cluster # 9346

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Schistosoma mansoni
cluster # 9346 cluster # 9346 Sequences # 9 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_9346#0 length = 645 sequences # 5

consensus_9346#1 length = 512 sequences # 3
consensus_9346#2 length = 159 sequences # 1

consensusID : consensus_9346#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 645
fasta sequence

                              [ACCTGCGACTTAGTGGCTGAAAACCAAAAAGCTTGACTGCTCAATTGTTCTTTTTCATTGGATTAAGAAATGTCAGTATCTCACATACTTTAAATTAATCTGTTCGGTGTTTTTTGTTTATCACATTGTTATCCTATAGAAAAATCTCCAATTATCGACAAGTCCATTGTATCTCATCCAATTCGTGATTGTATTCTATGGGGTACCGGTGTAGTTGGTTTATTTTTAACTTATGCTTATTATTCAAATAATATAAGGATATTACAAAGGTTTCATAGATCTCGATCTACTTAAGTGGTA-TTTACGATCATTACTGTTATTGATTGTTTTATAATCTTTGAATTGTCTATGTTTTGTTGCATTTCTCCTTCTCTTTTTCCCTATCTCTTCAAAATGTTCTCCTTGTTGTCGTAAATCTCTTTGAACCTGTTATTAATACACACACACACACAATCTGTGTAATTTTACACTTTTCCGATTGCACATGTGAATAGTACTATTTCCAGTTTCATTTTTAATCCCCATGTCATCTTGGCTATTCTCCTTGTTATTGTATTATCACAAAGAAGTTCGTTTATACAGTGTCATGTGAAATGATGATGTGGTCTCTGAACTATAGGAGTAGACTCTAAAGATGGTGCCCAC]

[+] EMBL CD082816             [ACCTGCGACTTAGTGGCTGAAAACCAAAAAGCTTGACTGCTCAATTGTTCTTTTTCATTGGATTAAGAAATGTCAGTATCTCACATACTTTAAATTAATCTGTTCGGTGTTTTTTGTTTATCACATTGTTATCCTATAGAAAAATCTCCAATTATCGACAAGTCCATTGTATCTCATCCAATTCGTGATTGTATTCTATGGGGTACCGGTGTAGTTGGTTTATTTTTAACTTATGCTTATTATTCAAATAATATAAGGATATTACAAAGGTTTCATAGATCTCGATCTACTTAAGTGGTA TTTACGATCATTACTGTTATTGATTGTTTTATAATCTTTGAATTGTCTATGTTTTGTTGCATTTCTCCTTCTCTTTTTCCCTATCTCTTCAAAATGTTCTCCTTGTTGTCGTAAATCTCTTTGAACCTGTTATTAATACACACACACACACAATCTGTGTAATTTTACACTTTTCCGATTGCACATGTGAATAGTACTATTTCCAGTTTCATTTTTAATCCCCATGTCATCTTGGCTATTCTCCTTGTTATTGTATTATCACAAAGAAGTTCGTTTATACAGTGTCATGTGAAATGATGATGTGGTCT                                     ]
[+] EMBL CD164491             [                                                                                                                                                                                                             CCGGTGTAGTTGGTTTATTTTTAACTTATGCTTATTATTCAAATAATATAAGGATATTACAAAGGTTTCATAGATCTCGATCTACTTAAGTGGTAGTTTACGATCATTACTGTTATTGATTGTTTTATAGTCTTTAAATAGTCTATGTTTTGTTGCATTTCTCCTTCTCTTTTTCCCTATCTCTTCAAAATGTTCTCCTTGTTGTCGTAAATCTCTTTGAACCTGTTATTAATACACACACACACACAATCTGTGTAATTTTACACTTTTCCGATTGCACATGTGAATAGTACTATTTCCAGTTTCATTTTTAATCCCCATGTCATCTTGGCTATTCTCCTTGTTATTGTATTATCACAAAGAAGTTCGTTTATACAGTGTCATGTGAAATGATGATGTGGTCTCTGAACTATAGGAGTAGAC                  ]
[+] EMBL CD164399             [                                                                                                                                                                                                             CCGGTGTAGTTGGTTTATTTTTAACTTATGCTTATTATTCAAATAATATAAGGATATTACAAAGGTTTCATAGATCTCGATCTACTTAAGTGGTA TTTACGATCATTACTGTTATTGATTGTTTTATAATCTTTGAATTGTCTATGTTTTGTTGCATTTCTCCTTCTCTTTTTCCCTATCTCTTCAAAATGTTCTCCTTGTTGTCGTAAATCTCTTTGAACCTGTTATTAATACACACACACACACAATCTGTGTAATTTTACACTTTTCCGATTGCACATGTGAATAGTACTATTTCCAGTTTCATTTTTAATCCCCATGTCATCTTGGCTATTCTCCTTGTTATTGTATTATCACAAAGAAGTTCGTTTATACAGTGTCATGTGAAATGATGATGTGGTCTCTGAACTATAGGAGTAGAC                  ]
[-] EMBL CD164503             [                                                                                                                                                                                                              CGGTGTAGTTGGTTTATTTTTAACTTATGCTTATTATTCAAATAATATAAGGATATTACAAAGGTTTCATAGATCTCGATCTACTTAAGTGGTA TTTACGATCATTACTGTTATTGATTGTTTTATAATCCTTGAATTGTCTATGTTTTGTTGCATTTCTCCTTCTCTTTTTCCCTATCTCTTCAAAATGTTCTCCTTGTTGTCGTAAATCTCTTTGAACCTGTTATTAATACACACACACACACAATCTGTGTAATTTTACACTTTTCCGATTGCACATGTGAATAGTACTATTTCCAGTTTCATTTTTAATCCCCATGTCATCTTGGCTATTCTCCTTGTTATTGTATTATCACAAAGAAGTTCGTTTATACAGTGTCATGTGAAATGATGATGTGGTCTCTGAACTATAGGAGTAGACTCTAAAGATGGTGCCCAC]
[-] EMBL CD164442             [                                                                                                                                                                                                              CGGTGTAGTTGGTTTATTTTTAACTTATGCTTATTATTCAAATAATATAAGGATATTACAAAGGTTTCATAGATCTCGATCTACTTAAGTGGTA TTTACGATCATTACTGTTATTGATTGTTTTATAATCCTTGAATTGTCTATGTTTTGTTGCATTTCTCCTTCTCTTTTTCCCTATCTCTTCAAAATGTTCTCCTTGTTGTCGTAAATCTCTTTGAACCTGTTATTAATACACACACACACACAATCTGTGTAATTTTACACTTTTCCGATTGCACATGTGAATAGTACTATTTCCAGTTTCATTTTTAATCCCCATGTCATCTTGGCTATTCTCCTTGTTATTGTATTATCACAAAGAAGTTCGTTTATACAGTGTCATGTGAAATGATGATGTGGTCTCTGAACTATAGGAGTAGACT                 ]




>consensus_9346#0
ACCTGCGACTTAGTGGCTGAAAACCAAAAAGCTTGACTGCTCAATTGTTCTTTTTCATTG
GATTAAGAAATGTCAGTATCTCACATACTTTAAATTAATCTGTTCGGTGTTTTTTGTTTA
TCACATTGTTATCCTATAGAAAAATCTCCAATTATCGACAAGTCCATTGTATCTCATCCA
ATTCGTGATTGTATTCTATGGGGTACCGGTGTAGTTGGTTTATTTTTAACTTATGCTTAT
TATTCAAATAATATAAGGATATTACAAAGGTTTCATAGATCTCGATCTACTTAAGTGGTA
TTTACGATCATTACTGTTATTGATTGTTTTATAATCTTTGAATTGTCTATGTTTTGTTGC
ATTTCTCCTTCTCTTTTTCCCTATCTCTTCAAAATGTTCTCCTTGTTGTCGTAAATCTCT
TTGAACCTGTTATTAATACACACACACACACAATCTGTGTAATTTTACACTTTTCCGATT
GCACATGTGAATAGTACTATTTCCAGTTTCATTTTTAATCCCCATGTCATCTTGGCTATT
CTCCTTGTTATTGTATTATCACAAAGAAGTTCGTTTATACAGTGTCATGTGAAATGATGA
TGTGGTCTCTGAACTATAGGAGTAGACTCTAAAGATGGTGCCCAC

consensusID : consensus_9346#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 512
fasta sequence

                              [GACAATGTCCTAATCTAATTAGATTTTTTAAAAATATCACATTAAAATACTTTCATAAATATACAAAATGTTTTTAGAAAAGAAAAATCTCCAATTATCGACAAGTCCATTGTATCTCATCCAATTCGTGATTGTATTCTATGGGGTACCGGTGTAGTTGGTTTATTTTTAACTTATGCTTATTATTCAAATAATATAAGGATATTACAAAGGTTTCATAGATCTCGATCTACTTAAGTGGTATTTACGATCATTACTGTTATTGATTGTTTTATAATCTTTGAATTGTCTATGTTTTGTTGCATTTCTCCTTCTCTTTTTCCCTATCTCTTCAAAA-GTTCTCCTTGNTGTCGT-AATCTCTTTGAACCTGTTATTAATACACACACACACACAATCTGTGTAATTTTACACTTTTCCGATTGCACATGTGAATAGTACTATTTCCAGTTTCATTTTTAATCCCCATGTCATCTTGGCTATTCTCCTTGTTATTGTATTATCACAAAGAAGTT]

[+] EMBL CD084227             [GACAATGTCCTAATCTAATTAGATTTTTTAAAAATATCACATTAAAATACTTTCATAAATATACAAAATGTTTTTAGAAAAGAAAAATCTCCAATTATCGACAAGTCCATTGTATCTCATCCAATTCGTGATTGTATTCTATGGGGTACCGGTGTAGTTGGTTTATTTTTAACTTATGCTTATTATTCAAATAATATAAGGATATTACAAAGGTTTCATAGATCTCGATCTACTTAAGTGGTATTTACGATCATTACTGTTATTGATTGTTTTATAATCTTTGAATTGTCTATGTTTTGTTGCATTTCTCCTTCTCTTTTTCCCTATCTCTTCAAAATGTTCTCCTTGTTGTCGTAAATCTCTTTGAACCTGTTATTAATACACACACACACACAATCTGTGTAATTTTACACTTTTCCGATTGCACATGTGAATAGTACTATTTCCAGTTTCATTTTTAATCCCCATGTCATCTTGGCTATTCTCCTTGTTATTGTATTATCACAAAGAAGTT]
[+] EMBL CD070571             [                                                                                                                                                                    ATTTTTAACTTATGCTTATTATTCAAATAATATAAGGATATTACAAAGGTTTCATAGATCTCGATCTACTTAAGTGGTATTTACGATCATTACTGTTATTGATTGTTTTATAATCTTTGAATTGTCTATGTTTTGTTGCATTTCTCCTTCTCTTTTT CCTATCTCTTCAAAA GGTCTCCTTGNTGTCGT AATCTCTTT                                                                                                                                                     ]
[+] EMBL CD070552             [                                                                                                                                                                    ATTTTTAACTTATGCTTATTATTCAAATAATATAAGGATATTACAAAGGTTTCATAGATCTCGATCTACTTAAGTGGTATTTACGATCATTACTGTTATTGATTGTTTTATAATCTTTGAATTGTCTATGTTTTGTTGCATTTCTCCTTCTCTTTTTTCCTATCTC TCAAAA GTTCTCCTTG TGTCGT AATCTCT                                                                                                                                                       ]




>consensus_9346#1
GACAATGTCCTAATCTAATTAGATTTTTTAAAAATATCACATTAAAATACTTTCATAAAT
ATACAAAATGTTTTTAGAAAAGAAAAATCTCCAATTATCGACAAGTCCATTGTATCTCAT
CCAATTCGTGATTGTATTCTATGGGGTACCGGTGTAGTTGGTTTATTTTTAACTTATGCT
TATTATTCAAATAATATAAGGATATTACAAAGGTTTCATAGATCTCGATCTACTTAAGTG
GTATTTACGATCATTACTGTTATTGATTGTTTTATAATCTTTGAATTGTCTATGTTTTGT
TGCATTTCTCCTTCTCTTTTTCCCTATCTCTTCAAAAGTTCTCCTTGNTGTCGTAATCTC
TTTGAACCTGTTATTAATACACACACACACACAATCTGTGTAATTTTACACTTTTCCGAT
TGCACATGTGAATAGTACTATTTCCAGTTTCATTTTTAATCCCCATGTCATCTTGGCTAT
TCTCCTTGTTATTGTATTATCACAAAGAAGTT

consensusID : consensus_9346#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 159
fasta sequence

                              [AACCGGGGGGTAAGACACACACACACACAATCTGTGTAATTTNACACTTTTCCGATTGCACATGTGAATAGAACTATTTCCAGTTTCATTTTTAATCCCCANGTCATCTAGGCTATTCTCCNTGTTANTGTATTATCACAAAGAAGTTCGTTTANACAG]

[-] EMBL CD164464             [AACCGGGGGGTAAGACACACACACACACAATCTGTGTAATTTNACACTTTTCCGATTGCACATGTGAATAGAACTATTTCCAGTTTCATTTTTAATCCCCANGTCATCTAGGCTATTCTCCNTGTTANTGTATTATCACAAAGAAGTTCGTTTANACAG]




>consensus_9346#2
AACCGGGGGGTAAGACACACACACACACAATCTGTGTAATTTNACACTTTTCCGATTGCA
CATGTGAATAGAACTATTTCCAGTTTCATTTTTAATCCCCANGTCATCTAGGCTATTCTC
CNTGTTANTGTATTATCACAAAGAAGTTCGTTTANACAG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9346#0      ACCTGCGACTTAGTGGCTGAAAACCAAAAAGCTTGACTGCTCAATTGTTCTTTTTCATTG 60
consensus_9346#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9346#1      -----------------------------------------------------GACAATG 7
                                                                                  

consensus_9346#0      GATTAAGAAATGTCAGTATCTCACATACTTTAAATTAATCTGTTCGGTGTTTTTTGTTTA 120
consensus_9346#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9346#1      TCCTAATCTAATTAGATTTTTTAAAAATATCACATTAAAATACTT----TCATAAATATA 63
                                                                                  

consensus_9346#0      TCACATTGTTATCCTATAGAAAAATCTCCAATTATCGACAAGTCCATTGTATCTCATCCA 180
consensus_9346#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9346#1      CAAAATGTTTTTAGAAAAGAAAAATCTCCAATTATCGACAAGTCCATTGTATCTCATCCA 123
                                                                                  

consensus_9346#0      ATTCGTGATTGTATTCTATGGGGTACCGGTGTAGTTGGTTTATTTTTAACTTATGCTTAT 240
consensus_9346#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9346#1      ATTCGTGATTGTATTCTATGGGGTACCGGTGTAGTTGGTTTATTTTTAACTTATGCTTAT 183
                                                                                  

consensus_9346#0      TATTCAAATAATATAAGGATATTACAAAGGTTTCATAGATCTCGATCTACTTAAGTGGTA 300
consensus_9346#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9346#1      TATTCAAATAATATAAGGATATTACAAAGGTTTCATAGATCTCGATCTACTTAAGTGGTA 243
                                                                                  

consensus_9346#0      TTTACGATCATTACTGTTATTGATTGTTTTATAATCTTTGAATTGTCTATGTTTTGTTGC 360
consensus_9346#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9346#1      TTTACGATCATTACTGTTATTGATTGTTTTATAATCTTTGAATTGTCTATGTTTTGTTGC 303
                                                                                  

consensus_9346#0      ATTTCTCCTTCTCTTTTTCCCTATCTCTTCAAAATGTTCTCCTTGTTGTCGTAAATCTCT 420
consensus_9346#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9346#1      ATTTCTCCTTCTCTTTTTCCCTATCTCTTCAAAA-GTTCTCCTTGNTGTCGTAA-TCTCT 361
                                                                                  

consensus_9346#0      TTGAACCTGTTATTAATACACACACACACACAATCTGTGTAATTTTACACTTTTCCGATT 480
consensus_9346#2      ---AACCGGGGGGTAAGACACACACACACACAATCTGTGTAATTTNACACTTTTCCGATT 57
consensus_9346#1      TTGAACCTGTTATTAATACACACACACACACAATCTGTGTAATTTTACACTTTTCCGATT 421
                         **** *    *** **************************** **************

consensus_9346#0      GCACATGTGAATAGTACTATTTCCAGTTTCATTTTTAATCCCCATGTCATCTTGGCTATT 540
consensus_9346#2      GCACATGTGAATAGAACTATTTCCAGTTTCATTTTTAATCCCCANGTCATCTAGGCTATT 117
consensus_9346#1      GCACATGTGAATAGTACTATTTCCAGTTTCATTTTTAATCCCCATGTCATCTTGGCTATT 481
                      ************** ***************************** ******* *******

consensus_9346#0      CTCCTTGTTATTGTATTATCACAAAGAAGTTCGTTTATACAGTGTCATGTGAAATGATGA 600
consensus_9346#2      CTCCNTGTTANTGTATTATCACAAAGAAGTTCGTTTANACAG------------------ 159
consensus_9346#1      CTCCTTGTTATTGTATTATCACAAAGAAGTT----------------------------- 512
                      **** ***** ********************                             

consensus_9346#0      TGTGGTCTCTGAACTATAGGAGTAGACTCTAAAGATGGTGCCCAC 645
consensus_9346#2      ---------------------------------------------
consensus_9346#1      ---------------------------------------------