cluster # 5100

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Anopheles gambiae
cluster # 5100 cluster # 5100 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_5100#0 length = 1143 sequences # 3

consensus_5100#1 length = 239 sequences # 1

consensusID : consensus_5100#0
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Sequences nbr = 3
consensus length = 1143
fasta sequence

                              [ACCGAGCTGCTGTGGCACCGGTACCGCCGCCAGCTGGTGGACGATTTCCGGCTGGTGCATGCGCCGCGCCATCTGCCCCACCCGAGCGACGTGCCGCTCGTGTGCCGCATCGAGGAGTGTGATGTGCAGCGGCACGACCACGACTGAGACCGCAGGTCGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTTGCTGGTGGCAAGACACAGCCGGTACAGCGGTGTACAGCTGTTGGCAAACAAAAATACTCCTACTTCTCCATCTACTCCTGCTACTACCGCTCCTATCGCCTAACAAACTCTAGCTGGTCTGTGGCGCCGACTGTTGCTGCGGCGCTGCGTACGGTTTCGGTTCGTTCAGCTCCTGCAGCTCGTTCAGCACTGAGTGGCTG-TTGATGGTG-CGCTC-AAATTGCT-CGAAGG---AAAT---GA--CTCCCCGCTGGCTGGTGTCTGCCTCCGCAAACAGCTGA-TTGCACT-CCGCAGGCGTAATAGACGCTAGATGCTTAACTGCCTGGTAAAGACCGTCGCTTCCGATCAGATCACGCTCCTCGCTGTACAGCTTAAACAGAAGCTTCATCAAGTCCAGCTTTGGTTTGCCCAAGGTGGACAGGAAGAGCGCTAGCAGCAAGTACTGCCTGAAGTCAATTACTCCTGCGCTGTCCTTATCCTTGTTGAAAATTTTGAACAAAATCCTCGTGGAATCATTATCCACCGAGACGTTCAAGCGTTCGGCAAATTCTTCCAGCGTGACGAATGCGTTCCNGTCCGTGAACGGTGCGTACTGCTCTACCAGCTCCTGGTCACGCTTGCCGTCAGCCAGTCCTAACCATCGGCGCATCTTCGCAATGTCATGGCTCCAGGCAAAGTAGGGCATCCCGATGGCGATCATGTAGTTCATCAGCTTGCAATCGTTGTACCCGTGCTCGGTCCCGGGAATGCCGAGCGACTGCGCAATGTAGTTCCGAACGTTCAGCGCGTACAGCTTCGCATCATTGCGCTCCTGCTCGTTCGGGTAGTACACCGGCAGGAAGTTAATCTCCAGCCCGGTGTGCAGGGCGGTCAGCGTACGCCAGAGCAGTACCGGTCTGCAAAAAGGATTAACGCAAAACTGTTGCAGAGCACTCGCAGCTGAGAGCGGACGCGTGGGCGG]

[+] EMBL BX624635             [ACCGAGCTGCTGTGGCACCGGTACCGCCGCCAGCTGGTGGACGATTTCCGGCTGGTGCATGCGCCGCGCCATCTGCCCCACCCGAGCGACGTGCCGCTCGTGTGCCGCATCGAGGAGTGTGATGTGCAGCGGCACGACCACGACTGAGACCGCAGGTCGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTTGCTGGTGGCAAGACACAGCCGGTACAGCGGTGTACAGCTGTTGGCAAACAAAAATACTCCTACTTCTCCATCTACTCCTGCTACTACCGCTCCTATCGCCTAACAAACTCTAGCTGGTCTGTGGCGCCGACTGTTGCTGCGGCGCTGCGTACGGTTTCGGTTCGTTCAGCTCCTGCAGCTCGTTCAGCACTGAGTGGCTG TTGATGGTG CGCTC AAATTGCT CGAAGG   AAAT   GA  CTCCCCGCTGGCTGGTGTCTGCCTCCGCAAACAGCTGA TTGCACT CCGCAGGCGTAATAGACGCTAGATGCTTAACTGCCTGGTAAAGACCGTCGCTTCCGATCAGATCACGCTCCTCGCTGTACAGCTTAAACAGAAGCTTCATCAAGTCCAGCTTTGGTTTGCCCAAGGTGGACAGGAAGAGCGCTAGCAGCAAGTACTGCCTGAAGTCAATTACTCCTGCGCTGTCCTTATCCTTGTTGAAAATTTTGAACAAAATCCTCGTGGAATCATTATCCACCGAGACGTTCAAGCGTTCGGCAAATTCTTCCAGCGTGACGAATGCGTTCCNGTCCGTGAACGGTGCGTACTGCTCTACCAGCTCCTGGTCACGCTTGCCGTCAGCCAGTCCTAACCATCGG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[-] EMBL AL692730             [                                                                                                                                                                                                                                                                                     CCGCTCCTATCGCCTAACAAACTCTAGCTGGTCTGTGGCGCCGACTGTTGCTGCGGCGCTGCGTACGGTTTCGGTTCGTTCAGCTCCTGCAGCTCGTTCAGCACTGAGTGGCTGTTTGATGGTGCCGCTCAAAATTGCTCCGAAGGGAAAAATTTGGAACCTCCCCGCTGGCTGGTGTCTGCCTCCGCAAACAGCTGATTTGCACTACCGCAG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[-] EMBL BM618889             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AAAGACCGTCGCTTCCGATCAGATCACGCTCCTCGCTGTACAGCTTAAACAGAAGCTTCATCAAGTCCAGCTTTGGTTTGCCCAAGGTGGACAGGAAGAGCGCTAGCAGCAAGTACTGCCTGAAGTCAATTACTCCTGCGCTGTCCTTATCCTTGTTGAAAATTTTGAACAAAATCCTCGTGGAATCATTATCCACCGAGACGTTCAAGCGTTCGGCAAATTCTTCCAGCGTGACGAATGCGTTCCGGTCCGTGAACGGTGCGTACTGCTCTACCAGCTCCTGTTCACGCTTGCCGTCAGCCAGTCCTAACCATCGGCGCATCTTCGCAATGTCATGGCTCCAGGCAAAGTAGGGCATCCCGATGGCGATCATGTAGTTCATCAGCTTGCAATCGTTGTACCCGTGCTCGGTCCCGGGAATGCCGAGCGACTGCGCAATGTAGTTCCGAACGTTCAGCGCGTACAGCTTCGCATCATTGCGCTCCTGCTCGTTCGGGTAGTACACCGGCAGGAAGTTAATCTCCAGCCCGGTGTGCAGGGCGGTCAGCGTACGCCAGAGCAGTACCGGTCTGCAAAAAGGATTAACGCAAAACTGTTGCAGAGCACTCGCAGCTGAGAGCGGACGCGTGGGCGG]




>consensus_5100#0
ACCGAGCTGCTGTGGCACCGGTACCGCCGCCAGCTGGTGGACGATTTCCGGCTGGTGCAT
GCGCCGCGCCATCTGCCCCACCCGAGCGACGTGCCGCTCGTGTGCCGCATCGAGGAGTGT
GATGTGCAGCGGCACGACCACGACTGAGACCGCAGGTCGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGG
TTGGTTGGTTTGCTGGTGGCAAGACACAGCCGGTACAGCGGTGTACAGCTGTTGGCAAAC
AAAAATACTCCTACTTCTCCATCTACTCCTGCTACTACCGCTCCTATCGCCTAACAAACT
CTAGCTGGTCTGTGGCGCCGACTGTTGCTGCGGCGCTGCGTACGGTTTCGGTTCGTTCAG
CTCCTGCAGCTCGTTCAGCACTGAGTGGCTGTTGATGGTGCGCTCAAATTGCTCGAAGGA
AATGACTCCCCGCTGGCTGGTGTCTGCCTCCGCAAACAGCTGATTGCACTCCGCAGGCGT
AATAGACGCTAGATGCTTAACTGCCTGGTAAAGACCGTCGCTTCCGATCAGATCACGCTC
CTCGCTGTACAGCTTAAACAGAAGCTTCATCAAGTCCAGCTTTGGTTTGCCCAAGGTGGA
CAGGAAGAGCGCTAGCAGCAAGTACTGCCTGAAGTCAATTACTCCTGCGCTGTCCTTATC
CTTGTTGAAAATTTTGAACAAAATCCTCGTGGAATCATTATCCACCGAGACGTTCAAGCG
TTCGGCAAATTCTTCCAGCGTGACGAATGCGTTCCNGTCCGTGAACGGTGCGTACTGCTC
TACCAGCTCCTGGTCACGCTTGCCGTCAGCCAGTCCTAACCATCGGCGCATCTTCGCAAT
GTCATGGCTCCAGGCAAAGTAGGGCATCCCGATGGCGATCATGTAGTTCATCAGCTTGCA
ATCGTTGTACCCGTGCTCGGTCCCGGGAATGCCGAGCGACTGCGCAATGTAGTTCCGAAC
GTTCAGCGCGTACAGCTTCGCATCATTGCGCTCCTGCTCGTTCGGGTAGTACACCGGCAG
GAAGTTAATCTCCAGCCCGGTGTGCAGGGCGGTCAGCGTACGCCAGAGCAGTACCGGTCT
GCAAAAAGGATTAACGCAAAACTGTTGCAGAGCACTCGCAGCTGAGAGCGGACGCGTGGG
CGG

consensusID : consensus_5100#1
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Sequences nbr = 1
consensus length = 239
fasta sequence

                              [TCTCGAGCAGCGGCAACCGTCCCGCGATCGGCTGTTTCGCTGGTTCCTCACCGAGCTGCTGTGGCACCGGTACCGCCGCCAGCTGGTGGACGATTTCCGGCTGGTGCATGCGCCGCGCAATCTGCCCCACCCGAGCGACGTGCCGCTCGTGTGCCGCATCGAGGAGTGTGATGTGCAGCGGCACGACCACGACTGAGACCGCAGGTCGGTTGGTTGGTTGGTTTTAACCTCGTGCCGAT]

[-] EMBL BX469335             [TCTCGAGCAGCGGCAACCGTCCCGCGATCGGCTGTTTCGCTGGTTCCTCACCGAGCTGCTGTGGCACCGGTACCGCCGCCAGCTGGTGGACGATTTCCGGCTGGTGCATGCGCCGCGCAATCTGCCCCACCCGAGCGACGTGCCGCTCGTGTGCCGCATCGAGGAGTGTGATGTGCAGCGGCACGACCACGACTGAGACCGCAGGTCGGTTGGTTGGTTGGTTTTAACCTCGTGCCGAT]




>consensus_5100#1
TCTCGAGCAGCGGCAACCGTCCCGCGATCGGCTGTTTCGCTGGTTCCTCACCGAGCTGCT
GTGGCACCGGTACCGCCGCCAGCTGGTGGACGATTTCCGGCTGGTGCATGCGCCGCGCAA
TCTGCCCCACCCGAGCGACGTGCCGCTCGTGTGCCGCATCGAGGAGTGTGATGTGCAGCG
GCACGACCACGACTGAGACCGCAGGTCGGTTGGTTGGTTGGTTTTAACCTCGTGCCGAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_5100#0      -------------------------------------------------ACCGAGCTGCT 11
consensus_5100#1      TCTCGAGCAGCGGCAACCGTCCCGCGATCGGCTGTTTCGCTGGTTCCTCACCGAGCTGCT 60
                                                                       ***********

consensus_5100#0      GTGGCACCGGTACCGCCGCCAGCTGGTGGACGATTTCCGGCTGGTGCATGCGCCGCGCCA 71
consensus_5100#1      GTGGCACCGGTACCGCCGCCAGCTGGTGGACGATTTCCGGCTGGTGCATGCGCCGCGCAA 120
                      ********************************************************** *

consensus_5100#0      TCTGCCCCACCCGAGCGACGTGCCGCTCGTGTGCCGCATCGAGGAGTGTGATGTGCAGCG 131
consensus_5100#1      TCTGCCCCACCCGAGCGACGTGCCGCTCGTGTGCCGCATCGAGGAGTGTGATGTGCAGCG 180
                      ************************************************************

consensus_5100#0      GCACGACCACGACTGAGACCGCAGGTCGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTT 191
consensus_5100#1      GCACGACCACGACTGAGACCGCAGGTCGGTTGGTTGGTTGGTT--TTAACC--TCG---T 233
                      *******************************************  **      * *   *

consensus_5100#0      GCTGGTGGCAAGACACAGCCGGTACAGCGGTGTACAGCTGTTGGCAAACAAAAATACTCC 251
consensus_5100#1      GCCGAT------------------------------------------------------ 239
                      ** * *                                                      

consensus_5100#0      TACTTCTCCATCTACTCCTGCTACTACCGCTCCTATCGCCTAACAAACTCTAGCTGGTCT 311
consensus_5100#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5100#0      GTGGCGCCGACTGTTGCTGCGGCGCTGCGTACGGTTTCGGTTCGTTCAGCTCCTGCAGCT 371
consensus_5100#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5100#0      CGTTCAGCACTGAGTGGCTGTTGATGGTGCGCTCAAATTGCTCGAAGGAAATGACTCCCC 431
consensus_5100#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5100#0      GCTGGCTGGTGTCTGCCTCCGCAAACAGCTGATTGCACTCCGCAGGCGTAATAGACGCTA 491
consensus_5100#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5100#0      GATGCTTAACTGCCTGGTAAAGACCGTCGCTTCCGATCAGATCACGCTCCTCGCTGTACA 551
consensus_5100#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5100#0      GCTTAAACAGAAGCTTCATCAAGTCCAGCTTTGGTTTGCCCAAGGTGGACAGGAAGAGCG 611
consensus_5100#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5100#0      CTAGCAGCAAGTACTGCCTGAAGTCAATTACTCCTGCGCTGTCCTTATCCTTGTTGAAAA 671
consensus_5100#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5100#0      TTTTGAACAAAATCCTCGTGGAATCATTATCCACCGAGACGTTCAAGCGTTCGGCAAATT 731
consensus_5100#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5100#0      CTTCCAGCGTGACGAATGCGTTCCNGTCCGTGAACGGTGCGTACTGCTCTACCAGCTCCT 791
consensus_5100#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5100#0      GGTCACGCTTGCCGTCAGCCAGTCCTAACCATCGGCGCATCTTCGCAATGTCATGGCTCC 851
consensus_5100#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5100#0      AGGCAAAGTAGGGCATCCCGATGGCGATCATGTAGTTCATCAGCTTGCAATCGTTGTACC 911
consensus_5100#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5100#0      CGTGCTCGGTCCCGGGAATGCCGAGCGACTGCGCAATGTAGTTCCGAACGTTCAGCGCGT 971
consensus_5100#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5100#0      ACAGCTTCGCATCATTGCGCTCCTGCTCGTTCGGGTAGTACACCGGCAGGAAGTTAATCT 1031
consensus_5100#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5100#0      CCAGCCCGGTGTGCAGGGCGGTCAGCGTACGCCAGAGCAGTACCGGTCTGCAAAAAGGAT 1091
consensus_5100#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5100#0      TAACGCAAAACTGTTGCAGAGCACTCGCAGCTGAGAGCGGACGCGTGGGCGG 1143
consensus_5100#1      ----------------------------------------------------