cluster # 9342

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 9342 cluster # 9342 Sequences # 9 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_9342#0 length = 782 sequences # 7

consensus_9342#1 length = 549 sequences # 2

consensusID : consensus_9342#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 7
consensus length = 782
fasta sequence

                              [AAGCGTTATTGTCCCGATCTAAATCATATTGGTGACATGTAATCAAAGAGAGTAGAATTAGACGAAGTCAAGTAAAGATTAGAACAATCAGAAAGATAAAAACATTAAAAGAGATATAATAAAGCATTATTGCTTCTATCTTCCTTTCTTTTTTTTACATGACTTTATAATTAAGAATTTCTACGTTCATATTCATCACCTTCAATACCTTTACCAGTATAAAAACAACCAGATTCAATACTAGGTAATAATGAATTAATACGTTGTAAATGTTCATAATGTAATTTAAATTCATTAATTTGTTTAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTTAAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAAGCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCTGTTAATTGTTCTTTAAG-TTTTTCATACGTTTTAATAAATCATTAATATCTTCAATTAATTTACTTCCACTACGATGTGATAGATCAGCAGTTTCTATTATACGTATAGTTTCATCATTAATTCCATTAACTATATGGGATATTTTTTGTATTTCAGGTAAAATATCTAATTCATGTTTTGTTTTTAAATCAGTTAATTTTTCATAGAATTTATCAAGAAGAATCTTATCGTTCGCAATTCTTTTTTCAATTCCACCAAGAATATTTTCAATTTGATTAGTTTGATTATGTAAATATTGTGCA]

[+] EMBL CD169802             [AAGCGTTATTGTCCCGATCTAAATCATATTGGTGACATGTAATCAAAGAGAGTAGAATTAGACGAAGTCAAGTAAAGATTAGAACAATCAGAAAGATAAAAACATTAAAAGAGATATAATAAAGCATTATTGCTTCTATCTTCCTTTCTTTTTTTTACATGACTTTATAATTAAGAATTTCTACGTTCATATTCATCACCTTCAATACCTTTACCAGTATAAAAACAACCAGATTCAATACTAGGTAATAATGAATTAATACGTTGTAAATGTTCATAATGTAATTTAAATTCATTAATTTGTTTAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTTAAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAAGCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCTGTTAATTGTTCTTTAAG TTTTTCATACGTTTTAATAAATCATTAATATCTTCAATTAATTTACTTCCACTACGATGTGATAGATCAGCAGTTTCTATTATACGTATAGTTTCATCATTAATTCCATTAACTATATGGGATATTNTTTGTATTTCAGGTAAAATATCTAATTCATGT                                                                                                                              ]
[+] EMBL CD169312             [AAGCGTTATTGTCCCGATCTAAATCATATTGGTGACATGTAATCAAAGAGAGTAGAATTAGACGAAGTCAAGTAAAGATTAGAACAATCAGAAAGATAAAAACATTAAAAGAGATATAATAAAGCATTATTGCTTCTATCTTCCTTTCTTTTTTTTACATGACTTTATAATTAAGAATTTCTACGTTCATATTCATCTCCTTCAATACCTTTACCAGTATTAAAACAACCAGATTCAATACTAGGTAATAATGAATTAATGCGTTGTAAATGTTCATAATGTAATTTAAATTCATTAATTTGTTTAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTTAAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAAGCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCTGTTAATTGTTCTTTAAG TTTTTCATACGTTTTAATAAATCATTAATATCTTCAATTAATTTACTTCCACTACGATGTGATAGATCAGCAGTTTCTATTATACGTATAGTTTCATCATTAATTCCATTAACTATATGGGATATT                                                                                                                                                               ]
[+] EMBL CD169850             [AAGCGTTATTGTCCCGATCTAAATCATATTGGTGACATGTAATCAAAGAGAGTAGAATTAGACGAAGTCAAGTAAAGATTAGAACAATCAGAAAGATAAAAACATTAAAAGAGATATAATAAAGCATTATTGCTTCTATCTTCCTTTCTTTTTTTTACATGACTTTATAATTAAGAATTTCTACGTTCATATTCATCACCTTCAATACCTTTACCAGTATAAAAACAACCAGATTCAATACTAGGTAATAATGAATTAATACGTTGTAAATGTTCATAATGTAATTTAAATTCATTAATTTGTTTAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTTAAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAAGCATCTTCTGAAGTAACGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCTGTTAATTGTTCTTTAAG TTTTTCATACGTTTTAATAAATCATTAATATCTTCAATTAATTTACTTCCACTACGATGTGATAGATCAGCAGTTTCTATTATACGT                                                                                                                                                                                                      ]
[-] EMBL CD168962             [                                                                                                                                              CCTTTCTTTTTTTTACATGACTTTATAATTAAGAATTTCTACGTTCATATTCATCACCTTCAATACCTTTACCAGTATAAAAACAACCAGATTCAATACTAGGTAATAATGAATTAATACGTTGTAAATGTTCATAATGTAATTTAAATTCATTAATTTGTTTAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTTAAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAAGCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCTGTTAATTGTTCTTTAAGTTTTTTCATACGTTTTAATAAATCATTAATATCTTCAATTAATTTACTTCCACTACGATGTGATAGATCAGCAGTTTCTATTATACGTATAGTTTCATCATTAATTCCATTAACTATATGGGATATTTTTTGTATTTCAGGTAAAATATCTAATTCATGTTTTGTTTTTAAATCAGTTAATTTTTCATAGAATTTATCAAGAAGAATCTTATCGTTCGCAATTCTTTTTTCAATTCCACCAAGAATATTTTCAATTTGATTAGTTTGATTATGTAAATATTGTGCA]
[-] EMBL CD169549             [                                                                                                                                                              ATGACTTTATAATTAAGAATTTCTACGTTCATATTCATCACCTTCAATACCTTTACCAGTATAAAAACAACCAGATTCAATACTAGGTAATAATGAATTAATACGTTGTAAATGTTCATAATGTAATTTAAATTCATTAATTTGTTTAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTTAAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAAGCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCTGTTAATTGTTCTTTAAG TTTTTCATACGTTTTAATAAATCATTAATATCTTCGATTAATTTACTTCCACTACGATGTGATAGATCAGCAGTTTCTATTATACGTATAGTTTCATCATTAATTCCATTAACTATATGGGATATTTTTTGTATTTCAGGTAAAATATCTAATTCATGTTTTGTTTTTAAATCAGTTAATTTTTCATAGAATTTATCAAGAAGAATCTTATCGTTCGCAATTCTTTTTTCAATTCCACCAAGAATATTTTCAATTTGATTAGTTTGATTATGTAAATATTGTGCA]
[-] EMBL CD202933             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CATTAATTGGTTAAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTTAAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAAGCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCTGTTAATTGTTCTTTAAGTTTTTTCATACGTTTTAATAAATCATTAATATCTTCAATTAATTTACTTCCATTACGATGTGATAGATCAGCAGTTTCTATTATACGTATAGTTTCATCATT                                                                                                                                                                                        ]
[-] EMBL CD169596             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTTGTACGTGATTGGTTTAATTGTTTTAATACAGTTAAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAAGCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCTGTTAATTGTTCTTTAAGTTTTTTCATACGTTTTAATAAATCATTAATATCTTCAATTAATTTACTTCCACTACGATGTGATAGATCAGCAGTTTTTATTATACGTATAGTTTCATCATTAATTCCATTAACTATATGGGATATTTTTTGTATTTCAGGTAAAATATCTAATTCATGTTTTGTTTTTAAATCAGTTAATTTTTCATAGAATTTATCAAGAAGAATCTTATCGTTCGCAATTCTTTTTTCAATTCCACCAAGAATATTTTCAATTTGATTAGTTTGATTATGTAAATATTGTGCA]




>consensus_9342#0
AAGCGTTATTGTCCCGATCTAAATCATATTGGTGACATGTAATCAAAGAGAGTAGAATTA
GACGAAGTCAAGTAAAGATTAGAACAATCAGAAAGATAAAAACATTAAAAGAGATATAAT
AAAGCATTATTGCTTCTATCTTCCTTTCTTTTTTTTACATGACTTTATAATTAAGAATTT
CTACGTTCATATTCATCACCTTCAATACCTTTACCAGTATAAAAACAACCAGATTCAATA
CTAGGTAATAATGAATTAATACGTTGTAAATGTTCATAATGTAATTTAAATTCATTAATT
TGTTTAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTT
AAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAA
GCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCT
GTTAATTGTTCTTTAAGTTTTTCATACGTTTTAATAAATCATTAATATCTTCAATTAATT
TACTTCCACTACGATGTGATAGATCAGCAGTTTCTATTATACGTATAGTTTCATCATTAA
TTCCATTAACTATATGGGATATTTTTTGTATTTCAGGTAAAATATCTAATTCATGTTTTG
TTTTTAAATCAGTTAATTTTTCATAGAATTTATCAAGAAGAATCTTATCGTTCGCAATTC
TTTTTTCAATTCCACCAAGAATATTTTCAATTTGATTAGTTTGATTATGTAAATATTGTG
CA

consensusID : consensus_9342#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 549
fasta sequence

                              [TTTCTTTTTTTTACATGACTTTATAATTAAGAATTTCTACGTTCATATTCATCACCTTCAATACCTTTACCAGTATAAAAACAACCAGATTCAATACTAGGTAATAATGAATTAATACGTTGTAAATGTTCATAATGTAATTTAAATTCATTAATTTGTTTAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTTAAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAAGCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCTGCTATTCATTGAAAACAAACAACAACAACAACAGTATACGAGATATTAGTAACTATGTCAATTTATAGGTAAGGATAAATAAATGAAGGAGACATAGTTGTCGTTCAAAATAGTTATGATGGGATCTATGGATACATATATA-TCAGACAATTAAACATTTAAACAATTTANACAAAAGTCTAGTATACAGATTTGAAAGCTTTGAGTTGAATC]

[+] EMBL CD085258             [TTTCTTTTTTTTACATGACTTTATAATTAAGAATTTCTACGTTCATATTCATCACCTTCAATACCTTTACCAGTATAAAAACAACCAGATTCAATACTAGGTAATAATGAATTAATACGTTGTAAATGTTCATAATGTAATTTAAATTCATTAATTTGTTTAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTTAAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAAGCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCTGCTATTCATTGAAAACAAACAACAACAACAACAGTATACGAGATATTAGTAACTATGTCAATTTATAGGTAAGGATAAATAAATGAAGGAGACATAGTTGTCGTTCAAAATAGTTATGATGGGATCTATGGATACATATATA TCAGACAATTAAACATTTAAACAATTTANACAAAAGTCTAGTATACAGATTTGAAAGCTTTGAGTTGAATC]
[+] EMBL CD085252             [TTTCTTTTTTTTACATGACTTTATAATTAAGAATTTCTACGTTCATATTCATCACCTTCAATACCTTTACCAGTATAAAAACAACCAGATTCAATACTAGGTAATAATGAATTAATACGTTGTAAATGTTCATAATGTAATTTAAATTCATTAATTTGTTTAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTTAAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAAGCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCTGCTATTCATTGAAAACAAACAACAACAACAACAGTATACGAGATATTAGTAACTATGTCAATTTATAGGTAAGGATAAATAAATGAAGGAGACATAGTTGTCGTTCAAAATAGTTATGATGGGATCTATGGATACATATATANTCAGAC ATTAAACATTTAACCAATTTAAACAAAAGTCTAGTATACAGATTTGAAAGCTTTGAGTTGAATC]




>consensus_9342#1
TTTCTTTTTTTTACATGACTTTATAATTAAGAATTTCTACGTTCATATTCATCACCTTCA
ATACCTTTACCAGTATAAAAACAACCAGATTCAATACTAGGTAATAATGAATTAATACGT
TGTAAATGTTCATAATGTAATTTAAATTCATTAATTTGTTTAGATAGATAATATAATTCA
GTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTTAAACGTTGATTTAATTGAATTTTA
TGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAAGCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGT
TTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCTGCTATTCATTGAAAACAAACAACA
ACAACAACAGTATACGAGATATTAGTAACTATGTCAATTTATAGGTAAGGATAAATAAAT
GAAGGAGACATAGTTGTCGTTCAAAATAGTTATGATGGGATCTATGGATACATATATATC
AGACAATTAAACATTTAAACAATTTANACAAAAGTCTAGTATACAGATTTGAAAGCTTTG
AGTTGAATC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9342#0      AAGCGTTATTGTCCCGATCTAAATCATATTGGTGACATGTAATCAAAGAGAGTAGAATTA 60
consensus_9342#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9342#0      GACGAAGTCAAGTAAAGATTAGAACAATCAGAAAGATAAAAACATTAAAAGAGATATAAT 120
consensus_9342#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9342#0      AAAGCATTATTGCTTCTATCTTCCTTTCTTTTTTTTACATGACTTTATAATTAAGAATTT 180
consensus_9342#1      ------------------------TTTCTTTTTTTTACATGACTTTATAATTAAGAATTT 36
                                              ************************************

consensus_9342#0      CTACGTTCATATTCATCACCTTCAATACCTTTACCAGTATAAAAACAACCAGATTCAATA 240
consensus_9342#1      CTACGTTCATATTCATCACCTTCAATACCTTTACCAGTATAAAAACAACCAGATTCAATA 96
                      ************************************************************

consensus_9342#0      CTAGGTAATAATGAATTAATACGTTGTAAATGTTCATAATGTAATTTAAATTCATTAATT 300
consensus_9342#1      CTAGGTAATAATGAATTAATACGTTGTAAATGTTCATAATGTAATTTAAATTCATTAATT 156
                      ************************************************************

consensus_9342#0      TGTTTAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTT 360
consensus_9342#1      TGTTTAGATAGATAATATAATTCAGTTGTACGTGATTGATTTAATTGTTTTAATACAGTT 216
                      ************************************************************

consensus_9342#0      AAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAA 420
consensus_9342#1      AAACGTTGATTTAATTGAATTTTATGAAGATCATCTTTTAATTTTAGAAATCTTGTTGAA 276
                      ************************************************************

consensus_9342#0      GCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCT 480
consensus_9342#1      GCATCTTCTGAAGTAATGGTTGGTTTACTTATTATTCCAGTACCAGGTTTAGTTGTTTCT 336
                      ************************************************************

consensus_9342#0      GTTAATTGTTCTTTAAGTTTTTCATACGTTTTAATAAATCATTAATATCTTCAATTAATT 540
consensus_9342#1      GCTATTCATTGAAAACAAACAACAACAACAACAGTATACGA--GATATTAGTAACTATGT 394
                      * ** *  **    *       **        * ** *  *   ****    ** **  *

consensus_9342#0      TACTTCCACTACGATGTGATAGATCAGCAGTTTCTATTATACGTATAGTTTCATCATTAA 600
consensus_9342#1      CAATTTA--TAGGTAAGGATAAATAAATGAAGGAGAC-ATAGTTGTCGTT-CAAAATAGT 450
                       * **    ** *    **** ** *         *  ***  * * *** **  **   

consensus_9342#0      TTCCATTAACTATATGGGATATTTTTTGTATTTCAGGTAAAATATCTAATTCATGTTTTG 660
consensus_9342#1      TATGATGGGATCTATGGA----TACATATATATCAGACAATTAAACATTTAAACAATTTA 506
                      *   **    * *****     *   * *** ****  **   * *   *  *   *** 

consensus_9342#0      TTTTTAAATCAGTTAATTTTTCATAGAATTTATCAAGAAGAATCTTATCGTTCGCAATTC 720
consensus_9342#1      NACAAAAGTCTAGTATACAGATTTGAAAGCT-TTGAGTTGAATC---------------- 549
                           ** **   **        *  **  * *  **  *****                

consensus_9342#0      TTTTTTCAATTCCACCAAGAATATTTTCAATTTGATTAGTTTGATTATGTAAATATTGTG 780
consensus_9342#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9342#0      CA 782
consensus_9342#1      --