These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Anopheles gambiae see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_1567#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 1214 fasta sequence [CCCGCCGTCTCGTCGTACGTTGCCACCGCACCGGTCGTCAGCAAGTACGTGTCGGCCGGCCCCGCTGTCAGCTATTCCGCTGCCCCGGTGGCCAAGGTTGCCACCTACTCGAGCTATGCGCCCGCTGCCAAGGTCGCGACCTATGCTACCCCCGCCTACGGTTATGCTGCGTCCTATGCTCCGGCCGTGAAGGCAGCTACGCCAGCTACGCACCGGCCACGTCGTACGCCAGCTACGCACCGGCCACGACCTACGCCAGCTACACGCCCGCCGCTAAGGTGGCCTCGTACACCCCGGCCGTCGGTTACGCTGCCTATGCGCCGGCCGCTAAGGTTGCGTACGCCGCGCCTGCCGCCAGCTACGCCAGCTCGTACGCCACCACCTCCAAGCTGGCCTATGCCGCGCCGGCCGTCACCAAGACGGTCGTGTCCGCACCGGCCGTCGCTTCCTACTACTCCGCCCCGGCCGTCACCAAGTACTCGCCCGCCCCGGCCGTGTCGACCGCGTACGTGTCCGCCCCGACCGTCACCAAGTATGCCGCGGCCGGCGTTGCCTATGCCCCGGCCGTCTCGAGCTACGTAGCGCCCTACTCGGCCCAAGCGTACACCCCGGCCGTCAGCAAGTACGTCTCGACGCCCGCCGTCTCCTCGTACTACGCCACGCCCGCCGTCTCGAAGGTAGTGTCCAGCCCGGCGTACGCCTCGTACGTGTCCGCCCCGGCCGTCACCAAGTACGCGTCCGCACCGGCCGTGTCCAGCGCGTACGTTTCCACCCCGGTCGTCAGCAAGACGGCTTACTCTGGCGCTTATCTGGCCGCTCCGGCCGTCGCTAAGGTTGCCACCGCGTACGGACCGGCCGTCGCTTCCTACAGCACTGGCCCGGCCGTTTCGGCCTACAGTACCGGCTCGGCCTACAGTACCGGCTCGGCCTACTCGGGCTACTCCGTCGCTCCGGCCGTCTCGAAGGTAGTTTCGAGCCCAGCCGTCGCTGCCTACAGCACTGGACCGGCTTACTCCAGCTACTCGGTCGCTCCGGCCGTCTCCAAGGTGTACTCCACGCCAGCCGTTGCCGCCTATAGTGCCGTCCCTGCCGTCTCCAAGGTCTACTCGACCCCGGCCGTCGCTTCTTACAGTGCCGTCCCGGCCGTCTCCAAGGTGTACTCGACCCCGGCCGTTGCTAGCTACAGTGCCAGTCCCGCCTACTCCTCCCTTTCC] [+] EMBL AG50476 [CCCGCCGTCTCGTCGTACGTTGCCACCGCACCGGTCGTCAGCAAGTACGTGTCGGCCGGCCCCGCTGTCAGCTATTCCGCTGCCCCGGTGGCCAAGGTTGCCACCTACTCGAGCTATGCGCCCGCTGCCAAGGTCGCGACCTATGCTACCCCCGCCTACGGTTATGCTGCGTCCTATGCTCCGGCCGTGAAGGCAGCTACGCCAGCTACGCACCGGCCACGTCGTACGCCAGCTACGCACCGGCCACGACCTACGCCAGCTACACGCCCGCCGCTAAGGTGGCCTCGTACACCCCGGCCGTCGGTTACGCTGCCTATGCGCCGGCCGCTAAGGTTGCGTACGCCGCGCCTGCCGCCAGCTACGCCAGCTCGTACGCCACCACCTCCAAGCTGGCCTATGCCGCGCCGGCCGTCACCAAGACGGTCGTGTCCGCACCGGCCGTCGCTTCCTACTACTCCGCCCCGGCCGTCACCAAGTACTCGCCCGCCCCGGCCGTGTCGACCGCGTACGTGTCCGCCCCGACCGTCACCAAGTATGCCGCGGCCGGCGTTGCCTATGCCCCGGCCGTCTCGAGCTACGTAGCGCCCTACTCGGCCCAAGCGTACACCCCGGCCGTCAGCAAGTACGTCTCGACGCCCGCCGTCTCCTCGTACTACGCCACGCCCGCCGTCTCGAAGGTAGTGTCCAGCCCGGCGTACGCCTCGTACGTGTCCGCCCCGGCCGTCACCAAGTACGCGTCCGCACCGGCCGTGTCCAGCGCGTACGTTTCCACCCCGGTCGTCAGCAAGACGGCTTACTCTGGCGCTTATCTGGCCGCTCCGGCCGTCGCTAAGGTTGCCACCGCGTACGGACCGGCCGTCGCTTCCTACAGCACTGGCCCGGCCGTTTCGGCCTACAGTACCGGCTCGGCCTACAGTACCGGCTCGGCCTACTCGGGCTACTCCGTCGCTCCGGCCGTCTCGAAGGTAGTTTCGAGCCCAGCCGTCGCTGCCTACAGCACTGGACCGGCTTACTCCAGCTACTCGGTCGCTCCGGCCGTCTCCAAGGTGTACTCCACGCCAGCCGTTGCCGCCTATAGTGCCGTCCCTGCCGTCTCCAAGGTCTACTCGACCCCGGCCGTCGCTTCTTACAGTGCCGTCCCGGCCGTCTCCAAGGTGTACTCGACCCCGGCCGTTGCTAGCTACAGTGCCAGTCCCGCCTACTCCTCCCTTTCC] consensusID : consensus_1567#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 678 fasta sequence [CAGATCCCCCGCGTTTTTTCTGGTCCGGCGTTTCGGCCTACAGTACCGGCTCGGCCTACTCGAGCTACTCCGTCGCTCCGGCCGTCTCGAAGGTAGTTTCGAGCCCAGCCGTCGCTGCCTACAGCACTGGACCTGGCTTACTCCAGCTACTCGGTCGCTCCGGCCGTCTCTAAGGTGTACTCCACGCCAGCCGTTGCCGCTATAGTGCCGTCCCTGCCGTCTCCAAGGTCTACTCGACCCCGGCCGTCGCTTCTTACAGTGCCGTCCCGGCCGTCTCCAAGGTGTACTCGACCCGGCCGTTGCTAGCTACATGTGCCAGTCCCTGCCTACTCCTCCTACTCTGCCACCCTGGCCGTTGCCTCGTACAGTGCCGTCCCTGGCCGTCTCCAAGGTGTACTCCACCCTGCCGTCGCTTCGTACAGTGCCGTCCCTGCCGTCTCCAAGGTCTACTCCACGCCGGCCGTTGCCAGCTACAGTGCCGTCCCGGCCGTCTCCAAGGTGTACTCGAGCCCTGCCGTCGCTGCTTACAGTGCCGGTCCCGCCTACTCCTCCTACTCGGCCACCCGGCCGTCGCTGCGTACAGCGCCGGTCCAGCCTACTCGGCCTACTCCGTCGCTCCGGCCGTCACCAAGTACGCTACGTCCGGTGTTGCCGGCTACGCCACGTCCGGTGCTACGC] [+] EMBL AL692850 [CAGATCCCCCGCGTTTTTTCTGGTCCGGCGTTTCGGCCTACAGTACCGGCTCGGCCTACTCGAGCTACTCCGTCGCTCCGGCCGTCTCGAAGGTAGTTTCGAGCCCAGCCGTCGCTGCCTACAGCACTGGACCTGGCTTACTCCAGCTACTCGGTCGCTCCGGCCGTCTCTAAGGTGTACTCCACGCCAGCCGTTGCCGCTATAGTGCCGTCCCTGCCGTCTCCAAGGTCTACTCGACCCCGGCCGTCGCTTCTTACAGTGCCGTCCCGGCCGTCTCCAAGGTGTACTCGACCCGGCCGTTGCTAGCTACATGTGCCAGTCCCTGCCTACTCCTCCTACTCTGCCACCCTGGCCGTTGCCTCGTACAGTGCCGTCCCTGGCCGTCTCCAAGGTGTACTCCACCCTGCCGTCGCTTCGTACAGTGCCGTCCCTGCCGTCTCCAAGGTCTACTCCACGCCGGCCGTTGCCAGCTACAGTGCCGTCCCGGCCGTCTCCAAGGTGTACTCGAGCCCTGCCGTCGCTGCTTACAGTGCCGGTCCCGCCTACTCCTCCTACTCGGCCACCCGGCCGTCGCTGCGTACAGCGCCGGTCCAGCCTACTCGGCCTACTCCGTCGCTCCGGCCGTCACCAAGTACGCTACGTCCGGTGTTGCCGGCTACGCCACGTCCGGTGCTACGC] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_1567#0 CCCGCCGTCTCGTCGTACGTTGCCACCGCACCGGTCGTCAGCAAGTACGTGTCGGCCGGC 60 consensus_1567#1 ------------------------------------------------------------ consensus_1567#0 CCCGCTGTCAGCTATTCCGCTGCCCCGGTGGCCAAGGTTGCCACCTACTCGAGCTATGCG 120 consensus_1567#1 ------------------------------------------------------------ consensus_1567#0 CCCGCTGCCAAGGTCGCGACCTATGCTACCCCCGCCTACGGTTATGCTGCGTCCTATGCT 180 consensus_1567#1 ------------------------------------------------------------ consensus_1567#0 CCGGCCGTGAAGGCAGCTACGCCAGCTACGCACCGGCCACGTCGTACGCCAGCTACGCAC 240 consensus_1567#1 ------------------------------------------------------------ consensus_1567#0 CGGCCACGACCTACGCCAGCTACACGCCCGCCGCTAAGGTGGCCTCGTACACCCCGGCCG 300 consensus_1567#1 ------------------------------------------------------------ consensus_1567#0 TCGGTTACGCTGCCTATGCGCCGGCCGCTAAGGTTGCGTACGCCGCGCCTGCCGCCAGCT 360 consensus_1567#1 ------------------------------------------------------------ consensus_1567#0 ACGCCAGCTCGTACGCCACCACCTCCAAGCTGGCCTATGCCGCGCCGGCCGTCACCAAGA 420 consensus_1567#1 ------------------------------------------------------------ consensus_1567#0 CGGTCGTGTCCGCACCGGCCGTCGCTTCCTACTACTCCGCCCCGGCCGTCACCAAGTACT 480 consensus_1567#1 ---------------CAG--ATCCCCCGCGTTTTTTCTGGTCCGGC-GTTTCGGCCTACA 42 * * ** * * * ** * ***** ** * *** consensus_1567#0 CGCCCGCCCCGGCCGTGTCGACCGCGTACGTGTCCGCCCCGACCGTCACCAAGTATGCCG 540 consensus_1567#1 GTACCGGCTCGGCCTACTCGAGC---TACTCCGTCGCTCCGGCCGTCTCGAAGGTAGTTT 99 *** * ***** **** * *** *** *** ***** * *** * consensus_1567#0 CGGCCGGCGTTGCCTATGCCCCGGCCGTCTCGAGCTACGTAGC-GCCCTACTCGGCCCAA 599 consensus_1567#1 CGA--------GCCCA-GCCGTCGCTGCCTACAGCACTGGACCTGGCTTACTCCAGCTAC 150 ** *** * *** ** * ** *** * * * * * ***** * * consensus_1567#0 GCGTACACCCCGGCCGTCAGCAAGTACGTCTCGACGCCCGCCGTCTCCTCGTACTACGCC 659 consensus_1567#1 TCGGTCGCTCCGGCCGTCTCTAAGGTGTACTCCACGCCAGCCGTTGCCGC-TATAGTGCC 209 ** * * ********* *** *** ***** ***** ** * ** *** consensus_1567#0 ACGCCCGCCGTCTCGAAGGTAGTGTCCAGCCCGGCGTACGCCTCGTACGTGTCCGCCCCG 719 consensus_1567#1 GTCCCTGCCGTCTCCAAGGTCTACTCGACCCCGGCCGTCGCTTCTTACAGTGCCGTCCCG 269 ** ******** ***** ** * ****** *** ** *** *** **** consensus_1567#0 GCCGTCACCAAGTACGCGTCCGCACCGGCCGTGTCCAGCGCGTACGTTTCCACCCCGGTC 779 consensus_1567#1 GCCGTCTCCAAG-GTGTACTCGACCCGGCCGTTGCTAGC-TACATGTGCCAGTCCCTGCC 327 ****** ***** * ** ******** * *** * ** * *** * * consensus_1567#0 G--TCAGCAAGACGGCTTACTCTGGCGCTTATCTGG--CCGCTCCGGCCGTCGCTAAGGT 835 consensus_1567#1 TACTCCTCCTACTCTGCCACCCTGGCCGTTGCCTCGTACAGTGCCGTCCCTGGCC---GT 384 ** * ** ***** ** ** * * * *** ** * ** ** consensus_1567#0 TGCCACCGCGTACG--GACCGGCCGTCGCTTCCTACAGCACTGGCCCGGCCGTTTCGGCC 893 consensus_1567#1 CTCCAAGGTGTACTCCACCCTGCCGTCGCTTCGTACAGTGCCGTCCCTGCCGTCTC---- 440 *** * **** ** *********** ***** * * *** ***** ** consensus_1567#0 TACAGTACCGGCTCGGCCTACAGTACCGGCTCGGCCTACTCGGGCTACTCCGTCGCTCCG 953 consensus_1567#1 -----------CAAGGTCTACTCCACG---CCGGCCGTTGCCAGCTACAGTGCCGTCCCG 486 * ** **** ** ***** * ***** * ** *** consensus_1567#0 GCCGTCTCGAAGGTAGTTTCGAGCCCAGCCGTCGCTGCCTACAGCACTGGACCGGCTTAC 1013 consensus_1567#1 GCCGTCTCCAAGGTGTACTCGAGCCCTGCCGTCGCTGCTTACAGTGCCGGTCCCGCCTAC 546 ******** ***** ******** *********** ***** * ** ** ** *** consensus_1567#0 TCCAGCTACTCGGTCGCTCCGGCCGTCTCCAAGGTGTACTCCACGCCAGCCGTTGCCGCC 1073 consensus_1567#1 TCCTCCTACTCGGCCAC-CCGGCCGTCGCTGCGTACAGCGCCGGTCCAGCCTACTCGGCC 605 *** ******** * * ********* * * * ** ****** * *** consensus_1567#0 TATAGTGCCGTCCCTGCCGTCTCCAAGGTCTACTCGACCCCGGCCGTCGCTTCTTACAGT 1133 consensus_1567#1 TACTCCGTCGCTCCGGCCGTCACCAAG---TACGCTACGTCCGGTGTTGCCGGCTAC-GC 661 ** * ** ** ****** ***** *** * ** * * ** ** *** * consensus_1567#0 GCCGTCCCGGCCGTCTCCAAGGTGTACTCGACCCCGGCCGTTGCTAGCTACAGTGCCAGT 1193 consensus_1567#1 CACGTCCGGTGCTACGC------------------------------------------- 678 ***** * * * * consensus_1567#0 CCCGCCTACTCCTCCCTTTCC 1214 consensus_1567#1 --------------------- |
Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||