cluster # 8203

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Schistosoma mansoni
cluster # 8203 cluster # 8203 Sequences # 6 consensus # 2

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consensus_8203#0 length = 990 sequences # 3

consensus_8203#1 length = 549 sequences # 3

consensusID : consensus_8203#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 990
fasta sequence

                              [CGGAGCCATTAATTCGGCACGCAGGACTTTAAGCGAAAAGCTCTATTAAACAACGAATTATCAGTCAATCCAGAACTAAGGTTCACTCAATTGATTCTAAACAAGTATCCTCGCTCATACGAAACTATATTTCAACGACGTATAAGATAGAATTGGATAATTTAGATGTTTGGTTATCAAAACACCCAACTGATATAAGTGGTTGGAGTTATTTGGAAAGTGTCCTTGATGGATTAGTGGGTCAATCTATGGTTGTCGCATTATCTCCAACGCCAGATGATCAAAAATTGCAATTGGAAAACTCAATAAAGATTATTCAAAGTTATTTT-GAAAAAGTACATGACATTCTAGAGCTTTATACTGAACGAGAATGTGTATGGATGTTTCGAAG-ACGATTGATTACATTCTGGATCCAATTAAATCAATACCAATCTTCATACAATTCCAATGAAGGCATTGTAAAATTACTTA-GTCCAGT-GGAACCTTTACTTCCTAAA-TATTA-GATATTATTACAAAATTA-GAATCATCTAAGATCTATTTTACA-GGATTTTCTTTCAATGAATTTCTTAGTTGGTTATATACAAATAATCTATGCAAAGAACCATCATCATTGAAGTGGATTGATTTACTTTCTTGGAGATATTTATTTTGGTTATCAGAATATTTAACAAGTTTACTTAAAAATTTATAATTGATGATCGGTTAAAACATTGACGAATTTTGTATTTAACTTTTGCTACTTATAATTTATAAGTAGTATGATTTTTAGTTGTAAAGTTTTGAATGATTGTTTCTTGATTTAATGCATCTTGCATTGTGAGTCAGTGTTAGTATTGGTAACCTATTTTGTAATACTTATGTGTTTCCTATAATTTTCTTACACTGGTTTAA-TTTTTTTGACATAAATTGCTGTTTTCAGTGTTTATTTACTGTNTTTCTTCTG-TTTATTG-GATGAATGG-TGGNAGNNNGTCTTCTTCT--ATATATCTAATC]

[+] EMBL CD081498             [CGGAGCCATTAATTCGGCACGCAGGACTTTAAGCGAAAAGCTCTATTAAACAACGAATTATCAGTCAATCCAGAACTAAGGTTCACTCAATTGATTCTAAACAAGTATCCTCGCTCATACGAAACTATATTTCAACGACGTATAAGATAGAATTGGATAATTTAGATGTTTGGTTATCAAAACACCCAACTGATATAAGTGGTTGGAGTTATTTGGAAAGTGTCCTTGATGGATTAGTGGGTCAATCTATGGTTGTCGCATTATCTCCAACGCCAGATGATCAAAAATTGCAATTGGAAAACTCAATAAAGATTATTCAAAGTTATTTT GAAAAAGTACATGACATTCTAGAGCTTTATACTGAACGAGAATGTGTATGGATGTTTCGAAG ACGATTGATTACATTCTGGATCCAATTAAATCAATACCAATCTTCATACAATTCCAATGAAGGCATTGTAAAATTACTTA GTCCAGT GGAACCTTTACTTCCTAAA TATTA GATATTATTACAAAATTA GAATCATCTAAGATCTATTTTACA GGATTTTCTTTCAATGAATTTCTTAGTTGGTTATATACAAATAATCTATGCAAAGAACCATCATCATTGAAGTGGATTGATTTACTTTCTTGGAGATATTTATTTTGGTTATCAGAATATTTAACAAGTTTACTTAAAAATTTATAATTGATGATCGGTTAAAACATTGACGAATTTTGTATTTAACTTTTGCTACTTATAATTTATAAGTAGTATGATTTTTAGTTGTAAAGTTTTGAATGATTGTTTCTTGATTTAATGCATCTTGCATTGTGAGTCAGTGTTAGTATTGGTAACCTATTTTGTAATACTTATGTGTTTCCTATAATTTTCTTACACTGGTTTAA TTTTTTTGACATAAATTGCTGTTTTCAGTGTTTATTTACTGTNTTTCTTCTG TTTATTG GATGAATGG TGGNAGNNNGTCTTCTTCT  ATATATCTA   ]
[+] EMBL SM753                [                                                                                                                                                                                                                             GTCCTTGATGGATTAGTGGGTCAATCTATGGTTGTCGCATTATCTCCAACGCCAGATGATCAAAAATTGCAATTGGAAAACTCAATAAAGATTATTCAAAGTTATTTTGGNAAAAGTACATGACATTCTAGAGCTTTATCCTGAACGAGAATGTGTATGGATGTTTCGAAGNACGATTGATTACATTCTGGATCCAATTAAATCAATACCAATCTTCATACAATTCCAATGAAGGCATTGTAANATTACTTAGGNCCAGTGGGAACCTNTACTTCCTAAANCATTAGGATATTATTACAAAATTAGGAATCATCTAAGATCTATTCTACAGGGATTTTCTNTCAAatggaa                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[-] EMBL CD075322             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATTTTACA GGATTTTCTTTCAATGAATTTCTTAGTTGGTTATATACAAATAATCTATGCAAAGAACCATCATCATTGAAGTGGATTGATTTACTTTTTTGGAGATATTTATTTTGGTTATCAGAATATTTAACAAGTTTACTTAAAAATTTATAATTGATGATCGGTTAAAACATTGACGAATTTTGTATTTAACTTTTGCTACTTATAATTTATAAGTAGTATGATTTTTAGTTGTAAAGTTTTGAATGATTGTTTTTTGATTTAATGCATCTTGCATTGTGAGTCAGTGTTAGTATTGTTAACCTATTTTGTAATACTTATGTGTTTCCTATAATTTCTTTACCCTGTTTTAATTTTTTTTGACATAAATTGCTGTTTTCAGTGTTTATTTACTGTTTTTTTTCTGTTTTATTGTAATGAATGGTTGGAAG TGTTCTTTTTTTTAATATATCTTATC]




>consensus_8203#0
CGGAGCCATTAATTCGGCACGCAGGACTTTAAGCGAAAAGCTCTATTAAACAACGAATTA
TCAGTCAATCCAGAACTAAGGTTCACTCAATTGATTCTAAACAAGTATCCTCGCTCATAC
GAAACTATATTTCAACGACGTATAAGATAGAATTGGATAATTTAGATGTTTGGTTATCAA
AACACCCAACTGATATAAGTGGTTGGAGTTATTTGGAAAGTGTCCTTGATGGATTAGTGG
GTCAATCTATGGTTGTCGCATTATCTCCAACGCCAGATGATCAAAAATTGCAATTGGAAA
ACTCAATAAAGATTATTCAAAGTTATTTTGAAAAAGTACATGACATTCTAGAGCTTTATA
CTGAACGAGAATGTGTATGGATGTTTCGAAGACGATTGATTACATTCTGGATCCAATTAA
ATCAATACCAATCTTCATACAATTCCAATGAAGGCATTGTAAAATTACTTAGTCCAGTGG
AACCTTTACTTCCTAAATATTAGATATTATTACAAAATTAGAATCATCTAAGATCTATTT
TACAGGATTTTCTTTCAATGAATTTCTTAGTTGGTTATATACAAATAATCTATGCAAAGA
ACCATCATCATTGAAGTGGATTGATTTACTTTCTTGGAGATATTTATTTTGGTTATCAGA
ATATTTAACAAGTTTACTTAAAAATTTATAATTGATGATCGGTTAAAACATTGACGAATT
TTGTATTTAACTTTTGCTACTTATAATTTATAAGTAGTATGATTTTTAGTTGTAAAGTTT
TGAATGATTGTTTCTTGATTTAATGCATCTTGCATTGTGAGTCAGTGTTAGTATTGGTAA
CCTATTTTGTAATACTTATGTGTTTCCTATAATTTTCTTACACTGGTTTAATTTTTTTGA
CATAAATTGCTGTTTTCAGTGTTTATTTACTGTNTTTCTTCTGTTTATTGGATGAATGGT
GGNAGNNNGTCTTCTTCTATATATCTAATC

consensusID : consensus_8203#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 549
fasta sequence

                              [GTTTCTGACGGTCTGCTGAATTATCTTCTGTTAGTATCTCCTAACACAACAA-CATTCTGGAACTTTAAGCGAAAAGCTCTATTAAACAACGAATTATCAGTCAATCCAGAA-CTAAGGTTCACTCAATTGATTCTAAACAAGTATCCTCGCTCATA-CGAAACTATATTTCAA-CGTCAGTGGATTATTCACCGTTACAGTTATCTAAATGATCACGAATTTCTATTATCTGAATTGAAGTTATGTGATAAATTAGCGGACAAATATC-GTTGTAATTATGGTTTATGGCAATATCGTCGGTTTTTACTATTACATCAACAAAATCCTGAGACGTATAAGATAGAATTGGATAATTTAGATGTTTGGTTATCAAAACACCCAACTGATATAAGTGGTTGGAGTTATTTGGAAAGTGTCCTTGATGGATTAGTGGGTCAATCTATGGTTGTCGCATTATCTCCAACGCCAGATGATCAAAAATTGCAATTGGAAAACTCAATAAAGATTATTCAAAGTTATTTTGAAAAAGTACATGACATTCTAGAGCTTTAT]

[+] EMBL BF936526             [GTTTCTGACGGTCTGCTGAATTATCTTCTGTTAGTATCTCCTAACACAACAACCATTCTGGAACTTTAAGCGAAAAGCTCTATTAAACAACGAATTATCAGTCAATCCAGAACCTAAGGTTCACTCAATTGATTCTAAACAAGTATCCTCGCTCATACCGAAACTATATTTCAACCGTCAGTGGATTATTCACCGTTACAGTTATCTAAATGATCACGAATTTCTATTATCTGAATTGAAGTTATGTGATAAATTAGCGGACAAATATC GTTGTAATTATGGTTTATGGCAATATCGTCGGTTTTTACTATTACATCAACAAAATCCTGAGACGTATAAGATAGAATTGGATAATTTAGATGTTTGGTTATCAAAACACCCAACTGATATAAGTGGTTGGAGTTATTTGGAAAGTGTCCTTGATGGATTAGTGGGTCAATCTATGGTTGTCGCATTATCTCCAACGCCAGATGATCAAAAATTGCAATTGGAAAACTCAATAAAGATTATTCAAAGTTATTTTGAAAAAGTACATGACATTCTAGAGCTTTAT]
[+] EMBL AI976348             [GTTTCTGACGGTCTGCTGAATTATCTTCTGTTAGTATCTCCTAACACAACAA CATTCTGGAACTTTAAGCGAAAAGCTCTATTAAACAACGAATTATCAGTCAATCCAGAA CTAAGGTTCACTCAATTGATTCTAAACAAGTATCCTCGCTCATA CGAAACTATATTTCAA CGTCAGTGGATTATTCACCGTTACAGTTATCTAAATGATCACGAATTTCTATTATCTGAATTGAAGTTATGTGATAAATTAGCGGACAAATATC GTTGTAATTATGGTTTATGGCAATATCGTCGGTTTTTACTATTACATCAACAAAATCCTGAGACGTATAAGATAGAATTGGATAATTTAGATGTTTGGTTATCAAAACACCCAACTGATATAAGTGGTTGGAGTTATTTGGAAAGTGTCCTTGATGGATTAGTGGGTCAATCTATGGTTGTCGCATTATCTCCAACGCCAGATGATCAAAAATTGCAATTGGAAAACTCAATAAAGAT                                              ]
[+] EMBL AI975939             [GTTTCTGACGGTCTGCTGAATTATCTTCTGTTAGTATCTCCTAACACAACAA CATTCTGGAACTTTAAGCGAAAAGCTCTATTAAACAACGAATTATCAGTCAATCCAGAA CTAAGGTTCACTCAATTGATTCTAAACAAGTATCCTCGCTCATA CGAAACTATATTTCAA CGTCAGTGGATTATTCACCGTTACAGTTATCTAAATGATCACGAATTTCTATTATCTGAATTGAAGCTATGTGATAAAATAACCGACCAATTTCGGTGGTAATTATGGTTAATGGCAATATCGTCGGTTTTTACTATTACATCAACAAAATCCTGAGACGTATAAGATAGAATTGGATAATTTAGATGTTTGGTTATCAAAACACCCAACTGATATAAGTGGTTGGAGTTATTTGGAAAGTGTCCTTGATGGATTAGTGGGTCAATCTATGGTTGTCGCATTATCTCCAACGCCAGATGATCAAAAATTGCAATTGGAAAACTCAATAA                                                  ]




>consensus_8203#1
GTTTCTGACGGTCTGCTGAATTATCTTCTGTTAGTATCTCCTAACACAACAACATTCTGG
AACTTTAAGCGAAAAGCTCTATTAAACAACGAATTATCAGTCAATCCAGAACTAAGGTTC
ACTCAATTGATTCTAAACAAGTATCCTCGCTCATACGAAACTATATTTCAACGTCAGTGG
ATTATTCACCGTTACAGTTATCTAAATGATCACGAATTTCTATTATCTGAATTGAAGTTA
TGTGATAAATTAGCGGACAAATATCGTTGTAATTATGGTTTATGGCAATATCGTCGGTTT
TTACTATTACATCAACAAAATCCTGAGACGTATAAGATAGAATTGGATAATTTAGATGTT
TGGTTATCAAAACACCCAACTGATATAAGTGGTTGGAGTTATTTGGAAAGTGTCCTTGAT
GGATTAGTGGGTCAATCTATGGTTGTCGCATTATCTCCAACGCCAGATGATCAAAAATTG
CAATTGGAAAACTCAATAAAGATTATTCAAAGTTATTTTGAAAAAGTACATGACATTCTA
GAGCTTTAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8203#0      --------------------------------CGGAGCCATTAATTCGGCA----CGCAG 24
consensus_8203#1      GTTTCTGACGGTCTGCTGAATTATCTTCTGTTAGTATCTCCTAACACAACAACATTCTGG 60
                                                       * * *   ***  *  **        *

consensus_8203#0      GACTTTAAGCGAAAAGCTCTATTAAACAACGAATTATCAGTCAATCCAGAACTAAGGTTC 84
consensus_8203#1      AACTTTAAGCGAAAAGCTCTATTAAACAACGAATTATCAGTCAATCCAGAACTAAGGTTC 120
                       ***********************************************************

consensus_8203#0      ACTCAATTGATTCTAAACAAGTATCCTCGCTCATACGAAACTATATTTCAACGACGTATA 144
consensus_8203#1      ACTCAATTGATTCTAAACAAGTATCCTCGCTCATACGAAACTATATTTCAACGTC----- 175
                      ***************************************************** *     

consensus_8203#0      AGATAGAATTGGATAATTTAGATGTTTGGTTATCAAAACACCCAACTGATATAAGTGGTT 204
consensus_8203#1      -------AGTGGATTATTCACCGTTACAGTTATCTAAATGATCA-CGAATTTCTATTATC 227
                             * ***** *** *    *   ****** ***    ** *  ** *   *  * 

consensus_8203#0      GGAGTTATTTGGAAAGTGTCCTTGATGGATTAGTGGGTCAATCTATGGTTGTCGCATTAT 264
consensus_8203#1      TGAATT------GAAGT-TATGTGATAAATTAGCGGACAAA--TATCGTTGT--AATTAT 276
                       ** **       **** *   ****  ***** **   **  *** *****   *****

consensus_8203#0      CTCCAACGCCAG-ATGATCAAAAATTGCAATTGGAAAACTCAATAAAGATTATTCAAAGT 323
consensus_8203#1      GGTTTATGGCAATATCGTCGGTTTTTACTATTACA----TCAACAAA----ATCCTGAGA 328
                           * * **  **  **     ** * ***  *    **** ***    ** *  ** 

consensus_8203#0      TATTTTGAAAAAGTACATGACATTCTAGAGCTTTA--TACTGAACGAG--AATGTGTATG 379
consensus_8203#1      CGTAT-AAGATAGAATTGGATAATTTAGATGTTTGGTTATCAAAACACCCAACTGATATA 387
                        * *  * * ** *   ** * * ****  ***   **   **  *   **    *** 

consensus_8203#0      GATGTTTCGAAGACGATTGATTACATTCTGGATCCAAT--TAAATCAATAC-CAATCTTC 436
consensus_8203#1      AGTGGTTGGAGTTATTTGGAAAGTGTCCTTGATGGATTAGTGGGTCAATCTATGGTTGTC 447
                        ** ** **      * **     * ** ***  * *  *   *****      *  **

consensus_8203#0      ATACAAT-TCCAATGA-AGGCATTGTAAAATTACTTAGTCCAGTGGAACCTTTACTTCCT 494
consensus_8203#1      GCATTATCTCCAACGCCAGATGATCAAAAATTGC---AATTGGAAAACTCAATAAAGATT 504
                        *  ** ***** *  **    *  ****** *        *   *  *  **     *

consensus_8203#0      AAATATTAGATATTATTACAAAATTAGAATCATCTAAGATCTATTTTACAGGATTTTCTT 554
consensus_8203#1      ATTCAA-AGTTATTTTGAAAAAGTACATGACATTCTAGAGCTTTAT-------------- 549
                      *   *  ** **** * * *** *      ***   *** ** * *              

consensus_8203#0      TCAATGAATTTCTTAGTTGGTTATATACAAATAATCTATGCAAAGAACCATCATCATTGA 614
consensus_8203#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8203#0      AGTGGATTGATTTACTTTCTTGGAGATATTTATTTTGGTTATCAGAATATTTAACAAGTT 674
consensus_8203#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8203#0      TACTTAAAAATTTATAATTGATGATCGGTTAAAACATTGACGAATTTTGTATTTAACTTT 734
consensus_8203#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8203#0      TGCTACTTATAATTTATAAGTAGTATGATTTTTAGTTGTAAAGTTTTGAATGATTGTTTC 794
consensus_8203#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8203#0      TTGATTTAATGCATCTTGCATTGTGAGTCAGTGTTAGTATTGGTAACCTATTTTGTAATA 854
consensus_8203#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8203#0      CTTATGTGTTTCCTATAATTTTCTTACACTGGTTTAATTTTTTTGACATAAATTGCTGTT 914
consensus_8203#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8203#0      TTCAGTGTTTATTTACTGTNTTTCTTCTGTTTATTGGATGAATGGTGGNAGNNNGTCTTC 974
consensus_8203#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8203#0      TTCTATATATCTAATC 990
consensus_8203#1      ----------------