cluster # 3175

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Anopheles gambiae
cluster # 3175 cluster # 3175 Sequences # 3 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_3175#0 length = 681 sequences # 1

consensus_3175#1 length = 679 sequences # 1
consensus_3175#2 length = 458 sequences # 1

consensusID : consensus_3175#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 681
fasta sequence

                              [AACTCAAAACTGAAATGTCTTGCTCATTACCGCGGTTCGATGATCCGGACGATTTGTTCGATGCGTTTGCGATCGTCATCTGGTTGGTCTGCTGTATGACGGCTGCCAGGTCGCTCTGCGAGGCCGACGTGTCCTTGCTGGTAAGAATGTCGGAGCTGCTCGACCCGGACGACGGATGCCGCTCCCCGGTGCATCCGTACTGGATCGGTTGGTAGCCATGCGACGGGTTGTAGTTGCCAGAGTACGTCATGTAGATCGGCGGATTGGGCAGTGGCGCGATGTCGCTCAGCATGCTTTCCGTGTCCTCGAGCGACATGTTCGAGATGTCCTGGCGGATGCCATTGCCGACGACGTAGTAGCACTGCTCCGAGAACGTTAGCTTGTTGACGGTGTGCTTGATGTAGCCGCGCCTCAGCATTAGCGAGACGTACTTGCGGGCCTCCCTGCGGTCTCCGATACCGTCCACGTGTTCCAGTATCCAGTTGACAACGTCCGCGCCGATAAACGCATTCGGAATGGTGATCTTGAGCCACATCCGGTCACGAATCTCGAGCCCACTGTCGGGCTTTGTCATTGCACGTACAATATCCTTCATGTCCATATCGGCGTGCAGGCGCTCAAGCACCGATTCCGGCAGATCGGTGTTGATCGTGTCCTGCGAGCGCAGCTTGCCGGTATGTG]

[+] EMBL CNS09EOQ             [AACTCAAAACTGAAATGTCTTGCTCATTACCGCGGTTCGATGATCCGGACGATTTGTTCGATGCGTTTGCGATCGTCATCTGGTTGGTCTGCTGTATGACGGCTGCCAGGTCGCTCTGCGAGGCCGACGTGTCCTTGCTGGTAAGAATGTCGGAGCTGCTCGACCCGGACGACGGATGCCGCTCCCCGGTGCATCCGTACTGGATCGGTTGGTAGCCATGCGACGGGTTGTAGTTGCCAGAGTACGTCATGTAGATCGGCGGATTGGGCAGTGGCGCGATGTCGCTCAGCATGCTTTCCGTGTCCTCGAGCGACATGTTCGAGATGTCCTGGCGGATGCCATTGCCGACGACGTAGTAGCACTGCTCCGAGAACGTTAGCTTGTTGACGGTGTGCTTGATGTAGCCGCGCCTCAGCATTAGCGAGACGTACTTGCGGGCCTCCCTGCGGTCTCCGATACCGTCCACGTGTTCCAGTATCCAGTTGACAACGTCCGCGCCGATAAACGCATTCGGAATGGTGATCTTGAGCCACATCCGGTCACGAATCTCGAGCCCACTGTCGGGCTTTGTCATTGCACGTACAATATCCTTCATGTCCATATCGGCGTGCAGGCGCTCAAGCACCGATTCCGGCAGATCGGTGTTGATCGTGTCCTGCGAGCGCAGCTTGCCGGTATGTG]




>consensus_3175#0
AACTCAAAACTGAAATGTCTTGCTCATTACCGCGGTTCGATGATCCGGACGATTTGTTCG
ATGCGTTTGCGATCGTCATCTGGTTGGTCTGCTGTATGACGGCTGCCAGGTCGCTCTGCG
AGGCCGACGTGTCCTTGCTGGTAAGAATGTCGGAGCTGCTCGACCCGGACGACGGATGCC
GCTCCCCGGTGCATCCGTACTGGATCGGTTGGTAGCCATGCGACGGGTTGTAGTTGCCAG
AGTACGTCATGTAGATCGGCGGATTGGGCAGTGGCGCGATGTCGCTCAGCATGCTTTCCG
TGTCCTCGAGCGACATGTTCGAGATGTCCTGGCGGATGCCATTGCCGACGACGTAGTAGC
ACTGCTCCGAGAACGTTAGCTTGTTGACGGTGTGCTTGATGTAGCCGCGCCTCAGCATTA
GCGAGACGTACTTGCGGGCCTCCCTGCGGTCTCCGATACCGTCCACGTGTTCCAGTATCC
AGTTGACAACGTCCGCGCCGATAAACGCATTCGGAATGGTGATCTTGAGCCACATCCGGT
CACGAATCTCGAGCCCACTGTCGGGCTTTGTCATTGCACGTACAATATCCTTCATGTCCA
TATCGGCGTGCAGGCGCTCAAGCACCGATTCCGGCAGATCGGTGTTGATCGTGTCCTGCG
AGCGCAGCTTGCCGGTATGTG

consensusID : consensus_3175#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 679
fasta sequence

                              [GTGGTGGTGGGACATACGTGTGTTCCGTTTGTTTTTCGTTTTGTTTCGCGTTTGTTAAATTATTTGAAAAAGAATCGAAATGAAAGCAAATCATAAATAGCTCAAAACGCGGTTCGATGATCCGGACGATTTGTTCGATGCGTTTGCGATCGTCATCTGGTTGGTCTGCTGTATGACGGCTGCCAGGTCGCTCTGCGAGGCCGACGTGTCCTTGCTGGTAAGAATGTCGGAGCTGCTCGACCCGGACGACGGATGCCGCTCCCCGGTGCATCCGTACTGGATCGGTTGGTAGCCATGCGACGGGTTGTAGTTGCCAGAGTACGTCATGTAGATCGGCGGATTGGGCAGTGGCGCGATGTCGCTCAGCATGCTTTCCGTGTCCTCGAGCGACATGTTCGAGATGTCCTGGCGGATGCCATTGCCGACGACGTAGTAGCACTGCTCCGAGAACGTTAGCTTGTTGACGGTGTGCTTGATGTAGCCGCGCCTCAGCATTAGCGAGACGTACTTGCGGGCCTCCCTGCGGTCTCCGATACCGTCCACGTGTTCCAGTATCCAGTTGACAACGTCCGCGCCGATAAACGCATTCGGAATGGTGATCTTGAGCCACATCCGGTCACGAATCTCGAGCCCACTGTCGGGCTTTGTCATTGCACGTACAATATCCTTCATGTCCATA]

[-] EMBL BX609252             [GTGGTGGTGGGACATACGTGTGTTCCGTTTGTTTTTCGTTTTGTTTCGCGTTTGTTAAATTATTTGAAAAAGAATCGAAATGAAAGCAAATCATAAATAGCTCAAAACGCGGTTCGATGATCCGGACGATTTGTTCGATGCGTTTGCGATCGTCATCTGGTTGGTCTGCTGTATGACGGCTGCCAGGTCGCTCTGCGAGGCCGACGTGTCCTTGCTGGTAAGAATGTCGGAGCTGCTCGACCCGGACGACGGATGCCGCTCCCCGGTGCATCCGTACTGGATCGGTTGGTAGCCATGCGACGGGTTGTAGTTGCCAGAGTACGTCATGTAGATCGGCGGATTGGGCAGTGGCGCGATGTCGCTCAGCATGCTTTCCGTGTCCTCGAGCGACATGTTCGAGATGTCCTGGCGGATGCCATTGCCGACGACGTAGTAGCACTGCTCCGAGAACGTTAGCTTGTTGACGGTGTGCTTGATGTAGCCGCGCCTCAGCATTAGCGAGACGTACTTGCGGGCCTCCCTGCGGTCTCCGATACCGTCCACGTGTTCCAGTATCCAGTTGACAACGTCCGCGCCGATAAACGCATTCGGAATGGTGATCTTGAGCCACATCCGGTCACGAATCTCGAGCCCACTGTCGGGCTTTGTCATTGCACGTACAATATCCTTCATGTCCATA]




>consensus_3175#1
GTGGTGGTGGGACATACGTGTGTTCCGTTTGTTTTTCGTTTTGTTTCGCGTTTGTTAAAT
TATTTGAAAAAGAATCGAAATGAAAGCAAATCATAAATAGCTCAAAACGCGGTTCGATGA
TCCGGACGATTTGTTCGATGCGTTTGCGATCGTCATCTGGTTGGTCTGCTGTATGACGGC
TGCCAGGTCGCTCTGCGAGGCCGACGTGTCCTTGCTGGTAAGAATGTCGGAGCTGCTCGA
CCCGGACGACGGATGCCGCTCCCCGGTGCATCCGTACTGGATCGGTTGGTAGCCATGCGA
CGGGTTGTAGTTGCCAGAGTACGTCATGTAGATCGGCGGATTGGGCAGTGGCGCGATGTC
GCTCAGCATGCTTTCCGTGTCCTCGAGCGACATGTTCGAGATGTCCTGGCGGATGCCATT
GCCGACGACGTAGTAGCACTGCTCCGAGAACGTTAGCTTGTTGACGGTGTGCTTGATGTA
GCCGCGCCTCAGCATTAGCGAGACGTACTTGCGGGCCTCCCTGCGGTCTCCGATACCGTC
CACGTGTTCCAGTATCCAGTTGACAACGTCCGCGCCGATAAACGCATTCGGAATGGTGAT
CTTGAGCCACATCCGGTCACGAATCTCGAGCCCACTGTCGGGCTTTGTCATTGCACGTAC
AATATCCTTCATGTCCATA

consensusID : consensus_3175#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 458
fasta sequence

                              [TCTCATCACTGCTGCTGCTCTATATATGCCCTACTGATTGTTATATATGTGTCCCGATTCCTTTCGGCCACTACCGTTTCGACCGAACGATTGCTGATGCTGAAGTTGATGCTGTTGCTGCTGCAAAGTGGGCTGCATCGGCTGATGCTGGAAGTAGATGCTGTCCTCGTACCCCTCGTCGTCCTTCGTGCTGATCAGCTTGCCGCCGATGCCTCCGCTGCCTAATCTCGTTGTCTTAAAGTCGCGGTTCGATGATCCGGACGATTTGTTCGATGCGTTTGCGATCGTCATCTGGTTGGTCTGCTGTATGACGGCTGCCAGGTCGCTCTGCGAGGCCGACGTGTCCTTGCTGGTAAGAATGTCGGAGCTGCTCGACCCGGACGACGGATGCCGCTCCCCGGTGCATCCGTACTGGATCGGTTGGTAGCCATGCGACGGGTTGTAGTTGCCAGAGTCGG]

[-] EMBL BM632446             [TCTCATCACTGCTGCTGCTCTATATATGCCCTACTGATTGTTATATATGTGTCCCGATTCCTTTCGGCCACTACCGTTTCGACCGAACGATTGCTGATGCTGAAGTTGATGCTGTTGCTGCTGCAAAGTGGGCTGCATCGGCTGATGCTGGAAGTAGATGCTGTCCTCGTACCCCTCGTCGTCCTTCGTGCTGATCAGCTTGCCGCCGATGCCTCCGCTGCCTAATCTCGTTGTCTTAAAGTCGCGGTTCGATGATCCGGACGATTTGTTCGATGCGTTTGCGATCGTCATCTGGTTGGTCTGCTGTATGACGGCTGCCAGGTCGCTCTGCGAGGCCGACGTGTCCTTGCTGGTAAGAATGTCGGAGCTGCTCGACCCGGACGACGGATGCCGCTCCCCGGTGCATCCGTACTGGATCGGTTGGTAGCCATGCGACGGGTTGTAGTTGCCAGAGTCGG]




>consensus_3175#2
TCTCATCACTGCTGCTGCTCTATATATGCCCTACTGATTGTTATATATGTGTCCCGATTC
CTTTCGGCCACTACCGTTTCGACCGAACGATTGCTGATGCTGAAGTTGATGCTGTTGCTG
CTGCAAAGTGGGCTGCATCGGCTGATGCTGGAAGTAGATGCTGTCCTCGTACCCCTCGTC
GTCCTTCGTGCTGATCAGCTTGCCGCCGATGCCTCCGCTGCCTAATCTCGTTGTCTTAAA
GTCGCGGTTCGATGATCCGGACGATTTGTTCGATGCGTTTGCGATCGTCATCTGGTTGGT
CTGCTGTATGACGGCTGCCAGGTCGCTCTGCGAGGCCGACGTGTCCTTGCTGGTAAGAAT
GTCGGAGCTGCTCGACCCGGACGACGGATGCCGCTCCCCGGTGCATCCGTACTGGATCGG
TTGGTAGCCATGCGACGGGTTGTAGTTGCCAGAGTCGG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_3175#0      ------------------------------------------------------------
consensus_3175#1      ------------------------------------------------------------
consensus_3175#2      TCTCATCACTGCTGCTGCTCTATATATGCCCTACTGATTGTTATATATGTGTCCCGATTC 60
                                                                                  

consensus_3175#0      ------------------------------------------------------------
consensus_3175#1      ------------------------------------------------------------
consensus_3175#2      CTTTCGGCCACTACCGTTTCGACCGAACGATTGCTGATGCTGAAGTTGATGCTGTTGCTG 120
                                                                                  

consensus_3175#0      ------------------------------------------------------------
consensus_3175#1      --------------------GTGGTGGTGGGACATACGTGTGTTCCGTTTGTTTTTCGTT 40
consensus_3175#2      CTGCAAAGTGGGCTGCATCGGCTGATGCTGGAAGTAGATGCTGTCCTCGTACCCCTCGTC 180
                                                                                  

consensus_3175#0      -------------------------------------AACTCAAAACTGAA-ATGTCTTG 22
consensus_3175#1      TTGTTTCGCGTTTGTTAAATTATTTGAAAAAGAATCGAAATGAAAGCAAATCATAAATAG 100
consensus_3175#2      GTCCTTCGTGCTGATCAGCTTGCCGCCGATGCCTCCGCTGCCTAATCTCGT------TGT 234
                                                                 ** *          *  

consensus_3175#0      CTCATTACCGCGGTTCGATGATCCGGACGATTTGTTCGATGCGTTTGCGATCGTCATCTG 82
consensus_3175#1      CTCAA-AACGCGGTTCGATGATCCGGACGATTTGTTCGATGCGTTTGCGATCGTCATCTG 159
consensus_3175#2      CTTAAAGTCGCGGTTCGATGATCCGGACGATTTGTTCGATGCGTTTGCGATCGTCATCTG 294
                      ** *    ****************************************************

consensus_3175#0      GTTGGTCTGCTGTATGACGGCTGCCAGGTCGCTCTGCGAGGCCGACGTGTCCTTGCTGGT 142
consensus_3175#1      GTTGGTCTGCTGTATGACGGCTGCCAGGTCGCTCTGCGAGGCCGACGTGTCCTTGCTGGT 219
consensus_3175#2      GTTGGTCTGCTGTATGACGGCTGCCAGGTCGCTCTGCGAGGCCGACGTGTCCTTGCTGGT 354
                      ************************************************************

consensus_3175#0      AAGAATGTCGGAGCTGCTCGACCCGGACGACGGATGCCGCTCCCCGGTGCATCCGTACTG 202
consensus_3175#1      AAGAATGTCGGAGCTGCTCGACCCGGACGACGGATGCCGCTCCCCGGTGCATCCGTACTG 279
consensus_3175#2      AAGAATGTCGGAGCTGCTCGACCCGGACGACGGATGCCGCTCCCCGGTGCATCCGTACTG 414
                      ************************************************************

consensus_3175#0      GATCGGTTGGTAGCCATGCGACGGGTTGTAGTTGCCAGAGTACGTCATGTAGATCGGCGG 262
consensus_3175#1      GATCGGTTGGTAGCCATGCGACGGGTTGTAGTTGCCAGAGTACGTCATGTAGATCGGCGG 339
consensus_3175#2      GATCGGTTGGTAGCCATGCGACGGGTTGTAGTTGCCAGAGTCGG---------------- 458
                      *****************************************  *                

consensus_3175#0      ATTGGGCAGTGGCGCGATGTCGCTCAGCATGCTTTCCGTGTCCTCGAGCGACATGTTCGA 322
consensus_3175#1      ATTGGGCAGTGGCGCGATGTCGCTCAGCATGCTTTCCGTGTCCTCGAGCGACATGTTCGA 399
consensus_3175#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3175#0      GATGTCCTGGCGGATGCCATTGCCGACGACGTAGTAGCACTGCTCCGAGAACGTTAGCTT 382
consensus_3175#1      GATGTCCTGGCGGATGCCATTGCCGACGACGTAGTAGCACTGCTCCGAGAACGTTAGCTT 459
consensus_3175#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3175#0      GTTGACGGTGTGCTTGATGTAGCCGCGCCTCAGCATTAGCGAGACGTACTTGCGGGCCTC 442
consensus_3175#1      GTTGACGGTGTGCTTGATGTAGCCGCGCCTCAGCATTAGCGAGACGTACTTGCGGGCCTC 519
consensus_3175#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3175#0      CCTGCGGTCTCCGATACCGTCCACGTGTTCCAGTATCCAGTTGACAACGTCCGCGCCGAT 502
consensus_3175#1      CCTGCGGTCTCCGATACCGTCCACGTGTTCCAGTATCCAGTTGACAACGTCCGCGCCGAT 579
consensus_3175#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3175#0      AAACGCATTCGGAATGGTGATCTTGAGCCACATCCGGTCACGAATCTCGAGCCCACTGTC 562
consensus_3175#1      AAACGCATTCGGAATGGTGATCTTGAGCCACATCCGGTCACGAATCTCGAGCCCACTGTC 639
consensus_3175#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3175#0      GGGCTTTGTCATTGCACGTACAATATCCTTCATGTCCATATCGGCGTGCAGGCGCTCAAG 622
consensus_3175#1      GGGCTTTGTCATTGCACGTACAATATCCTTCATGTCCATA-------------------- 679
consensus_3175#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3175#0      CACCGATTCCGGCAGATCGGTGTTGATCGTGTCCTGCGAGCGCAGCTTGCCGGTATGTG 681
consensus_3175#1      -----------------------------------------------------------
consensus_3175#2      -----------------------------------------------------------