cluster # 7123

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Schistosoma mansoni
cluster # 7123 cluster # 7123 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_7123#0 length = 273 sequences # 3

consensus_7123#1 length = 234 sequences # 1

consensusID : consensus_7123#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 273
fasta sequence

                              [ATAATCATGCCAGGTTGTGGTGGTGGTAGTGGAAACTGTAAATGCTGTTTCTGGATGTGCATCGGGTAAAGGATGTGATTGTCCATCTGGTCAATGTCAATGTTCTGGGTGTACGTGTGGATGTTCGTGTCCTTCCAAATGCAAATAAGATAACATTCAGTCATTTTAAACTGTATTCAGATTCATTAATTATTGTTAATTGCATAATATGTTGATAAATGATAATAAAATATTTAATTTTAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]

[-] EMBL AI740208             [ATAATCATGCCAGGTTGTGGTGGTGGTAGTGGAAACTGTAAATGCTGTTTCTGGATGTGCATCGGGTAAAGGATGTGATTGTCCATCTGGTCAATGTCAATGTTCTGGGTGTACGTGTGGATGTTCGTGTCCTTCCAAATGCAAATAAGATAACATTCAGTCATTTTAAACTGTATTCAGATTCATTAATTATTGTTAATTGCATAATATGTTGATAAATGATAATAAAATATT                                       ]
[+] EMBL SM006                [              TTGTGGTGGTGGTAGTGGAAACTGTAAATGCTG TTCTGGATGTGCATCGGGTAAAGGATGTGATTGTCCATCTGGTCAATGTCAATGTTCTGGGTGTACGTGTGGATGTTCGTGTCCTCCCAAATGCAAATAAGATAACATTCAGTCATTTTAAACTGTATTCAGATTCATTAATTATTGTTAATTGCATAATATGTTGATAAATGATAATAAAACATTTAATTTTAACCAAAAA                       ]
[-] EMBL AI395247             [                                                                                                                       GATGTTCGTGTCCTTCCAAATGCAAATAAGATAACATTCAGTCATTTTAAACTGTATTCAGATTCATTAATTATTGTTAATTGCATAATATGTTGATAAATGATAATAAAATA TTAA TTTACCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]




>consensus_7123#0
ATAATCATGCCAGGTTGTGGTGGTGGTAGTGGAAACTGTAAATGCTGTTTCTGGATGTGC
ATCGGGTAAAGGATGTGATTGTCCATCTGGTCAATGTCAATGTTCTGGGTGTACGTGTGG
ATGTTCGTGTCCTTCCAAATGCAAATAAGATAACATTCAGTCATTTTAAACTGTATTCAG
ATTCATTAATTATTGTTAATTGCATAATATGTTGATAAATGATAATAAAATATTTAATTT
TAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

consensusID : consensus_7123#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 234
fasta sequence

                              [GAGGCAATATCATGNNAGGNNGNTGTGGTGGNGGTGNAAANTGTAAATGNTNTTCTGGATGTGCATCGGGTNATGGATGTGATTGTCCATCTGGTCAATGTCATTGTTCTGGGTGTACGTGTGGATGTTCGTGTCCTTCCAANTTCAAATANGATAACATTCAGTCAGTTTANACTGTNTGCATANACATTAATTATTGCATAATTGCATAATCTGTTGNTAAATGATAATAAC]

[+] EMBL SM7141               [GAGGCAATATCATGNNAGGNNGNTGTGGTGGNGGTGNAAANTGTAAATGNTNTTCTGGATGTGCATCGGGTNATGGATGTGATTGTCCATCTGGTCAATGTCATTGTTCTGGGTGTACGTGTGGATGTTCGTGTCCTTCCAANTTCAAATANGATAACATTCAGTCAGTTTANACTGTNTGCATANACATTAATTATTGCATAATTGCATAATCTGTTGNTAAATGATAATAAC]




>consensus_7123#1
GAGGCAATATCATGNNAGGNNGNTGTGGTGGNGGTGNAAANTGTAAATGNTNTTCTGGAT
GTGCATCGGGTNATGGATGTGATTGTCCATCTGGTCAATGTCATTGTTCTGGGTGTACGT
GTGGATGTTCGTGTCCTTCCAANTTCAAATANGATAACATTCAGTCAGTTTANACTGTNT
GCATANACATTAATTATTGCATAATTGCATAATCTGTTGNTAAATGATAATAAC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7123#0      -----ATAATCATGCCAGGTTGTGGTGGTGGTAGTGGAAACTGTAAATGCTGTTTCTGGA 55
consensus_7123#1      GAGGCAATATCATGNNAGGNNGNTGTGGTGGNGGTGNAAANTGTAAATGNTNTT-CTGGA 59
                           *  ******  ***  *  *******  *** *** ******** * ** *****

consensus_7123#0      TGTGCATCGGGTAAAGGATGTGATTGTCCATCTGGTCAATGTCAATGTTCTGGGTGTACG 115
consensus_7123#1      TGTGCATCGGGTNATGGATGTGATTGTCCATCTGGTCAATGTCATTGTTCTGGGTGTACG 119
                      ************ * ***************************** ***************

consensus_7123#0      TGTGGATGTTCGTGTCCTTCCAAATGCAAATAAGATAACATTCAGTCATTTTAAACTGTA 175
consensus_7123#1      TGTGGATGTTCGTGTCCTTCCAANTTCAAATANGATAACATTCAGTCAGTTTANACTGTN 179
                      *********************** * ****** *************** **** ***** 

consensus_7123#0      TTCAGATTCATTAATTATTGT-TAATTGCATAATATGTTGATAAATGATAATAAAATATT 234
consensus_7123#1      TGCATANACATTAATTATTGCATAATTGCATAATCTGTTGNTAAATGATAATAAC----- 234
                      * ** *  ************  ************ ***** *************      

consensus_7123#0      TAATTTTAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 273
consensus_7123#1      ---------------------------------------