cluster # 8962

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Schistosoma mansoni
cluster # 8962 cluster # 8962 Sequences # 8 consensus # 2

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consensus_8962#0 length = 715 sequences # 2

consensus_8962#1 length = 706 sequences # 6

consensusID : consensus_8962#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 715
fasta sequence

                              [AGCCAANAATTCGGCACGAGGGCCTACATAGNATCGAAATTAATAGGATACTGAATCTCTTCACTGGTGGTGTTCTCAGGGGAGTCTAAATGACCTCTGGCTTTATCAAACGTGTTCAATAGTTGAAAAAAGAGGCGTTTCACGTATGATATGTATAAGGAAATGAACGGTTTGATGAGTTGATGCTGATCGCGTGTTCAACAGTTAACTCCATGTATAGTGAGAATTGAAGTCATTTCACGTGGAATGTCAACAAAATTAGGAATCCATGGTGATCATCTAATTGATGGGCTCCGTCTGGTTGCATTGAACTGTGTTTTACATGATGGATTAGGTGATGAATTGTACGAGGTAATGAGTCGTGCCATAATACATGCTGCTGGTCAAATCACCTTTCCTATGCTTGAAGCGTTATCCTCACTTGGGTTATTATATCCTCGTTCTAAACTCCCTGAAATATCATCTACAAAAACATCTATTACAAACAATCATCCAACTGACCCACAATCAAGCATGTTTGTGGCGCA-AACAAATAACTCGACAAAAAAGTCCAGTCATTCACTAACTCATACTGTTGCCAAGTTAAAATTAACACAACGACAAANATCTCGCTACAATTATCTACATCATTTGTTACAGTTGAGCAATTGGAAACAGGCCAATAGACATGTTGATCGTACAGTTATTTCACCTACATATGTTTATTCTGGTCACA]

[+] EMBL CD082637             [AGCCAANAATTCGGCACGAGGGCCTACATAGNATCGAAATTAATAGGATACTGAATCTCTTCACTGGTGGTGTTCTCAGGGGAGTCTAAATGACCTCTGGCTTTATCAAACGTGTTCAATAGTTGAAAAAAGAGGCGTTTCACGTATGATATGTATAAGGAAATGAACGGTTTGATGAGTTGATGCTGATCGCGTGTTCAACAGTTAACTCCATGTATAGTGAGAATTGAAGTCATTTCACGTGGAATGTCAACAAAATTAGGAATCCATGGTGATCATCTAATTGATGGGCTCCGTCTGGTTGCATTGAACTGTGTTTTACATGATGGATTAGGTGATGAATTGTACGAGGTAATGAGTCGTGCCATAATACATGCTGCTGGTCAAATCACCTTTCCTATGCTTGAAGCGTTATCCTCACTTGGGTTATTATATCCTCGTTCTAAACTCCCTGAAATATCATCTACAAAAACATCTATTACAAACAATCATCCAACTGACCCACAATCAAGCATGTTTGTGGCGCA AACAAATAACTCGACAAAAAAGTCCAGTCATTCACTAACTCATACTGTTGCCAAGTTAAAATTAACACAACGACAAANATCTCGCTACAATTATCTACATCATTTGTTACAGTTGAGCAATTGGAAACAGGCCAATAGACATGTTGATCGTACAGTTATTTCACCTACATATGTTTATTCTGGTCACA]
[-] EMBL CD068524             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CTGACCCACAATCAAGCATGTTTGTGGCGCAGAACAAATAACTCGACAAAAAAGTCCAGTCATTCACTAACTCATACTGTTGCCAtcgt                                                                                                                                   ]




>consensus_8962#0
AGCCAANAATTCGGCACGAGGGCCTACATAGNATCGAAATTAATAGGATACTGAATCTCT
TCACTGGTGGTGTTCTCAGGGGAGTCTAAATGACCTCTGGCTTTATCAAACGTGTTCAAT
AGTTGAAAAAAGAGGCGTTTCACGTATGATATGTATAAGGAAATGAACGGTTTGATGAGT
TGATGCTGATCGCGTGTTCAACAGTTAACTCCATGTATAGTGAGAATTGAAGTCATTTCA
CGTGGAATGTCAACAAAATTAGGAATCCATGGTGATCATCTAATTGATGGGCTCCGTCTG
GTTGCATTGAACTGTGTTTTACATGATGGATTAGGTGATGAATTGTACGAGGTAATGAGT
CGTGCCATAATACATGCTGCTGGTCAAATCACCTTTCCTATGCTTGAAGCGTTATCCTCA
CTTGGGTTATTATATCCTCGTTCTAAACTCCCTGAAATATCATCTACAAAAACATCTATT
ACAAACAATCATCCAACTGACCCACAATCAAGCATGTTTGTGGCGCAAACAAATAACTCG
ACAAAAAAGTCCAGTCATTCACTAACTCATACTGTTGCCAAGTTAAAATTAACACAACGA
CAAANATCTCGCTACAATTATCTACATCATTTGTTACAGTTGAGCAATTGGAAACAGGCC
AATAGACATGTTGATCGTACAGTTATTTCACCTACATATGTTTATTCTGGTCACA

consensusID : consensus_8962#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 6
consensus length = 706
fasta sequence

                              [AACAACATTCTAGTCCAAACTTAATTCAGACTACTAGTACTATTAATAACACCTATAATTTGCGGAATATTAGTACACGTCTAGGTCCATTTTTAGCTAAAAGACGTGAATTGTCATTTCTGTTAGCATGTTTAGAACAAGTGTTATGTGCAATGACACTTAAAGAACGTGTAGAAGATCTACGTACAGCACAAAGTTTATTATTACAATCCGGTAGCGGGGGAGCTCTTGCAATTGGTCAAGTTGGAATTCCCTCTATTGATGATGACGATGATGATGGTGACTCTAATGCTGCTGACAGTAAACGAAAATTTACTCCAGTTTCAATTGGTGGTTCATGTGGTAATTTGGCGGATGTATTAAATTCTTTACCTATGCGTTTAGCTATCGAATGGTTGACTACACACCATGGTGATCATCTAATTGATGGGCTCCGTCTGGTTGCATTGAACTGTGTTTTACATGATGGATTAGGTGATGAATTGTACGAGGTAATGAGTCGTGCCATAATACATGCTGCTGGTCAAATCACCTTTCCTATGCTTGAAGCGTTATCCTCACTTGGGTTATTATATCCTCGTTCTTAACTCCCTGAAATATCATCTACAAAAACATCTATTACAAACAATCATCCAACTGACCCACAATCAAGCATGTTTGTGGCGCAAACAAATAACTCGACAAAAAAGTCCAGTCATTCACTAAC]

[-] EMBL CD129517             [AACAACATTCTAGTCCAAACTTAATTCAGACTACTAGTACTATTAATAACACCTATAATTTGCGGAATATTAGTACACGTCTAGGTCCATTTTTAGCTAAAAGACGTGAATTGTCATTTCTGTTAGCATGTTTAGAACAAGTGTTATGTGCAATGACACTTAAAGAACGTGTAGAAGATCTACGTACAGCACAAAGTTTATTATTACAATCCGGTAGCGGGGGAGCTCTTGCAATTGGTCAAGTTGGAATTCCCTCTATTGATGATGACGATGATGATGGTGACTCTAATGCTGCTGACAGTAAACGAAAATTTACTCCAGTTTCAATTGGTGGTTCATGTGGTAATTTGGCGGATGTATTAAATTCTTTACCTATGCGTTTAGCTATCGAATGGTTGACTACACACCATGGTGATCATCTAATTGATGGGCTCCGTCTGGTCGCATTGAACTGTGTTTTACATGATGGATTAGGTGATGAATTGTACGAGGTAATGAGTCGTGCCATAATACATGCTGCTGGTCAAATCACCTTTCCTATGCTTGGAGCGTTATCCTCACTTGGGTTATTATATCCTCG                                                                                                                              ]
[+] EMBL CD148723             [                                                                            ACGTCTAGGTCCATTTTTAGCTAAAAGACGTGAATTGTCATTTCTGTTAGCATGTTTAGAACAAGTGTTATGTGCAATGACACTTAAAGAACGTGTAGAAGATCTACGTACAGCACAAAGTTTATTATTACAATCCGGTAGCGGGGGAGCTCTTGCAATTGGTCAAGTTGGAATTCCCTCTATTGATGATGACGATGATGATGGTGACTCTAATGCTGCTGACAGTAAACGAAAATTTACTCCAGTTTCAATTGGTGGTTCATGTGGTAATTTGGCGGATGTATTAAATTCTTTACCTATGCGTTTAGCTATCGAATGGTTGACTACACACCATGGTGATCATCTAATTGATGGGCTCCGTCTGGTTGCATTGAACTGTGTTTTACATGATGGATTAGGTGATGAATTGTACGAGGTAATGAGTCGTGCCATAATACATGCTGCTGGTCAAATCACCTTTCCTATGCTTGAAGCGTTATCCTCACTTGn                                                                                                                                             ]
[+] EMBL CD148697             [                                                                            ACGTCTAGGTCCATTTTTAGCTAAAAGACGTGAATTGTCATTTCTGTTAGCATGTTTAGAACAAGTGTTATGTGCAATGACACTTAAAGAACGTGTAGAAGATCTACGTACAGCACAAAGTTTATTATTACAATCCGGTAGCGGGGGAGCTCTTGCAATTGGTCAAGTTGGAATTCCCTCTATTGATGATGACGATGATGATGGTGACTCTAATGCTGCTGACAGTAAACGAAAATTTACTCCAGTTTCAATTGGTGGTTCATGTGGTAATTTGGCGGATGTATTAAATTCTTTACCTATGCGTTTAGCTATCGAATGGTTGACTACACACCATGGTGATCATCTAATTGATGGGCTCCGTCTGGTTGCATTGAACTGTGTTTTACATGATGGATTAGGTGATGAATTGTACGAGGTAATGAGTCGTGCCATAATACATGCTGCTGGTCAAATCACCTTTCCTATGCTTGAAGCGTTATCCTCACTTGG                                                                                                                                             ]
[-] EMBL CD116890             [                                                                                                                                                                                                                                                         TTCCCTCTATTGATGATGACGATGATGATGGTGTCTCTAATGCTGCTGACAGTAAACGAAAATTTACTCCAGTTTCAATTGGTGGTTCATGTGGTAATTTGGCGGATGTATTAAATTCTTTACCTATGCGTTTAGCTATCGAATGGTTGACTACACACCATGGTGATCATCTAATTGATGGGCTCCGTCTGGTTGCATTGAACTGTGTTTTACATGATGGATTAGGTGATGAATTGTACGAGGTAATGAGTCGTGCCATAATACATGCTGCT                                                                                                                                                                                         ]
[-] EMBL CD068525             [                                                                                                                                                                                                                                                                   TGATGATGACGATGATGATGGTGACTCTAATGCTGCTGACAGTAAACGAAAATTTACTCCAGTTTCAATTGGTGGTTCATGTGGTAATTTGGCGGATGTATTAAATTCTTTACCTATGCGTTTAGCTATCGAATGGTTGACTACACACCATGGTGATCATCTAATTGATGGGCTCCGTCTGGTTGCATTGAACTGTGTTTTACATGATGGATTAGGTGATGAATTGTACGAGGTAATGAGTCGTGCCATAATACATGCTGCTGGTCAAATCACCTTTCCTATGC TGAAGCGTTATCCTCACTTGGGTTATTATATCCTCGTTCTTAACTCCCTGAAATATCATC                                                                                                      ]
[+] EMBL CD068173             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGCTGACAGTAAACGAAAATTTACTCCAGTTTCAATTGGTGGTTCATGTGGTAATTTGGCGGATGTATTAAATTCTTTACCTATGCGTTTAGCTATCGAATGGTTGACTACACACCATGGTGATCATCTAATTGATGGGCTCCGTCTGGTTGCATTGAACTGTGTTTTACATGATGGATTAGGTGATGAATTGTACGAGGTAATGAGTCGTGCCATAATACATGCTGCTGGTCAAATCACCTTTCCTATGCTTGAAGCGTTATCCTCACTTGGGTTATTATATCCTCGTTCTAAACTCCCTGAAATATCATCTACAAAAACATCTATTACAAACAATCATCCAACTGACCCACAATCAAGCATGTTTGTGGCGCAAACAAATAACTCGACAAAAAAGTCCAGTCATTCACTAAC]




>consensus_8962#1
AACAACATTCTAGTCCAAACTTAATTCAGACTACTAGTACTATTAATAACACCTATAATT
TGCGGAATATTAGTACACGTCTAGGTCCATTTTTAGCTAAAAGACGTGAATTGTCATTTC
TGTTAGCATGTTTAGAACAAGTGTTATGTGCAATGACACTTAAAGAACGTGTAGAAGATC
TACGTACAGCACAAAGTTTATTATTACAATCCGGTAGCGGGGGAGCTCTTGCAATTGGTC
AAGTTGGAATTCCCTCTATTGATGATGACGATGATGATGGTGACTCTAATGCTGCTGACA
GTAAACGAAAATTTACTCCAGTTTCAATTGGTGGTTCATGTGGTAATTTGGCGGATGTAT
TAAATTCTTTACCTATGCGTTTAGCTATCGAATGGTTGACTACACACCATGGTGATCATC
TAATTGATGGGCTCCGTCTGGTTGCATTGAACTGTGTTTTACATGATGGATTAGGTGATG
AATTGTACGAGGTAATGAGTCGTGCCATAATACATGCTGCTGGTCAAATCACCTTTCCTA
TGCTTGAAGCGTTATCCTCACTTGGGTTATTATATCCTCGTTCTTAACTCCCTGAAATAT
CATCTACAAAAACATCTATTACAAACAATCATCCAACTGACCCACAATCAAGCATGTTTG
TGGCGCAAACAAATAACTCGACAAAAAAGTCCAGTCATTCACTAAC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8962#0      ------------------------------------------------------------
consensus_8962#1      AACAACATTCTAGTCCAAACTTAATTCAGACTACTAGTACTATTAATAACACCTATAATT 60
                                                                                  

consensus_8962#0      ------------------------------------------------AGCCAANAATTC 12
consensus_8962#1      TGCGGAATATTAGTACACGTCTAGGTCCATTTTTAGCTAAAAGACGTGAATTGTCATTTC 120
                                                                      *      * ***

consensus_8962#0      GGCACGAGGGCCTACATAGNATCGAAATTAATAGGATACTGAATCTCTTCACTGGTGGTG 72
consensus_8962#1      TGTTAGCATGTTTAGAACAAGTGTTATGTGCAATGACACTTAAAGAACGTGTAGAAGATC 180
                       *   *   *  ** *     *   *  *   * ** *** **          *  * * 

consensus_8962#0      TTCT--CAGGGGAGTCTAAATGACCTCTGGCTT-TATCAAACGTGTTCA-ATAGTTGAAA 128
consensus_8962#1      TACGTACAGCACAAAGTTTATTATTACAATCCGGTAGCGGGGGAGCTCTTGCAATTGGTC 240
                      * *   ***   *   *  ** *   *   *   ** *    * * **    * ***   

consensus_8962#0      AAAGAGGCGTTTCACGTAT-GATATGTATAAGGA-AATGAACGGTTTGATGA-GTTGATG 185
consensus_8962#1      AAGTTGGAATTCCCTCTATTGATGATGACGATGATGATGGTGACTCTAATGCTGCTGACA 300
                      **   **  ** *   *** ***    *  * **  ***     * * ***  * ***  

consensus_8962#0      CTGATCGCGTGTTCAA--------CAGTTAAC--TCCATGTA------TAGTGA--GAAT 227
consensus_8962#1      GTAAACGAAAATTTACTCCAGTTTCAATTGGTGGTTCATGTGGTAATTTGGCGGATGTAT 360
                       * * **    ** *         ** **     * *****       * * *   * **

consensus_8962#0      TGAAGTCATTTCACGTGGAAT--GTCAACAAA--ATTAGGAAT---CCATGGTGATCATC 280
consensus_8962#1      TAAATTCTTTACCTATGCGTTTAGCTATCGAATGGTTGACTACACACCATGGTGATCATC 420
                      * ** ** ** *   **   *  *  * * **   **    *    **************

consensus_8962#0      TAATTGATGGGCTCCGTCTGGTTGCATTGAACTGTGTTTTACATGATGGATTAGGTGATG 340
consensus_8962#1      TAATTGATGGGCTCCGTCTGGTTGCATTGAACTGTGTTTTACATGATGGATTAGGTGATG 480
                      ************************************************************

consensus_8962#0      AATTGTACGAGGTAATGAGTCGTGCCATAATACATGCTGCTGGTCAAATCACCTTTCCTA 400
consensus_8962#1      AATTGTACGAGGTAATGAGTCGTGCCATAATACATGCTGCTGGTCAAATCACCTTTCCTA 540
                      ************************************************************

consensus_8962#0      TGCTTGAAGCGTTATCCTCACTTGGGTTATTATATCCTCGTTCTAAACTCCCTGAAATAT 460
consensus_8962#1      TGCTTGAAGCGTTATCCTCACTTGGGTTATTATATCCTCGTTCTTAACTCCCTGAAATAT 600
                      ******************************************** ***************

consensus_8962#0      CATCTACAAAAACATCTATTACAAACAATCATCCAACTGACCCACAATCAAGCATGTTTG 520
consensus_8962#1      CATCTACAAAAACATCTATTACAAACAATCATCCAACTGACCCACAATCAAGCATGTTTG 660
                      ************************************************************

consensus_8962#0      TGGCGCAAACAAATAACTCGACAAAAAAGTCCAGTCATTCACTAACTCATACTGTTGCCA 580
consensus_8962#1      TGGCGCAAACAAATAACTCGACAAAAAAGTCCAGTCATTCACTAAC-------------- 706
                      **********************************************              

consensus_8962#0      AGTTAAAATTAACACAACGACAAANATCTCGCTACAATTATCTACATCATTTGTTACAGT 640
consensus_8962#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8962#0      TGAGCAATTGGAAACAGGCCAATAGACATGTTGATCGTACAGTTATTTCACCTACATATG 700
consensus_8962#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8962#0      TTTATTCTGGTCACA 715
consensus_8962#1      ---------------