cluster # 3115

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Anopheles gambiae
cluster # 3115 cluster # 3115 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_3115#0 length = 696 sequences # 1

consensus_3115#1 length = 685 sequences # 1

consensusID : consensus_3115#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 696
fasta sequence

                              [TGGATCGTACGTACTGCTGCTGCCGCTGGAATTGTCGTAAGGATGGCTGCTACCGGTGGCATTCGGCCGTCATAGCAGCTGCTCATAGACACCGCTGTGCTGCTGCAGGATGCCCTGGTCCTGGTACGTCGACGTTGCCTTTCCCGCTGCTTGTGTGTTTGGTGCCCATCCCAACATCGCCCTCACCGCAATCGATCACCCAGATTGAGGCTCCAGCGGTGGAAGTAGTAGGAGCACATTCTCCAAGCCGATTGGGATTTTCCAAGCCTGGTTCTCGGTGTACCATCCTTCTGATGTTCCGCTGGCCGATCCTGGAGAGTCTTCCAAACACGCGGATGTGTGCCTTTGATGGAAACGGTTTATTGCGCGGATTCTAATTACACCTCGTAAAATGGTACCCGTTTTTCGGTCGCGATGTCGAGATGCCGCCGAGATGAAGCGTGCGAATTTGCGAATTGCGATGGCGAGAAATCACCCGATCGCGCACGAATCGCGCAGCTCATTCGCCTCCTCGAACACGAACCAATGTCCCAATGTCCAGCGTCATCTATCGGCGAGATTTAGTACTATTCAGAACCGCTGCATCTTTTACTGTCAACCGAAGCTCTACGCAAGGTGGATGCAATCCGAGATCAGGTGAGGACAGATAGAGACGAAGACTAAGAAATCATTAATTTATTTGCTATTTTCACCTTT]

[+] EMBL BX628234             [TGGATCGTACGTACTGCTGCTGCCGCTGGAATTGTCGTAAGGATGGCTGCTACCGGTGGCATTCGGCCGTCATAGCAGCTGCTCATAGACACCGCTGTGCTGCTGCAGGATGCCCTGGTCCTGGTACGTCGACGTTGCCTTTCCCGCTGCTTGTGTGTTTGGTGCCCATCCCAACATCGCCCTCACCGCAATCGATCACCCAGATTGAGGCTCCAGCGGTGGAAGTAGTAGGAGCACATTCTCCAAGCCGATTGGGATTTTCCAAGCCTGGTTCTCGGTGTACCATCCTTCTGATGTTCCGCTGGCCGATCCTGGAGAGTCTTCCAAACACGCGGATGTGTGCCTTTGATGGAAACGGTTTATTGCGCGGATTCTAATTACACCTCGTAAAATGGTACCCGTTTTTCGGTCGCGATGTCGAGATGCCGCCGAGATGAAGCGTGCGAATTTGCGAATTGCGATGGCGAGAAATCACCCGATCGCGCACGAATCGCGCAGCTCATTCGCCTCCTCGAACACGAACCAATGTCCCAATGTCCAGCGTCATCTATCGGCGAGATTTAGTACTATTCAGAACCGCTGCATCTTTTACTGTCAACCGAAGCTCTACGCAAGGTGGATGCAATCCGAGATCAGGTGAGGACAGATAGAGACGAAGACTAAGAAATCATTAATTTATTTGCTATTTTCACCTTT]




>consensus_3115#0
TGGATCGTACGTACTGCTGCTGCCGCTGGAATTGTCGTAAGGATGGCTGCTACCGGTGGC
ATTCGGCCGTCATAGCAGCTGCTCATAGACACCGCTGTGCTGCTGCAGGATGCCCTGGTC
CTGGTACGTCGACGTTGCCTTTCCCGCTGCTTGTGTGTTTGGTGCCCATCCCAACATCGC
CCTCACCGCAATCGATCACCCAGATTGAGGCTCCAGCGGTGGAAGTAGTAGGAGCACATT
CTCCAAGCCGATTGGGATTTTCCAAGCCTGGTTCTCGGTGTACCATCCTTCTGATGTTCC
GCTGGCCGATCCTGGAGAGTCTTCCAAACACGCGGATGTGTGCCTTTGATGGAAACGGTT
TATTGCGCGGATTCTAATTACACCTCGTAAAATGGTACCCGTTTTTCGGTCGCGATGTCG
AGATGCCGCCGAGATGAAGCGTGCGAATTTGCGAATTGCGATGGCGAGAAATCACCCGAT
CGCGCACGAATCGCGCAGCTCATTCGCCTCCTCGAACACGAACCAATGTCCCAATGTCCA
GCGTCATCTATCGGCGAGATTTAGTACTATTCAGAACCGCTGCATCTTTTACTGTCAACC
GAAGCTCTACGCAAGGTGGATGCAATCCGAGATCAGGTGAGGACAGATAGAGACGAAGAC
TAAGAAATCATTAATTTATTTGCTATTTTCACCTTT

consensusID : consensus_3115#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 685
fasta sequence

                              [CCGGCGCTTTCCGTGCGCGGCCGTGTAGCGGTGGAGTAATTGCGCGATGGGTGTTGTGGGGATCGTACGTACTGCTGCTGCCGCTGGAATTGTCGTAAGGATGGCTGCTACCGGTGGCATTCGGCCGTCATAGCAGCTGCTCATAGACACCGCTGTGCTGCTGCAGGATGCCCTGGTCCTGGTACGTCGACGCTGCCTTTCCCGCTGCTTGTGTGTTTGGTGGTGCATACTATCTCACCACCCGGTATCGTCACTCGCCTGGTGGTGTTTCCCTTTTGTGTCCCGTAAACAGCCCATCCCAACATCGTCCTCACCGCAATCGGTCACCCAGATTGAGGCTCCAGCGGTGGAAGTAGTAGGCGCACGTTCTCCAAGCCGGTTGGGATTCTCGGTGTACCATCCTCCTTCCGCTGGCCGATCCTGGAGAGTCTTCCAAACACGCGGATGTGTGCCTTTGATGGAAACGGTTTATTGCGCGGATTCTAATTACACCTCGTAAAATGGTACCCGTTTTTCGGTCGCGATGTCGAGATGCCGCCGAGATGAAGCGTGCGAATTTGCGAATTGCGATGGCGAATTGCGAATCACCCGATCGCGCACGAATCGCGCAGCTCATTCGCCTCCTCGAACACGAACCAATGTCCCAATGTCCAGCGTCATCTATCGGCGAGATTTAGTACTATTC]

[+] EMBL BM590887             [CCGGCGCTTTCCGTGCGCGGCCGTGTAGCGGTGGAGTAATTGCGCGATGGGTGTTGTGGGGATCGTACGTACTGCTGCTGCCGCTGGAATTGTCGTAAGGATGGCTGCTACCGGTGGCATTCGGCCGTCATAGCAGCTGCTCATAGACACCGCTGTGCTGCTGCAGGATGCCCTGGTCCTGGTACGTCGACGCTGCCTTTCCCGCTGCTTGTGTGTTTGGTGGTGCATACTATCTCACCACCCGGTATCGTCACTCGCCTGGTGGTGTTTCCCTTTTGTGTCCCGTAAACAGCCCATCCCAACATCGTCCTCACCGCAATCGGTCACCCAGATTGAGGCTCCAGCGGTGGAAGTAGTAGGCGCACGTTCTCCAAGCCGGTTGGGATTCTCGGTGTACCATCCTCCTTCCGCTGGCCGATCCTGGAGAGTCTTCCAAACACGCGGATGTGTGCCTTTGATGGAAACGGTTTATTGCGCGGATTCTAATTACACCTCGTAAAATGGTACCCGTTTTTCGGTCGCGATGTCGAGATGCCGCCGAGATGAAGCGTGCGAATTTGCGAATTGCGATGGCGAATTGCGAATCACCCGATCGCGCACGAATCGCGCAGCTCATTCGCCTCCTCGAACACGAACCAATGTCCCAATGTCCAGCGTCATCTATCGGCGAGATTTAGTACTATTC]




>consensus_3115#1
CCGGCGCTTTCCGTGCGCGGCCGTGTAGCGGTGGAGTAATTGCGCGATGGGTGTTGTGGG
GATCGTACGTACTGCTGCTGCCGCTGGAATTGTCGTAAGGATGGCTGCTACCGGTGGCAT
TCGGCCGTCATAGCAGCTGCTCATAGACACCGCTGTGCTGCTGCAGGATGCCCTGGTCCT
GGTACGTCGACGCTGCCTTTCCCGCTGCTTGTGTGTTTGGTGGTGCATACTATCTCACCA
CCCGGTATCGTCACTCGCCTGGTGGTGTTTCCCTTTTGTGTCCCGTAAACAGCCCATCCC
AACATCGTCCTCACCGCAATCGGTCACCCAGATTGAGGCTCCAGCGGTGGAAGTAGTAGG
CGCACGTTCTCCAAGCCGGTTGGGATTCTCGGTGTACCATCCTCCTTCCGCTGGCCGATC
CTGGAGAGTCTTCCAAACACGCGGATGTGTGCCTTTGATGGAAACGGTTTATTGCGCGGA
TTCTAATTACACCTCGTAAAATGGTACCCGTTTTTCGGTCGCGATGTCGAGATGCCGCCG
AGATGAAGCGTGCGAATTTGCGAATTGCGATGGCGAATTGCGAATCACCCGATCGCGCAC
GAATCGCGCAGCTCATTCGCCTCCTCGAACACGAACCAATGTCCCAATGTCCAGCGTCAT
CTATCGGCGAGATTTAGTACTATTC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_3115#0      ----------------------------------------------------------TG 2
consensus_3115#1      CCGGCGCTTTCCGTGCGCGGCCGTGTAGCGGTGGAGTAATTGCGCGATGGGTGTTGTGGG 60
                                                                                 *

consensus_3115#0      GATCGTACGTACTGCTGCTGCCGCTGGAATTGTCGTAAGGATGGCTGCTACCGGTGGCAT 62
consensus_3115#1      GATCGTACGTACTGCTGCTGCCGCTGGAATTGTCGTAAGGATGGCTGCTACCGGTGGCAT 120
                      ************************************************************

consensus_3115#0      TCGGCCGTCATAGCAGCTGCTCATAGACACCGCTGTGCTGCTGCAGGATGCCCTGGTCCT 122
consensus_3115#1      TCGGCCGTCATAGCAGCTGCTCATAGACACCGCTGTGCTGCTGCAGGATGCCCTGGTCCT 180
                      ************************************************************

consensus_3115#0      GGTACGTCGACGTTGCCTTTCCCGCTGCTTGTGTGTTTGGTG------------------ 164
consensus_3115#1      GGTACGTCGACGCTGCCTTTCCCGCTGCTTGTGTGTTTGGTGGTGCATACTATCTCACCA 240
                      ************ *****************************                  

consensus_3115#0      ----------------------------------------------------CCCATCCC 172
consensus_3115#1      CCCGGTATCGTCACTCGCCTGGTGGTGTTTCCCTTTTGTGTCCCGTAAACAGCCCATCCC 300
                                                                          ********

consensus_3115#0      AACATCGCCCTCACCGCAATCGATCACCCAGATTGAGGCTCCAGCGGTGGAAGTAGTAGG 232
consensus_3115#1      AACATCGTCCTCACCGCAATCGGTCACCCAGATTGAGGCTCCAGCGGTGGAAGTAGTAGG 360
                      ******* ************** *************************************

consensus_3115#0      AGCACATTCTCCAAGCCGATTGGGATTTTCCAAGCCTGGTTCTCGGTGTACCATCCTTCT 292
consensus_3115#1      CGCACGTTCTCCAAGCCGGTTGGGATT--------------CTCGGTGTACCATCCTCCT 406
                       **** ************ ********              **************** **

consensus_3115#0      GATGTTCCGCTGGCCGATCCTGGAGAGTCTTCCAAACACGCGGATGTGTGCCTTTGATGG 352
consensus_3115#1      -----TCCGCTGGCCGATCCTGGAGAGTCTTCCAAACACGCGGATGTGTGCCTTTGATGG 461
                           *******************************************************

consensus_3115#0      AAACGGTTTATTGCGCGGATTCTAATTACACCTCGTAAAATGGTACCCGTTTTTCGGTCG 412
consensus_3115#1      AAACGGTTTATTGCGCGGATTCTAATTACACCTCGTAAAATGGTACCCGTTTTTCGGTCG 521
                      ************************************************************

consensus_3115#0      CGATGTCGAGATGCCGCCGAGATGAAGCGTGCGAATTTGCGAATTGCGATGGCGAG---- 468
consensus_3115#1      CGATGTCGAGATGCCGCCGAGATGAAGCGTGCGAATTTGCGAATTGCGATGGCGAATTGC 581
                      *******************************************************     

consensus_3115#0      AAATCACCCGATCGCGCACGAATCGCGCAGCTCATTCGCCTCCTCGAACACGAACCAATG 528
consensus_3115#1      GAATCACCCGATCGCGCACGAATCGCGCAGCTCATTCGCCTCCTCGAACACGAACCAATG 641
                       ***********************************************************

consensus_3115#0      TCCCAATGTCCAGCGTCATCTATCGGCGAGATTTAGTACTATTCAGAACCGCTGCATCTT 588
consensus_3115#1      TCCCAATGTCCAGCGTCATCTATCGGCGAGATTTAGTACTATTC---------------- 685
                      ********************************************                

consensus_3115#0      TTACTGTCAACCGAAGCTCTACGCAAGGTGGATGCAATCCGAGATCAGGTGAGGACAGAT 648
consensus_3115#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3115#0      AGAGACGAAGACTAAGAAATCATTAATTTATTTGCTATTTTCACCTTT 696
consensus_3115#1      ------------------------------------------------