGTTAATCTTGTTAATTTTTTCCATTA                              ]




>consensus_6946#0
TTATTTAGATGTTTATTTTCGGTGAGTTTTTATTTGTGTACAGATCTGTGTCCATACACA
ATGAAAAACAGATAGATAATTTGTTTATTTTCTTCTGCTTTCTAATCTGCTAAACATGAA
TATGTAAAAGGTCGTACTTTTGTAGTTCCCTTTCTGAATCACTACTTATCAGTTTGCAGT
TTTAATGTTCTATATTTTGTTATGTATGCGTGTTTTGTCCATCGAACAAGCCTATTTGCC
TCACTCTATACCATTAATATACTAAACTATTCATAAGTCTATTTATTTACACGTACCTTC
ACAAATCTAGTAAATGTCAAATATCCATCAAATCCATTGATGAAGTAAGAATTCATTTAT
TTTTTTAGTAGAAAAGCTTTTCCAGTGATGAAAAAGAAGAAATACCAATTTTGTACCTTT
TTGAAAAGATGTCATATTATTTTTCGTTTGATAATGATAATGTTATTATTGATAATAATA
ATAATGATGGTTTAAGCCTGGAAAAAATAGTTGATAAATAATTAACTATTTTGTTCAAGC
TTAAATTGTATTTCATTTTTGCTATTTTCAGTTTCTTTAGTGTTTTAATTTGTTAATCTT
GTTAATTTTTTTCATTAAATACACATAAACGTTTTGTTTCGTGTTAT

consensusID : consensus_6946#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 228
fasta sequence

                              [AGCTTCAATTGTCTGAAAAAGAAAAAATACCGGGGGTGTACCTTTTTGAAAAGATGTCATATTATTTTTCGTTTGATAATGATAATGTGATTATTGATAATAATAATAATGATGGTTTAAGCCTGGAAAAAATATTTGATAAATAATTAACTATTTTGTTCAAGCTCAAATCGTATTTCATTTTTGCTATTTTCACATTCTTTAGAGTGTTAATATGTTAATCTCGTT]

[+] EMBL CD119667             [AGCTTCAATTGTCTGAAAAAGAAAAAATACCGGGGGTGTACCTTTTTGAAAAGATGTCATATTATTTTTCGTTTGATAATGATAATGTGATTATTGATAATAATAATAATGATGGTTTAAGCCTGGAAAAAATATTTGATAAATAATTAACTATTTTGTTCAAGCTCAAATCGTATTTCATTTTTGCTATTTTCACATTCTTTAGAGTGTTAATATGTTAATCTCGTT]




>consensus_6946#1
AGCTTCAATTGTCTGAAAAAGAAAAAATACCGGGGGTGTACCTTTTTGAAAAGATGTCAT
ATTATTTTTCGTTTGATAATGATAATGTGATTATTGATAATAATAATAATGATGGTTTAA
GCCTGGAAAAAATATTTGATAAATAATTAACTATTTTGTTCAAGCTCAAATCGTATTTCA
TTTTTGCTATTTTCACATTCTTTAGAGTGTTAATATGTTAATCTCGTT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6946#0      TTATTTAGATGTTTATTTTCGGTGAGTTTTTATTTGTGTACAGATCTGTGTCCATACACA 60
consensus_6946#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6946#0      ATGAAAAACAGATAGATAATTTGTTTATTTTCTTCTGCTTTCTAATCTGCTAAACATGAA 120
consensus_6946#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6946#0      TATGTAAAAGGTCGTACTTTTGTAGTTCCCTTTCTGAATCACTACTTATCAGTTTGCAGT 180
consensus_6946#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6946#0      TTTAATGTTCTATATTTTGTTATGTATGCGTGTTTTGTCCATCGAACAAGCCTATTTGCC 240
consensus_6946#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6946#0      TCACTCTATACCATTAATATACTAAACTATTCATAAGTCTATTTATTTACACGTACCTTC 300
consensus_6946#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6946#0      ACAAATCTAGTAAATGTCAAATATCCATCAAATCCATTGATGAAGTAAGAATTCATTTAT 360
consensus_6946#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6946#0      TTTTTTAGTAGAAAAGCTTTTCCAGTGATGAAAAAGAAGAAATACCAATTTTGTACCTTT 420
consensus_6946#1      --------------AGCTTCAATTGTC-TGAAAAAGAAAAAATACCGGGGGTGTACCTTT 45
                                    *****     **  ********** *******     *********

consensus_6946#0      TTGAAAAGATGTCATATTATTTTTCGTTTGATAATGATAATGTTATTATTGATAATAATA 480
consensus_6946#1      TTGAAAAGATGTCATATTATTTTTCGTTTGATAATGATAATGTGATTATTGATAATAATA 105
                      ******************************************* ****************

consensus_6946#0      ATAATGATGGTTTAAGCCTGGAAAAAATAGTTGATAAATAATTAACTATTTTGTTCAAGC 540
consensus_6946#1      ATAATGATGGTTTAAGCCTGGAAAAAATATTTGATAAATAATTAACTATTTTGTTCAAGC 165
                      ***************************** ******************************

consensus_6946#0      TTAAATTGTATTTCATTTTTGCTATTTTCAGTTTCTTTAGTGTTTTAATTTGTTAATCTT 600
consensus_6946#1      TCAAATCGTATTTCATTTTTGCTATTTTCACATTCTTTAGAGTGTTAATATGTTAATCTC 225
                      * **** ***********************  ******** ** ***** ********* 

consensus_6946#0      GTTAATTTTTTTCATTAAATACACATAAACGTTTTGTTTCGTGTTAT 647
consensus_6946#1      GTT-------------------------------------------- 228
                      ***