cluster # 3696

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Anopheles gambiae
cluster # 3696 cluster # 3696 Sequences # 3 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_3696#0 length = 600 sequences # 1

consensus_3696#1 length = 588 sequences # 1
consensus_3696#2 length = 518 sequences # 1

consensusID : consensus_3696#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 600
fasta sequence

                              [CCGAACAAACAGCGTAACTCAAGTCTTATTATGTTTCATAATCTTAATTACTATTTTCAGATATTTTACATCTCATTTGTGCCTTTTCATTGTTTTTTTTTTTTAATATTCATGCAAATCTTGGTTTTAATTCATTAAATTTTCGATTAATTTCATTGATCGCCTAATAATTATTATTATTCCTTTTTCCTTTTATTAATAATAATTATTCCTTTTTATGAAATTCTGAAAAAAAAAACATCGTGACTATCATCTAGATTTCAGTTCAGGTCCATCTTATCTTTGTCGCAAACTCCACTAAGACAATGAATGTTGAAATAGAATTTTCAAAAATTAACTCCCAGTGTGTCGATCGTGCATTGAAATTAATATATTGATTTCTGCAAATATGAATATTCCCAGTTTATATTTTGGGAAATTGTGGGACATCGTGAGAAAAACCCACCGAAAATATTTAATATTTTGTATTTGTATCAGTTTCTACCGTAACGTTCGAATAAACTTTTTTTTTAATTACCAAGCACATTATTTTTGATAGTTTGTAACCGGCAAACATAGCGCGATATGATTATTTATGTGTGATAAACATGAACGTGGTCT]

[+] EMBL BM609141             [CCGAACAAACAGCGTAACTCAAGTCTTATTATGTTTCATAATCTTAATTACTATTTTCAGATATTTTACATCTCATTTGTGCCTTTTCATTGTTTTTTTTTTTTAATATTCATGCAAATCTTGGTTTTAATTCATTAAATTTTCGATTAATTTCATTGATCGCCTAATAATTATTATTATTCCTTTTTCCTTTTATTAATAATAATTATTCCTTTTTATGAAATTCTGAAAAAAAAAACATCGTGACTATCATCTAGATTTCAGTTCAGGTCCATCTTATCTTTGTCGCAAACTCCACTAAGACAATGAATGTTGAAATAGAATTTTCAAAAATTAACTCCCAGTGTGTCGATCGTGCATTGAAATTAATATATTGATTTCTGCAAATATGAATATTCCCAGTTTATATTTTGGGAAATTGTGGGACATCGTGAGAAAAACCCACCGAAAATATTTAATATTTTGTATTTGTATCAGTTTCTACCGTAACGTTCGAATAAACTTTTTTTTTAATTACCAAGCACATTATTTTTGATAGTTTGTAACCGGCAAACATAGCGCGATATGATTATTTATGTGTGATAAACATGAACGTGGTCT]




>consensus_3696#0
CCGAACAAACAGCGTAACTCAAGTCTTATTATGTTTCATAATCTTAATTACTATTTTCAG
ATATTTTACATCTCATTTGTGCCTTTTCATTGTTTTTTTTTTTTAATATTCATGCAAATC
TTGGTTTTAATTCATTAAATTTTCGATTAATTTCATTGATCGCCTAATAATTATTATTAT
TCCTTTTTCCTTTTATTAATAATAATTATTCCTTTTTATGAAATTCTGAAAAAAAAAACA
TCGTGACTATCATCTAGATTTCAGTTCAGGTCCATCTTATCTTTGTCGCAAACTCCACTA
AGACAATGAATGTTGAAATAGAATTTTCAAAAATTAACTCCCAGTGTGTCGATCGTGCAT
TGAAATTAATATATTGATTTCTGCAAATATGAATATTCCCAGTTTATATTTTGGGAAATT
GTGGGACATCGTGAGAAAAACCCACCGAAAATATTTAATATTTTGTATTTGTATCAGTTT
CTACCGTAACGTTCGAATAAACTTTTTTTTTAATTACCAAGCACATTATTTTTGATAGTT
TGTAACCGGCAAACATAGCGCGATATGATTATTTATGTGTGATAAACATGAACGTGGTCT

consensusID : consensus_3696#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 588
fasta sequence

                              [AATTTCAAATACGTAAGCATAATTTTGAAATCGCACTGTTCCATTGATTATTTGATTTTTTATTTGATTTGAAAATTGGTGTAATTGTAAATGTTAAAATTTACATTTCGAAAGAATTATCAATTATTTTGAGCAACTATAGCATTGATTAACGTTTCTCTACAATTGATTTAGATCGCAAAAAAATATTTTAACATGCAGAAGCACAAAATTATGTATTGTACAAACAATCCCCAACATTCGTGACTGCTTGACACACATTTTATAATGGTTCTACTATTTGAATTATTTACAGTATCAATAAACATATTCCAAACTGTTTGTTAGCACCAATAAATGTAACAAACAGCGTAACTCAAGTCTTATTATGTTTCATAATCTTAATTACTATTTTCAGATATTTTACATCTCATTTGTGCCTTTTCATTGTTTTTTTAAATATTCATGCAAATCTTGGTTTTAATTCATTAAATTTTCGATTAATTTCATTGATCGCCTAGTAATTATTATTAATAATAATTATTCCTTTTTATGAAATTCTGAAAAAAAACATCGTGACTATCATCTAGATTTCAGTTCAGTTCCATC]

[+] EMBL BX618637             [AATTTCAAATACGTAAGCATAATTTTGAAATCGCACTGTTCCATTGATTATTTGATTTTTTATTTGATTTGAAAATTGGTGTAATTGTAAATGTTAAAATTTACATTTCGAAAGAATTATCAATTATTTTGAGCAACTATAGCATTGATTAACGTTTCTCTACAATTGATTTAGATCGCAAAAAAATATTTTAACATGCAGAAGCACAAAATTATGTATTGTACAAACAATCCCCAACATTCGTGACTGCTTGACACACATTTTATAATGGTTCTACTATTTGAATTATTTACAGTATCAATAAACATATTCCAAACTGTTTGTTAGCACCAATAAATGTAACAAACAGCGTAACTCAAGTCTTATTATGTTTCATAATCTTAATTACTATTTTCAGATATTTTACATCTCATTTGTGCCTTTTCATTGTTTTTTTAAATATTCATGCAAATCTTGGTTTTAATTCATTAAATTTTCGATTAATTTCATTGATCGCCTAGTAATTATTATTAATAATAATTATTCCTTTTTATGAAATTCTGAAAAAAAACATCGTGACTATCATCTAGATTTCAGTTCAGTTCCATC]




>consensus_3696#1
AATTTCAAATACGTAAGCATAATTTTGAAATCGCACTGTTCCATTGATTATTTGATTTTT
TATTTGATTTGAAAATTGGTGTAATTGTAAATGTTAAAATTTACATTTCGAAAGAATTAT
CAATTATTTTGAGCAACTATAGCATTGATTAACGTTTCTCTACAATTGATTTAGATCGCA
AAAAAATATTTTAACATGCAGAAGCACAAAATTATGTATTGTACAAACAATCCCCAACAT
TCGTGACTGCTTGACACACATTTTATAATGGTTCTACTATTTGAATTATTTACAGTATCA
ATAAACATATTCCAAACTGTTTGTTAGCACCAATAAATGTAACAAACAGCGTAACTCAAG
TCTTATTATGTTTCATAATCTTAATTACTATTTTCAGATATTTTACATCTCATTTGTGCC
TTTTCATTGTTTTTTTAAATATTCATGCAAATCTTGGTTTTAATTCATTAAATTTTCGAT
TAATTTCATTGATCGCCTAGTAATTATTATTAATAATAATTATTCCTTTTTATGAAATTC
TGAAAAAAAACATCGTGACTATCATCTAGATTTCAGTTCAGTTCCATC

consensusID : consensus_3696#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 518
fasta sequence

                              [CCGATTTTTTAATTTTAAATGAAAGTGGTATTTCTTCAAGGAGATGTTTTGTTTTGTTTTCTGTAACGCTTTGGTTTAACATCAAATCATACAATCAGCAGCGAAAAGTTGTGGTTTTGTACTTCAAATTATAGTATCAACACATCTATTTTTTTGTTGTTGGCTGTGTAAGTCCCAGCTTCAAGTTGTTAGCATAATTTCAAATACGTAAGCATAATTTTGAAATCGCACTGTTCCATTGATTTTTATTTGATTTGAAAATTGGTGTAATTGTACACAATTACATTTACATGTAATGTTACAATTTACATTTCGAAAGAATTATCAATTATTTTGAGCAACCGTAGCATTGATTAACGTTTCTCTACGATTGATTTAGATGGCAAAAAAATATTTTAACATGCAGAAGCACAAAATTATGTATTGTACAAACAATCCCCAACATTCGTGACTGCTTGACACACATTTTATAATGGTTCTACTATTTGAATTATTTACAGTATCAATAAACATATTCC]

[+] EMBL BM653961             [CCGATTTTTTAATTTTAAATGAAAGTGGTATTTCTTCAAGGAGATGTTTTGTTTTGTTTTCTGTAACGCTTTGGTTTAACATCAAATCATACAATCAGCAGCGAAAAGTTGTGGTTTTGTACTTCAAATTATAGTATCAACACATCTATTTTTTTGTTGTTGGCTGTGTAAGTCCCAGCTTCAAGTTGTTAGCATAATTTCAAATACGTAAGCATAATTTTGAAATCGCACTGTTCCATTGATTTTTATTTGATTTGAAAATTGGTGTAATTGTACACAATTACATTTACATGTAATGTTACAATTTACATTTCGAAAGAATTATCAATTATTTTGAGCAACCGTAGCATTGATTAACGTTTCTCTACGATTGATTTAGATGGCAAAAAAATATTTTAACATGCAGAAGCACAAAATTATGTATTGTACAAACAATCCCCAACATTCGTGACTGCTTGACACACATTTTATAATGGTTCTACTATTTGAATTATTTACAGTATCAATAAACATATTCC]




>consensus_3696#2
CCGATTTTTTAATTTTAAATGAAAGTGGTATTTCTTCAAGGAGATGTTTTGTTTTGTTTT
CTGTAACGCTTTGGTTTAACATCAAATCATACAATCAGCAGCGAAAAGTTGTGGTTTTGT
ACTTCAAATTATAGTATCAACACATCTATTTTTTTGTTGTTGGCTGTGTAAGTCCCAGCT
TCAAGTTGTTAGCATAATTTCAAATACGTAAGCATAATTTTGAAATCGCACTGTTCCATT
GATTTTTATTTGATTTGAAAATTGGTGTAATTGTACACAATTACATTTACATGTAATGTT
ACAATTTACATTTCGAAAGAATTATCAATTATTTTGAGCAACCGTAGCATTGATTAACGT
TTCTCTACGATTGATTTAGATGGCAAAAAAATATTTTAACATGCAGAAGCACAAAATTAT
GTATTGTACAAACAATCCCCAACATTCGTGACTGCTTGACACACATTTTATAATGGTTCT
ACTATTTGAATTATTTACAGTATCAATAAACATATTCC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_3696#1      ------------------------------------------------------------
consensus_3696#2      -------------------CCGATTTTTTAATTTTAAATGAAAGTGGTATTTCTTCAAGG 41
consensus_3696#0      CCGAACAAACAGCGTAACTCAAGTCTTATTATGTTTCATAATCTTAATTACTATTTTCAG 60
                                                                                  

consensus_3696#1      ------------------------------------------------------------
consensus_3696#2      AGATGTTTTGTTTTGTTTTCTGTAACGCTTTGGTTTAACATCAAATCATACAATCAGCAG 101
consensus_3696#0      ATATTTTACATCTCATTTGTGCCTTTTCATTGTTTTTTTTTTTTAATATTCA-------- 112
                                                                                  

consensus_3696#1      ------------------------------------------------------------
consensus_3696#2      CGAAAAGTTGTGGTTTTGTACTTCAAATTATAGTATCAACACATCTATTTTTTTGTTGTT 161
consensus_3696#0      TGCAAATCTTGGTTTTAATTCATTAAATTTTCGATTAATTTCATTGATCGCCTAATAATT 172
                                                                                  

consensus_3696#1      ----------------------------------AATTTCAAAT-ACGTAAGCATAATTT 25
consensus_3696#2      GGCTGTGTAAGTCCCAGCTTCAAGTTGTTAGCATAATTTCAAAT-ACGTAAGCATAATTT 220
consensus_3696#0      ATTATTATTCCTTTTTCCTTTTATTAATAATAATTATTCCTTTTTATGAAATTCTGAAA- 231
                                                         *** *   * * * **   * *   

consensus_3696#1      TGAAATCGCACTGTTCCATTGAT---TATTTGATTTTTTATTTGAT------TTGAAAAT 76
consensus_3696#2      TGAAATCGCACTGTTCCATTGATTTTTATTTGATTTGAAAATTGGTGTAA--TTGTACAC 278
consensus_3696#0      -AAAAAAACATCGTGACTATCATCTAGATTTCAGTTCAGGTCCATCTTATCTTTGTCGCA 290
                        ***   **  **  *  * **    **** * **                ***     

consensus_3696#1      TGGTGTAATTG--TA---AATGTTAAAATTTACATTTCGAAAG--AATTATCAATTATTT 129
consensus_3696#2      AATTACATTTA--CATGTAATGTTACAATTTACATTTCGAAAG--AATTATCAATTATTT 334
consensus_3696#0      AACTCCACTAAGACAATGAATGTTGAAATAGAATTTTCAAAAATTAACTCCCAGT-GTGT 349
                         *  * *     *   ******  ***  *  **** ***   ** *  ** *  * *

consensus_3696#1      TGAGCA-ACTATAGCATTGATTAACGTTTCTCTACAATTGATTTAGATCGCAAAAAAATA 188
consensus_3696#2      TGAGCA-ACCGTAGCATTGATTAACGTTTCTCTACGATTGATTTAGATGGCAAAAAAATA 393
consensus_3696#0      CGATCGTGCATTGAAATTAATATATTGATTTCTGCAAAT-ATGAATATTCCCAGTTTATA 408
                       ** *   *  *   *** **  *    * *** * * * **  * **  * *    ***

consensus_3696#1      TTTTAACATGCAGAAGCACAAAATTATGTAT-TGTACAAACAATCCCCAACATTCGTGAC 247
consensus_3696#2      TTTTAACATGCAGAAGCACAAAATTATGTAT-TGTACAAACAATCCCCAACATTCGTGAC 452
consensus_3696#0      TTTTGGGAAATTGTGGGACATCGTGAGAAAAACCCACCGAAAATATTTAATATTT-TG-- 465
                      ****   *    *  * ***   * *   *     **  * ***    ** ***  **  

consensus_3696#1      TGCTTGACACACATTTTATAATGGTTCTACTATTTGAATTATTTACAGTATCAATAAACA 307
consensus_3696#2      TGCTTGACACACATTTTATAATGGTTCTACTATTTGAATTATTTACAGTATCAATAAACA 512
consensus_3696#0      TATTTGTATCAGTTTCTACCGTAACGTT--CGAATAAACTTTTTTTTTAATTACCAAGCA 523
                      *  ***   **  ** **   *     *      * ** * ***     ** *  ** **

consensus_3696#1      TATTCCAAACTGTTTGTTAGCACCAATAAATGTAACAAACAGCGTAACTCAAGTCTTATT 367
consensus_3696#2      TATTCC------------------------------------------------------ 518
consensus_3696#0      CATTATTTTTGATAGTTTGTAACCGGCAAACATAGCGCGATATGATTATTTATGTGTGAT 583
                       ***                                                        

consensus_3696#1      ATGTTTCATAATCTTAATTACTATTTTCAGATATTTTACATCTCATTTGTGCCTTTTCAT 427
consensus_3696#2      ------------------------------------------------------------
consensus_3696#0      AAACATGAACGTGGTCT------------------------------------------- 600
                                                                                  

consensus_3696#1      TGTTTTTTTAAATATTCATGCAAATCTTGGTTTTAATTCATTAAATTTTCGATTAATTTC 487
consensus_3696#2      ------------------------------------------------------------
consensus_3696#0      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3696#1      ATTGATCGCCTAGTAATTATTATTAATAATAATTATTCCTTTTTATGAAATTCTGAAAAA 547
consensus_3696#2      ------------------------------------------------------------
consensus_3696#0      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3696#1      AAACATCGTGACTATCATCTAGATTTCAGTTCAGTTCCATC 588
consensus_3696#2      -----------------------------------------
consensus_3696#0      -----------------------------------------