cluster # 7795

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 7795 cluster # 7795 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_7795#0 length = 642 sequences # 4

consensus_7795#1 length = 392 sequences # 1

consensusID : consensus_7795#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 642
fasta sequence

                              [CTCGGGCCAAGATTCGGCACGAGGCGAGTTGAAAAAATTATTCCCCTCTGTCCTTTCCCAAACACACACACACACATACAC----TTTGTGTATGTTTGTATGCTGATTTCTTATTGTCTTACAATAAAATAGACATGATAGCATTGTAATACTAGTAGTATAGATATATATTATTATTCATATTTTATTGTTTCTTATTCTATTCCTATTCTATTTTGAACTACAATCATGAACTCTTTATGTTTGTGTCTGCCTCCTTGAAGTTTCCCTGTCCTGTTCTATGTTGTCATATATTGATAGGATTATCTAATCAGAGTTTTAATTGTGGATCTATCTATTCATACCGTCGGTGTCATTTGAATTGTTTTCCTTTTTTTTTTGTATTTAATCAGAAACAAATACGTAAATCATGGTAAATTTTTTTTCCATATGCGTTACCGCTTGCAAAATGACCTAATACCACATAGCTGACTGCATATTTAAATTGGCTTTATCATCCCTAATACTCCATTTTCTTTTTTCCAGCCTCATGATGTTCTTCCATTCGGTTGATTATACTAGTACTACCACTATTCAGGTTGTGAGCCTATATGTGTATGTGTGAGTATATCATCAGTCTGCATCGAATTGTGTTTAGTTNTTTCC]

[+] EMBL CD080507             [CTCGGGCCAAGATTCGGCACGAGGCGAGTTGAAAAAATTATTCCCCTCTGTCCTTTCCCAAACACACACACACACATACAC    TTTGTGTATGTTTGTATGCTGATTTCTTATTGTCTTACAATAAAATAGACATGATAGCATTGTAATACTAGTAGTATAGATATATATTATTATTCATATTTTATTGTTTCTTATTCTATTCCTATTCTATTTTGAACTACAATCATGAACTCTTTATGTTTGTGTCTGCCTCCTTGAAGTTTCCCTGTCCTGTTCTATGTTGTCATATATTGATAGGATTATCTAATCAGAGTTTTAATTGTGGATCTATCTATTCATACCGTCGGTGTCATTTGAATTGTTTTCCTTTTTTTTTTGTATTTAATCAGAAACAAATACGTAAATCATGGTAAATTTTTTTTCCATATGCGTTACCGCTTGCAAAATGACCTAATACCACATAGCTGACTGCATATTTAAATTGGCTTTATCATCCCTAATACTCCATTTTCTTTTTTCCAGCCTCATGATGTTCTTCCATTCGGTTGATTATACTAGTACTACCACTATTCAGGTTGTGAGCCTATATGTGTATGTGTGAGTATATCATCAGTCTGCATCGAATTGTGTTTAGTTNTTTC ]
[+] EMBL AI976879             [                                              TCTGTCCTTTCCCAAACACACACACACACATACACTTTGTTTGTGTATGTTTGTATGCTGATTTCTTATTGTCTTACAATAAAATAGACATGATAGCATTGTAATACTAGTAGTATAGATATATATTATTATTCATATTTTATTGTTTCTTATTCTATTCCTATTCTATTTTGAACTACAATCATGAACTCTTTATGTTTGTGTCTGCCTCCTTGAAGTTTCCCTGTCCTGTTCTATGTTGTCATATATTGATAGGATTATCTAATCAGAGTTTTAATTGTGGATCTATCTATTCATACCGTCGGTGTCATTTGAATTGTTTTCC TTTTTTTTTGTATTTAATCAGAAACAAATACGTAAATCATGGTAAA TTTTTTTCCATATGCGTTACCGCTTGCAAAATGACCTAATACCACATAGCTGACTGCATATTTAAATTGGCTTTATCATCCCTAATA                                                                                                                                            ]
[+] EMBL CD065255             [                                                                                                               TTATTGTCTTACAATAAAATAGACATGATAGCATTGTAATACTAGTAGTATAGATATATATTATTATTCATATTTTATTGTTTCTTATTCTATTCCTATTCTATTTTGAACTACAATCATGAACTCTTTATGTTTGTGTCTGCCTCCTTGAAGTTTCCCTGTCCTGTTCTATGTTGTCATATATTGATAGGgggt                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ]
[-] EMBL CD074418             [                                                                                                                                                           GTAGTATAGATATATATTATTATTCATATTTTATTGTTTCTTATTCTATTCCTATTCTATTTTGAACTACAATCATGAACTCTTTATGTTTGTGTCTGCCTCCTTGAAGTTTCCCTGTCCTGTTCTATGTTGTCATATATTGATAGGATTATCTAATCAGAGTTTTAATTGTGGATCTATCTATTCATACCGTCGGTGTCATTTGAATTGTTTTCCTTTTTTTTTTGTATTTAATCAGAAACAAATACGTAAATCATGGTAAATTTTTTTTCCATATGCGTTACCGCTTGCAAAATGACCTAATACCACATAGCTGACTGCATATTTAAATTGGCTTTATCATCCCTAATACTCCATTTTCTTTTTTCCAGCCTCATGATGTTCTTCCATTCGGTTGATTATACTAGTACTACCACTATTCAGGTTGTGAGCCTATATGTGTATGTGTGAGTATATCATCAGTCTGCATCGAATTGTGTTTAGTTTTTTCC]




>consensus_7795#0
CTCGGGCCAAGATTCGGCACGAGGCGAGTTGAAAAAATTATTCCCCTCTGTCCTTTCCCA
AACACACACACACACATACACTTTGTGTATGTTTGTATGCTGATTTCTTATTGTCTTACA
ATAAAATAGACATGATAGCATTGTAATACTAGTAGTATAGATATATATTATTATTCATAT
TTTATTGTTTCTTATTCTATTCCTATTCTATTTTGAACTACAATCATGAACTCTTTATGT
TTGTGTCTGCCTCCTTGAAGTTTCCCTGTCCTGTTCTATGTTGTCATATATTGATAGGAT
TATCTAATCAGAGTTTTAATTGTGGATCTATCTATTCATACCGTCGGTGTCATTTGAATT
GTTTTCCTTTTTTTTTTGTATTTAATCAGAAACAAATACGTAAATCATGGTAAATTTTTT
TTCCATATGCGTTACCGCTTGCAAAATGACCTAATACCACATAGCTGACTGCATATTTAA
ATTGGCTTTATCATCCCTAATACTCCATTTTCTTTTTTCCAGCCTCATGATGTTCTTCCA
TTCGGTTGATTATACTAGTACTACCACTATTCAGGTTGTGAGCCTATATGTGTATGTGTG
AGTATATCATCAGTCTGCATCGAATTGTGTTTAGTTNTTTCC

consensusID : consensus_7795#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 392
fasta sequence

                              [CACATACACTTTGTTTGTGTATGTTTGTATGCTGATTTCTTATTGTCTTACGAATAAAATAGACACTGATAGCATTCGTAATAACTAGTAGTAATAGAATATATAATTATTAATTCATAATTTTAATTGTTTTCTTATGTCTAGGTCCTATGTCTAGTTTTGAAACTACAATGCATGAAACTCTTAATGTNTTGTGTCTGCCTCCCTTGAAGTTGTCCCTGTCCTGTTCTAATGTTGTCAAAAAATGAATAGGATTATCTAAATCAGAGTTTTAATTGTGGATCTATCTATTCATACCGTCGGTGTCATTTGAATTGTTTTCCTTTTTTTTTTGTATTTAATCAGAAACAAATACGTAAATCATGGTAAATTTTTTTCCATATGCGTTACCG]

[-] EMBL CD159716             [CACATACACTTTGTTTGTGTATGTTTGTATGCTGATTTCTTATTGTCTTACGAATAAAATAGACACTGATAGCATTCGTAATAACTAGTAGTAATAGAATATATAATTATTAATTCATAATTTTAATTGTTTTCTTATGTCTAGGTCCTATGTCTAGTTTTGAAACTACAATGCATGAAACTCTTAATGTNTTGTGTCTGCCTCCCTTGAAGTTGTCCCTGTCCTGTTCTAATGTTGTCAAAAAATGAATAGGATTATCTAAATCAGAGTTTTAATTGTGGATCTATCTATTCATACCGTCGGTGTCATTTGAATTGTTTTCCTTTTTTTTTTGTATTTAATCAGAAACAAATACGTAAATCATGGTAAATTTTTTTCCATATGCGTTACCG]




>consensus_7795#1
CACATACACTTTGTTTGTGTATGTTTGTATGCTGATTTCTTATTGTCTTACGAATAAAAT
AGACACTGATAGCATTCGTAATAACTAGTAGTAATAGAATATATAATTATTAATTCATAA
TTTTAATTGTTTTCTTATGTCTAGGTCCTATGTCTAGTTTTGAAACTACAATGCATGAAA
CTCTTAATGTNTTGTGTCTGCCTCCCTTGAAGTTGTCCCTGTCCTGTTCTAATGTTGTCA
AAAAATGAATAGGATTATCTAAATCAGAGTTTTAATTGTGGATCTATCTATTCATACCGT
CGGTGTCATTTGAATTGTTTTCCTTTTTTTTTTGTATTTAATCAGAAACAAATACGTAAA
TCATGGTAAATTTTTTTCCATATGCGTTACCG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7795#0      CTCGGGCCAAGATTCGGCACGAGGCGAGTTGAAAAAATTATTCCCCTCTGTCCTTTCCCA 60
consensus_7795#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7795#0      AACACACACACACACATACACTTTGTGTATGTTTGTATGCTGATTTCTTATTGTCTTAC- 119
consensus_7795#1      --------CACATACACTTTGTTTGTGTATGTTTGTATGCTGATTTCTTATTGTCTTACG 52
                              **** ***     ************************************** 

consensus_7795#0      AATAAAATAGACA-TGATAGCATT-GTAATA-CTAGTAGTA-TAGA-TATATA-TTATTA 173
consensus_7795#1      AATAAAATAGACACTGATAGCATTCGTAATAACTAGTAGTAATAGAATATATAATTATTA 112
                      ************* ********** ****** ********* **** ****** ******

consensus_7795#0      -TTCATATTTT--ATTGTTT-CTTAT-TCTAT-TCCTAT-TCTATTTT--GAACTACAAT 224
consensus_7795#1      ATTCATAATTTTAATTGTTTTCTTATGTCTAGGTCCTATGTCTAGTTTTGAAACTACAAT 172
                       ****** ***  ******* ***** ****  ****** **** ***   *********

consensus_7795#0      -CATGAA-CTCTTTATGTTT-GTGTCTGCCTCC-TTGAAGTT-TCCCTGTCCTGTTCTA- 278
consensus_7795#1      GCATGAAACTCTTAATGTNTTGTGTCTGCCTCCCTTGAAGTTGTCCCTGTCCTGTTCTAA 232
                       ****** ***** **** * ************ ******** **************** 

consensus_7795#0      TGTTGTCATATATTGA-TAGGATTATCTAA-TCAGAGTTTTAATTGTGGATCTATCTATT 336
consensus_7795#1      TGTTGTCAAAAAATGAATAGGATTATCTAAATCAGAGTTTTAATTGTGGATCTATCTATT 292
                      ******** * * *** ************* *****************************

consensus_7795#0      CATACCGTCGGTGTCATTTGAATTGTTTTCCTTTTTTTTTTGTATTTAATCAGAAACAAA 396
consensus_7795#1      CATACCGTCGGTGTCATTTGAATTGTTTTCCTTTTTTTTTTGTATTTAATCAGAAACAAA 352
                      ************************************************************

consensus_7795#0      TACGTAAATCATGGTAAATTTTTTTTCCATATGCGTTACCGCTTGCAAAATGACCTAATA 456
consensus_7795#1      TACGTAAATCATGGTAAATTTTTTT-CCATATGCGTTACCG------------------- 392
                      ************************* ***************                   

consensus_7795#0      CCACATAGCTGACTGCATATTTAAATTGGCTTTATCATCCCTAATACTCCATTTTCTTTT 516
consensus_7795#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7795#0      TTCCAGCCTCATGATGTTCTTCCATTCGGTTGATTATACTAGTACTACCACTATTCAGGT 576
consensus_7795#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7795#0      TGTGAGCCTATATGTGTATGTGTGAGTATATCATCAGTCTGCATCGAATTGTGTTTAGTT 636
consensus_7795#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7795#0      NTTTCC 642
consensus_7795#1      ------