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consensusID : consensus_9096#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 909 fasta sequence
[CTCGAGGCCAAAAATTCGGCACGAGGGCATTACATATGTTGATAGTGAGGTTAGTGAGTCGATCCCTTTCTTTGGTTTTAGAAAGTGTTCTCGGCGTAGTCGACAAATTTACAGATCTAGCTGCCTCAATCTTCAGTAATAATAATAAGTTGACTCTATCGCAAAATAAGCCGCTTTCTGAATTAAAAGGCTCAATAATGAAACCGCTCAGAAAGTATGAGGCAGGCATATCTCTGACACTGTCATTCTATATTTGTCTATGCTTAGAAAAAGATCTCCACTCGTTTAGTCAGATAATTTATCCTAGTTTTTTTAAGAGCATTGATGTTACTTGGACCACTCGTT-CCTTTAAATTTTGAGGTTCAAGGGTATCACAGACTGATTGCGTATATTTGGTAAGTCATTGAAGAAAGAGTTCAAGGTAAATAAACCGATAGCTTGACATTTTGATACTCCAATTAACATGTTGGACTCATCCGTAATTATGATAGGGACTGAAGTAGGTTGCAGTTTCCCTACGAAGCAATCTTTTAAGCAATAAAAGACGTGCCCATTGGTCCCTTTTTTTAAGTGGAGTACTTTACTATCTACCCTAATGTCTTCGAGAAGTCTGGTAGTCCTGAATTCGTGACTCGTGTTAGACTGGTAATATCCAATTTTCGATGTCACTAGTTTAGTAATACAAGATTTATTTGTTCTTTTTCAGATTTTTATCTTCATGGCCCTCGCTATTTATACAGTCGATAGTTTAGTTGCCTTCAAAATTTTTACAGCTGGGCGCTATTACGATTAAATTGTACCATTTCATGATTAACTAATTGTTTGCTTGTAATTTTAGACAGTCCTTGATGCAATTCTTTAGATGTCCTTGTTCGCTAACTTACCACTTTTTTTAAATAAACAAGTTTT]
[+] EMBL CD080368 [CTCGAGGCCAAAAATTCGGCACGAGGGCATTACATATGTTGATAGTGAGGTTAGTGAGTCGATCCCTTTCTTTGGTTTTAGAAAGTGTTCTCGGCGTAGTCGACAAATTTACAGATCTAGCTGCCTCAATCTTCAGTAATAATAATAAGTTGACTCTATCGCAAAATAAGCCGCTTTCTGAATTAAAAGGCTCAATAATGAAACCGCTCAGAAAGTATGAGGCAGGCATATCTCTGACACTGTCATTCTATATTTGTCTATGCTTAGAAAAAGATCTCCACTCGTTTAGTCAGATAATTTATCCTAGTTTTTTTAAGAGCATTGATGTTACTTGGACCACTCGTT CCTTTAAATTTTGAGGTTCAAGGGTATCACAGACTGATTGCGTATATTTGGTAAGTCATTGAAGAAAGAGTTCAAGGTAAATAAACCGATAGCTTGACATTTTGATACTCCAATTAACATGTTGGACTCATCCGTAATTATGATAGGGACTGAAGTAGGTTGCAGTTTCCCTACGAAGCAATCTTTTAAGCAATAAAAGACGTGCCCATTGGTCCCTTTTTTTAAGTGGAGTACTTTACTATCTACCCTAATGTCTTCGAGAAGTCTGGTAGTCCTGAATTCGTGACTCGTGTTAGACTGGTAATATCCAATTTTCGATGTCACTAGTTTAGT ATACAAGATTTATTTGT ]
[-] EMBL CD074464 [ TCGTTTAGTCAGATAATTTATCCTAGTTTTTTTAAGAGCATTGATGTTACTTGGACCACTCGTTCCCTTTAAATTTTGAGGTTCAAGGGTATCACAGACTGATTGCGTATATTTGGTAAGTCATTGAAGAAAGAGTTCAAGGTAAATAAACCGATAGCTTGACATTTTGATACTCCAATTAACATGTTGGACTCATCCGTAATTATGATAGGGACTGAAGTAGGTTGCAGTTTCCCTACGAAGCAATCTTTTAAGCAATAAAAGACGTGCCCATTGGTCCCTTTTTTTAAGTGGAGTACTTTACTATCTACCCTAATGTCTTCGAGAAGTCTGGTAGTCCTGAATTCGTGACTCGTGTTAGACTGGTAATATCCAATTTTCGATGTCACTAGTTTAGTAATACAAGATTTATTTGTTCTTTTTCAGATTTTTATCTTCATGGCCCTCGCTATTTATACAGTCGATAGTTTAGTTGCCTTCAAAATTTTTACAGCTGGGCGCTATTACGATTAAATTGTACCATTTCATGATTAACTAATTGTTTGCTTGTAATTTTAGACAGTCCTTGATGCAATTCTTTAGATGTCCTTGTTCGCTAACTTACCACTTTTTTTAAATAAACAAGTTTT]
[-] EMBL CD074284 [ AGTCAGATAATTTATCCTAGTTTTTTTAAGAGCATTGATGTTACTTGGACCACTCGTT CCTTTAAATTTTGAGGTTCAAGGGTATCACAGACTGATTGCGTATATTTGGTAAGTCATTGAAGAAAGAGTTCAAGGTAAATAAACCGATAGCTTGACATTTTGATACTCCAATTAACATGTTGGACTCATCCGTAATTATGATAGGGACTGAAGTAGGTTGCAGTTTCCCTACGAAGCAATCTTTTAAGCAATAAAAGACGTGCCCATTGGTCCCTTTTTTTAAGTGGAGTACTTTACTATCTACCCTAATGTCTTCGAGAAGTCTGGTAGTCCTGAATTCGTGACTCGTGTTAGACTGGTAATATCCAATTTTCGATGTCACTAGTTTAGTAATACAAGATTTATTTGTTCTTTTTCAGATTTTTATCTTCATGGCCCTCGCTATTTATACAGTCGATAGTTTAGTTGCCTTCAAAATTTTTACAGCTGGGCGCTATTACGATTAAATTGTACCATTTCATGATTAACTAATTGTTTGCTTGTAATTTTAGACAGTCCTTGATGCAATTCTTTAGATGTCCTTGTTCGCTAACTTACCACTTTTTTTAAATAAACAAGTTTT]
consensusID : consensus_9096#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 607 fasta sequence
[TTTTAGGCCGCGAAGTAATCGTTGAATACTTGTATAAACTAGTCATATGGCTCGAATTAGTGTTAATGGGATCAAAGCACATCTTCCATTGGAAGTGTTACCAAGATTACTTCAGGACATTTCCTGCAATGGCTAAGTTATGCGAACTATTATGTGTCTTCATAGCCTTCATTATCAGCTTCTTGGATAAGAATTTCCTGTTAATGGGCGGTTCATGGCTGACTGTAACAACTGCGTTATCATTCCTTGTCACTTCATTCTTTCTTGTCTTCCATCTTTTCCTTCTGCATCGTTTTATTACAGCTCCTTGGTTTCTAATAGAACTTGCTGCTTATGTTATCGTATGCATACTTGTGTTTTCAAATGGAGTACTGTCTGCAGCATATTCTCACTTAAGTGGTATTATAATAGCAGAAACGATTTTTATCTTCATGGCCCTCGCTATTTATACAGTCGATAGTTTAGTTGCCTTCAAAATTTTTACAGCTGGGCGCTATTACGATTAAATTGTACCATTTCATGATTAACTAATTGTTTGCTTGTAATTNTAGACAGTCCTTGATGCAATTCTTTAGATGTCCTTGTTCGCTAACTTACCACTTTTTTT]
[+] EMBL CD078414 [TTTTAGGCCGCGAAGTAATCGTTGAATACTTGTATAAACTAGTCATATGGCTCGAATTAGTGTTAATGGGATCAAAGCACATCTTCCATTGGAAGTGTTACCAAGATTACTTCAGGACATTTCCTGCAATGGCTAAGTTATGCGAACTATTATGTGTCTTCATAGCCTTCATTATCAGCTTCTTGGATAAGAATTTCCTGTTAATGGGCGGTTCATGGCTGACTGTAACAACTGCGTTATCATTCCTTGTCACTTCATTCTTTCTTGTCTTCCATCTTTTCCTTCTGCATCGTTTTATTACAGCTCCTTGGTTTCTAATAGAACTTGCTGCTTATGTTATCGTATGCATACTTGTGTTTTCAAATGGAGTACTGTCTGCAGCATATTCTCACTTAAGTGGTATTATAATAGCAGAAACGATTTTTATCTTCATGGCCCTCGCTATTTATACAGTCGATAGTTTAGTTGCCTTCAAAATTTTTACAGCTGGGCGCTATTACGATTAAATTGTACCATTTCATGATTAACTAATTGTTTGCTTGTAATTNTAGACAGTCCTTGATGCAATTCTTTAGATGTCCTTGTTCGCTAACTTACCACTTTTTTT]
consensusID : consensus_9096#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 4 consensus length = 516 fasta sequence
[ATGTTTTGGTCTTACCGTTTCTGCTATTATAATACCACTTAAGTGAGAATATGCTGCAGACAGTACTCCATTTGAAAACACAAGTATGCATACGATAACATAAGCAGCAAGTTCTATTAGACACCAAGGAGCTGTAATAAAACGATGCAGAAGGAAAAGATGGAAGACAAGAAAGAATGAAGTGACAAGGAATGATAACGCAGTTGTTACAGTCAGCCATGAACCGCCCATTAACAGGAAATTCTTATCCAAGAAGCTGATAATGAAGGCTATGAAGACACATAATAGTTCGCATAACTTAACCATTGCAGGAAATGTCCTGAAGTAATCTTGGTAACACTTCCAATGGAAGATGCTTGTAGGGGTAACATCATCGTTAGTAGATTGGTTTCCATTATCACTTACTGCTTTGGTCCCATTAACACTAATTCGAGCCATATGACTAGTTTATACAAGTATTCAACGATTACTTCGCGACCTAAAACGTTTTCTCTCAGGCGCTCTAATTTGCCAGAT]
[+] EMBL CD156328 [ATGTTTTGGTCTTACCGTTTCTGCTATTATAATACCACTTAAGTGAGAATATGCTGCAGACAGTACTCCATTTGAAAACACAAGTATGCATACGATAACATAAGCAGCAAGTTCTATTAGACACCAAGGAGCTGTAATAAAACGATGCAGAAGGAAAAGATGGAAGACAAGAAAGAATGAAGTGACAAGGAATGATAACGCAGTTGTTACAGTCAGCCATGAACCGCCCATTAACAGGAAATTCTTATCCAAGAAGCTGATAATGAAGGCTATGAAGACACATAATAGTTCGCATAACTTAACCATTGCAGGAAATGTCCTGAAGTAATCTTGGTAACACTTCCAATGGAAGATGCTTGTAGGGGTAACATCATCGTTAGTAGATTGGTTTCCATTATCACTTACTGCT ]
[-] EMBL CD156233 [ TGTTTTGGTCTTACCGTTTCTGCTATTATAATACCACTTAAGTGAGAATATGCTGCAGACAGTACTCCATTTGAAAACACAAGTATGCATACGATAACATAAGCAGCAAGTTCTATTAGACACCAAGGAGCTGTAATAAAACGATGCAGAAGGAAAAGATGGAAGACAAGAAAGAATGAAGTGACAAGGAATGATAACGCAGTTGTTACAGTCAGCCATGAGCCGCCCATTAACAGGAAATTCTTATCCAAGAAGCTGATAATGAAGGCTATGAAGACACATAATAGTTCGCATAACTTAACCATTGCAGGAAATGTCCTGAAGTAATCTTGGTAACACTTCCAATGGAAGATGCTTGTAGGGGTAACATCATCGTTAGTAGATTGGTTTCCATTATCACTTACTGCTTTGGT ]
[-] EMBL CD156082 [ TGTTTTGGTCTTACCGTTTCTGCTATTATAATACCACTTAAGTGAGAATATGCTGCAGACAGTACTCCATTTGAAAACACAAGTATGCATACGATAACATAAGCAGCAAGTTCTATTAGACACCAAGGAGCTGTAATAAAACGATGCAGAAGGAAAAGATGGAAGACAAGAAAGAATGAAGTGACAAGGAATGATAACGCAGTTGTTACAGTCAGCCATGAACCGCCCATTAACAGGAAATTCTTATCCAAGAAGCTGATAATGAAGGCTATGAAGACACATAATAGTTCGCATAACTTAACCATTGCAGGAAATGTCCTGAAGTAATCTTGGTAACACTTCCAATGGAAGATGCTTGTAGGGGTAACATCATCGTTAGTAGATTGGTTTCCATTATCACTT ]
[-] EMBL CD178426 [ TGAAGTGACAAGGAATGATAACGCAGTTGTTACAGTCAGCCATGAACCGCCCATTAACAGGAAATTCTTATCCAAGAAGCTGATAATGAAGGCTATGAAGACACATAATAGTTCGCATAACTTAGCCATTGCAGGAAATGTCCTGAAGTAATCTTGGTAACACTTCCAATGGAAGATGCTTGTAGGGGTAACATCATCGTTAGTAGATTGGTTTCCATTATCACTTACTGCTTTGATCCCATTAACACTAATTCGAGCCATATGACTAGTTTATACAAGTATTCAACGATTACTTCGCGACCTAAAACGTTTTCTCTCAGGCGCTCTAATTTGCCAGAT]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
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consensus_9096#1 ------------------------------------------------------------
consensus_9096#2 ------------------------------------------------------------
consensus_9096#0 CTGCCTCAATCTTCAGTAATAATAATAAGTTGACTCTATCGCAAAATAAGCCGCTTTCTG 180
consensus_9096#1 ------------------------------------------------------------
consensus_9096#2 ------------------------------------------------------------
consensus_9096#0 AATTAAAAGGCTCAATAATGAAACCGCTCAGAAAGTATGAGGCAGGCATATCTCTGACAC 240
consensus_9096#1 ------------------------------------------------------------
consensus_9096#2 ------------------------------------------------------------
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consensus_9096#2 ------------------------------------------------------------
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** ** * * * * * * * ** * *
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consensus_9096#1 ATTATGTGTCTTCATAGCCTTCATTATCAGCTTCTTGGATAAGAATTTCCTGTTAATGGG 208
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** * * * * ** ** * * *
consensus_9096#0 TAATT-ATGATAGGGACTGA--AGTAGGTTGCAGTTTCCCTACGAAGCAATCTTTTAAGC 536
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*** * * * * * ** * ** *
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consensus_9096#1 CTTCCATCTTTTCCTTCTGCATCGTTTTATTACAGCTCCTTGGTTTCTAATAGAACTTGC 328
consensus_9096#2 CAGCCATGAACCGCCCATTAACAGGAAATTCTTATCCAAGAAGCTGATAATGAAGGCTA- 272
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consensus_9096#0 TGTCTTCGAGAAGTCTGGTAGTCCTGAATTCGTGACTCGTGTTAGACTGGTAATATCCAA 656
consensus_9096#1 TGCTTATGTTATCGTATGCATACTTGTGTTTTCAAATGGAGT---ACTGTCTGCAGCATA 385
consensus_9096#2 -----TGAAGACACATAATAGTTCGCATAACTTAACCATTGC-----AGGAAATGTCCTG 322
* * * * * *
consensus_9096#0 TTTTCGATGTCACTAGTTTAGTAATACAAGATTTATTTGTTCTTTTTCAGATTTTTATCT 716
consensus_9096#1 TTCTC-ACTTAAGTGGTATTATAATAGCAGAAAC---------------GATTTTTATCT 429
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consensus_9096#1 TCATGGCCCTCGCTATTTATACAGTCGATAGTTTAGTTGCCTTCAAAATTTTTACAGCTG 489
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consensus_9096#1 GGCGCTATTACGATTAAATTGTACCATTTCATGA--TTAACTAATTGTTTGCTTGTAATT 547
consensus_9096#2 GGTCCCATTAACACTAATTCGAGCCATATGACTAGTTTATACAAGTATTCAACGATTACT 471
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consensus_9096#0 TTAGACAGTCCTTGATGCAATTCTTTAGATGTCCTTGTTCGCTAACTTACCACTTTTTTT 894
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consensus_9096#1 ---------------
consensus_9096#2 ---------------
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||