cluster # 1618

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Anopheles gambiae
cluster # 1618 cluster # 1618 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_1618#0 length = 850 sequences # 1

consensus_1618#1 length = 211 sequences # 1

consensusID : consensus_1618#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 850
fasta sequence

                              [CTCCTTCGCTCCGCCCTCTCCCCCTCCGCCCCTCCCGCCTTCCCCCCCGCGTCCCCCTGCCTGTCCCCCGCGCCCCCCTTCCCCCGTCTTCCCCCGCCTCCCCCCGTGTCCCCCCCCGCTCCCGCCTCGCCGCCGTGCTCCTTCGCTTCCCCCCGCGGTTCCGGCCCCTTGCCCTTGGGTCCGCTGCGCGGCGCCGCGTCCCTGCTCTCCTCCTTCGGCTCCACCCCCGGCCCCGTTGTCGGGCCGGGGCTTCTTCGGGCCGCTCTTGCCCTTCGGCTCCCCCGGCCCCCTGCTCTTGCCCTCGCTGCCCCGCCCCCCCTGGCGCCCCAGCCCGTGCCGGGTGGCGGTGTCGCCGTCCTCGTTGCCCGGCTCGCCGGCCTGGCTCCTCCGTCCGTCGCCGCCCTTCCTCGCCTTGGCCCGCTGCCCCCGCCGCTTGCCCGCGCCCCCCCCCTCGCCGCCCTTGGCGCCCGCCTCCCTGCTGCCGCGCCGCCCCCGTCGCCGGCGCGGCGCCCGGCCCGCCCCCCGCTCCGCTTGTCGCGCCGCATCTCCGCCTGCACGCTCGCGCCCCGCCCGCGGGTGGCCCCCTTCTCGGCGTCCCGCTCCCCGCTGCCGGGCGCGCCTCCGCCCCGCTTGCGGCCGCCGGCGGTCCGCTCCCGGCTGCGGCGTCCCTTCTCCCCCCGCCCGTTCTGGGTGCGGGTGGCCCTGCTGCTGCTTTCTGTGCGGGTCGGCGTCCCCCGGCCCTCCCCGCCGGCGTCTCCCTCCTCGGCCCGCTCCCGCGTCCGGCCCTCGTTGCGTTCGGCCTGGCCCCTGCCTATGGCCCCCCCCCGGCGTTTTTTCGCCCCGGTGTTGT]

[+] EMBL CNS093JL             [CTCCTTCGCTCCGCCCTCTCCCCCTCCGCCCCTCCCGCCTTCCCCCCCGCGTCCCCCTGCCTGTCCCCCGCGCCCCCCTTCCCCCGTCTTCCCCCGCCTCCCCCCGTGTCCCCCCCCGCTCCCGCCTCGCCGCCGTGCTCCTTCGCTTCCCCCCGCGGTTCCGGCCCCTTGCCCTTGGGTCCGCTGCGCGGCGCCGCGTCCCTGCTCTCCTCCTTCGGCTCCACCCCCGGCCCCGTTGTCGGGCCGGGGCTTCTTCGGGCCGCTCTTGCCCTTCGGCTCCCCCGGCCCCCTGCTCTTGCCCTCGCTGCCCCGCCCCCCCTGGCGCCCCAGCCCGTGCCGGGTGGCGGTGTCGCCGTCCTCGTTGCCCGGCTCGCCGGCCTGGCTCCTCCGTCCGTCGCCGCCCTTCCTCGCCTTGGCCCGCTGCCCCCGCCGCTTGCCCGCGCCCCCCCCCTCGCCGCCCTTGGCGCCCGCCTCCCTGCTGCCGCGCCGCCCCCGTCGCCGGCGCGGCGCCCGGCCCGCCCCCCGCTCCGCTTGTCGCGCCGCATCTCCGCCTGCACGCTCGCGCCCCGCCCGCGGGTGGCCCCCTTCTCGGCGTCCCGCTCCCCGCTGCCGGGCGCGCCTCCGCCCCGCTTGCGGCCGCCGGCGGTCCGCTCCCGGCTGCGGCGTCCCTTCTCCCCCCGCCCGTTCTGGGTGCGGGTGGCCCTGCTGCTGCTTTCTGTGCGGGTCGGCGTCCCCCGGCCCTCCCCGCCGGCGTCTCCCTCCTCGGCCCGCTCCCGCGTCCGGCCCTCGTTGCGTTCGGCCTGGCCCCTGCCTATGGCCCCCCCCCGGCGTTTTTTCGCCCCGGTGTTGT]




>consensus_1618#0
CTCCTTCGCTCCGCCCTCTCCCCCTCCGCCCCTCCCGCCTTCCCCCCCGCGTCCCCCTGC
CTGTCCCCCGCGCCCCCCTTCCCCCGTCTTCCCCCGCCTCCCCCCGTGTCCCCCCCCGCT
CCCGCCTCGCCGCCGTGCTCCTTCGCTTCCCCCCGCGGTTCCGGCCCCTTGCCCTTGGGT
CCGCTGCGCGGCGCCGCGTCCCTGCTCTCCTCCTTCGGCTCCACCCCCGGCCCCGTTGTC
GGGCCGGGGCTTCTTCGGGCCGCTCTTGCCCTTCGGCTCCCCCGGCCCCCTGCTCTTGCC
CTCGCTGCCCCGCCCCCCCTGGCGCCCCAGCCCGTGCCGGGTGGCGGTGTCGCCGTCCTC
GTTGCCCGGCTCGCCGGCCTGGCTCCTCCGTCCGTCGCCGCCCTTCCTCGCCTTGGCCCG
CTGCCCCCGCCGCTTGCCCGCGCCCCCCCCCTCGCCGCCCTTGGCGCCCGCCTCCCTGCT
GCCGCGCCGCCCCCGTCGCCGGCGCGGCGCCCGGCCCGCCCCCCGCTCCGCTTGTCGCGC
CGCATCTCCGCCTGCACGCTCGCGCCCCGCCCGCGGGTGGCCCCCTTCTCGGCGTCCCGC
TCCCCGCTGCCGGGCGCGCCTCCGCCCCGCTTGCGGCCGCCGGCGGTCCGCTCCCGGCTG
CGGCGTCCCTTCTCCCCCCGCCCGTTCTGGGTGCGGGTGGCCCTGCTGCTGCTTTCTGTG
CGGGTCGGCGTCCCCCGGCCCTCCCCGCCGGCGTCTCCCTCCTCGGCCCGCTCCCGCGTC
CGGCCCTCGTTGCGTTCGGCCTGGCCCCTGCCTATGGCCCCCCCCCGGCGTTTTTTCGCC
CCGGTGTTGT

consensusID : consensus_1618#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 211
fasta sequence

                              [ACCGCGCCCACATTCCCCCGTCTTCCCCCGGCTCACACAGTGTCCCACCCCGCTCCCGCCTCGACGGCGTGCTCCTTCGCTTCCCCCCGCGGTTCCGGCCCCTTGGACTTGGGTTCGCTGCGCGGCGACGGGTTCATGATCTCCTCCTTCGGCTCCACCCCGGGCCCGTTGTCGGGCCGGGGCTTCTTCGGGCCGATCTTGCCCTTCGGAT]

[+] EMBL CNS09QGB             [ACCGCGCCCACATTCCCCCGTCTTCCCCCGGCTCACACAGTGTCCCACCCCGCTCCCGCCTCGACGGCGTGCTCCTTCGCTTCCCCCCGCGGTTCCGGCCCCTTGGACTTGGGTTCGCTGCGCGGCGACGGGTTCATGATCTCCTCCTTCGGCTCCACCCCGGGCCCGTTGTCGGGCCGGGGCTTCTTCGGGCCGATCTTGCCCTTCGGAT]




>consensus_1618#1
ACCGCGCCCACATTCCCCCGTCTTCCCCCGGCTCACACAGTGTCCCACCCCGCTCCCGCC
TCGACGGCGTGCTCCTTCGCTTCCCCCCGCGGTTCCGGCCCCTTGGACTTGGGTTCGCTG
CGCGGCGACGGGTTCATGATCTCCTCCTTCGGCTCCACCCCGGGCCCGTTGTCGGGCCGG
GGCTTCTTCGGGCCGATCTTGCCCTTCGGAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_1618#0      CTCCTTCGCTCCGCCCTCTCCCCCTCCGCCCCTCCCGCCTTCCCCCCCGCGTCCCCCTGC 60
consensus_1618#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1618#0      CTGTCCCCCGCGCCCCCCTTCCCCCGTCTTCCCCCGCCTCCCCCCGTGTCCCCCCCCGCT 120
consensus_1618#1      ------ACCGCGCCCACATTCCCCCGTCTTCCCCCGGCTCACACAGTGTCCCACCCCGCT 54
                             ******** * ****************** *** * * ******* *******

consensus_1618#0      CCCGCCTCGCCGCCGTGCTCCTTCGCTTCCCCCCGCGGTTCCGGCCCCTTGCCCTTGGGT 180
consensus_1618#1      CCCGCCTCGACGGCGTGCTCCTTCGCTTCCCCCCGCGGTTCCGGCCCCTTGGACTTGGGT 114
                      ********* ** **************************************  *******

consensus_1618#0      CCGCTGCGCGGCGCCGCGTCCCTGCTCTCCTCCTTCGGCTCCACCCCCGGCCCCGTTGTC 240
consensus_1618#1      TCGCTGCGCGGCGACGGGTTCATGATCTCCTCCTTCGGCTCCACCCCGGGCCC-GTTGTC 173
                       ************ ** ** * ** ********************** ***** ******

consensus_1618#0      GGGCCGGGGCTTCTTCGGGCCGCTCTTGCCCTTCGGCTCCCCCGGCCCCCTGCTCTTGCC 300
consensus_1618#1      GGGCCGGGGCTTCTTCGGGCCGATCTTGCCCTTCGGAT---------------------- 211
                      ********************** ************* *                      

consensus_1618#0      CTCGCTGCCCCGCCCCCCCTGGCGCCCCAGCCCGTGCCGGGTGGCGGTGTCGCCGTCCTC 360
consensus_1618#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1618#0      GTTGCCCGGCTCGCCGGCCTGGCTCCTCCGTCCGTCGCCGCCCTTCCTCGCCTTGGCCCG 420
consensus_1618#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1618#0      CTGCCCCCGCCGCTTGCCCGCGCCCCCCCCCTCGCCGCCCTTGGCGCCCGCCTCCCTGCT 480
consensus_1618#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1618#0      GCCGCGCCGCCCCCGTCGCCGGCGCGGCGCCCGGCCCGCCCCCCGCTCCGCTTGTCGCGC 540
consensus_1618#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1618#0      CGCATCTCCGCCTGCACGCTCGCGCCCCGCCCGCGGGTGGCCCCCTTCTCGGCGTCCCGC 600
consensus_1618#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1618#0      TCCCCGCTGCCGGGCGCGCCTCCGCCCCGCTTGCGGCCGCCGGCGGTCCGCTCCCGGCTG 660
consensus_1618#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1618#0      CGGCGTCCCTTCTCCCCCCGCCCGTTCTGGGTGCGGGTGGCCCTGCTGCTGCTTTCTGTG 720
consensus_1618#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1618#0      CGGGTCGGCGTCCCCCGGCCCTCCCCGCCGGCGTCTCCCTCCTCGGCCCGCTCCCGCGTC 780
consensus_1618#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1618#0      CGGCCCTCGTTGCGTTCGGCCTGGCCCCTGCCTATGGCCCCCCCCCGGCGTTTTTTCGCC 840
consensus_1618#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1618#0      CCGGTGTTGT 850
consensus_1618#1      ----------