cluster # 8432

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Schistosoma mansoni
cluster # 8432 cluster # 8432 Sequences # 6 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_8432#0 length = 749 sequences # 5

consensus_8432#1 length = 607 sequences # 1

consensusID : consensus_8432#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 749
fasta sequence

                              [TCTTAGCAACAAATAAATACATAATGCTTAAATAATAGTTACAACGATATATTGAAAGTTATTCATTAGCTGTTATGATTGAATACTATTAGCACTATAATACAACTAATGTATTATCCTTAACAG---TAATAATAATAATAATAATAGTTAAAGATGAGTACTGAGAACGTTTTCCAATATTCTTTTTCAATTCATGGATCTAGAGTGATTTGTATGTTAAAACAAAAAAAAATTAGATTTACTATTAATGTTGATTATTGGTCATTGTCACAGTCACCATCACATCTGCCATCCTCATCCTTAATGTTAATTATTTCGATAGGTTTTCTTCATTAAATTCTAAAATGCTGCTTACTATGTATGACCGTCCTCCTCTTCCTCCTCACTGTCATCATCATCATCATCATCATCACCACCCGACATCATCATTGAATATGATCTTAGTAACATGTGACAGTAAAAAATATGTTCTTGATTGGTTATATTTTTATTCTTTCATCGCTTTGTCTGTTATTTCTGCTATTTAATTCCTTCGGTTTTTATTTCTACCT-TGAAATGACCACCTGTTTTGC-TTATGTGAATGTTGTGTGT-GTGTGTGTGTATCTTAATTCATTTTTCCTGATTTTCTACAATGTTAAAATGATTAGCTAGTTAAGTAAAACTA-ATT-ATACATTTTCATATTATGATTGTTTCATTGAGGTTTATCTTTATCAGTTTATTGTATTCTTGAATAATGAATATAAAAAAAA]

[+] EMBL CD080622             [TCTTAGCAACAAATAAATACATAATGCTTAAATAATAGTTACAACGATATATTGAAAGTTATTCATTAGCTGTTATGATTGAATACTATTAGCACTATAATACAACTAATGTATTATCCTTAACAG   TAATAATAATAATAATAATAGTTAAAGATGAGTACTGAGAACGTTTTCCAATATTCTTTTTCAATTCATGGATCTAGAGTGATTTGTATGTTAAAACAAAAAAAAATTAGATTTACTATTAATGTTGATTATTGGTCATTGTCACAGTCACCATCACATCTGCCATCCTCATCCTTAATGTTAATTATTTCGATAGGTTTTCTTCATTAAATTCTAAAATGCTGCTTACTATGTATGACCGTCCTCCTCTTCCTCCTCACTGTCATCATCATCATCATCATCATCACCACCCGACATCATCATTGAATATGATCTTAGTAACATGTGACAGTAAAAAATATGTTCTTGATTGGTTATATTTTTATTCTTTCATCGCTTTGTCTGTTATTTCTGCTATTTAATTCCTTCGGTTTTTATTTCTACCT TGAAATGACCACCTGTTTTGC TTATGTGAATGTTGNGTGTNGTGTGTGTGTATCTTAATTCATTTTTCCTGATTTTCTACAATGTT AAATGATTAGCTAGNTAAGT AAACTA ATT ATACATTNTCATATTATGA TGTTNCATTGAGGNNTATC TTATCAGNTTATTGGATTCCTGAATAATG ATATAAAAAA  ]
[+] EMBL AA999250             [                                                                                                                        TAACAGTAATAATAATAATAATAATAATAGTCAACAATGAGTACTGAGAACGTTTTCCAATATTCTTTTTCAATTCATGGATCTAGAGTGATTTGTATGTTAAAACAAAAAAAAATTAGATTTACTATTAATGTTGATTATTGGTCATTGTCACAGTCACCATCACATCTGCCATCCTCATCCTTAATGTTAATTATTTCGATAGGTTTTCTTCATTAAATTCTAAAATGCTGCTTACTATGTATGACCGTCCTCCTCTTCCTCATCAC   CATCATCATCATCATCATCATCACCACCCGACATCATCATTGAAAATGATCTTAATAACATGTG                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[-] EMBL CD074532             [                                                                                                                             G   TAATAATAATAATAATAATAGTTAAAGATGAGTACTGAGAACGTTTTCCAATATTCTTTTTCAATTCATGGATCTAGAGTGATTTGTATGTTAAAACAAAAAAAAATTAGATTTACTATTAATGTTGATTATTGGTCATTGTCACAGTCACCATCACATCTGCCATCCTCATCCTTAATGTTAATTATTTCGATAGGTTTTCTTCATTAAATTCTAAAATGCTGCTTACTATGTATGACCGTCCTCCTCTTCCTCCTCACTGTCATCATCATCATCATCATCATCACCACCCGACATCATCATTGAATATGATCTTAGTAACATGTGACAGTAAAAAATATGTTCTTGATTGGTTATATTTTTATTCTTTCATCGCTTTGTCTGTTATTTCTGCTATTTAATTCCTTCGGTTTTTATTTCTACCT TGAAATGCCCCCCTGTTTTGCTTTATGTGAATGTTGTGTGT GTGTGTGTGTATCTTAATTCATTTTTCCTGATTTTCTACAATGTTAAAATGATTAGCTAGTTAAGTAAAACTACCTA ATACATTTTCATATTATGATTGTTTCATTGAGGTTTATCTTTATCAGTGTATTGTATTCTTGAATAAAGAATATAAAAAAAA]
[-] EMBL CD075188             [                                                                                                                                                              GAGTACTGAGAACGTTTTCCAATATTCTTTTTCAATTCATGGATCTAGAGTGATTTGTATGTTAAAACAAAAAAAAATTAGATTTACTATTAATGTTGATTATTGGTCATTGTCACAGTCACCATCACATCTGCCATCCTCATCCTTAATGTTAATTATTTCGATAGGTTTTCTTCATTAAATTCTAAAATGCTGCTTACTATGTATGACCGTCCTCCTCTTCCTCCTCACTGTCATCATCATCATCATCATCATCACCACCCGACATCATCATTGAATATGATCTTAGTAACATGTGACAGTAAAAAATATGTTCTTGATTGGTTATATTTTTATTCTTTCATCGCTTTGTCTGTTATTTCTGCTATTTAATTCCTTCGGTTTTTATTTCTACCT TGAAATGACCCCCTGTTTTGCTTTATGTGAATGTTGTGTGT GTGTGTGTGTATCTTAATTCATTTTTCCTGATTTTCTACAATGTTAAAATGATTAGCTAGTTAAGTAAAACTA ATTAATACATTTTCATATTATGATTGTTTCATTGAGGTTTATCTTTATCAGTTTATTGTATTCTTGAATAATGAATATAAAAAAA ]
[-] EMBL CD064389             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TGTTCTTGATTGGTTATATTTTTATTCTTTCATCGCTTTGTCTGTTATTTCTGCTATTTAATTCCTTCGG TTTTATTTCTACCTNTGAAATGACCACCTG TTTG  TTATGTGAATGTTGTGTGA ATG GTGTGaagttgg                                                                                                                                                ]




>consensus_8432#0
TCTTAGCAACAAATAAATACATAATGCTTAAATAATAGTTACAACGATATATTGAAAGTT
ATTCATTAGCTGTTATGATTGAATACTATTAGCACTATAATACAACTAATGTATTATCCT
TAACAGTAATAATAATAATAATAATAGTTAAAGATGAGTACTGAGAACGTTTTCCAATAT
TCTTTTTCAATTCATGGATCTAGAGTGATTTGTATGTTAAAACAAAAAAAAATTAGATTT
ACTATTAATGTTGATTATTGGTCATTGTCACAGTCACCATCACATCTGCCATCCTCATCC
TTAATGTTAATTATTTCGATAGGTTTTCTTCATTAAATTCTAAAATGCTGCTTACTATGT
ATGACCGTCCTCCTCTTCCTCCTCACTGTCATCATCATCATCATCATCATCACCACCCGA
CATCATCATTGAATATGATCTTAGTAACATGTGACAGTAAAAAATATGTTCTTGATTGGT
TATATTTTTATTCTTTCATCGCTTTGTCTGTTATTTCTGCTATTTAATTCCTTCGGTTTT
TATTTCTACCTTGAAATGACCACCTGTTTTGCTTATGTGAATGTTGTGTGTGTGTGTGTG
TATCTTAATTCATTTTTCCTGATTTTCTACAATGTTAAAATGATTAGCTAGTTAAGTAAA
ACTAATTATACATTTTCATATTATGATTGTTTCATTGAGGTTTATCTTTATCAGTTTATT
GTATTCTTGAATAATGAATATAAAAAAAA

consensusID : consensus_8432#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 607
fasta sequence

                              [ATAGGGCACGAGGTCAGTACTGAGAACGTTTTCCATATTCTTTTTCAATTCATGGATCTAGAGTCATTTGTATGTTAAAACAAAAAAAAATTAGATTTACTATTAATGTTGATTATTGGTCATTGTCACAGTCACCATCACATCTGCCATCCTCATCCTTAATGTTAATTATTTCGATAGGTTTTCTTCATTAAATTCTAAAATGCTGCTTACTATGTATGACCGTCCTCCTCTTCCTCCTCACTGTCATCATCATCATCATCATCATCACCACCCGACATCATCATTGAATATGATCTTAGTAACATGTGACAGTAAAAAATATGTTCTTGATTGGTTATATTTTTATTCTTTCATCGCTTTGTCTGTTATTTCTGCTATTTAATTCCTTCGGTTTTTATTTCTACCTTGAAATGACCACCTGTTTTGCTTTATGTGAATGTTGTGTGTGTGTGTGTGTATCTTAATTCATTTTTCCTGATTTTCTACAATGTTAAAATGATTAGCTAGTTAAGTAAAACTAATTAATACATTTTCATATTATGATTGTTTCATTGACGTTTATCTTTATCAGTTTATTGCATTCTTGAATAATGAATATAAAAAA]

[+] EMBL CD081356             [ATAGGGCACGAGGTCAGTACTGAGAACGTTTTCCATATTCTTTTTCAATTCATGGATCTAGAGTCATTTGTATGTTAAAACAAAAAAAAATTAGATTTACTATTAATGTTGATTATTGGTCATTGTCACAGTCACCATCACATCTGCCATCCTCATCCTTAATGTTAATTATTTCGATAGGTTTTCTTCATTAAATTCTAAAATGCTGCTTACTATGTATGACCGTCCTCCTCTTCCTCCTCACTGTCATCATCATCATCATCATCATCACCACCCGACATCATCATTGAATATGATCTTAGTAACATGTGACAGTAAAAAATATGTTCTTGATTGGTTATATTTTTATTCTTTCATCGCTTTGTCTGTTATTTCTGCTATTTAATTCCTTCGGTTTTTATTTCTACCTTGAAATGACCACCTGTTTTGCTTTATGTGAATGTTGTGTGTGTGTGTGTGTATCTTAATTCATTTTTCCTGATTTTCTACAATGTTAAAATGATTAGCTAGTTAAGTAAAACTAATTAATACATTTTCATATTATGATTGTTTCATTGACGTTTATCTTTATCAGTTTATTGCATTCTTGAATAATGAATATAAAAAA]




>consensus_8432#1
ATAGGGCACGAGGTCAGTACTGAGAACGTTTTCCATATTCTTTTTCAATTCATGGATCTA
GAGTCATTTGTATGTTAAAACAAAAAAAAATTAGATTTACTATTAATGTTGATTATTGGT
CATTGTCACAGTCACCATCACATCTGCCATCCTCATCCTTAATGTTAATTATTTCGATAG
GTTTTCTTCATTAAATTCTAAAATGCTGCTTACTATGTATGACCGTCCTCCTCTTCCTCC
TCACTGTCATCATCATCATCATCATCATCACCACCCGACATCATCATTGAATATGATCTT
AGTAACATGTGACAGTAAAAAATATGTTCTTGATTGGTTATATTTTTATTCTTTCATCGC
TTTGTCTGTTATTTCTGCTATTTAATTCCTTCGGTTTTTATTTCTACCTTGAAATGACCA
CCTGTTTTGCTTTATGTGAATGTTGTGTGTGTGTGTGTGTATCTTAATTCATTTTTCCTG
ATTTTCTACAATGTTAAAATGATTAGCTAGTTAAGTAAAACTAATTAATACATTTTCATA
TTATGATTGTTTCATTGACGTTTATCTTTATCAGTTTATTGCATTCTTGAATAATGAATA
TAAAAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8432#0      TCTTAGCAACAAATAAATACATAATGCTTAAATAATAGTTACAACGATATATTGAAAGTT 60
consensus_8432#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8432#0      ATTCATTAGCTGTTATGATTGAATACTATTAGCACTATAATACAACTAATGTATTATCCT 120
consensus_8432#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8432#0      TAACAGTAATAATAATAATAATAATAGTTAAAGATGAGTACTGAGAACGTTTTCCAATAT 180
consensus_8432#1      --------------------ATAG-GGCACGAGGTCAGTACTGAGAACGTTTTCCA-TAT 38
                                          ***   *    ** * ******************** ***

consensus_8432#0      TCTTTTTCAATTCATGGATCTAGAGTGATTTGTATGTTAAAACAAAAAAAAATTAGATTT 240
consensus_8432#1      TCTTTTTCAATTCATGGATCTAGAGTCATTTGTATGTTAAAACAAAAAAAAATTAGATTT 98
                      ************************** *********************************

consensus_8432#0      ACTATTAATGTTGATTATTGGTCATTGTCACAGTCACCATCACATCTGCCATCCTCATCC 300
consensus_8432#1      ACTATTAATGTTGATTATTGGTCATTGTCACAGTCACCATCACATCTGCCATCCTCATCC 158
                      ************************************************************

consensus_8432#0      TTAATGTTAATTATTTCGATAGGTTTTCTTCATTAAATTCTAAAATGCTGCTTACTATGT 360
consensus_8432#1      TTAATGTTAATTATTTCGATAGGTTTTCTTCATTAAATTCTAAAATGCTGCTTACTATGT 218
                      ************************************************************

consensus_8432#0      ATGACCGTCCTCCTCTTCCTCCTCACTGTCATCATCATCATCATCATCATCACCACCCGA 420
consensus_8432#1      ATGACCGTCCTCCTCTTCCTCCTCACTGTCATCATCATCATCATCATCATCACCACCCGA 278
                      ************************************************************

consensus_8432#0      CATCATCATTGAATATGATCTTAGTAACATGTGACAGTAAAAAATATGTTCTTGATTGGT 480
consensus_8432#1      CATCATCATTGAATATGATCTTAGTAACATGTGACAGTAAAAAATATGTTCTTGATTGGT 338
                      ************************************************************

consensus_8432#0      TATATTTTTATTCTTTCATCGCTTTGTCTGTTATTTCTGCTATTTAATTCCTTCGGTTTT 540
consensus_8432#1      TATATTTTTATTCTTTCATCGCTTTGTCTGTTATTTCTGCTATTTAATTCCTTCGGTTTT 398
                      ************************************************************

consensus_8432#0      TATTTCTACCTTGAAATGACCACCTGTTTTGCTT-ATGTGAATGTTGTGTGTGTGTGTGT 599
consensus_8432#1      TATTTCTACCTTGAAATGACCACCTGTTTTGCTTTATGTGAATGTTGTGTGTGTGTGTGT 458
                      ********************************** *************************

consensus_8432#0      GTATCTTAATTCATTTTTCCTGATTTTCTACAATGTTAAAATGATTAGCTAGTTAAGTAA 659
consensus_8432#1      GTATCTTAATTCATTTTTCCTGATTTTCTACAATGTTAAAATGATTAGCTAGTTAAGTAA 518
                      ************************************************************

consensus_8432#0      AACTAATTA-TACATTTTCATATTATGATTGTTTCATTGAGGTTTATCTTTATCAGTTTA 718
consensus_8432#1      AACTAATTAATACATTTTCATATTATGATTGTTTCATTGACGTTTATCTTTATCAGTTTA 578
                      ********* ****************************** *******************

consensus_8432#0      TTGTATTCTTGAATAATGAATATAAAAAAAA 749
consensus_8432#1      TTGCATTCTTGAATAATGAATATAAAAAA-- 607
                      *** *************************