cluster # 5368

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Anopheles gambiae
cluster # 5368 cluster # 5368 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_5368#0 length = 803 sequences # 3

consensus_5368#1 length = 572 sequences # 1

consensusID : consensus_5368#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 803
fasta sequence

                              [CCGCGGACGCGTGGGTTTTATTTTATTTTTCCTCTGTTGGCAAAGGGCGGGCTATCTGTGTGCTTGTGTCCGTTTGTATGTTTCTCTCCGTGCATTTGTTTTGCTTTTTAAAATGTTCTAGCAGTTGTGCGTTGTGTCGGCTAGTACGTTTTACCTATCTGAGCTGTATAAAGTACGTGTATAAAGAATTATTCTTGTCAATGCACGCACACGCACACAAAAGCTGTTGGAGCATGTTTTGTGTTCCTGTACGAATATTTAATCCGCCTTTGTCGGAGTGTCGGAACCACTGATCAGATGCGTTACAAGTTTTGGAATTAGACATCCAAAGACGGCTTAAAAGAGCATCATTTTTGTTGGTTTGTTTGTTATAATTTATGGTCTATTTTGTTTTGGTTTGTTTACACATG-TTTTTTTGGTAAGGTTAAGATGTACGCAGCAAATTTCGACATGATGTAATCCTCAAAATAACTGATAACTTAGGGATGGAGGGATTAAGTAGCGTAAAAAAGATAAAATTGATTATCGTTAAGTGATAGGAGATCGATATTAATAACATGGTATTATTGCGCGGCGATCAAACCACCGTGTGAGAGGCCGGATCTATCGGTGCACTCACGGAACGACGAACGAATGCGCAATACATTCAGGATTGCGTGCGGTACCATTTTCATGAATGTGAAAGAGTGGTTGTTTTTGTGCGGTAATCTGTGACGGTATGAAATGCTTCTTGGAACTAGTTTTAACTAATATGTGTTATTTAATTCCGTCATTATTAATATCTATATGGAGTTTGTATGTAT]

[+] EMBL BM635163             [CCGCGGACGCGTGGGTTTTATTTTATTTTTCCTCTGTTGGCAAAGGGCGGGCTATCTGTGTGCTTGTGTCCGTTTGTATGTTTCTCTCCGTGCATTTGTTTTGCTTTTTAAAATGTTCTAGCAGTTGTGCGTTGTGTCGGCTAGTACGTTTTACCTATCTGAGCTGTATAAAGTACGTGTATAAAGAATTATTCTTGTCAATGCACGCACACGCACACAAAAGCTGTTGGAGCATGTTTTGTGTTCCTGTACGAATATTTAATCCGCCTTTGTCGGAGTGTCGGAACCACTGATCAGATGCGTTACAAGTTTTGGAATTAGACATCCAAAGACGGCTTAAAAGAGCATCATTTTTGTTGGTTTGTTTGTTATAATTTATGGTCTATTTTGTTTTGGTTTGTTTACACATGTTTTTTTTGGTAAGGTTAAGATGTACGCAGCAAATTTCGACATGATGTAATCCTCAAAATAACTGATAACTTAGGATTGGAGGGATTAAGTAGCGTAAAAAAGATAAAATTGATTATCGTTAAGTGATAGGAGATCGATATTAATAACATGGTATTATTGCGCGGCGATCAAACCACCGTGTGAGAGGCCGGATCTATCGGTGCACTCACGGAACGACGAACGAATG                                                                                                                                                                       ]
[+] EMBL BX627614             [                     TTTATTTTTCCTCTGTTGGCAAAGGGCGGGCTATCTGTGTGCTTGTGTCCGTTTGTATGTTTCTCTCCGTGCATTTGTTTTGCTTTTTAAAATGTTCTAGCAGTTGTGCGTTGTGTCGGCTAGTACGTTTTACCTATCTGAGCTGTATAAAGTACGTGTATAAAGAATTATTCTTGTCAATGCACGCACACGCACACAAAAGCTGTTGGAGCATGTTTTGTGTTCCTGTACGAATATTTAATCCGCCTTTGTCGGAGTGTCGGAACCACTGATCAGATGCGTTACAAGTTTTGGAATTAGACATCCAAAGACGGCTTAAAAGAGCATCATTTTTGTTGGTTTGTTTGTTATAATTTATGGTCTATTTTGTTTTGGTTTGTTTACACATG TTTTTTTGGTAAGGTTAAGATGTACGCAGCAAATTTCGACATGATGTAATCCTCAAAATAACTGATAACTTAGGGATGGAGGGATTAAGTAGCGTAAAAAAGATAAAATTGATTATCGTTAAGTGATAGGAGATCGATATTAATAACATGGTATTATTGCGCGGCGATCAAACCACCGTGTGAGANGCCGGATCTATCGGTGCACTCCCGGAACGACGAACGAATGCGCA                                                                                                                                                                   ]
[+] EMBL BX616775             [                                                                      CGTTTGTATGTTTCTCTCCGTGCATTTGTTTTGCTTTTTAAAATGTTCTAGCAGTTGTGCGTTGTGTCGGCTAGTACGTTTTACCTATCTGAGCTGTATAAAGTACGTGTATAAAGAATTATTCTTGTCAATGCACGCACACGCACACAAAAGCTGTTGGAGCATGTTTTGTGTTCCTGTACGAATATTTAATCCGCCTTTGTCGGAGTGTCGGAACCACTGATCAGATGCGTTACAAGTTTTGGAATTAGACATCCAAAGACGGCTTAAAAGAGCATCATTTTTGTTGGTTTGTTTGTTATAATTTATGGTCTATTTTGTTTTGGTTTGTTTACACATG TTTTTTTGGTAAGGTTAAGATGTACGCAGCAAATTTCGACATGATGTAATCCTCAAAATAACTGATAACTTAGGGATGGAGGGATTAAGTAGCGTAAAAAAGATAAAATTGATTATCGTTAAGTGATAGGAGATCGATATTAATAACATGGTATTATTGCGCGGCGATCAAACCACCGTGTGAGAGGCCGGATCTATCGGTGCACTCACGGAACGACGAACGAATGCGCAATACATTCAGGATTGCGTGCGGTACCATTTTCATGAATGTGAAAGAGTGGTTGTTTTTGTGCGGTAATCTGTGACGGTATGAAATGCTTCTTGGAACTAGTTTTAACTAATATGTGTTATTTAATTCCGTCATTATTAATATCTATATGGAGTTTGTATGTAT]




>consensus_5368#0
CCGCGGACGCGTGGGTTTTATTTTATTTTTCCTCTGTTGGCAAAGGGCGGGCTATCTGTG
TGCTTGTGTCCGTTTGTATGTTTCTCTCCGTGCATTTGTTTTGCTTTTTAAAATGTTCTA
GCAGTTGTGCGTTGTGTCGGCTAGTACGTTTTACCTATCTGAGCTGTATAAAGTACGTGT
ATAAAGAATTATTCTTGTCAATGCACGCACACGCACACAAAAGCTGTTGGAGCATGTTTT
GTGTTCCTGTACGAATATTTAATCCGCCTTTGTCGGAGTGTCGGAACCACTGATCAGATG
CGTTACAAGTTTTGGAATTAGACATCCAAAGACGGCTTAAAAGAGCATCATTTTTGTTGG
TTTGTTTGTTATAATTTATGGTCTATTTTGTTTTGGTTTGTTTACACATGTTTTTTTGGT
AAGGTTAAGATGTACGCAGCAAATTTCGACATGATGTAATCCTCAAAATAACTGATAACT
TAGGGATGGAGGGATTAAGTAGCGTAAAAAAGATAAAATTGATTATCGTTAAGTGATAGG
AGATCGATATTAATAACATGGTATTATTGCGCGGCGATCAAACCACCGTGTGAGAGGCCG
GATCTATCGGTGCACTCACGGAACGACGAACGAATGCGCAATACATTCAGGATTGCGTGC
GGTACCATTTTCATGAATGTGAAAGAGTGGTTGTTTTTGTGCGGTAATCTGTGACGGTAT
GAAATGCTTCTTGGAACTAGTTTTAACTAATATGTGTTATTTAATTCCGTCATTATTAAT
ATCTATATGGAGTTTGTATGTAT

consensusID : consensus_5368#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 572
fasta sequence

                              [AGAATCCCCGAGGTTAGATCGATGTACGTTTTCTAATGAAATGCGATAAACATGTATGAATGGCGCTCTTAAATTAACAAAAGTTACCTATTTTTATTTTATTTTTCCTCTGTGGCAAAGGGCGGGCTATCTGTGTGCTTGTGTCCGTTTGTATGTTTCTCTCCGTGCATTTGTTTTGCTTTTTAAAATGTTCTAGCAGTTGTGCGTTGTGTCGGCTAGTACGTTTTACCTATCTGAGCTGTATAAAGTACGTGTATAAAGAATTATTCTTGTCAATGCACGCACACGCACACAAAAGCTGTTGGAGCATGTTTTGTGTTCCTGTACGAATATTTAATCCGCCTTTGTCGGAGTGTCGGAACCACTGATCAGATGCGTTACAAGTTTTGGAATTAGACATCCAAAGACGGCTTAAAAGAGCATCATTTTTGTTGGTTTGTTTGTTATAATTTATGGTCTATTTTGTTTTGGTTTGTTTACACATGTTCTCTTTTGGTAAGGTTCAAGCATGTACGCAGCAAATTTCGACATGCATGTAATCCTCAACAACTANCTGCATAACTTAGGGCATG]

[+] EMBL AL932026             [AGAATCCCCGAGGTTAGATCGATGTACGTTTTCTAATGAAATGCGATAAACATGTATGAATGGCGCTCTTAAATTAACAAAAGTTACCTATTTTTATTTTATTTTTCCTCTGTGGCAAAGGGCGGGCTATCTGTGTGCTTGTGTCCGTTTGTATGTTTCTCTCCGTGCATTTGTTTTGCTTTTTAAAATGTTCTAGCAGTTGTGCGTTGTGTCGGCTAGTACGTTTTACCTATCTGAGCTGTATAAAGTACGTGTATAAAGAATTATTCTTGTCAATGCACGCACACGCACACAAAAGCTGTTGGAGCATGTTTTGTGTTCCTGTACGAATATTTAATCCGCCTTTGTCGGAGTGTCGGAACCACTGATCAGATGCGTTACAAGTTTTGGAATTAGACATCCAAAGACGGCTTAAAAGAGCATCATTTTTGTTGGTTTGTTTGTTATAATTTATGGTCTATTTTGTTTTGGTTTGTTTACACATGTTCTCTTTTGGTAAGGTTCAAGCATGTACGCAGCAAATTTCGACATGCATGTAATCCTCAACAACTANCTGCATAACTTAGGGCATG]




>consensus_5368#1
AGAATCCCCGAGGTTAGATCGATGTACGTTTTCTAATGAAATGCGATAAACATGTATGAA
TGGCGCTCTTAAATTAACAAAAGTTACCTATTTTTATTTTATTTTTCCTCTGTGGCAAAG
GGCGGGCTATCTGTGTGCTTGTGTCCGTTTGTATGTTTCTCTCCGTGCATTTGTTTTGCT
TTTTAAAATGTTCTAGCAGTTGTGCGTTGTGTCGGCTAGTACGTTTTACCTATCTGAGCT
GTATAAAGTACGTGTATAAAGAATTATTCTTGTCAATGCACGCACACGCACACAAAAGCT
GTTGGAGCATGTTTTGTGTTCCTGTACGAATATTTAATCCGCCTTTGTCGGAGTGTCGGA
ACCACTGATCAGATGCGTTACAAGTTTTGGAATTAGACATCCAAAGACGGCTTAAAAGAG
CATCATTTTTGTTGGTTTGTTTGTTATAATTTATGGTCTATTTTGTTTTGGTTTGTTTAC
ACATGTTCTCTTTTGGTAAGGTTCAAGCATGTACGCAGCAAATTTCGACATGCATGTAAT
CCTCAACAACTANCTGCATAACTTAGGGCATG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_5368#0      ------------------------------------------------------------
consensus_5368#1      AGAATCCCCGAGGTTAGATCGATGTACGTTTTCTAATGAAATGCGATAAACATGTATGAA 60
                                                                                  

consensus_5368#0      -----------------CCGCGGACGCGTGGGTTTTATTTTATTTTTCCTCTGTTGGCAA 43
consensus_5368#1      TGGCGCTCTTAAATTAACAAAAGTTACCTAT-TTTTATTTTATTTTTCCTCTGT-GGCAA 118
                                       *    *   * *   ********************** *****

consensus_5368#0      AGGGCGGGCTATCTGTGTGCTTGTGTCCGTTTGTATGTTTCTCTCCGTGCATTTGTTTTG 103
consensus_5368#1      AGGGCGGGCTATCTGTGTGCTTGTGTCCGTTTGTATGTTTCTCTCCGTGCATTTGTTTTG 178
                      ************************************************************

consensus_5368#0      CTTTTTAAAATGTTCTAGCAGTTGTGCGTTGTGTCGGCTAGTACGTTTTACCTATCTGAG 163
consensus_5368#1      CTTTTTAAAATGTTCTAGCAGTTGTGCGTTGTGTCGGCTAGTACGTTTTACCTATCTGAG 238
                      ************************************************************

consensus_5368#0      CTGTATAAAGTACGTGTATAAAGAATTATTCTTGTCAATGCACGCACACGCACACAAAAG 223
consensus_5368#1      CTGTATAAAGTACGTGTATAAAGAATTATTCTTGTCAATGCACGCACACGCACACAAAAG 298
                      ************************************************************

consensus_5368#0      CTGTTGGAGCATGTTTTGTGTTCCTGTACGAATATTTAATCCGCCTTTGTCGGAGTGTCG 283
consensus_5368#1      CTGTTGGAGCATGTTTTGTGTTCCTGTACGAATATTTAATCCGCCTTTGTCGGAGTGTCG 358
                      ************************************************************

consensus_5368#0      GAACCACTGATCAGATGCGTTACAAGTTTTGGAATTAGACATCCAAAGACGGCTTAAAAG 343
consensus_5368#1      GAACCACTGATCAGATGCGTTACAAGTTTTGGAATTAGACATCCAAAGACGGCTTAAAAG 418
                      ************************************************************

consensus_5368#0      AGCATCATTTTTGTTGGTTTGTTTGTTATAATTTATGGTCTATTTTGTTTTGGTTTGTTT 403
consensus_5368#1      AGCATCATTTTTGTTGGTTTGTTTGTTATAATTTATGGTCTATTTTGTTTTGGTTTGTTT 478
                      ************************************************************

consensus_5368#0      ACACATGTTTT--TTTGGTAAGGTTAAG--ATGTACGCAGCAAATTTCGACATG-ATGTA 458
consensus_5368#1      ACACATGTTCTCTTTTGGTAAGGTTCAAGCATGTACGCAGCAAATTTCGACATGCATGTA 538
                      ********* *  ************ *   ************************ *****

consensus_5368#0      ATCCTCAAAA--TAACTG-ATAACTTAGGG-ATGGAGGGATTAAGTAGCGTAAAAAAGAT 514
consensus_5368#1      ATCCTCAACAACTANCTGCATAACTTAGGGCATG-------------------------- 572
                      ******** *  ** *** *********** ***                          

consensus_5368#0      AAAATTGATTATCGTTAAGTGATAGGAGATCGATATTAATAACATGGTATTATTGCGCGG 574
consensus_5368#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5368#0      CGATCAAACCACCGTGTGAGAGGCCGGATCTATCGGTGCACTCACGGAACGACGAACGAA 634
consensus_5368#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5368#0      TGCGCAATACATTCAGGATTGCGTGCGGTACCATTTTCATGAATGTGAAAGAGTGGTTGT 694
consensus_5368#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5368#0      TTTTGTGCGGTAATCTGTGACGGTATGAAATGCTTCTTGGAACTAGTTTTAACTAATATG 754
consensus_5368#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5368#0      TGTTATTTAATTCCGTCATTATTAATATCTATATGGAGTTTGTATGTAT 803
consensus_5368#1      -------------------------------------------------