These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Anopheles gambiae see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_2899#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 696 fasta sequence [CCGCCCACGCGTCCGAGAAAATACGTTAATAACTACGAAATGTTAATTTAACAATATTTACGTGGTAGAGTGAAAGTGTTAATATCGAAATATATTGCTATGTGAAATATTGTAAAAGAAGTGGAATATAAATTCCTGCAGATTGTATATAACTTACTTTAAACAGTGAGTTAAGCTATATCATAAAAAATAAACTGTAGAATGATTGCATAATTGTTCTTAATGACGGCAGTTGATACCGTCCCACGATTAAGCGAGGTATACATAGAACAAATCTGATTTTTTGGATAGTTGCATCCATAAATTTTTGAAAAAGTAGATGAATTTAATGCCAATCTACGATAACATCGAAAATGATAATTTTCGTGGGCTTAAGTTATTAACTAAAAATGGCATTAGCCCTTCGTGTAAAAAAGTTCTTGGACGAGCCACTATGTTGGGTGGTTAAAAATATTATCGGTTCAATATAATATTTTGCAAATATTACTTTCAGTGTGGCATGAGTAGACAAAGAATAAAATAACCACTTGAAGGTTCAGCATCCGAATATATGAAAATCATGTGGCACATGTTCTGAGGTCGAGTTTATGAATCTGTAATTAGGAATTGCTGTGAAAAGAATTGAGCACTAAAAGACGTGTATCATACGTGTAAATAAAAGAGGCAAATGAGGGCAATCGGCTCAAAGTCTCTATA] [+] EMBL BM577935 [CCGCCCACGCGTCCGAGAAAATACGTTAATAACTACGAAATGTTAATTTAACAATATTTACGTGGTAGAGTGAAAGTGTTAATATCGAAATATATTGCTATGTGAAATATTGTAAAAGAAGTGGAATATAAATTCCTGCAGATTGTATATAACTTACTTTAAACAGTGAGTTAAGCTATATCATAAAAAATAAACTGTAGAATGATTGCATAATTGTTCTTAATGACGGCAGTTGATACCGTCCCACGATTAAGCGAGGTATACATAGAACAAATCTGATTTTTTGGATAGTTGCATCCATAAATTTTTGAAAAAGTAGATGAATTTAATGCCAATCTACGATAACATCGAAAATGATAATTTTCGTGGGCTTAAGTTATTAACTAAAAATGGCATTAGCCCTTCGTGTAAAAAAGTTCTTGGACGAGCCACTATGTTGGGTGGTTAAAAATATTATCGGTTCAATATAATATTTTGCAAATATTACTTTCAGTGTGGCATGAGTAGACAAAGAATAAAATAACCACTTGAAGGTTCAGCATCCGAATATATGAAAATCATGTGGCACATGTTCTGAGGTCGAGTTTATGAATCTGTAATTAGGAATTGCTGTGAAAAGAATTGAGCACTAAAAGACGTGTATCATACGTGTAAATAAAAGAGGCAAATGAGGGCAATCGGCTCAAAGTCTCTATA] consensusID : consensus_2899#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 649 fasta sequence [CCGATAAATATAAATTAAACATAATAACATATATAAATATATATATATATAATTCAAATGTTTTGTTTAAATATGATTAAGCCATTCTTACAACTAAACGTTACTTAGTTAACGGTACGGTAGATTTTTGTTTGCTTTCATTTGGGAAGAAAATACGTTAATAACTACGAAATGTTAATTTAACAATATTTACGTGGTAGAGTGAAAGTGTTAATATCGAAATATATTGCTATGTGAAATATTGTAAAAGAAGTGGAATATAAATTCCTGCAGATTGTATATAACTTACTTTAAACAGTGAGTTAAGCTATATCATAAAAAATAAACTGTAGAATGATTGCATAATTGTTCTTAATGACGGCAGTTGATACCGTCCCACGATTAAGCGAGGTATACATAGAACAAATCTGATTTTTTGGATAGTTGCATCCATAAATTTTTGAAAAAGTAGATGAATTTAATGCCAATCTACGATAACATCGAAAATGATAATTTTCGTGGGCTTAAGTTATTAACTAAAAATGGCATTAGCCCTTCGTGTAAAAAAGTTCTTGGACGAGCCACTATGTTGGGTGGTTAAAAATATTATCGGTTCAATATAATATGTTGCAAATATTACTTTCAGTGTGGCATGAGTAGACAAAGAATA] [+] EMBL BM636386 [CCGATAAATATAAATTAAACATAATAACATATATAAATATATATATATATAATTCAAATGTTTTGTTTAAATATGATTAAGCCATTCTTACAACTAAACGTTACTTAGTTAACGGTACGGTAGATTTTTGTTTGCTTTCATTTGGGAAGAAAATACGTTAATAACTACGAAATGTTAATTTAACAATATTTACGTGGTAGAGTGAAAGTGTTAATATCGAAATATATTGCTATGTGAAATATTGTAAAAGAAGTGGAATATAAATTCCTGCAGATTGTATATAACTTACTTTAAACAGTGAGTTAAGCTATATCATAAAAAATAAACTGTAGAATGATTGCATAATTGTTCTTAATGACGGCAGTTGATACCGTCCCACGATTAAGCGAGGTATACATAGAACAAATCTGATTTTTTGGATAGTTGCATCCATAAATTTTTGAAAAAGTAGATGAATTTAATGCCAATCTACGATAACATCGAAAATGATAATTTTCGTGGGCTTAAGTTATTAACTAAAAATGGCATTAGCCCTTCGTGTAAAAAAGTTCTTGGACGAGCCACTATGTTGGGTGGTTAAAAATATTATCGGTTCAATATAATATGTTGCAAATATTACTTTCAGTGTGGCATGAGTAGACAAAGAATA] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_2899#0 ------------------------------------------------------------ consensus_2899#1 CCGATAAATATAAATTAAACATAATAACATATATAAATATATATATATATAATTCAAATG 60 consensus_2899#0 ------------------------------------------------------------ consensus_2899#1 TTTTGTTTAAATATGATTAAGCCATTCTTACAACTAAACGTTACTTAGTTAACGGTACGG 120 consensus_2899#0 -----------CCGCCCACGCGTCCGA-GAAAATACGTTAATAACTACGAAATGTTAATT 48 consensus_2899#1 TAGATTTTTGTTTGCTTTCATTTGGGAAGAAAATACGTTAATAACTACGAAATGTTAATT 180 ** * * ** ******************************** consensus_2899#0 TAACAATATTTACGTGGTAGAGTGAAAGTGTTAATATCGAAATATATTGCTATGTGAAAT 108 consensus_2899#1 TAACAATATTTACGTGGTAGAGTGAAAGTGTTAATATCGAAATATATTGCTATGTGAAAT 240 ************************************************************ consensus_2899#0 ATTGTAAAAGAAGTGGAATATAAATTCCTGCAGATTGTATATAACTTACTTTAAACAGTG 168 consensus_2899#1 ATTGTAAAAGAAGTGGAATATAAATTCCTGCAGATTGTATATAACTTACTTTAAACAGTG 300 ************************************************************ consensus_2899#0 AGTTAAGCTATATCATAAAAAATAAACTGTAGAATGATTGCATAATTGTTCTTAATGACG 228 consensus_2899#1 AGTTAAGCTATATCATAAAAAATAAACTGTAGAATGATTGCATAATTGTTCTTAATGACG 360 ************************************************************ consensus_2899#0 GCAGTTGATACCGTCCCACGATTAAGCGAGGTATACATAGAACAAATCTGATTTTTTGGA 288 consensus_2899#1 GCAGTTGATACCGTCCCACGATTAAGCGAGGTATACATAGAACAAATCTGATTTTTTGGA 420 ************************************************************ consensus_2899#0 TAGTTGCATCCATAAATTTTTGAAAAAGTAGATGAATTTAATGCCAATCTACGATAACAT 348 consensus_2899#1 TAGTTGCATCCATAAATTTTTGAAAAAGTAGATGAATTTAATGCCAATCTACGATAACAT 480 ************************************************************ consensus_2899#0 CGAAAATGATAATTTTCGTGGGCTTAAGTTATTAACTAAAAATGGCATTAGCCCTTCGTG 408 consensus_2899#1 CGAAAATGATAATTTTCGTGGGCTTAAGTTATTAACTAAAAATGGCATTAGCCCTTCGTG 540 ************************************************************ consensus_2899#0 TAAAAAAGTTCTTGGACGAGCCACTATGTTGGGTGGTTAAAAATATTATCGGTTCAATAT 468 consensus_2899#1 TAAAAAAGTTCTTGGACGAGCCACTATGTTGGGTGGTTAAAAATATTATCGGTTCAATAT 600 ************************************************************ consensus_2899#0 AATATTTTGCAAATATTACTTTCAGTGTGGCATGAGTAGACAAAGAATAAAATAACCACT 528 consensus_2899#1 AATATGTTGCAAATATTACTTTCAGTGTGGCATGAGTAGACAAAGAATA----------- 649 ***** ******************************************* consensus_2899#0 TGAAGGTTCAGCATCCGAATATATGAAAATCATGTGGCACATGTTCTGAGGTCGAGTTTA 588 consensus_2899#1 ------------------------------------------------------------ consensus_2899#0 TGAATCTGTAATTAGGAATTGCTGTGAAAAGAATTGAGCACTAAAAGACGTGTATCATAC 648 consensus_2899#1 ------------------------------------------------------------ consensus_2899#0 GTGTAAATAAAAGAGGCAAATGAGGGCAATCGGCTCAAAGTCTCTATA 696 consensus_2899#1 ------------------------------------------------ |
Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||