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consensusID : consensus_8140#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 5 consensus length = 1935 fasta sequence
[ATGAGACTAATTAATTCAGTCATTAAGTCTCCTTTTCGTCTATTAACAAGACAATTTTCAAGTGAAATTCAAATTTGTATCGTTGGTAGTGGCCCATCAGCATTTTATACTGCTCAGACTTTACTAAAAAACCATCCAGGTGTGCATATCGATATGTTTGAAAAACTTCCTTCTCCTTTTGGTCTAGTCCGTTATGGTGTTGCTCCAGATCATCCTGAAGTAAAAAATGTGATGAATACTTTTACAGAGGTTGCTAAGAATACGCGATTTTCTTTCTTGGGGAATGTTTGCATTGGAAGAGATATTAAACTGAGAGAATTACAAGAAGCTTATTCAGTCATTATTTGGGCTTATGGTACTGCTGTTGATCGACGTTTGGATATTCCTGGAGAGGATTTACCAGGTGTTTTGTCCGCTAAAGATTTAGTAGGATGGTATAATGGTGTACCCAGCGACGTCAATTTTTCTCCTGATCTCAGCTGTGAAACAGTTGCTATTATTGGTATGGGAAATGTAGCAGTTGATGTTGCACGTATTCTTCTTTCTCCAGTTGATCGATTAAAGTCTACCGATATACCAGAACCTGTGCTTGATTGTCTGTCAAGAAGTAAAGTTAAGAATGTCACTTTAATTGGTCGAAGAGGTCCGTTACATGTGGCATTTACTCTAAAA-GAAATTCGCGAACTCTCAAAACTTCATATAACCTCATCCCAGTCCAACTGTTTCATAAACTTACTACCAAAGGATGTATTTTCTGTAACTATGGGGACATCTAATCAAATTGAAGAGTTGTTATCAAGAACTTCCTCGCCCTCGGCGTCGTTTACAGAATTTCTGTTAAAAATGCATAATTCCTCCGATCACAAGATGAATCATACAGCATACCCAGTGTATCATTGTAACTTACAGTTCTTACGTTTTCCGAAAGAAATTGTTTCGTATGGGGAACATCATTCTGACAAAAATCGTTCCATAGTTTCTCACATAAAATTAGCAACAGTTAAGTTAAAAGGTCCAGCTGGTCCTCATCAGCAATGTATAATAGACGATAATCGACCCTTAGAAACTTTACCTTGC-GGTTTAGTTGTGCGTAGTATTGGCTACTGTGGTGTCCGTATTGATCCAGATTTGCCGTTCGATGAACAAAATGGAATGATTCTTTGCAAAGATAACAATGGACGCGTAGTTGATCTACCACAAGTTTCATACAATTTCTCCTTAAGTCCAATGTATTGTACTGGTTGGATTAAACGCGGTCCAATTGGTGTAATCGTCGATACAGCTGTAGATGCTCGTCAAACCGCTGAAACTATTCTCATGGATTTGTCTGAATTTGAAAAACGCAGTCATGTAGATGTATTAAACAAACGTGGACTCTCTGTAGTCCAACGTTACCTTAACGAAAGAAATGTACATGTTGTAAAGTTTAAAAATTGGGAACGTATTGATGAAGCGGAAAAATTAGCCGGTCAAATACTCGATAAACCAAGAGAAAAATTGACTACAATTCAATCTATGTTAAAAACAGCTTTTACTGATGTAGCACAACCTAAATCATCTCGCCAATAGTTTCTAGTTGTAATCTTTTATTTTTAACTGTATAAATGCTCTAAGTGGTAGGATATCTTTAATGGTTTGCATTCTTATTTCAACTCTAAATTTGTTCAATGCCAGTTAAATTTTATTAGTGCGAAATTTTATAAAAGAAATCAATTCTTATTATGACTTTTATTTTACTGCATATGGTGTCTTCATGATATTGTATGTAGCCGAAAATTTTTAAAGTATTTTCGTATGTTCAAATTCTGTGATATGGGTATGTCGTCAGTGATGAAATAACTATGATTTTTTGGTATGGATTACTCAAAAGTATAAATTGTACCCAAACAGAATTAGATTATTTTTAACGTGTTTCACAATATACTTTATTTGGAT]
[+] EMBL AY045762 [ATGAGACTAATTAATTCAGTCATTAAGTCTCCTTTTCGTCTATTAACAAGACAATTTTCAAGTGAAATTCAAATTTGTATCGTTGGTAGTGGCCCATCAGCATTTTATACTGCTCAGACTTTACTAAAAAACCATCCAGGTGTGCATATCGATATGTTTGAAAAACTTCCTTCTCCTTTTGGTCTAGTCCGTTATGGTGTTGCTCCAGATCATCCTGAAGTAAAAAATGTGATGAATACTTTTACAGAGGTTGCTAAGAATACGCGATTTTCTTTCTTGGGGAATGTTTGCATTGGAAGAGATATTAAACTGAGAGAATTACAAGAAGCTTATTCAGTCATTATTTGGGCTTATGGTACTGCTGTTGATCGACGTTTGGATATTCCTGGAGAGGATTTACCAGGTGTTTTGTCCGCTAAAGATTTAGTAGGATGGTATAATGGTGTACCCAGCGACGTCAATTTTTCTCCTGATCTCAGCTGTGAAACAGTTGCTATTATTGGTATGGGAAATGTAGCAGTTGATGTTGCACGTATTCTTCTTTCTCCAGTTGATCGATTAAAGTCTACCGATATACCAGAACCTGTGCTTGATTGTCTGTCAAGAAGTAAAGTTAAGAATGTCACTTTAATTGGTCGAAGAGGTCCGTTACATGTGGCATTTACTCTAAAA GAAATTCGCGAACTCTCAAAACTTCATATAACCTCATCCCAGTCCAACTGTTTCATAAACTTACTACCAAAGGATGTATTTTCTGTAACTATGGGGACATCTAATCAAATTGAAGAGTTGTTATCAAGAACTTCCTCGCCCTCGGCGTCGTTTACAGAATTTCTGTTAAAAATGCATAATTCCTCCGATCACAAGATGAATCATACAGCATACCCAGTGTATCATTGTAACTTACAGTTCTTACGTTTTCCGAAAGAAATTGTTTCGTATGGGGAACATCATTCTGACAAAAATCGTTCCATAGTTTCTCACATAAAATTAGCAACAGTTAAGTTAAAAGGTCCAGCTGGTCCTCATCAGCAATGTATAATAGACGATAATCGACCCTTAGAAACTTTACCTTGC GGTTTAGTTGTGCGTAGTATTGGCTACTGTGGTGTCCGTATTGATCCAGATTTGCCGTTCGATGAACAAAATGGAATGATTCTTTGCAAAGATAACAATGGACGCGTAGTTGATCTACCACAAGTTTCATACAATTTCTCCTTAAGTCCAATGTATTGTACTGGTTGGATTAAACGCGGTCCAATTGGTGTAATCGTCGATACAGCTGTAGATGCTCGTCAAACCGCTGAAACTATTCTCATGGATTTGTCTGAATTTGAAAAACGCAGTCATGTAGATGTATTAAACAAACGTGGACTCTCTGTAGTCCAACGTTACCTTAACGAAAGAAATGTACATGTTGTAAAGTTTAAAAATTGGGAACGTATTGATGAAGCGGAAAAATTAGCCGGTCAAATACTCGATAAACCAAGAGAAAAATTGACTACAATTCAATCTATGTTAAAAACAGCTTTTACTGATGTAGCACAACCTAAATCATCTCGCCAATAGTTTCTAGTTGTAATCTTTTATTTTTAACTGTATAAATGCTCTAAGTGGTAGGATATCTTTAATGGTTTGCATTCTTATTTCAACTCTAAATTTGTTCAATGCCAGTTAAATTTTATTAGTGCGAAATTTTATAAAAGAAATCAATTCTTATTATGACTTTTATTTTACTGCATATGGTGTCTTCATGATATTGTATGTAGCCGAAAATTTTTAAAGTATTTTCGTATGTTCAAATTCTGTGATATGGGTATGTCGTCAGTGATGAAATAACTATGATTTTTTGGTATGGATTACTCAAAAGTATAAATTGTACCCAAACAGAATTAGATTATTTTTAACGTGTTTCACAATATACTTTATTTGGAT]
[+] EMBL CD112254 [ GAAGCTTATTCAGTCATTATTTGGGCTTATGGTACTGCTGTTGATCGACGTTTGGATATTCCTGGAGAGGATTTACCAGGTGTTTTGTCCGCTAAAGATTTAGTAGGATGGTATAATGGTGTACCCAGCGACGTCAATTTTTCTCCTGATCTCAGCTGTGAAACAGTTGCTA TATTGGTATGGGAAATGTAGCAGTTGATGTTGCACGTATTCTTCTTTCTCCAGTTGATCGATTAAAGTCTACCGATATACCAGAACCTGTGCTTGATTGTCTGTCAAGAAGTAAAGTTAAGAATGTCACTTTAATTGGTCGAAGAGGTCCGTTACATGGGGCATTTACTCTAAAAGGAAATTCG ]
[+] EMBL CD162152 [ CAATGTATAATAGACGATAATCGACCCTTACAAACTTTACCTTGC GGGTTAGTTGTGCGTAGTATTGGCTACTGTGGTGTCCGTATTGATCCAGATTTGCCGTTCGATGAACAAAATGGA ]
[-] EMBL CD195730 [ GACCCTTAGAAACTTTACC TGCGGGTTTAGTTGTGCGTAGTATTGGCTACTGTGGTGTCCGTATTGATCCAGATTTGCCGTTCGATGAACAAAATGGAGTGATTCTTTGCAAAGATAACAATGGACGCGTAGTTGATCTACCACAAGTTTCATACAATTTCTCCTTAAGTCCAATGTATTGTACTGGTTGGATTAAACGCGGTCCAATTGGTGTAATCGTCGATACAGCTGTAGATGCTCGTCAAACCGCTGAAACTATTCTCATGGATTTGTCTGAATTTGAAAAACGCAGTCATGTAGATGTATTAAACAAACGTGGACTCTCTGTAGTCCAACGTTACCTTAACGAAAGAAATGTACATGTTGTAAAGTTTAAAA ]
[-] EMBL CD117863 [ GCTGAAACTATTCTCATGGATTTGTCTGAATTTGAAAAACGCAGTCATGTAGATGTATTAAACAAACGTGGACTCTCTGTAGTCCAACGTTACCTTAACGAAAGAAATGTACATGTTGTAAAGTTTAAAAATTGGGAACGTATTGATGAAGCGGAAAAATTAGCCGGTCAAATACTCGATAAACCAAGAGAAAAATTGACTACAATCCAATCTATGTTAAAAACAGCTTTTACTGATGTAGCACAACCTAAATCATCTCGCCAATAGTTTCTAGTTGTAATCTTTTATTTTTAACTGTATA ]
consensusID : consensus_8140#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 455 fasta sequence
[AAGCTTATTCAGTCATTATTTGGGTTTGATTTTATTGTCATAGTATAATAAATTTTCTATTTTATAAGGCTTATGGTACTGCTGTTGATCGACGTTTGGATATTCCTGGAGAGGATTTACCAGGTGTTTTGTCCGCTAAAGATTTAGTAGGATGGTATAATGGTGTACCCAGCGACGTCAATGTAAACAGCATTTTAAAAATTTTATGTTTAACAAGTTTTCTCCTGATCTCAGCTGTGAAACAGTTGCTATTATTGGTATGGGAAATGTAGCAGTTGATGTTGCACGTATTCTTCTTTCTCCAGTTGATCGATTAAAGTCTACCGATATACCAGAACCTGTGCTTGATTGTCTGTCAAGAAGTAAAGTTAAGAATGTCACTTTAATTGGTCGAAGAGGTCCGTTACATGTGGCATTTACTCTAAAAGAAATTCGCGAACTCTCAAAACTTCATA]
[-] EMBL CD200663 [AAGCTTATTCAGTCATTATTTGGGTTTGATTTTATTGTCATAGTATAATAAATTTTCTATTTTATAAGGCTTATGGTACTGCTGTTGATCGACGTTTGGATATTCCTGGAGAGGATTTACCAGGTGTTTTGTCCGCTAAAGATTTAGTAGGATGGTATAATGGTGTACCCAGCGACGTCAATGTAAACAGCATTTTAAAAATTTTATGTTTAACAAGTTTTCTCCTGATCTCAGCTGTGAAACAGTTGCTATTATTGGTATGGGAAATGTAGCAGTTGATGTTGCACGTATTCTTCTTTCTCCAGTTGATCGATTAAAGTCTACCGATATACCAGAACCTGTGCTTGATTGTCTGTCAAGAAGTAAAGTTAAGAATGTCACTTTAATTGGTCGAAGAGGTCCGTTACATGTGGCATTTACTCTAAAAGAAATTCGCGAACTCTCAAAACTTCATA]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
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consensus_8140#1 ------------------------------------------------------------
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consensus_8140#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8140#0 TTACTAAAAAACCATCCAGGTGTGCATATCGATATGTTTGAAAAACTTCCTTCTCCTTTT 180
consensus_8140#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8140#0 GGTCTAGTCCGTTATGGTGTTGCTCCAGATCATCCTGAAGTAAAAAATGTGATGAATACT 240
consensus_8140#1 ------------------------------------------------------------
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*** * * * * **** ** *
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** *** * * ** ** * ** **** * * *************
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consensus_8140#1 GCTGTTGATCGACGTTTGGATATTCCTGGAGAGGATTTACCAGGTGTTTTGTCCGCTAAA 140
************************************************************
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consensus_8140#1 GATTTAGTAGGATGGTATAATGGTGTACCCAGCGACGTCAATGTAAACAGCATTTTAAAA 200
******************************************
consensus_8140#0 -----------------TTTTCTCCTGATCTCAGCTGTGAAACAGTTGCTATTATTGGTA 505
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*******************************************
consensus_8140#0 TGGGAAATGTAGCAGTTGATGTTGCACGTATTCTTCTTTCTCCAGTTGATCGATTAAAGT 565
consensus_8140#1 TGGGAAATGTAGCAGTTGATGTTGCACGTATTCTTCTTTCTCCAGTTGATCGATTAAAGT 320
************************************************************
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consensus_8140#1 CTACCGATATACCAGAACCTGTGCTTGATTGTCTGTCAAGAAGTAAAGTTAAGAATGTCA 380
************************************************************
consensus_8140#0 CTTTAATTGGTCGAAGAGGTCCGTTACATGTGGCATTTACTCTAAAAGAAATTCGCGAAC 685
consensus_8140#1 CTTTAATTGGTCGAAGAGGTCCGTTACATGTGGCATTTACTCTAAAAGAAATTCGCGAAC 440
************************************************************
consensus_8140#0 TCTCAAAACTTCATATAACCTCATCCCAGTCCAACTGTTTCATAAACTTACTACCAAAGG 745
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***************
consensus_8140#0 ATGTATTTTCTGTAACTATGGGGACATCTAATCAAATTGAAGAGTTGTTATCAAGAACTT 805
consensus_8140#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8140#0 CCTCGCCCTCGGCGTCGTTTACAGAATTTCTGTTAAAAATGCATAATTCCTCCGATCACA 865
consensus_8140#1 ------------------------------------------------------------
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||