cluster # 3792

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Anopheles gambiae
cluster # 3792 cluster # 3792 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_3792#0 length = 814 sequences # 1

consensus_3792#1 length = 604 sequences # 2

consensusID : consensus_3792#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 814
fasta sequence

                              [GCAAGAATCCCCCGAGTGTTTTAGCGTCGTCGGACGGAAAGCACGGTATCTGCGTGATCGTGAAGTTACCGTACCACACTGTAACCTGCTGTTCGTTTGGTGTTGTTTAATTTGTGAAATCTGTGAAGAGTCATCACCTGTACCCCCCGTTTCAGCATGAAACTGTTTGTAGTGTTGATGGCCCTGGTGGCCTGCTGCAGTTGCTGCACCGGGCCCCAGTTTGTGCTTCGGATATCCCTGGCTTTTGGAGGAGGATACCTGACACATCCACGCTACTATCGCCCGTATTCCAGGCCCCATATGGTGGACACTACGGTGGTCCTGGTCGGTGGGTCTGCTCGGTGGTGGGTGGTGGGTGGATTTCTCCGTGCAGCCAGGCTAACTGCACAAGTCCTGCTCGTTCAACATTCGGTCTAGTGCTGTGCCATTTATCAGGTGCTCCGTTTTAGTAAACTCGAAACTGCTAAACTTCCGTATCGGGCTGGTTGGTNCCATTGTGGCTGTGCTGGGTATATCGGTGGATCCTGTGTTGCACATGTGCAATCTGGCACAGGTCCTGCGCTCAGTTCTGTGCCGGTGTGTCTGAGGAAGAGGTATCTACGGGTCGAGTATCCTGNGCCTTACTTAAATTTGGCGCACAAATGGCGGTACAGAGACTTAAACTCCGGTNTACTGAGTAGGGAGTGCCCTGTGGCCTGTGTGGGTCATACTCTGTTCCATTTCCCTTAACAGGTTGGAAAAGGCTAGAAAACACCCCCTGGATTCATACTACTTGGCGGAAGTTCCTTGGCTCAAACACTTTAAAACNGCAAAA]

[+] EMBL AL694079             [GCAAGAATCCCCCGAGTGTTTTAGCGTCGTCGGACGGAAAGCACGGTATCTGCGTGATCGTGAAGTTACCGTACCACACTGTAACCTGCTGTTCGTTTGGTGTTGTTTAATTTGTGAAATCTGTGAAGAGTCATCACCTGTACCCCCCGTTTCAGCATGAAACTGTTTGTAGTGTTGATGGCCCTGGTGGCCTGCTGCAGTTGCTGCACCGGGCCCCAGTTTGTGCTTCGGATATCCCTGGCTTTTGGAGGAGGATACCTGACACATCCACGCTACTATCGCCCGTATTCCAGGCCCCATATGGTGGACACTACGGTGGTCCTGGTCGGTGGGTCTGCTCGGTGGTGGGTGGTGGGTGGATTTCTCCGTGCAGCCAGGCTAACTGCACAAGTCCTGCTCGTTCAACATTCGGTCTAGTGCTGTGCCATTTATCAGGTGCTCCGTTTTAGTAAACTCGAAACTGCTAAACTTCCGTATCGGGCTGGTTGGTNCCATTGTGGCTGTGCTGGGTATATCGGTGGATCCTGTGTTGCACATGTGCAATCTGGCACAGGTCCTGCGCTCAGTTCTGTGCCGGTGTGTCTGAGGAAGAGGTATCTACGGGTCGAGTATCCTGNGCCTTACTTAAATTTGGCGCACAAATGGCGGTACAGAGACTTAAACTCCGGTNTACTGAGTAGGGAGTGCCCTGTGGCCTGTGTGGGTCATACTCTGTTCCATTTCCCTTAACAGGTTGGAAAAGGCTAGAAAACACCCCCTGGATTCATACTACTTGGCGGAAGTTCCTTGGCTCAAACACTTTAAAACNGCAAAA]




>consensus_3792#0
GCAAGAATCCCCCGAGTGTTTTAGCGTCGTCGGACGGAAAGCACGGTATCTGCGTGATCG
TGAAGTTACCGTACCACACTGTAACCTGCTGTTCGTTTGGTGTTGTTTAATTTGTGAAAT
CTGTGAAGAGTCATCACCTGTACCCCCCGTTTCAGCATGAAACTGTTTGTAGTGTTGATG
GCCCTGGTGGCCTGCTGCAGTTGCTGCACCGGGCCCCAGTTTGTGCTTCGGATATCCCTG
GCTTTTGGAGGAGGATACCTGACACATCCACGCTACTATCGCCCGTATTCCAGGCCCCAT
ATGGTGGACACTACGGTGGTCCTGGTCGGTGGGTCTGCTCGGTGGTGGGTGGTGGGTGGA
TTTCTCCGTGCAGCCAGGCTAACTGCACAAGTCCTGCTCGTTCAACATTCGGTCTAGTGC
TGTGCCATTTATCAGGTGCTCCGTTTTAGTAAACTCGAAACTGCTAAACTTCCGTATCGG
GCTGGTTGGTNCCATTGTGGCTGTGCTGGGTATATCGGTGGATCCTGTGTTGCACATGTG
CAATCTGGCACAGGTCCTGCGCTCAGTTCTGTGCCGGTGTGTCTGAGGAAGAGGTATCTA
CGGGTCGAGTATCCTGNGCCTTACTTAAATTTGGCGCACAAATGGCGGTACAGAGACTTA
AACTCCGGTNTACTGAGTAGGGAGTGCCCTGTGGCCTGTGTGGGTCATACTCTGTTCCAT
TTCCCTTAACAGGTTGGAAAAGGCTAGAAAACACCCCCTGGATTCATACTACTTGGCGGA
AGTTCCTTGGCTCAAACACTTTAAAACNGCAAAA

consensusID : consensus_3792#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 604
fasta sequence

                              [GCAGAATCGCCACGCAGGTCTAATATCGCGTGATCGTGAAGTNACCGTA-CACACTGTAACCTGCTGTTCGTTTGGTGTTGTTTAATTGTGAAATCTGTGAAGAGTCATCACCGTACCCCCCGTTTCAGCATGAAACTGTTTCGTAGTGTTGATGG-CCTGGTGGCCGCTGCAGTTGCTGCACCGG-GCCCCAGTTTGGCTTCGGATATCCCGGCTTTGGAGGAGGATACCGACAACATCCACGCTACTATCGCCCGTATCCAGG-CCCCACTATGGTGGACACTACGGTGGTCCGGTCGGTGGTCTGCTCGGTGGTGGTGGTGGTGGATTCTCCGGCAGCCAGGCTAACGCACAGTCCGCTCGTTCAACATCGGTCTAGCGGCATTTCGGGCTCGTTTAGTAACTCGAACGCTAACTCGTTCGGCGGTGGTCATGGCCGGTGGTTTCCGGTGGATCCGGTGCCACAGGCATCGGCACAGTCCGCTCGTTCGGCGGTGGTCTGGCGNAGGTTTCGCNTAGGTTCCGGACTCTAATGGCCAAAGCGTCGGCTAACTCGTTCAGGTCGGAGAGCCGGNAGGTGGTTTAGGGCTCTCTAAGTGAAGCGACC]

[+] EMBL AL696343             [GCAGAATCGCCACGCAGGTCTAATATCGCGTGATCGTGAAGTNACCGTA CACACTGTAACCTGCTGTTCGTTTGGTGTTGTTTAATTGTGAAATCTGTGAAGAGTCATCACCGTACCCCCCGTTTCAGCATGAAACTGTTTCGTAGTGTTGATGG CCTGGTGGCCGCTGCAGTTGCTGCACCGG GCCCCAGTTTGGCTTCGGATATCCCGGCTTTGGAGGAGGATACCGACAACATCCACGCTACTATCGCCCGTATCCAGG CCCCACTATGGTGGACACTACGGTGGTCCGGTCGGTGGTCTGCTCGGTGGTGGTGGTGGTGGATTCTCCGGCAGCCAGGCTAACGCACAGTCCGCTCGTTCAACATCGGTCTAGCGGCATTTCGGGCTCGTTTAGTAACTCGAACGCTAACTCGTTCGGCGGTGGTCATGGCCGGTGGTTTCCGGTGGATCCGGTGCCACAGGCATCGGCACAGTCCGCTCGTTCGGCGGTGGTCTGGCGNAGGTTTCGCNTAGGTTCCGGACTCTAATGGCCAAAGCGTCGGCTAACTCGTTCAGGTCGGAGAGCCGGNAGGTGGTTTAGGGCTCTCTAAGTGAAGCGACC]
[+] EMBL BX629091             [                                  CGTGAAGTTACCGTACCACACTGTAACCTGCTGTTCGTTTGGTGTTGTTTAATTGTGAAATCTGTGAAGAGTCATCACCGTACCCCCCGTTTCAGCATGAAACTGTTT GTAGTGTTGATGGCCCTGGTGGCCGCTGCAGTTGCTGCACCGGCGCCCCAGTTTGGCTTCNGATATCCCGGCTTTGGAGGAGGATACCGACACCATCCACGCTACTATCGCCCGTATCCAGGCCCCCACTATGGTGGACACTACGG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]




>consensus_3792#1
GCAGAATCGCCACGCAGGTCTAATATCGCGTGATCGTGAAGTNACCGTACACACTGTAAC
CTGCTGTTCGTTTGGTGTTGTTTAATTGTGAAATCTGTGAAGAGTCATCACCGTACCCCC
CGTTTCAGCATGAAACTGTTTCGTAGTGTTGATGGCCTGGTGGCCGCTGCAGTTGCTGCA
CCGGGCCCCAGTTTGGCTTCGGATATCCCGGCTTTGGAGGAGGATACCGACAACATCCAC
GCTACTATCGCCCGTATCCAGGCCCCACTATGGTGGACACTACGGTGGTCCGGTCGGTGG
TCTGCTCGGTGGTGGTGGTGGTGGATTCTCCGGCAGCCAGGCTAACGCACAGTCCGCTCG
TTCAACATCGGTCTAGCGGCATTTCGGGCTCGTTTAGTAACTCGAACGCTAACTCGTTCG
GCGGTGGTCATGGCCGGTGGTTTCCGGTGGATCCGGTGCCACAGGCATCGGCACAGTCCG
CTCGTTCGGCGGTGGTCTGGCGNAGGTTTCGCNTAGGTTCCGGACTCTAATGGCCAAAGC
GTCGGCTAACTCGTTCAGGTCGGAGAGCCGGNAGGTGGTTTAGGGCTCTCTAAGTGAAGC
GACC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_3792#0      GCAAGAATCCCCCGAGTGTTTTAGCGTCGTCGGACGGAAAGCACGGTATCTGCGTGATCG 60
consensus_3792#1      -----------------------GCAGAATCGCCACGCAGGTCTAATATC-GCGTGATCG 36
                                             **    ***    * * *     **** *********

consensus_3792#0      TGAAGTTACCGTACCACACTGTAACCTGCTGTTCGTTTGGTGTTGTTTAATTTGTGAAAT 120
consensus_3792#1      TGAAGTNACCGTAC-ACACTGTAACCTGCTGTTCGTTTGGTGTTGTTTAATT-GTGAAAT 94
                      ****** ******* ************************************* *******

consensus_3792#0      CTGTGAAGAGTCATCACCTGTACCCCCCGTTTCAGCATGAAACTGTTT-GTAGTGTTGAT 179
consensus_3792#1      CTGTGAAGAGTCATCACC-GTACCCCCCGTTTCAGCATGAAACTGTTTCGTAGTGTTGAT 153
                      ****************** ***************************** ***********

consensus_3792#0      GGCCCTGGTGGCCTGCTGCAGTTGCTGCACCGGGCCCCAGTTTGTGCTTCGGATATCCCT 239
consensus_3792#1      GGCC-TGGTGGCC-GCTGCAGTTGCTGCACCGGGCCCCAGTTTG-GCTTCGGATATCCC- 209
                      **** ******** ****************************** ************** 

consensus_3792#0      GGCTTTTGGAGGAGGATACCTGACACATCCACGCTACTATCGCCCGTATTCCAGGCCCCA 299
consensus_3792#1      -GGCTTTGGAGGAGGATACCGACAACATCCACGCTACTATCGCCCGTAT-CCAGGCCCCA 267
                       *  ****************    ************************* **********

consensus_3792#0      -TATGGTGGACACTACGGTGGTCCTGGTCGGTGGGTCTGCTCGGTGGTGGGTGGTGGGTG 358
consensus_3792#1      CTATGGTGGACACTACGGTGGTCC-GGTCGGTGG-TCTGCTCGGTGGTGG-TGGTGG-TG 323
                       *********************** ********* *************** ****** **

consensus_3792#0      GATTTCTCCGTGCAGCCAGGCTAACTGCACAAGTCCTGCTCGTTCAACATTCGGTCTAGT 418
consensus_3792#1      GATT-CTCCG-GCAGCCAGGCTAAC-GCACAG--TCCGCTCGTTCAACAT-CGGTCTAGC 377
                      **** ***** ************** *****    * ************* ******** 

consensus_3792#0      GCTGTGCCATTTATCAGGTGCTCCGTTTTAGTAAACTCGAAACTGCTAAACTTCCGTATC 478
consensus_3792#1      GGCATTTC---------GGGCTCG--TTTAGTAA-CTCGAA--CGCTAA---CTCGTTCG 420
                      *   *  *         * ****   ******** ******   *****     ***   

consensus_3792#0      GGGCTGGTTGGTNCCATTGTGGCTGTGCTGGGTATATCGGTGGATCCTGTGTTGCACATG 538
consensus_3792#1      GCGGTGGTCATGGCCG--GTGGTTTC-----------CGGTGGATCCGGTGCCACAGGCA 467
                      * * ****     **   **** *             ********** ***   **    

consensus_3792#0      TGCAATCTGGCACAGGTCCTGCGCTCAGTTCTGTGCCGGTGTGTCTGAGGAAGAGGTATC 598
consensus_3792#1      T------CGGCACAGTCCGCTCGTTCGGCGGTGGTCTGGCGNAGGTTTCGCNTAGGTTCC 521
                      *       *******  *   ** ** *   **  * ** *    *   *   ****  *

consensus_3792#0      TACGGGTCGAGTATCCTGNGCCTTACTTAAATTTGGCGCACAAATGGCGGTACAGAGACT 658
consensus_3792#1      --GGACTCTAATGGCCAAAGCGTCGGCTAACT----CGTTCAGGTCGGAGAGCCGGNAGG 575
                         *  ** * *  **   ** *    *** *    **  **  * *  *  * *  *  

consensus_3792#0      TAAACTCCGGTNTACTGAGTAGGGAGTGCCCTGTGGCCTGTGTGGGTCATACTCTGTTCC 718
consensus_3792#1      TGGTTTAGGGCTCTCTAAGT--GAAGCGACC----------------------------- 604
                      *    *  **    ** ***  * ** * **                             

consensus_3792#0      ATTTCCCTTAACAGGTTGGAAAAGGCTAGAAAACACCCCCTGGATTCATACTACTTGGCG 778
consensus_3792#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3792#0      GAAGTTCCTTGGCTCAAACACTTTAAAACNGCAAAA 814
consensus_3792#1      ------------------------------------