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consensusID : consensus_10565#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 45 consensus length = 1749 fasta sequence
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[-] EMBL BM629457 [ CCAGCGAGA CCGCCCTGTC G ATGCTACGCAGCTGCTCCGGCTGCTCCTCGAACAGGCGGCTCTGTACCGGTCCC GGGGCCAAGCCCACCACAAA CCGGTCTAT CAGCAGGGGCT CCAGCAGGCCCGCAT CAAACTGGCACTCCATCGACAAGGCCTTGAGTCGGGCGTACCACTCCTTCACACCTTCACCACGCTGCTGCTCTGCCCGATAGAACAGGGCCCGGTGGCGAAAGATCGCAATCTCCGGAATGTACTGGCGGGCCAGCACAGCGCACAGCTCCTCGTACGGCATGTCCTTCGGTGCGGTCGGGTGGCACAGACTTCGCAGCGTTCCGTAAGTGGCCTTGCCAATCACACTGATCAGCACCGGTACGCGATCAGTCCCGGTGATACCGTTCGCCCGGTAGAACTCGTCAAGAATCTCCCGGTACACGTTCCAGTCGTCCGTTTCGCCGTGAAACTCCGGCAGAATTGTTGGTGTCGTTGGTACCTTCGCCATCGTGCTTCGCCTTTGCTGGCAAACTGCTCGCTTCTTTCGCTCGTTTTGACCCGTTGTTTCTCGAACTCTTCTCGGTTGAAGTTGACTCGCTAGTAGTTGTTGCTTCACGCACCGTTGTCGTTGTTAAACTGAGCCTGAGGGGTTGTCGTTTGTTGCAAACAATCGAA CCCACGCGTCCGCGG]
[-] EMBL BM602282 [ AGCGAGA CCGCCCTGTC G ATGCTACGCAGCTGCTCCGGCTGCTCCTCGAACAGGCGGCTCTGTACCGGTCCC GGGGCCAAGCCAACCACAAA CCGGTCTAT CAGCAGTGGCT CCAGCAGGCCCGCAT CAAACTGGCACTCCATCGACAAGGCCTTGAGTCGGGCGTACCACTCCTTCACACCTTCACCACGCTGCTGCTCCGCCCGATAGAACAGGGCCCGATGGCGAAAGATCGCAATCTCCGGAATGTACTGGCGGGCCAGCACAGCGCACAGCTCCTCGTACGGCATGTCCTTCGGTGCGGTCGGGTGGCACAGACTTCGCAGCGTCCCGTACGTCGCCTTGCCAATCACACTGATCAGCACCGGTACGCGATCATCCCCGGTGATACCGTTCGCCCGGTAGAACTCGTCCAGAATCTCCCGGTACACGTTCCAGTCGTCCGTTTCGCCGTGAAATTCCGGCAGAATTGTTGGTGTCGTTGGTACCTTTGCCATCGTGCTTCGCCGCTGCTGGCAAA CTTC TCGCTCGTTTTGACCCGTTGTTTCTCGAACTCTTCTCGGTTGAAGTTGACTCGCTAGTAGTTGTTGCTTCACACACGGTTGTCGTTGTTAAACTGAGCCTGAGGGGTTGTCGTTTGTTACAAACAATCGAA CCCACGCGTCCGCGG]
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[-] EMBL BM576176 [ GTC G ATGCTACGCAGCTGCTCCGGCTGCTCCTCGAACAGGCGGCTCTGTACCGGTCCC GGGGCCAAGCCCACCACAAA CCGGTCTAT CAGCAGGGGCT CCAGCAGGCCCGCAT CAAACTGGCACTCCATCGACAAGGCCTTGAGTCGGGCGTACCACTCCTTCACACCTTCACCACGCTGCTGCTCTGCCCGATAGAACAGGGCCCGGTGGCGAAAGATCGCAATCTCCGGAATGTACTGGCGGGCCAGCACAGCGCACAGCTCCTCGTACGGCATGTCCTTCGGTGCGGTCGGGTGGCACAGACTTCGCAGCGTTCCGTAAGTGGCCTTGCCAATCACACTGATCAGCACCGGTACGCGATCAGTCCCGGTGATACCGTTCGCCCGGTAGAACTCGTCCAGAATCTCCCGGTACACGTTCCAGTCGTCCGTTTCGCCGTGAAACTCCGGCAGAATTGTTGGTGTCGTTGGTACCTTCGCCATCGTGCTTCGCCTTTGCTGGCAAACTGCTCGCTTCTTTCGCTCGTTTTGACCCGTTGTTTCTCGAACTCTTCTCGGTTGAAGTTGACTCGCTAGTAGTTGTTGCTTCACGCACCGTTGTCGTTGTTAAACTGAGCCTGAGGGGTTGTCGTTTGTTGCAAACAATCGAATGTCAACGCGG ]
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[-] EMBL BM594445 [ GTACCGGTCCC GGGGCCAAGCCCACCACAAACCCGGTCTAT CAGCAGGGGCT CCAGCAGGCCCGCAT CAAACTGGCACTCCATCGACAAGGCCTTGAGTCGGGCGTACCACTCCTTCACACCTTCACCACGCTGCTGCTCTGCCCGATAGAACAGGGCCCGGTGGCGAAAGATCGCAATCTCCGGAATGTACTGGCGGGCCAGCACAGCGCACAGCTCCTCGTACGGCATGTCCTTCGGTGCGGTCGGGTGGCACAGACTTCGCAGCGTTCCGTAAGTGGCCTTGCCAATCACACTGATCAGCACCGGTACGCGATCAGTCCCGGTGATACCGTTCGCCCGGTAGAACTCGTCCAGAATCTCCCGGTACACGTTCCAGTCGTCCGTTTCGCCGTGAAACTCCGGCAGAATTGTTGGTGTCGTTGGTACCTTCGCCATCGTGCTTCGCCTTTGCTGGCAAACTGCTCGCTTCTTTCGCTCGTTTTGACCCGTTGTTTCTCGAACTCTTCTCGGTTGAAGTTGACTCGCTAGTAGTTGTTGCTTCACGCACCGTTGTCGTTGTTAAACTGAGCCTGAGGGGTTGTCGTTTGTTGCAAACAATCGAATGTCAACGg ]
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[-] EMBL BM604866 [ GAGTCGGGCGTACCACTCCTTCACACCTTCACCACGCTGCTGCTCTGCCCGATAGAACAGGGCCCGGTGGCGAAAGATCGCAATCTCCGGAATGTACTGGCGGGCCAGCACAGCGCACAGCTCCTCGTACGGCATGTCCTTCGGTGCGGTCGGGTGGCACAGACTTCGCAGCGTTCCGTAAGTGGCCTTGCCAATCACACTGATCAGCACCGGTACGCGATCAGTCCCGGTGATACCGTTCGCCCGGTAGAACTCGTCCAGAATCTCCCGGTACACGTTCCAGTCGTCCGTTTCGCCGTGAAACTCCGGCAGAATTGTTGGTGTCGTTGGTACCTTCGCCATCGTGCTTCGCCTTTGCTGGCAAACTGCTCGCTTCTTTCGCTCGTTTTGACCCGTTGTTTCTCGAACTCTTCTCGGTTGAAGTTGACTCGCTAGTAGTTGTTGCTTCACGCACCGTTGTCGTTGTTAAACTGAGCCTGAGGGGTTGTCGTTTGTTGCAAACAATCGAATcgg ]
[-] EMBL CNS09C6G [ GCGTACCACTCCTTCACACCTTCACCACGCTGCTGCTCTGCCCGATAGAACAGGGCCCGGTGGCGAAAGATGGCAATCTCCGGAATGTACTGGCGGGCCAGCACAGCGCACAGCTCCTCGTACGGCATGT CTTCGGTGCGGTCGGGTGGCACAGACTTCGCAGCGTTCCGTAAGTGGCCTTGCCAATCACACTGATCAGCACCGGTACGCGATCAGTCCCGGTGATACCGTTCGCCCGGTAGAACTCGTCCAGAATCTCCCGGTACACGTTCCAGTCGTCCGTTTCGCCGTGAAACTCCGGCAGAATTGTTGGTGTCGTTGGTACCTTCGCCATCGTG TCGCCTTTGCTG ]
[-] EMBL BX601980 [ GCCCGATAGAACAGGGCCCGATGGCGAAAGATCGCAATCTCCGGAATGTACTGGCGCGCCAGCACAGCGCACAGCTCCTCGTACGGCATGTCCTTCGGTGCGGTCGGGTGGCACAGACTTCGCAGCGTTCCGTACGTCGCCTTGCCAATCACACTGATCAGCACCGGTACGCGATCAGTCCCGGTGATACCGTTCGCCCGGTAGAACTCGTCCAGAATCTCCCGGTACACGTTCCAGTCGTCCGTTTCGCCGTGAAATTCCGGCAGAATTGTTGGTGTCGTTGGTACCTTTGCCATCGTGCTTCGCCTTTCCTGGCAAACTTCTCGCTTCTTTCGCTCGTTTTGACCCGTTGTTTCTCGAACTCTTCTCGGTTGAAGTTGACTCGCTATTAGTTGTTGCTTCACGCACCGTTGTCGTTGTTAAACTGAGCCTGAGGGGTTGTCGTTTGTTGCAAACAATCGA ]
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[-] EMBL BX604001 [ CTCCGGCAGAATTGTTGGTGTCGTTGGTACCTTCGCCATCGTGCTTCGCCTTTGCTGGCAAACTGCTCGCTTCTTTCGCTCGTTTTGACCCGTTGTTTCTCGAACTCTTCTCGGTTGAAGTTGACTCGCTAGTAGTTGTTGCTTCACGCACCGTTGTCGTTGTTAAACTGAGCCTGAGGGGTTGTCGTTTGTTGCA ]
consensusID : consensus_10565#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 667 fasta sequence
[TGTCGATGCTACGCAGCTGCTCCGGCTGCTCCTCGAACAGGCGGCTCTGTACCGGTCCCGGGGCCAAGCCCACCACAAACCGGTCTATCAGCAGTGGCTCCAGCAGGCCCGCATCAAACTGGCACTCCATCGACAAGGCCTTGAGTCGGGCGTACCACTCCTTCACACCTTCACCACGCTGCTGCTCCGCCCGATAGAACAGGGCCCGATGGCGAAAGATCGCAATCTCCGGAATGTACTGGCGGGCCAGCACAGCGCACAGCTCCTCGTACGGCATGTCCTTCGGTGCGGTCGGGTGGCACAGACTTCGCAGCGTCCCGTACGTCGCCTTGCCAATCACACTGATCAGCACCGGTACGCGATCATCCCCGGTGATACCGTTCGCCCGGTAGAACTCGTCCAGAATCTCCCGGTACACGTTCCAGTCGTCCGTTTCGCCGTGAAATTCCGGCAGAATTGTTGGTGTCGTTGGTACCTTTGCCATCGTGCTTCGCCGCTGCTGGCAAACTTCTCGCTCGTTTTGACCCGTTGTTTCTCGAACTCTTCTCAGGCTCAGTTTAACAACGACAACCGTGTGTGAAGCAACAACTACTAGCGAGTCAACTTCAACCGAGAAGAGTTCGAGAAACTTCTCGCTCGTTTTGACCCGTTGCGGACGCGTGGGCGG]
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consensusID : consensus_10565#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 570 fasta sequence
[TTTTTTGTGGTGGGCTCTGTACCGGTCCCGGGGCCAAGCCCACCACAAA-CCGGTCTATCAGCAGGGGCTCCAGCAGGCCCGCATCAAACTGGCACTCCATCGACAAGGCCTTGAGTCGGGCGTACCACTCCTTCACACCTTCACCACGCTGCTGCTCTGCCCGATAGAACAGGGCCCGGTGGCGAAAGATTGCAATCTCCGGAATGTACTGGCGGGCCAACACAGCGCACAGCTCCTCGTACGGCATGTCCTTCGGTGCGGTCGGGTGGCACAGACTTCGCAACGTTCCGTAAGTGGCCTTGCCAATCACACTGATTAGCACCGGTACGCGATCAGTCCCGGTGATACCGTTCGCCCGGTAGAACTCGTCCAGAATCTCCCGGTACACGTTCCAGTCGTCCGTTTCGCCGTGAAACTCCGGCAGAATTGTTGGTGTCGTTGGTACCTTCGCCATCGTGCTTCGCCTTTGCTGGCAAACTGCTCGCTTCTTTCGCTCGTTTTGACCCGTTGTTTCTCGAACTCTTCTCGGTTGAAGTTGACTCGCTAGTAGTTGTTCGGACGCGTGGGCGG]
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[-] EMBL BM631206 [ TGTACCGGTCCCGGGGCCAAGCCCACCACAAACCCGGTCTATCAGCAGGGGCTCCAGCAGGCCCGCATCAAACTGGCACTCCATCGACAAGGCCTTGAGTCGGGCGTACCACTCCTTCACACCTTCACCACGCTGCTGCTCTGCCCGATAGAACAGGGCCCGGTGGCGAAAGATCGCAATCTCCGGAATGTACTGGCGGGCCAGCACAGCGCACAGCTCCTCGTACGGCATGTCCTTCGGTGCGGTCGGGTGGCACAGACTTCGCAGCGTTCCGTAAGTGGCCTTGCCAATCACACTGATCAGCACCGGTACGCGATCAGTCCCGGTGATACCGTTCGCCCGGTAGAACTCGTCCAGAATCTCCCGGTACACGTTCCAGTCGTCCGTTTCGCCGTGAAACTCCGGCAGAATTGTTGGTGTCGTTGGTACCTTCGCCATCGTGCTTCGCCTTTGCTGGCAAACTGCTCGCTTCTTTCGCTCGTTTTGACCCGTTGTTTCTCGAACTCTTCTCGGTTGAAGTTGACTCGCTAGTAGTTGTTCGGACGCGTGGGCGG]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
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consensus_10565#0 CGACCGTACTCCCGTCCAAATACACGATGCTCGTGCTTTCCGTGCCGTCGATGGCGTCTA 960
consensus_10565#2 ------------------------------------------------------------
consensus_10565#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10565#0 CCGTGCCGCATCTCACCACCCTCGCCAATCGTCAGCCCGGCCAGCTCGTACGCTATCTCG 1020
consensus_10565#2 ------------------------------------------------------------
consensus_10565#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10565#0 TCACCGCCATGTTGCTGTTGCAGCAGTTCCGCCTCCTTGCCAGCGGCCAGCGAGACCGCC 1080
consensus_10565#2 ------------------------------------------------------------
consensus_10565#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10565#0 CTGTCGATGCTACGCAGCTGCTCCGGCTGCTCCTCGAACAGGCGGCTCTGTACCGGTCCC 1140
consensus_10565#2 -------------------------------TTTTTTGTGGTGGGCTCTGTACCGGTCCC 29
consensus_10565#1 -TGTCGATGCTACGCAGCTGCTCCGGCTGCTCCTCGAACAGGCGGCTCTGTACCGGTCCC 59
* * *****************
consensus_10565#0 GGGGCCAAGCCCACCACAAACCGGTCTATCAGCAGGGGCTCCAGCAGGCCCGCATCAAAC 1200
consensus_10565#2 GGGGCCAAGCCCACCACAAACCGGTCTATCAGCAGGGGCTCCAGCAGGCCCGCATCAAAC 89
consensus_10565#1 GGGGCCAAGCCCACCACAAACCGGTCTATCAGCAGTGGCTCCAGCAGGCCCGCATCAAAC 119
*********************************** ************************
consensus_10565#0 TGGCACTCCATCGACAAGGCCTTGAGTCGGGCGTACCACTCCTTCACACCTTCACCACGC 1260
consensus_10565#2 TGGCACTCCATCGACAAGGCCTTGAGTCGGGCGTACCACTCCTTCACACCTTCACCACGC 149
consensus_10565#1 TGGCACTCCATCGACAAGGCCTTGAGTCGGGCGTACCACTCCTTCACACCTTCACCACGC 179
************************************************************
consensus_10565#0 TGCTGCTCTGCCCGATAGAACAGGGCCCGGTGGCGAAAGATCGCAATCTCCGGAATGTAC 1320
consensus_10565#2 TGCTGCTCTGCCCGATAGAACAGGGCCCGGTGGCGAAAGATTGCAATCTCCGGAATGTAC 209
consensus_10565#1 TGCTGCTCCGCCCGATAGAACAGGGCCCGATGGCGAAAGATCGCAATCTCCGGAATGTAC 239
******** ******************** *********** ******************
consensus_10565#0 TGGCGGGCCAGCACAGCGCACAGCTCCTCGTACGGCATGTCCTTCGGTGCGGTCGGGTGG 1380
consensus_10565#2 TGGCGGGCCAACACAGCGCACAGCTCCTCGTACGGCATGTCCTTCGGTGCGGTCGGGTGG 269
consensus_10565#1 TGGCGGGCCAGCACAGCGCACAGCTCCTCGTACGGCATGTCCTTCGGTGCGGTCGGGTGG 299
********** *************************************************
consensus_10565#0 CACAGACTTCGCAGCGTTCCGTAAGTGGCCTTGCCAATCACACTGATCAGCACCGGTACG 1440
consensus_10565#2 CACAGACTTCGCAACGTTCCGTAAGTGGCCTTGCCAATCACACTGATTAGCACCGGTACG 329
consensus_10565#1 CACAGACTTCGCAGCGTCCCGTACGTCGCCTTGCCAATCACACTGATCAGCACCGGTACG 359
************* *** ***** ** ******************** ************
consensus_10565#0 CGATCAGTCCCGGTGATACCGTTCGCCCGGTAGAACTCGTCCAGAATCTCCCGGTACACG 1500
consensus_10565#2 CGATCAGTCCCGGTGATACCGTTCGCCCGGTAGAACTCGTCCAGAATCTCCCGGTACACG 389
consensus_10565#1 CGATCATCCCCGGTGATACCGTTCGCCCGGTAGAACTCGTCCAGAATCTCCCGGTACACG 419
****** ****************************************************
consensus_10565#0 TTCCAGTCGTCCGTTTCGCCGTGAAACTCCGGCAGAATTGTTGGTGTCGTTGGTACCTTC 1560
consensus_10565#2 TTCCAGTCGTCCGTTTCGCCGTGAAACTCCGGCAGAATTGTTGGTGTCGTTGGTACCTTC 449
consensus_10565#1 TTCCAGTCGTCCGTTTCGCCGTGAAATTCCGGCAGAATTGTTGGTGTCGTTGGTACCTTT 479
************************** ********************************
consensus_10565#0 GCCATCGTGCTTCGCCTTTGCTGGCAAACTGCTCGCTTCTTTCGCTCGTTTTGACCCGTT 1620
consensus_10565#2 GCCATCGTGCTTCGCCTTTGCTGGCAAACTGCTCGCTTCTTTCGCTCGTTTTGACCCGTT 509
consensus_10565#1 GCCATCGTGCTTCGCCGCTGCTGGCAAACT---------TCTCGCTCGTTTTGACCCGTT 530
**************** ************ * *******************
consensus_10565#0 GTTTCTCGAACTCTTCTC-GGTTGAAGTTGACT-CGCTAGTAGTTGTTGCTTCACGCACC 1678
consensus_10565#2 GTTTCTCGAACTCTTCTC-GGTTGAAGTTGACT-CGCTAGTAGTTGTT--CGGACGCGTG 565
consensus_10565#1 GTTTCTCGAACTCTTCTCAGGCTCAGTTTAACAACGACAACCGTGTGTGAAGCAACAACT 590
****************** ** * * ** ** ** * ** * *
consensus_10565#0 GTTGTCGTTGTTAAACTGAGCCTGAGGGGTTGTCGTTTGTTGCAAACAATCGAATGTCAA 1738
consensus_10565#2 GGCGG------------------------------------------------------- 570
consensus_10565#1 ACTAGCGAGTCAACTTCAACCGAGAAGAGTTCGAGAAACTTCTCGCTCGTTTTGACCCGT 650
consensus_10565#0 CGCGGCCGCGG------ 1749
consensus_10565#2 -----------------
consensus_10565#1 TGCGGACGCGTGGGCGG 667
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| Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||