cluster # 2445

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Anopheles gambiae
cluster # 2445 cluster # 2445 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_2445#0 length = 728 sequences # 1

consensus_2445#1 length = 596 sequences # 1

consensusID : consensus_2445#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 728
fasta sequence

                              [CCGTTCCTACTGTGGAGTGTCATCCCTTACTCAGTGCTCGGTGCTCGCGTGTCCGTGCTGCGTTGGTGCTATTGACAACTGCAGCGTTTGCAGTTTCGCTCTTCAGTTGCATGCACAAGTGCAACATAGTACCTTTATCTGTGATACAGATTTGTTTTTGATTGTTTGAGTTTGTGATCTGTTATCTGTTATTCATCATGAAAGTTTTCTTGCTCGCAACGCTGGTAGCGGCCTGCTCGTGTGCCCGCCTGGACAACAATTATCTACCTCCGCCGGGAGCGGCTGCTGCTGGAGGTGGTCCCGGGCTGACGGCTCCTTCGCCGGGCGGTGGTTCCCGCCCTGGCGGTGCGCCAGGTGGTCCGGGAGGATCCGGAGGCTTCGGAGGTCCAGGAACGGCACCGGGTAGTGGTGGCTTCGGAGGTGGTGCTCCGTCTGGAGCAGGATTTGGTGGTGCCGGCCCAAGTGCCGGTGGTTTCGGAGGACAAGCGCAGCGACCGGGTGGAGTTGGAGGAGGCCCAGCTGCTGGTCGTCCAGGAACGCCGGCACCTGCTTATGGTCCGCCTTCGAGTGGATTCGGTGGAGGTGCACCATCATCCTTTGGCGGCGGTTCTGGAGCTCCTTCGGGTGGATTCTCGTCGGGAGGCAGTGGAATTTTGGTGGAAGTGCCCCAGGAGCTGCCCCAGCTGGTCCAAGTCAACCACCGATAGAAATCATTTCCTACGAAAACA]

[+] EMBL BM617984             [CCGTTCCTACTGTGGAGTGTCATCCCTTACTCAGTGCTCGGTGCTCGCGTGTCCGTGCTGCGTTGGTGCTATTGACAACTGCAGCGTTTGCAGTTTCGCTCTTCAGTTGCATGCACAAGTGCAACATAGTACCTTTATCTGTGATACAGATTTGTTTTTGATTGTTTGAGTTTGTGATCTGTTATCTGTTATTCATCATGAAAGTTTTCTTGCTCGCAACGCTGGTAGCGGCCTGCTCGTGTGCCCGCCTGGACAACAATTATCTACCTCCGCCGGGAGCGGCTGCTGCTGGAGGTGGTCCCGGGCTGACGGCTCCTTCGCCGGGCGGTGGTTCCCGCCCTGGCGGTGCGCCAGGTGGTCCGGGAGGATCCGGAGGCTTCGGAGGTCCAGGAACGGCACCGGGTAGTGGTGGCTTCGGAGGTGGTGCTCCGTCTGGAGCAGGATTTGGTGGTGCCGGCCCAAGTGCCGGTGGTTTCGGAGGACAAGCGCAGCGACCGGGTGGAGTTGGAGGAGGCCCAGCTGCTGGTCGTCCAGGAACGCCGGCACCTGCTTATGGTCCGCCTTCGAGTGGATTCGGTGGAGGTGCACCATCATCCTTTGGCGGCGGTTCTGGAGCTCCTTCGGGTGGATTCTCGTCGGGAGGCAGTGGAATTTTGGTGGAAGTGCCCCAGGAGCTGCCCCAGCTGGTCCAAGTCAACCACCGATAGAAATCATTTCCTACGAAAACA]




>consensus_2445#0
CCGTTCCTACTGTGGAGTGTCATCCCTTACTCAGTGCTCGGTGCTCGCGTGTCCGTGCTG
CGTTGGTGCTATTGACAACTGCAGCGTTTGCAGTTTCGCTCTTCAGTTGCATGCACAAGT
GCAACATAGTACCTTTATCTGTGATACAGATTTGTTTTTGATTGTTTGAGTTTGTGATCT
GTTATCTGTTATTCATCATGAAAGTTTTCTTGCTCGCAACGCTGGTAGCGGCCTGCTCGT
GTGCCCGCCTGGACAACAATTATCTACCTCCGCCGGGAGCGGCTGCTGCTGGAGGTGGTC
CCGGGCTGACGGCTCCTTCGCCGGGCGGTGGTTCCCGCCCTGGCGGTGCGCCAGGTGGTC
CGGGAGGATCCGGAGGCTTCGGAGGTCCAGGAACGGCACCGGGTAGTGGTGGCTTCGGAG
GTGGTGCTCCGTCTGGAGCAGGATTTGGTGGTGCCGGCCCAAGTGCCGGTGGTTTCGGAG
GACAAGCGCAGCGACCGGGTGGAGTTGGAGGAGGCCCAGCTGCTGGTCGTCCAGGAACGC
CGGCACCTGCTTATGGTCCGCCTTCGAGTGGATTCGGTGGAGGTGCACCATCATCCTTTG
GCGGCGGTTCTGGAGCTCCTTCGGGTGGATTCTCGTCGGGAGGCAGTGGAATTTTGGTGG
AAGTGCCCCAGGAGCTGCCCCAGCTGGTCCAAGTCAACCACCGATAGAAATCATTTCCTA
CGAAAACA

consensusID : consensus_2445#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 596
fasta sequence

                              [GCAGAATCGCCCGAGGTTTCTCTTCCTACTGTGTGAGTGTCATCCCTTACTCAGTGCTCGGTGCTCGCGTGTCTGTGCTGCGTTGGTGCTATTGACAACTGCAGCGTTTGCAGTTTCGCTCTTCAGTTGCATGCACAAGTGCAACATAGTACCTTTATCTGTGATACAGATTTGTTCNNTGATATGTTTGAGTTTTGTGATCTGTTATCTGTTATTCATCATGAAAGTTTTCTTGCGTCGCAACGCTGGTAGCTGGCTTGCTCGTGTGCCCTGCCTGGACAACAATTATCTACCACCTGCCGNGTGAGCGGCTGCTTGCTGGAGGTGGTCCCTGNGGCTGACGTGNTCCTTCGCCGGGCGGTGGTTCCCTGCCCTGNGCGGTGCGCCAGGTGGTCCGGGAGTGATCCGGAGGCTTCGGAGTGTCCANGAACNGNGCACCAGGTANTGGTGGCTATTGGAGGTGGTGCTCCGTCGTGTGAGCAGTGATTATTGGTGGTGCCGGCCCAAGTGCCGGTGGCTTNNCTGGAGCGACAAGCGCAGCACCGNGTGCTGGAGTTGGCAGCGACTGCCCAGCTGCCTGGTCGTCAGAGAACGCC]

[+] EMBL AL930236             [GCAGAATCGCCCGAGGTTTCTCTTCCTACTGTGTGAGTGTCATCCCTTACTCAGTGCTCGGTGCTCGCGTGTCTGTGCTGCGTTGGTGCTATTGACAACTGCAGCGTTTGCAGTTTCGCTCTTCAGTTGCATGCACAAGTGCAACATAGTACCTTTATCTGTGATACAGATTTGTTCNNTGATATGTTTGAGTTTTGTGATCTGTTATCTGTTATTCATCATGAAAGTTTTCTTGCGTCGCAACGCTGGTAGCTGGCTTGCTCGTGTGCCCTGCCTGGACAACAATTATCTACCACCTGCCGNGTGAGCGGCTGCTTGCTGGAGGTGGTCCCTGNGGCTGACGTGNTCCTTCGCCGGGCGGTGGTTCCCTGCCCTGNGCGGTGCGCCAGGTGGTCCGGGAGTGATCCGGAGGCTTCGGAGTGTCCANGAACNGNGCACCAGGTANTGGTGGCTATTGGAGGTGGTGCTCCGTCGTGTGAGCAGTGATTATTGGTGGTGCCGGCCCAAGTGCCGGTGGCTTNNCTGGAGCGACAAGCGCAGCACCGNGTGCTGGAGTTGGCAGCGACTGCCCAGCTGCCTGGTCGTCAGAGAACGCC]




>consensus_2445#1
GCAGAATCGCCCGAGGTTTCTCTTCCTACTGTGTGAGTGTCATCCCTTACTCAGTGCTCG
GTGCTCGCGTGTCTGTGCTGCGTTGGTGCTATTGACAACTGCAGCGTTTGCAGTTTCGCT
CTTCAGTTGCATGCACAAGTGCAACATAGTACCTTTATCTGTGATACAGATTTGTTCNNT
GATATGTTTGAGTTTTGTGATCTGTTATCTGTTATTCATCATGAAAGTTTTCTTGCGTCG
CAACGCTGGTAGCTGGCTTGCTCGTGTGCCCTGCCTGGACAACAATTATCTACCACCTGC
CGNGTGAGCGGCTGCTTGCTGGAGGTGGTCCCTGNGGCTGACGTGNTCCTTCGCCGGGCG
GTGGTTCCCTGCCCTGNGCGGTGCGCCAGGTGGTCCGGGAGTGATCCGGAGGCTTCGGAG
TGTCCANGAACNGNGCACCAGGTANTGGTGGCTATTGGAGGTGGTGCTCCGTCGTGTGAG
CAGTGATTATTGGTGGTGCCGGCCCAAGTGCCGGTGGCTTNNCTGGAGCGACAAGCGCAG
CACCGNGTGCTGGAGTTGGCAGCGACTGCCCAGCTGCCTGGTCGTCAGAGAACGCC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_2445#0      -------------------CCGTTCCTACTGTG-GAGTGTCATCCCTTACTCAGTGCTCG 40
consensus_2445#1      GCAGAATCGCCCGAGGTTTCTCTTCCTACTGTGTGAGTGTCATCCCTTACTCAGTGCTCG 60
                                         *  *********** **************************

consensus_2445#0      GTGCTCGCGTGTCCGTGCTGCGTTGGTGCTATTGACAACTGCAGCGTTTGCAGTTTCGCT 100
consensus_2445#1      GTGCTCGCGTGTCTGTGCTGCGTTGGTGCTATTGACAACTGCAGCGTTTGCAGTTTCGCT 120
                      ************* **********************************************

consensus_2445#0      CTTCAGTTGCATGCACAAGTGCAACATAGTACCTTTATCTGTGATACAGATTTGTT-TTT 159
consensus_2445#1      CTTCAGTTGCATGCACAAGTGCAACATAGTACCTTTATCTGTGATACAGATTTGTTCNNT 180
                      ********************************************************   *

consensus_2445#0      GAT-TGTTTGAGTTT-GTGATCTGTTATCTGTTATTCATCATGAAAGTTTTCTTGC-TCG 216
consensus_2445#1      GATATGTTTGAGTTTTGTGATCTGTTATCTGTTATTCATCATGAAAGTTTTCTTGCGTCG 240
                      *** *********** **************************************** ***

consensus_2445#0      CAACGCTGGTAGC-GGCCTGCTCGTGTGCCC-GCCTGGACAACAATTATCTACCTCC-GC 273
consensus_2445#1      CAACGCTGGTAGCTGGCTTGCTCGTGTGCCCTGCCTGGACAACAATTATCTACCACCTGC 300
                      ************* *** ************* ********************** ** **

consensus_2445#0      CGGG--AGCGGCTGCT-GCTGGAGGTGGTCCC--GGGCTGACG-GCTCCTTCGCCGGGCG 327
consensus_2445#1      CGNGTGAGCGGCTGCTTGCTGGAGGTGGTCCCTGNGGCTGACGTGNTCCTTCGCCGGGCG 360
                      ** *  ********** ***************   ******** * **************

consensus_2445#0      GTGGTTCCC-GCCCTGG-CGGTGCGCCAGGTGGTCCGGGAG-GATCCGGAGGCTTCGGAG 384
consensus_2445#1      GTGGTTCCCTGCCCTGNGCGGTGCGCCAGGTGGTCCGGGAGTGATCCGGAGGCTTCGGAG 420
                      ********* ******  *********************** ******************

consensus_2445#0      -GTCCAGGAACGGC--ACCGGGTAGTGGTGGCT-TCGGAGGTGGTGCTCCGTC-TG-GAG 438
consensus_2445#1      TGTCCANGAACNGNGCACCAGGTANTGGTGGCTATTGGAGGTGGTGCTCCGTCGTGTGAG 480
                       ***** **** *   *** **** ******** * ***************** ** ***

consensus_2445#0      CAG-GATT--TGGTGGTGCCGGCCCAAGTGCCGGTGGTTTCG---GAG-GACAAGCGCAG 491
consensus_2445#1      CAGTGATTATTGGTGGTGCCGGCCCAAGTGCCGGTGGCTTNNCTGGAGCGACAAGCGCAG 540
                      *** ****  *************************** **     *** ***********

consensus_2445#0      CGACCGGGTG---GAGTTGGAGGAG---GCCCAGCTGC-TGGTCGTCCAGGAACGCCGGC 544
consensus_2445#1      C-ACCGNGTGCTGGAGTTGGCAGCGACTGCCCAGCTGCCTGGTCGTCAGAGAACGCC--- 596
                      * **** ***   *******  * *   ********** ********   *******   

consensus_2445#0      ACCTGCTTATGGTCCGCCTTCGAGTGGATTCGGTGGAGGTGCACCATCATCCTTTGGCGG 604
consensus_2445#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2445#0      CGGTTCTGGAGCTCCTTCGGGTGGATTCTCGTCGGGAGGCAGTGGAATTTTGGTGGAAGT 664
consensus_2445#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2445#0      GCCCCAGGAGCTGCCCCAGCTGGTCCAAGTCAACCACCGATAGAAATCATTTCCTACGAA 724
consensus_2445#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2445#0      AACA 728
consensus_2445#1      ----