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These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_8535#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 6 consensus length = 1065 fasta sequence
[TGGGTTTCAGATATCCTAGATTGCAGTGTTTTCAGCTTATAGGATATAAACAACATCCTTAGCTAAGTGTTCACAATACACTAGTTGACGATGTATGATTCTCGCCACATTTCTATTCCATTAAAGTGATTACTTTTTAAATTTGATCTACATCATAGCCACAACTAATTCGAGTGTGGTATTTCAGCCTTCGCAACTAC-TGTG-TA-CAAATGAAACTTTACTGAATTACTTGATATACGTTATGAACACAGAAGTGGGTAGATTAAATGCGTACAAAGAAAAAACTAAAGTTGACGGTGAAGAGCTAGTACTCAATGTCTTTCCAAAACGTGTATTTGAAATGGAAGACATATTAGCGTCGGACATGTTTTTTCTAGAGGGGAAGTATGTCCATTCTGATGTGAATGTACCTTATCCTGTTAATCCACATAATTCGTTACATTCTGGTGGTGATATGGATTCTGATTTATCCAATGCTGCAGATAAGCTGACCAATGATAAACAACAGTTTCCTAGTAAAGGTTCTTTTGTCTACGCCTTACCAAATGGTTCTGTGTCATACAATAAACATATCAAAGCTATGATAGAGAAAACTAAACCGTGTTTAACTCAACTTATGATCGAAGCTCAACTTGTTCGTTTATGGGTTCAATTTAATATACCACGAATTGAAGATGGAAATAATTTCGGTGTAGGAATTCAAGAAGAGATTTTAGGTGAAGCATCGGGTATCGAGAGGGATGCATGTACTTTCTTGGATCAAGTCACAAGATATTATGCCTCAAGAGGAAAATTAGTGGGTAAAGTGGCAAAATATCCACATATTGAAGACTATCGTGAATGTATCCGTGATATGGATGAGAAA-CAAGCAATAACAATGCGTTATATTATTATGGAAAT-CCGTAATCACTATGCTACCTTACATGATAT-AATAATAAAAAATTTGGATCGTATAAAAATG-CCTCGTTCCAATAATGCAATCAATATGTACTAATTGATAAAACCCAGA-TTTAGTTCTGTGTTTGCTCATATTATGAAATTTTGATTGTATGTAAATACATACGT]
[+] EMBL CD078919 [TGGGTTTCAGATATCCTAGATTGCAGTGTTTTCAGCTTATAGGATATAAACAACATCCTTAGCTAAGTGTTCACAATACACTAGTTGACGATGTATGATTCTCGCCACATTTCTATTCCATTAAAGTGATTACTTTTTAAATTTGATCTACATCATAGCCACAACTAATTCGAGTGTGGTATTTCAGCCTTCGCAACTACATGTG TATCAAACGAAACTTTACTGAATTACTTGATATACGTTATGAACACAGAAGTGGGTAGATTAAATGCGTACAAAGAAAAAACTAAAGTTGACGGTGAAGAGCTAGTACTCAATGTCTTTCCAAAACGTGTATTTGAAATGGAAGACATATTAGCGTCGGACATGTTTTTTCTAGAGGGGAAGTATGTCCATTCTGATGTGAATGTACCTTATCCTGTTAATCCACATAATTCGTTACATTCTGGTGGTGATATGGATTCTGATTTATCCAATGCTGCAGATAAGCTGACCAATGATAAACAACAGTTTCCTAGTAAAGGTTCTTTTGTCTACGCCTTACCAAATGGTTCTGTGTCATACAATAAACATATCANAGCTATGATAGAGAAAACTAAACCGTGTT ]
[+] EMBL CD079917 [ CAAGCAC TGTGCTA CACGTGAAACTTTACTGAATTACTTGATATACGTTATGAACACAGAAGTGGGTAGATTAAATGCGTACAAAGAAAAAACTAAAGTTGACGGTGAAGAGCTAGTACTCAATGTCTTTCCAAAACGTGTATTTGAAATGGAAGACATATTAGCGTCGGACATGTTTTTTCTAGAGGGGAAGTATGTCCATTCTGATGTGAATGTACCTTATCCTGTTAATCCACATAATTCGTTACATTCTGGTGGTGATATGGATTCTGATTTATCCAATGCTGCAGATAAGCTGACCAATGATAAACAACAGTTTCCTAGTAAAGGTTCTTTTGTCTACGCCTTACCAAATGGTTCTGTGTCATACAATAAACATATCAAAGCTATGATAGAGAAAACTAAACCGTGTTTAACTCAACTTATGATCGAAGCTCAACTTGTTCGTTTATGGGTTCAATTTAATATACCACGAATTGAAGATGGAAATAATTTCGGTGTAGGAATTCAAGAAGAGATTTTAGGTGAAGCATCGGGTATCGAGAGGGATGCATGTACTTTCTTGGATCAAGTCACAAGATATTATGCCTCAAGAGGAAAATTAGTGGGTAAAGTGGCAAAATATCCACATATTGAAGACTATCGTGAATGTATCCGTGATATGGATGAGAAANNCAGC ATANNCATGCGTTATATTATTATGGAAATNCCGT ATCACTATGCTACCTTACATGATATNNAT ATAAAAAATTGGNATCGTAT AAAATGCCCTCGTCCCCAT ATGC ATC ATATGTACTATTTGAT AACCC GATTTTAG TCTG GGTTGCTCATA TATGAAATTTTGA TG ATG AANTACAT ]
[+] EMBL CD140310 [ ATGAAACTTTACTGAATTACTTGATATACGTTATGAACACAGAAGTGGGTAGATTAAATGCGTACAAAGAAAAAACTAAAGTTGACGGTGAAGAGCTAGTACTCAATGTCTTTCCAAAACGTGTATTTGAAATGGAAGACATATTAGCGTCGGACATGTTTTTTCTAGAGGGGAAGTATGTCCATTCTGATGTGAATGTACCTTATCCTGTCAATCCACATAATTCGTTACATTCTGGTGGTGATATGGATTCTGATTTATCCAATGCTGCAGATAAGCTGACCAATGATAAACAACAGTTTCCTAGTAAAGGTCCTTTTGTCTACGCCTTACCAAATGGTTCTGTGTCATACAATAAACATATCAAAGCTATGATAGAGAAAACTAAACCGTGTTTAACTCAACTTATGATCGAAGCTCAACTTGT ]
[-] EMBL CD074114 [ GGATTCTGATTTATCCAATGCTGCAGATAAGCTGACCAATGATAAACAACAGTTTCCTAGTAAAGGTTCTTTTGTCTACGCCTTACCAAATGGTTCTGTGTCATACAATAAACATATCAAAGCTATGATAGAGAAAACTAAACCGTGTTTAACTCAACTTATGATCGAAGCTCAACTTGTTCGTTTATGGGTTCAATTTAATATACCACGAATTGAAGATGGAAATAATTTCGGTGTAGGAATTCAAGAAGAGATTTTAGGTGAAGCATCGGGTATCGAGAGGGATGCATGTACTTTCTTGGATCAAGTCACAAGATATTATGCCTCAAGAGGAAAATTAGTGGGTAAAGTGGCAAAATATCCACATATTGAAGACTATCGTGAATGTATCCGTGATATGGATGAGAAA CAAGCAATAACAATGCGTTATATTATTATGGAAAT CCGTAATCACTATGCTACCTTACATGATAT AATAATAAAAAATTTGGATCGTATAAAAATG CCTCGTTCCAATAATGCAATCAATATGTACTAATTGATAAAACCCAGA TTTAGTTCTGTGTTTGCTCATATTATGAAATTTTGATTGTATGTAAATACATACGT]
[-] EMBL CD073376 [ ATAAACAACAGTTTCCTAGTAAAGGTTCTTTTGTCTACGCCTTACCAAATGGTTCTGTGTCATACAATAAACATATCAAAGCTATGATAGAGAAAACTAAACCGTGTTTAACTCAACTTATGATCGAAGCTCAACTTGTTCGTTTATGGGTTCAATTTAATATACCACGAATTGAAGATGGAAATAATTTCGGTGTAGGAATTCAAGAAGAGATTTTAGGTGAAGCATCGGGTATCGAGAGGGATGCATGTACTTTCTTGGATCAAGTCACAAGATATTATGCCTCAAGAGGAAAATTAGTGGGTAAAGTGGCAAAATATCCACATATTGAAGACTATCGTGAATGTATCCGTGATATGGATGAGAAA CAAGCAATAACAATGCGTTATATTATTATGGAAAT CCGTAATCACTATGCTCCCTTACATGATAT AATAATAAAAAATTTGGATCGTATAAAAATG CCTCGTTCCAATAATGCAATCAATATGTACTAATTGATAAAACCCAGA TTTAGTTCTGTGTTTGCTCATATTATGAAATTTTGATTGTATGTAAATACATACGT]
[-] EMBL CD075252 [ ATAAACATATCAAAGCTATGATAGAGAAAACTAAACCGTGTTTAACTCAACTTATGATCGAAGCTCAACTTGTTCGTTTATGGGTTCAATTTAATATACCCCGAATTGAAGATGGAAATAATTTCGGTGTAGGAATTCAAGAAGAGATTTTAGGTGAAGCATCGGGTATCGAGAGGGATGCATGTACTTTCTTGGATCAAGTCACAAGATATTATGCCTCAAGAGGAAAATTAGTGGGTAAAGTGGCAAAATATCCACATATTGAAGACTATCGTGAATGTATCCGTGATATGGATGAGAAA CAAGCAATAACAATGCGTTATATTATTATGGAAAT CCGTAATCACTATGCTCCCTTACATGATAT AATAATAAAAAATTTGGATCGTATAAAAATG CCTCGTTCCAATAATGCAATCAATATGTACTAATTGATAAAACCCAGA TTTAGTTCTGTGTTTGCTCATATTATGAAATTTTGATTGTATGTAAATACATACGT]
consensusID : consensus_8535#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 839 fasta sequence
[GAATTCGGCACGAGGGCTTGATATACGTTATGAACACAGAAGTGGGTAGATTAAATGCGTACAAAGAAAAAACTAAAGTTGACGGTGAAGAGCTAGTACTCAATGTCTTTCCAAAACGTGTATTTGAAATGGAAGACATATTAGCGTCGGACATGTTTTTTCTAGAGGGGAAGTATGTCCATTCTGATGTGAATGTACCTTATCCTGTTAATCCACATAATTCGTTACATTCTGGTGGTGATATGGATTCTGATTTATCCAATGCTGCAGATAAGCTGACCAATGATAAACAACAGTTTCCTAGTAAAGGTTCTTTTGTCTACGCCTTACCAAATGGTTCTGTGTCATACAATAAACATATCAAAGCTATGATAGAGAAAACTAAACCGTGTTTAACTCAACTTATGATCGAAGCTCAACTTGTTCGTTTATGGGTTCAATTTAATATACCACGAATTGAAGATGGAAATAATTTCGGTGTAGGAATTCAAGAAGAGATTTTAGGTGAAGCATCGGGTATCGAGAGGGATGCATGTACTTTCTTGGATCAAGTCACAAGATATTATGCCTCAAGAGGAAAATTAGTGGGTAAAGTGGCAAAATATCCACATATTGAAGACTATCGTGAATGTATCCGTGATATGGATGAGAANACAGCANTNNACATGCGTTATATTATTATGGAAATCCGNTATCACTATGCTACCTTACATGATANTAATATAAAAAATTTGGATCGTATAAAANTGCCTCGTTCCATAATGGCATCATATGTACTAATGATAAACCAGATNTAGNTCTGTGTTGCTATATATGAAATTTGATGGATGTAATACTAC]
[+] EMBL CD081426 [GAATTCGGCACGAGGGCTTGATATACGTTATGAACACAGAAGTGGGTAGATTAAATGCGTACAAAGAAAAAACTAAAGTTGACGGTGAAGAGCTAGTACTCAATGTCTTTCCAAAACGTGTATTTGAAATGGAAGACATATTAGCGTCGGACATGTTTTTTCTAGAGGGGAAGTATGTCCATTCTGATGTGAATGTACCTTATCCTGTTAATCCACATAATTCGTTACATTCTGGTGGTGATATGGATTCTGATTTATCCAATGCTGCAGATAAGCTGACCAATGATAAACAACAGTTTCCTAGTAAAGGTTCTTTTGTCTACGCCTTACCAAATGGTTCTGTGTCATACAATAAACATATCAAAGCTATGATAGAGAAAACTAAACCGTGTTTAACTCAACTTATGATCGAAGCTCAACTTGTTCGTTTATGGGTTCAATTTAATATACCACGAATTGAAGATGGAAATAATTTCGGTGTAGGAATTCAAGAAGAGATTTTAGGTGAAGCATCGGGTATCGAGAGGGATGCATGTACTTTCTTGGATCAAGTCACAAGATATTATGCCTCAAGAGGAAAATTAGTGGGTAAAGTGGCAAAATATCCACATATTGAAGACTATCGTGAATGTATCCGTGATATGGATGAGAANACAGCANTNNACATGCGTTATATTATTATGGAAATCCGNTATCACTATGCTACCTTACATGATANTAATATAAAAAATTTGGATCGTATAAAANTGCCTCGTTCCATAATGGCATCATATGTACTAATGATAAACCAGATNTAGNTCTGTGTTGCTATATATGAAATTTGATGGATGTAATACTAC]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
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consensus_8535#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8535#0 TTAAAGTGATTACTTTTTAAATTTGATCTACATCATAGCCACAACTAATTCGAGTGTGGT 180
consensus_8535#1 ------------------------------------------------------------
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** * * * ************
consensus_8535#0 TATGAACACAGAAGTGGGTAGATTAAATGCGTACAAAGAAAAAACTAAAGTTGACGGTGA 300
consensus_8535#1 TATGAACACAGAAGTGGGTAGATTAAATGCGTACAAAGAAAAAACTAAAGTTGACGGTGA 88
************************************************************
consensus_8535#0 AGAGCTAGTACTCAATGTCTTTCCAAAACGTGTATTTGAAATGGAAGACATATTAGCGTC 360
consensus_8535#1 AGAGCTAGTACTCAATGTCTTTCCAAAACGTGTATTTGAAATGGAAGACATATTAGCGTC 148
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consensus_8535#0 GGACATGTTTTTTCTAGAGGGGAAGTATGTCCATTCTGATGTGAATGTACCTTATCCTGT 420
consensus_8535#1 GGACATGTTTTTTCTAGAGGGGAAGTATGTCCATTCTGATGTGAATGTACCTTATCCTGT 208
************************************************************
consensus_8535#0 TAATCCACATAATTCGTTACATTCTGGTGGTGATATGGATTCTGATTTATCCAATGCTGC 480
consensus_8535#1 TAATCCACATAATTCGTTACATTCTGGTGGTGATATGGATTCTGATTTATCCAATGCTGC 268
************************************************************
consensus_8535#0 AGATAAGCTGACCAATGATAAACAACAGTTTCCTAGTAAAGGTTCTTTTGTCTACGCCTT 540
consensus_8535#1 AGATAAGCTGACCAATGATAAACAACAGTTTCCTAGTAAAGGTTCTTTTGTCTACGCCTT 328
************************************************************
consensus_8535#0 ACCAAATGGTTCTGTGTCATACAATAAACATATCAAAGCTATGATAGAGAAAACTAAACC 600
consensus_8535#1 ACCAAATGGTTCTGTGTCATACAATAAACATATCAAAGCTATGATAGAGAAAACTAAACC 388
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consensus_8535#0 ACCACGAATTGAAGATGGAAATAATTTCGGTGTAGGAATTCAAGAAGAGATTTTAGGTGA 720
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consensus_8535#0 AGCATCGGGTATCGAGAGGGATGCATGTACTTTCTTGGATCAAGTCACAAGATATTATGC 780
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consensus_8535#1 CTCAAGAGGAAAATTAGTGGGTAAAGTGGCAAAATATCCACATATTGAAGACTATCGTGA 628
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consensus_8535#0 CCGTAATCACTATGCTACCTTACATGATATAATAATAAAAAATTTGGATCGTATAAAAAT 960
consensus_8535#1 CCGNTATCACTATGCTACCTTACATGATANTAATATAAAAAATTTGGATCGTATAAAANT 748
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consensus_8535#1 GCCTCGTTCCA-TAATGGCATCA-TATGTACTAAT-GATAAA--CCAGATNTAGNTCTGT 803
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consensus_8535#0 GTTTGCTCATATTATGAAATTTTGATTGTATGTAAATACATACGT 1065
consensus_8535#1 GTT-GCT-ATAT-ATGAAATTTGA--TGGATGTAA-TAC-TAC-- 839
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||