cluster # 8541

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Schistosoma mansoni
cluster # 8541 cluster # 8541 Sequences # 7 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_8541#0 length = 608 sequences # 6

consensus_8541#1 length = 361 sequences # 1

consensusID : consensus_8541#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 6
consensus length = 608
fasta sequence

                              [GCGTTATGATGTTAGTGAAATGGATGGCGATTATCTGTTGGATTCAATGATCGATAGTAATTTCTCAGCAATTGAACATCAACAACTTGTATTCGATTTAGCTATTGGACCACATCAATTAAGACATGCATGTCATTTAGCTTATCGTCATCCTAAATTAAAATTAGTACTTAATCATTGTGGTTTACCTGTAGAGTTTACTGCAAGCAGATCAGATAATTTAGCTTGGAAGAACTGGCGCTCAGATTTGGAACTACTCAGTCGATATCCAAATGTTTATTGCAAAGTGACTGGTGCTACTGGTTGTATACAAAAGTCTTCAGAATTATCTAATGATACATCCGATGTTTACAGTATCGATCATTGGTGTGCCAGTTCAGCTTTATCTCATGCAATCAGTTGTTTTGGACCAGGTCGTTGTTTGTTTGGCTCCGGTTGGCCAATATGTCGATTGTTCCAACCAAACCAAACAGGTTGGCCTGAACAAGCCACAGCTAGTGATTTACAAACATGTGATATACCTGGTGAAATAGCCGCTAAACGTGCAAGACGATCAGTTCCGTTGAAAGTTCTTAATTTATGGGAGACGGCTAGATTAGTAGAACATG]

[+] EMBL AI067271             [GCGTTATGATGTTAGTGAAATGGATGGCGATTATCTGTTGGATTCAATGATCGATAGTAATTTCTCAGCAATTGAACATCAACAACTTGTATTCGATTTAGCTATTGGACCACATCAATTAAGACATGCATGTCATTTAGCTTATCGTCATCCTAAATTAAAATTAGTACTTAATCATTGTGGTTTACCTGTAGAGTTTACTGCAAGCAGATCAGATAATTTAGCTTGGAAGAACTGGCGCTCAGATTTGGAACTACTCAGTCGATATCCAAATGTTTATTGCAAAGTGACTGGTGCTACTGGTTGTATACAAAAGTCTTCAGAATTATCTAATGATACATCCGATGTTTACAGTATCGATCATTGGTGTGCCAGTTCAGCTTTATCTCATGCAATCAGTTGTTTTGGACCAGGTCGTTGTTTGTTTGGCTCCGGTTGGCCAATATGTCGATTGTTCCAACCAAACCAAACAGGTTGGCCTGAACAAGCCACAGCTAGTGATTTACAAACATGTGATATACCTGGTGAAATAGCCGCTAAACGTGCAAGACGATCAGTTCCGTTGAAAGTTCTTAATTTATGGGAGACGGCTAGATTAGTAGAACATG]
[+] EMBL AI068333             [GCGTTATGATGTTAGTGAAATGGATGGCGATTATCTGTTGGATTCAATGATCGATAGTAATTTCTCAGCAATTGAACATCAACAACTTGTATTCGATTTAGCTATTGGACCACATCAATTAAGACATGCATGTCATTTAGCTTATCGTCATCCTAAATTAAAATTAGTACTTAATCATTGTGGTTTACCTGTAGAGTTTACTGCAAGCAGATCAGATAATTTAGCTTGGAAGAACTGGCGCTCAGATTTGGAACTACTCAGTCGATATCCAAATGTTTATTGCAAAGTGACTGGTGCTACTGGTTGTATACAAAAGTCTTCAGAATTATCTAATGATACATCCGATGTTTACAGTATCGATCATTGGTGTGCCAGTTCAGCTTTATCTCATGCAATCAGTTGTTTTGGACCAGGTCGTTGTTTGTTTGGCTCCGGTTGGCCAATATGTCGATTGTTCCAACC                                                                                                                                                  ]
[+] EMBL AI066988             [GCGTTATGATGTTAGTGAAATGGATGGCGATTATCTGTTGGATTCAATGATCGATAGTAATTTCTCAGCAATTGAACATCAACAACTTGTATTCGATTTAGCTATTGGACCACATCAATTAAGACATGCATGTCATTTAGCTTATCGTCATCCTAAATTAAAATTAGTACTTAATCATTGTGGTTTACCTGTAGAGTTTACTGCAAGCAGATCAGATAATTTAGCTTGGAAGAACTGGCGCTCAGATTTGGGACTACTCAGTCGATATCCAGATGTTTATTGCAAAGTGACTGGTGCTACTGGTTGTATACAAAAGTCTTCAGAATTATCTAATGATACATCCGATGTTTACAGTATCGATCATTGGTGTGCCAGTTCAGCTTTATCTCATGCAATCAGTTGTTTTGGACCAGGTCGTTGTTTGTNTGGCTCCGGTTGGCCAATA                                                                                                                                                                   ]
[+] EMBL AI068010             [GCGTTATGATGTTAGTGAAATGGATGGCGATTATCTGTTGGATTCAATGATCGATAGTAATTTCTCAGCAATTGAACATCAACAACTTGTATTCGACTTAGCTATTGGACCACATCAGTTAAGACATGCATGTCATTTAGCTTATCGTCATCCTAAATTAAAATTAGTACCTAATCATTGTGGCTTACCTGTAGAGTTTACTGCAAGCAGATCAGATAATTTAGCTTGGAAGAACTGGCGCTCAGATTTGGAACTACTCAGTCGATATCCAAATGTTTATTGCAAAGTGACTGGTGCTACTGGTTGTATACACAAGTCTTCAGAATTATCTAATGAGACATCCGATGTTTATAGTATCGATCATTGGTGTGCCAGTTCAGCTTTATCTCATGCAATCAGTTGTTTTGGACCAGGTCGCTGATTGTATGGCTCCGGTTGGCCAA                                                                                                                                                                     ]
[+] EMBL AI067293             [GCGTTATGATGTTAGTGAAATGGATGGCGATTATCTGTTGGATTCAATGATCGATAGTAATTTCTCAGCAATTGAACATCAACAACTTGTATTCGATTTAGCTATTGGACCACATCAATTAAGACATGCATGTCATTTAGCTTATCGTCATCCTAAATTAAAATTAGTACTTAATCATTGTGGTTTACCTGTAGAGTTTACTGCAAGCAGATCAGATAATTTAGCTTGGAAGAACTGGCGCTCAGATTTGGAACTACTCAGTCGATATCCAAATGTTTATTGCAAAGTGACTGGTGCTACTGGTTGTATACAAAAGTCTTCAGAATTATCTAATGATACATCCGATGTTTACAGTATCGATCATTGGTGTGCCAGTTCAGCTTTATCTCATGCAATCA                                                                                                                                                                                                                  ]
[+] EMBL CD077564             [                                                                                                                                                                                                                                           cgaCGCCAAGATTCGGCACGA   GGTCGATATCCAAATGTTTATTGCAAAGTGACTGGTGCTACTGGTTGTATACAAAAGTCTTCAGAATTATCTAATGATACATCCGATGTTTACAGTATCGATCATTGGTGTGCCAGTTCAGCTTTATCTCATGCAATCAGTTGTTTTGGACCAGGTCGTTGTTTGTTTGGCTCCGGTTGGCCAATATGTCGATTGTTCCAACCAAACCAAACAGGTTGGCCTGAAC                                                                                                                           ]




>consensus_8541#0
GCGTTATGATGTTAGTGAAATGGATGGCGATTATCTGTTGGATTCAATGATCGATAGTAA
TTTCTCAGCAATTGAACATCAACAACTTGTATTCGATTTAGCTATTGGACCACATCAATT
AAGACATGCATGTCATTTAGCTTATCGTCATCCTAAATTAAAATTAGTACTTAATCATTG
TGGTTTACCTGTAGAGTTTACTGCAAGCAGATCAGATAATTTAGCTTGGAAGAACTGGCG
CTCAGATTTGGAACTACTCAGTCGATATCCAAATGTTTATTGCAAAGTGACTGGTGCTAC
TGGTTGTATACAAAAGTCTTCAGAATTATCTAATGATACATCCGATGTTTACAGTATCGA
TCATTGGTGTGCCAGTTCAGCTTTATCTCATGCAATCAGTTGTTTTGGACCAGGTCGTTG
TTTGTTTGGCTCCGGTTGGCCAATATGTCGATTGTTCCAACCAAACCAAACAGGTTGGCC
TGAACAAGCCACAGCTAGTGATTTACAAACATGTGATATACCTGGTGAAATAGCCGCTAA
ACGTGCAAGACGATCAGTTCCGTTGAAAGTTCTTAATTTATGGGAGACGGCTAGATTAGT
AGAACATG

consensusID : consensus_8541#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 361
fasta sequence

                              [TTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAACAATTATCTGCCTTATATAACAGTAAAAAAATGTTACAATACAGATAGAATGGNGAAAAATCCATTACTAAGTAAATTTGCATTGTATAAAAACAAATTCACCGATAATGAGTATAGATAATAATGCATAATACTTTGTACATAATTTATAATATGATACAATTGGTTGTTCAATAATTATTCAGAACGTTTAAGTTTCGGACATGAACCATATGGTCGAATAGATAAACTATATACATGTTGTGCGTTTGTCGAAAATATTTTCTCTTTATCTTCAACCGATCCATAACCAGCATCACCCATAGCATGTTCTACTAATCTAGCCGTCTCCCCATAAAT]

[+] EMBL AI395618             [TTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAACAATTATCTGCCTTATATAACAGTAAAAAAATGTTACAATACAGATAGAATGGNGAAAAATCCATTACTAAGTAAATTTGCATTGTATAAAAACAAATTCACCGATAATGAGTATAGATAATAATGCATAATACTTTGTACATAATTTATAATATGATACAATTGGTTGTTCAATAATTATTCAGAACGTTTAAGTTTCGGACATGAACCATATGGTCGAATAGATAAACTATATACATGTTGTGCGTTTGTCGAAAATATTTTCTCTTTATCTTCAACCGATCCATAACCAGCATCACCCATAGCATGTTCTACTAATCTAGCCGTCTCCCCATAAAT]




>consensus_8541#1
TTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAACAATTATCTGCCTTATATAACAGTAAAAAAATGTTACA
ATACAGATAGAATGGNGAAAAATCCATTACTAAGTAAATTTGCATTGTATAAAAACAAAT
TCACCGATAATGAGTATAGATAATAATGCATAATACTTTGTACATAATTTATAATATGAT
ACAATTGGTTGTTCAATAATTATTCAGAACGTTTAAGTTTCGGACATGAACCATATGGTC
GAATAGATAAACTATATACATGTTGTGCGTTTGTCGAAAATATTTTCTCTTTATCTTCAA
CCGATCCATAACCAGCATCACCCATAGCATGTTCTACTAATCTAGCCGTCTCCCCATAAA
T

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8541#0      GCGTTATGATGTTAGTGAAATGGATGGCGATTATCTGTTGGATTCAATGATCGATAGTAA 60
consensus_8541#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8541#0      TTTCTCAGCAATTGAACATCAACAACTTGTATTCGATTTAGCTATTGGACCACATCAATT 120
consensus_8541#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8541#0      AAGACATGCATGTCATTTAGCTTATCGTCATCCTAAATTAAAATTAGTACTTAATCATTG 180
consensus_8541#1      -----------------------TTTTTTTTTTTTTTTTAAAA--AACAATTA-TCTGCC 34
                                              *  *  *  *   ******  *  * *** **    

consensus_8541#0      TGGTTTACCTGTAGAGTTTACTGCAAGCAGATCAGATAATTTAGCTTGGAAGAACTGGCG 240
consensus_8541#1      TTATATAACAGTAAAAA--AATGTTA-CAATACAGATAGAATGGN--GAAAAATCCATTA 89
                      *  * ** * *** *    * **  * **   ******   * *   * ** * *     

consensus_8541#0      CTCAGATTTGGAACTACTCAGTCGATATCCAAATGTTTATTGCAAAGTGACTGGTGCTAC 300
consensus_8541#1      CTAAG---TAAATTTGCATTGTATAAAAACAAA--TTCACCG-ATAATGAGTATAGATAA 143
                      ** **   *  *  * *   **  * *  ****  ** *  * * * *** *   * ** 

consensus_8541#0      TGGTTGTATACAAAAGTCTTCAGAATT-ATCTAATGATACATCCGATGTTTACAGTATCG 359
consensus_8541#1      TAAT-GCATAATACTTTGTACATAATTTATAATATGATACAATTGGTTGTT-------CA 195
                      *  * * ***  *   * * ** **** **   ********   * *  **       * 

consensus_8541#0      ATCATTGGTGTGCCAGTTCAGCTTTATCTCATGCAATCAGTTGTTTTGGACCAGGTCGTT 419
consensus_8541#1      ATAATTATTCAGAACGTTTAAGTTTCGGACATG-AACCATATGGTC-GAATAGATAAACT 253
                      ** ***  *  *   *** *  ***    **** ** **  ** *  * *         *

consensus_8541#0      GTTTGTTTGGC-TCCGGTTGGCCAATATGTCGATTGTTCCAACCAAACCAAACAGGTTGG 478
consensus_8541#1      ATATACATGTTGTGCGTTTGTCGAAAATATTTTCTCTTTATCTTCAACCGATCCA--TAA 311
                       * *   **   * ** *** * ** ** *    * **       **** * *    *  

consensus_8541#0      CCTGAACAAGCCACAGCTAGTGATTTACAAACATGTGATATACCTGGTGAAATAGCCGCT 538
consensus_8541#1      CCAGCATCACCCATAGC--ATGTTCTACTAATCTA-GCCGTCTCCCCATAAAT------- 361
                      ** * *  * *** ***   ** * *** **  *  *   *  *     ****       

consensus_8541#0      AAACGTGCAAGACGATCAGTTCCGTTGAAAGTTCTTAATTTATGGGAGACGGCTAGATTA 598
consensus_8541#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8541#0      GTAGAACATG 608
consensus_8541#1      ----------