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Anopheles gambiae
cluster # 6239 cluster # 6239       Sequences # 5       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_6239#0 length = 1132 sequences # 4  
consensus_6239#1 length = 691 sequences # 1  

consensusID : consensus_6239#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 1132
fasta sequence
                              [ACGTTTCTTTGGAATTGGTAAACTTTGTAGTTTGTAGCCTGTTTTATTCATGTCAATAAGTGCAAGCAACTAGAACGCAAAACGCTTCAGAGTTTATAAACACAGCTCTTGCAGCTGGCCGAAAATTGCCTCTAACCCATTAAACCCGGGCACGAATTTGCCACTAGGGTCACTTATCCTGCTGGTTCTATGCATAAACTCTACGGTCTATTCACTATGTTAACCTCAACCTTAAACCTTCAAGAAATACCACCCCAGAAATGCAATCACTCGCGTAGAGCCGAATCACCCGAATAAGAAACTATCGGAACGTGCTGTCAAAGCCGCCCAATGGTGGTGAAGTAGAACATTCGAATCGTAATTCTATAAAGAATAAATTTTAATCACAAAACGAAACTTATATAACACTTAAATAGTATCGTATCTCACGCCAATTTCCCAATTTTGCAGCAGTTACAATTCGATTTGCTTACGACATACTTCTTCCAAACAGTTTGGCTTTCTTTCCGAAGTTTCGTACACTAAGTGCATACGTGAATTCCAGATGTCAAAGGTAAGGAAGTCTGAACTATGGTATATACTAGGGTGTAATTTGCTTTTTTCTGTTTCGTCTAACACCACCACACCAAGTGCTATAATGGTGTATTGCGCGTGTAAACTAGTTTAGTCTATATGAATCACTAATTGCTTTTTGAATGATTTAATCTTCTTTGCTTCAACCGATTTCTTCCTAGTTTTGGCTTCACAACTATATGCACAATCAAACTTCGCCATGTCGAGTCCTTTCCCACTATTTTCGGTGTTTGGCTCGATGCTTTGCTACGGTTTATAACCTTTAACATTCTCCAACATTAGGACATAAACCCAGAACAGAACGAACGAAACTGAACCATGGATGTAATAAGAACCTGGTGAGCAACAGCAATAAGCCAGCAGAACTTAAAATTGCGTACCTATAGTACTGATACGTAGCCTTACGAAACCCATGCTAATGTTAAGGCTTTCTTTTATACTTAATCATGCGTCTCCAAAAAATCGTCCGATAACATAAACCGTTGCTTAAATAAATATAAATATCGAAACAAATCTTTGCTGCTTACGTAAGCACCGAGCGTATCTTTAACCCACCCAT]

[-] EMBL BM608237             [ACGTTTCTTTGGAATTGGTAAACTTTGTAGTTTGTAGCCTGTTTTATTCATGTCAATAAGTGCAAGCAACTGGAACGCAAAACGCTTCAGAGTTTATAAACACAGCTCTTGCAGCTGGCCCAAAATTGCCTCTAACCCATTAAACCCGGGCACGAATTTGCCACTAGGGTCACTTATCCTGCTGGTTCTATGCATAAACTCTACGGTCTATTCACTATGTTAACCTCAACCTTAAACCTTCAAGAAATACCACCCCAGAAATGCAATCACTCGCGTAGAGCCGAATCACCCGAATAAGAAACTATCGGAACGTGCTGTCAAAGCCGCCCAATGGTGGTGAAGTAGAACATTCGAATCGTAATTCTATAAAGAATAAATTTTAATCACAAAACGAAACTTATATAACACTTAAATAGTATCGTATCTCACGCCAATTTCCCAATTTTGCAGCAGTTACAATTCGATTTGCTTACGACATACTTCTTCCAAACAGTTTGGCTTTCTTTCCGcgg                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[-] EMBL BX615480             [                GGTAAACTTTGTAGTTTGTAGCCTGTTTTATTCATGTCAATAAGTGCAAGCAACTAGAACGCAAAACGCTTCAGAGTTTATAAACACAGCTCTTGCAGCTGGCCGAAAATTGCCTCTAACCCATTAAACCCGGGCACGAATTTGCCACTAGGGTCACTTATCCTGCTGGTTCTATGCATAAACTCTACGGTCTATTCACTATGTTAACCTCAACCTTAAACCTTCAAGAAATACCATCCCAGAAATGCAATCACTCGCGTAGAGCCGAATCACCCGAATAAGAAACTATCGGAACGTGCTGTCAAAGCCGCCCAATGGTGGTGAAGTAGAACATTCGAATCGTAATTCTATAAAGAATAAACTTTAATCACAAAACGAAACTTATATAACACTTAAATAGTATCGTATCTCACGCCAATTTCCCAATTTTGCAGCAGTTACAATTCGATTTGCTTACGACATACTTCTTCCAAACAGTTTGGCTTTCTTTCCGAAGTTTCGTACACTAAGTGCATACGTGTATTCCAGATGTCAAAGGTAAGGAAGTCTGAACTATGGTATATACTAGGGTGTAATTTGCTTTTTTCTGTTTCGCCTAACACCACCACACCAAGTGCTATAATGGTGTATTGCGCGTGTAAACTAGTATAGTCTATATGAATCACTAATTGCTTTTTGAATGATTTAATCTTCTTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ]
[+] EMBL CNS08H6L             [                            AGTTTGTAGCCTGTTTTATTCATGTCAATAAGTGCAAGCAACTAGAACGCAAAACGCTTCAGAGTTTATAAACACAGCTCTTGCAGCTGGCCAAAAATTGCCTCTAACCCATTAAACCCGGGCAAGAATTTGCCACTAGGGTCACTTATCCTGCTGGTTCTATGCATAAACTCTACGGTCTATTCACTATGTTAACCTCAACCTTAAACCTTCAAGAAATACCACCCCAGAAATGCAATCACTCGCGTAGAGCCGAATCACCCGAATAAGAAACTATCGGAACGTGCTGTCAAAGCCGCCCAATGGTGGTGAAGTAGAACATTCGAATCGTAATTCTATAAAGAATAAATTTTAATCACAAAACGAAACTTATATAACACTTAAATAGTATCGTATCTCACGCCAATTTCCCAATTTTGCAGCAGTTACAATTCGATTTGCTTACGACATATTTCTTCCAAACAGTTTGGCTTTCTTTCCGAAGTTTCGTACACTAAGTGCATACGTGAATCCCAGATGTCAAAGGTAAGGAAGTCTGAACTATGGTATATACTAGGGTGTAATTTGCTTTTTTCTGTTTCGTCTAACACCACCACACCAAGTGCTATAATGGTGTATTGCGCGTTTAAACTAGTTTAGTCTATATGAATCACTAATTGCTTTTTGAATGATTTAATCTTCTTTGCTTCAACCGATTTCTTCCTAGTTTTGGCTTCACAACTATATGCACAATCAAACTTCGCCATGTCGAGTCCTTTCCCACTATTTTCGGTGTTTGGCTCGATGCTTTGCTACGGTTTATAACCTTTAACATTCTCCAACATTAGGACATAAACCCAGAACAGAACGAACGAAACTGAACCATGGATGTAATAAGAACCTGGTGAGCAACAGCAATAAGCCAGCAGAACTTAAAATTGCGTACCTATAGTACTGATACGTAGCCTTACGAAACCCATGCTAATGTTAAGGCTTTCTTTTA                                                                                                                          ]
[-] EMBL CNS08H6K             [                                                                                                                                                                 CACTAGGGTAACTTATCCTGCTGGTTCTATGCATAAACTCTACGGTCTATTCACTATGTTAACCTCAACCTTAAACCTTCAAGAAATACCACCCCAGAAATGCAATAACTCGCGTAGAGCCGAATCACCCGAATAAGAAACTATCGGAACGTGCTGTCAAAGCCGCCCAATGGTGGTGAAGTAGAACATTCGAATCGTAATTCTATAAAGAATAAATTTTAATCACAAAACGAAACTTATATAACACTTAAATAGTATCGTATCTCACGCCAATTTCCCAATTTTGCAGCAGTTACAATTCGATTTGCTTACGACATACTTCTTCCAAACAGTTTGGCTTTCTTTCCGAAGTTTCGTACACTAAGTGCATACGTGAATTCCAGATGTCAAAGGTAAGGAAGTCTGAACTATGGTATATACTAGGGTGTAATTTGCTTTTTTCTGTTTCGTCTAACACCACCACACCAAGTGCTATAATGGTGTATTGCGCGTGTAAACTAGTTTAGTCTATATGAATCACTAATTGCTTTTTGAATGATTTAATCTTCTTTGCTTCAACCGATTTCTTCCTAGTTTTGGCTTCACAACTATATGCACAATCAAACTTCGCCATGTCGAGTCCTTTCCCACTATTTTCGGTGTTTGGCTCGATGCTTTGCTACGGTTTATAACCTTTAACATTCTCCAACATTAGGACATAAACCCAGAACAGAACGAACGAAACTGAACCATGGATGTAATAAGAACCTGGTGAGCAACAGCAATAAGCCAGCAGAACTTAAAATTGCGTACCTATAGTACTGATACGTAGCCTTACGAAACCCATGCTAATGTTAAGGCTTTCTTTTATACTTAATCATGCGTCTCCAAAAAATCGTCCGATAACATAAACCGTTGCTTAAATAAATATAAATATCGAAACAAATCTTTGCTGCTTACGTAAGCACCGAGCGTATCTTTAACCCACCCAT]


>consensus_6239#0 ACGTTTCTTTGGAATTGGTAAACTTTGTAGTTTGTAGCCTGTTTTATTCATGTCAATAAG TGCAAGCAACTAGAACGCAAAACGCTTCAGAGTTTATAAACACAGCTCTTGCAGCTGGCC GAAAATTGCCTCTAACCCATTAAACCCGGGCACGAATTTGCCACTAGGGTCACTTATCCT GCTGGTTCTATGCATAAACTCTACGGTCTATTCACTATGTTAACCTCAACCTTAAACCTT CAAGAAATACCACCCCAGAAATGCAATCACTCGCGTAGAGCCGAATCACCCGAATAAGAA ACTATCGGAACGTGCTGTCAAAGCCGCCCAATGGTGGTGAAGTAGAACATTCGAATCGTA ATTCTATAAAGAATAAATTTTAATCACAAAACGAAACTTATATAACACTTAAATAGTATC GTATCTCACGCCAATTTCCCAATTTTGCAGCAGTTACAATTCGATTTGCTTACGACATAC TTCTTCCAAACAGTTTGGCTTTCTTTCCGAAGTTTCGTACACTAAGTGCATACGTGAATT CCAGATGTCAAAGGTAAGGAAGTCTGAACTATGGTATATACTAGGGTGTAATTTGCTTTT TTCTGTTTCGTCTAACACCACCACACCAAGTGCTATAATGGTGTATTGCGCGTGTAAACT AGTTTAGTCTATATGAATCACTAATTGCTTTTTGAATGATTTAATCTTCTTTGCTTCAAC CGATTTCTTCCTAGTTTTGGCTTCACAACTATATGCACAATCAAACTTCGCCATGTCGAG TCCTTTCCCACTATTTTCGGTGTTTGGCTCGATGCTTTGCTACGGTTTATAACCTTTAAC ATTCTCCAACATTAGGACATAAACCCAGAACAGAACGAACGAAACTGAACCATGGATGTA ATAAGAACCTGGTGAGCAACAGCAATAAGCCAGCAGAACTTAAAATTGCGTACCTATAGT ACTGATACGTAGCCTTACGAAACCCATGCTAATGTTAAGGCTTTCTTTTATACTTAATCA TGCGTCTCCAAAAAATCGTCCGATAACATAAACCGTTGCTTAAATAAATATAAATATCGA AACAAATCTTTGCTGCTTACGTAAGCACCGAGCGTATCTTTAACCCACCCAT



consensusID : consensus_6239#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 691
fasta sequence
                              [CACTTAAATAGTATCGTATCTCACGCCAATTTCCCAATTTTGCAGCAGTTACAATTCGATTTGCTTACGACATACTTCTTCCAAATAGTTTGGCTTTCTTTCCGAAGTTTCGTACACTAAGTGCATACGTGAATTCCAGATGTCAAAGGTAAGGAAGTCTGAACTATGGTATATACTAGGGTGTAATTTGCTTTTTTCTGTTTCGTCTAACACCACCACACCAAGTGCTATAATGGTGTATTGCGCGTGTAAACTAGTTTAGTCTATATGAATCACTAATTGCTTTTTGAATGATTTAATCTTCTTTGCTTCAACCGATTTCTTCCTAGTTTTGGCTTCACAACTATATGCACAATCAAACTTCGCCATGTCGAGTCCTTTCCCACTATTTTCGGTGTTTGGCTCGATGCTTTGCTACGGTTTATAACCTTTAACATTCTCCAACATTAGGACATAAACCCAGAACAGAACGAACGAAACTGAACCATGGATGTAATAAGAACCTGGTGAGCAACAGCAATAAGCCAGCAGAACTTAAAATTGCGTACCTATAGTACTGATACGTAGCCTTACGAAACCCATGCTAATGTTAAGGCTTTCTTTTATACTTAATCATGCGTCTCCAAAAAATCGTCCGATAACATAAACCGTTGCTTAAATAAATATAAATATCCCTCGTGCGCGATTCTTG]

[-] EMBL BX467420             [CACTTAAATAGTATCGTATCTCACGCCAATTTCCCAATTTTGCAGCAGTTACAATTCGATTTGCTTACGACATACTTCTTCCAAATAGTTTGGCTTTCTTTCCGAAGTTTCGTACACTAAGTGCATACGTGAATTCCAGATGTCAAAGGTAAGGAAGTCTGAACTATGGTATATACTAGGGTGTAATTTGCTTTTTTCTGTTTCGTCTAACACCACCACACCAAGTGCTATAATGGTGTATTGCGCGTGTAAACTAGTTTAGTCTATATGAATCACTAATTGCTTTTTGAATGATTTAATCTTCTTTGCTTCAACCGATTTCTTCCTAGTTTTGGCTTCACAACTATATGCACAATCAAACTTCGCCATGTCGAGTCCTTTCCCACTATTTTCGGTGTTTGGCTCGATGCTTTGCTACGGTTTATAACCTTTAACATTCTCCAACATTAGGACATAAACCCAGAACAGAACGAACGAAACTGAACCATGGATGTAATAAGAACCTGGTGAGCAACAGCAATAAGCCAGCAGAACTTAAAATTGCGTACCTATAGTACTGATACGTAGCCTTACGAAACCCATGCTAATGTTAAGGCTTTCTTTTATACTTAATCATGCGTCTCCAAAAAATCGTCCGATAACATAAACCGTTGCTTAAATAAATATAAATATCCCTCGTGCGCGATTCTTG]


>consensus_6239#1 CACTTAAATAGTATCGTATCTCACGCCAATTTCCCAATTTTGCAGCAGTTACAATTCGAT TTGCTTACGACATACTTCTTCCAAATAGTTTGGCTTTCTTTCCGAAGTTTCGTACACTAA GTGCATACGTGAATTCCAGATGTCAAAGGTAAGGAAGTCTGAACTATGGTATATACTAGG GTGTAATTTGCTTTTTTCTGTTTCGTCTAACACCACCACACCAAGTGCTATAATGGTGTA TTGCGCGTGTAAACTAGTTTAGTCTATATGAATCACTAATTGCTTTTTGAATGATTTAAT CTTCTTTGCTTCAACCGATTTCTTCCTAGTTTTGGCTTCACAACTATATGCACAATCAAA CTTCGCCATGTCGAGTCCTTTCCCACTATTTTCGGTGTTTGGCTCGATGCTTTGCTACGG TTTATAACCTTTAACATTCTCCAACATTAGGACATAAACCCAGAACAGAACGAACGAAAC TGAACCATGGATGTAATAAGAACCTGGTGAGCAACAGCAATAAGCCAGCAGAACTTAAAA TTGCGTACCTATAGTACTGATACGTAGCCTTACGAAACCCATGCTAATGTTAAGGCTTTC TTTTATACTTAATCATGCGTCTCCAAAAAATCGTCCGATAACATAAACCGTTGCTTAAAT AAATATAAATATCCCTCGTGCGCGATTCTTG



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6239#0      ACGTTTCTTTGGAATTGGTAAACTTTGTAGTTTGTAGCCTGTTTTATTCATGTCAATAAG 60
consensus_6239#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6239#0      TGCAAGCAACTAGAACGCAAAACGCTTCAGAGTTTATAAACACAGCTCTTGCAGCTGGCC 120
consensus_6239#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6239#0      GAAAATTGCCTCTAACCCATTAAACCCGGGCACGAATTTGCCACTAGGGTCACTTATCCT 180
consensus_6239#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6239#0      GCTGGTTCTATGCATAAACTCTACGGTCTATTCACTATGTTAACCTCAACCTTAAACCTT 240
consensus_6239#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6239#0      CAAGAAATACCACCCCAGAAATGCAATCACTCGCGTAGAGCCGAATCACCCGAATAAGAA 300
consensus_6239#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6239#0      ACTATCGGAACGTGCTGTCAAAGCCGCCCAATGGTGGTGAAGTAGAACATTCGAATCGTA 360
consensus_6239#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6239#0      ATTCTATAAAGAATAAATTTTAATCACAAAACGAAACTTATATAACACTTAAATAGTATC 420
consensus_6239#1      ---------------------------------------------CACTTAAATAGTATC 15
                                                                   ***************

consensus_6239#0      GTATCTCACGCCAATTTCCCAATTTTGCAGCAGTTACAATTCGATTTGCTTACGACATAC 480
consensus_6239#1      GTATCTCACGCCAATTTCCCAATTTTGCAGCAGTTACAATTCGATTTGCTTACGACATAC 75
                      ************************************************************

consensus_6239#0      TTCTTCCAAACAGTTTGGCTTTCTTTCCGAAGTTTCGTACACTAAGTGCATACGTGAATT 540
consensus_6239#1      TTCTTCCAAATAGTTTGGCTTTCTTTCCGAAGTTTCGTACACTAAGTGCATACGTGAATT 135
                      ********** *************************************************

consensus_6239#0      CCAGATGTCAAAGGTAAGGAAGTCTGAACTATGGTATATACTAGGGTGTAATTTGCTTTT 600
consensus_6239#1      CCAGATGTCAAAGGTAAGGAAGTCTGAACTATGGTATATACTAGGGTGTAATTTGCTTTT 195
                      ************************************************************

consensus_6239#0      TTCTGTTTCGTCTAACACCACCACACCAAGTGCTATAATGGTGTATTGCGCGTGTAAACT 660
consensus_6239#1      TTCTGTTTCGTCTAACACCACCACACCAAGTGCTATAATGGTGTATTGCGCGTGTAAACT 255
                      ************************************************************

consensus_6239#0      AGTTTAGTCTATATGAATCACTAATTGCTTTTTGAATGATTTAATCTTCTTTGCTTCAAC 720
consensus_6239#1      AGTTTAGTCTATATGAATCACTAATTGCTTTTTGAATGATTTAATCTTCTTTGCTTCAAC 315
                      ************************************************************

consensus_6239#0      CGATTTCTTCCTAGTTTTGGCTTCACAACTATATGCACAATCAAACTTCGCCATGTCGAG 780
consensus_6239#1      CGATTTCTTCCTAGTTTTGGCTTCACAACTATATGCACAATCAAACTTCGCCATGTCGAG 375
                      ************************************************************

consensus_6239#0      TCCTTTCCCACTATTTTCGGTGTTTGGCTCGATGCTTTGCTACGGTTTATAACCTTTAAC 840
consensus_6239#1      TCCTTTCCCACTATTTTCGGTGTTTGGCTCGATGCTTTGCTACGGTTTATAACCTTTAAC 435
                      ************************************************************

consensus_6239#0      ATTCTCCAACATTAGGACATAAACCCAGAACAGAACGAACGAAACTGAACCATGGATGTA 900
consensus_6239#1      ATTCTCCAACATTAGGACATAAACCCAGAACAGAACGAACGAAACTGAACCATGGATGTA 495
                      ************************************************************

consensus_6239#0      ATAAGAACCTGGTGAGCAACAGCAATAAGCCAGCAGAACTTAAAATTGCGTACCTATAGT 960
consensus_6239#1      ATAAGAACCTGGTGAGCAACAGCAATAAGCCAGCAGAACTTAAAATTGCGTACCTATAGT 555
                      ************************************************************

consensus_6239#0      ACTGATACGTAGCCTTACGAAACCCATGCTAATGTTAAGGCTTTCTTTTATACTTAATCA 1020
consensus_6239#1      ACTGATACGTAGCCTTACGAAACCCATGCTAATGTTAAGGCTTTCTTTTATACTTAATCA 615
                      ************************************************************

consensus_6239#0      TGCGTCTCCAAAAAATCGTCCGATAACATAAACCGTTGCTTAAATAAATATAAATATCGA 1080
consensus_6239#1      TGCGTCTCCAAAAAATCGTCCGATAACATAAACCGTTGCTTAAATAAATATAAATATCC- 674
                      **********************************************************  

consensus_6239#0      AACAAATCTTTGCTGCTTACGTAAGCACCGAGCGTATCTTTAACCCACCCAT 1132
consensus_6239#1      --CTCGTGCGCGATTCTTG--------------------------------- 691
                        *   *    * * ***                                  




Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)