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consensusID : consensus_8091#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 5 consensus length = 1269 fasta sequence
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[+] EMBL CNS09KW6 [ tCCAAATTCGCGTGTATGTCGGTAAGTGTACTCTTCTTCTCCCTGGCTCTGTGGCTCTTTGCGTATTTACTTGGTAATACTTCCGCTTCCTATGCAACAACTAGGAACCCGCGTCGACGGCGGCTTCGTGCCACAATTTCTCAGTGTTCTTACGCTATACACACCCACACACCCTTCACATATCTCTTTCTACGCCTTTTCGCCATAAGTCTGACAATTGATTATTTTGTATATCCTAATATGCTAAAGTGTGTTTGTTTTTTTTTTGTATCGTTATCGGGGTTTTTTTTAATTCGTGTCGGAGCCCTGTGCTCAAATTCCTTTAGTTGATGTGTGGCAGCTTACACTGACTGCCCTCCTGGGCCTTACCATAAAGTATATGATACGTGGATTCTTCGCAATGCGAATCTTCCTCCTTTTGTTCCCCCCTGTCTCTTCCGTTTGTTGGTTTGTAGTTTAAATATGTTTCCAAGTTTCGTTACTTTCTTCGCGTGCATTATCCTAATGTACAATTTGAAGAAGAGCGAGTACAAACGAGCGTCAAATAGCGTACACCTTGAGAGTAGCGAATTAAAATAAATCTTGAATTGTGTTGTACCACGTGCTTTTGTCTGGATATTTTGAAAGCGTTCTTCTTCCACTGCAAGGAAAAGAGCTTATTCCTTTTAATGCAAAAAAGAACTAACGAAAACAAGGTTTGATGTATAAATTACAGGATATCAAATAAAGCATGTAAAAAAATCCAAACTTATCTGTGAATACGGCCAGCTATTGAGATTAATTGTACCATTCTTTACACTGTGCATTCCCCTGCCTGCGGCCGTTTCTAATGTAATTCTAATTGGTTTTTGCTTTCTAACTGGTTTTGTAGTGTCTTCACCTTCTCTAATGAGTTAGTTTGTTGCTGTTTGTGTCGCGATTTGTGGGATTTT ]
[+] EMBL CNS09C73 [ GTGTATGTCGGT AGTGTA TCTTCTTCT CCTGGCTCTGTGGCTCTTTGCGTATTTACTTGGTAATACTTCCGCTTCCTATGCAACAACTAGGAACCCGCGTCGACGGCGGCTTCGTGCCACAATTTCTCAGTGTTCTTACGCTATACACACCCACACACCCTTCACATATCTCTTTCTACGCCTTTTCGCCATAAGTCTGACAATTGATTATATTGTATATCCTAATATGCTAAAGTGTGTTTGTATTTATTTTGTATCGTTAT ]
[-] EMBL CNS09KW5 [ CGAATCTTCCTCCTTTTGTTCCCCCCTGTGTCTTCCGTTTGTTGGTTTGTAGTTTAAATATGTTTCCAAGTTTCGTTACTTTCTTCGCGTGCATTATCCTAATGTACAATTTGAAGAAGAGCGAGTACAAACGAGCGTCAAATAGCGTACACCTTGAGAGTAGCGAATTAAAATAAATCTTGAATTGTGTTGTACCACGTGCTTTTGTCTGGATATTTTGAAAGCGTTCTTCTTCCACTGCAAGGAAAAGAGCTTATTCCTTTTAATGCAAAAAAGAACTAACGAAAACAAGGTTTGATGTATAAATTACAGGATATCAAATAAAGCATGTAAAAAAATCCAAACTTATCTGTGAATACGGCCAGCTATTGAGATTAATTGTACCATTCTTTACACTGTGCATTCCCCT CTGCGGCCGTTTCTAATGTAATTCTAATTGGTTTTTGCTTTCTAACTGGTTTTGTAGTGTCTTCACCTTCTCTAATGAGTTAGTTTGTTGCTGTTTGTGTCGCGATTTGTGGGATTTTGGGAGGGAAAAATCGTTTCTTTAGAAATGGAGAGTTGTAGCTTTCTTTTTCTTCTTTTGTATCTGTTACAAGGGTTTGTTGCCTATGGTTTTTGTTTCTTCCTGTTGTTTCTATCGTCCTTCCTGAGATCAGTAGAGTATAATTGCATTCGACACTCATGCTCCCCCCCATTCTGGTTTTGTATTGGTTAGTAAACTTTTCCCGTTGTTTCGCTTATTCGATCACACTTATCGGCCCCCCAAAAACGCGTTAAAAATTATTCCAAAGTTTAGTTAAACAAATAAACTACATCCCCATCAACCATCAACCATCCACGCGCAAACACGATGTG]
[-] EMBL CNS09QXL [ GTTTCTTCCGTTTGTTGGTTTGTAGTTTAAATATGTTTCCAAGTTTCGTTACTTTCTTCGCGTGCATTATCCTAATGTACAATTTGAAGAAGAGCGAGTACAAACGAGCGTCAAATAGCGTACACCTTGAGAGTGGCGAATTAAAATAAATCTTGAATTGTGTTGTACCACGTGCTTTTGTCTGGATATTTTGAAAGCGTTCTTCTTCCACTGCAAGGAAAAGAGCTTATTCCTTTTAATGCAAAAAAGAACTAACGAAAACAAGGTTTGATGTATAAATTACAGGATATCAAATAAAGCATGTAAAAAAATCCAAACTTATCTGTGAATACGGCCAGCTATTGAGATTAATTGTACCATTCTTTACACTGTGCATTCCCCT CTGCGGCCGTTTCTAATGTAATTCTAATTGGTTTTTGCTTTCTAACTGGTTTTGTAGTGTCTTCACCTTCTCTAATGAGTTAGTTTGTTGCTGTTTGTGTCGCGATTTGTGTGATTTTGGGAGGGAAAAATCGTTTCTTTAGAAATGGAGAGTTGTAGCTTTCTTTTTCTTCTTTTGTATCTGTTACAAGGGTTTGTTGCCTATGGTTTTTGTTTCTTCCTGTTGTTTCTATCGTCCTTCCTGAGATCAGTAGAGTATAATTGCATTCGACACTCATGCTCCCCCCCATTCTGGTTTTGTATTGGTTAGTAAACTTTTCCCGTTGTTTCGCTTATTCGATCACACTTATCGGCCCCCCAAAAACGCGTTAAAAATTATTCCAAAGTTTAGTTAAACAAATAAACTACATCCCCATCAACCATCAACCATCCACGCGCAAACACGATGTG]
consensusID : consensus_8091#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 4 consensus length = 1198 fasta sequence
[TTCGCATATATATCGGTATGTGTACTCTTCGTCGCCCTTGCTCTTGTGTCTCTTTGCGTATTTACTTGGTAATACTTCCTCTCTTCCTTTGCAACAAGTAGGACCCCGCGTCGACGGCGGCTTCTTGTCACAATTTCTTAGTGTTTACACGCTATACACACCCACCACACACAGTTCACATAGCTCTTTCTACGCCTTTTCGCCATAAGTGTGACAATTGGTTATTTTGTATATCCTAATATGCTAAAGTGTGTTTGTTTTTTTTTTTTGTTGTATCGTTATCGGGTTTTTTTTAATTCATGTCGGAACCCTGTGCTCAAATCCCTTTAGTTGGTGGCAGCTTACACTGACTGCCCTCCTGGGCCTTACCATATAGTATATGATACGTGGATTCTTCGCAATGCGAATCATCCTTCTTTTGCTCCCTCCCCTGTCTCTTCCGTTTGTTGGTTTGTTGTTTAAATATGTTTCCAAGTTTCGTTACTTTCTTCTCGTGCATTATCCTAATGTACAATTTGAAGAATAGCGAGTACAAACGAGTGTCAAATAGCGTACACCTTACCTTGAGAGTAGCGAATTAAAATAAATCTTCAATAGTGTTGTACCACGTGCTTTTGTCCGGATATTTTGAGAACGTTCTTC-TTCCACTGCAAGGAAAAAAGCTTATTCCTTTAATGCAAAAACGAGCTAACGAAAACAAAAGTTTGATGTATAAATTACAGGATATCAATTAAAGAATGTAAAAAAAAACCAAACTTGTCTGTGCATCACTTACGGCCAGCTATTGAGATTAATTGTACCATCCTTTACACTGTGCATTCCCCTGCCTGTGGCCGATTTTAATGTAATTCTAATTAGTTTTTGCATTCTAACTGGTTTTGTAGTGTCTTCATTTTCTCTAATGAGTAAATTTGTTGCTGTTTGTGTCACGATTTGTGGGATTTTAGGAGGGAAAAAATCGTTTCTTTGAAATGGAGAGTTGTAGCTTCCTTTTTCATCTTTTGTATCTGTTTACAAGGGTTTGTTGCCTATGGTTTTTTTTTCTTCCTGTTGTTTCTATCGTCCTTCCTGAGATCAGTAGAGTATAATTGCATTCGACACTCATGCTCCCCCCATTCTGATTTTGTATTGGTTTGTAAGCTTTTCCCGTTGTTTCGCTTATTCGATCACACCACTTATCGCCCTCCCAAAAAACCGG]
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[-] EMBL CNS09GD6 [ GCCTTTTCGCCATAAGTGTGACAATTGGTTATTTTGTATATCCTAATATGCTAAAGTGTGTTTGTTTTTTTTTTTTGTTGTATCGTTATCGGGTTTTTTTTAATTCATGTCGGAACCCTGTGCTCAAATCCCTTTAGTTGGTGGCAGCTTACACTGACTGCCCTCCTGGGCCTTACCATATAGTATATGATACGTGGATTCTTCGCAATGCGAATCATCCTTCTTTTGCTCCCTCCCCTGTCTCTTCCGTTTGTTGGTTTGTTGTTTAAATATGTTTCCAAGTTTCGTTACTTTCTTCTCGTGCATTATCCTAATGTACAATTTGAAGAATAGCGAGTACAAACGAGTGTCAAATAGCGTACACCTTACCTTGAGAGTAGCGAATTAAAATAAATCTTCAATAGTGTTGTACCACGTGCTTTTGTCCGGATATTTTGAGAACGTTCTTC TTCCACTGCAAGGAAAAAAGCTTATTCCTTTAATGCAAAAACGAGCTAACGAAAACAAAAGTTTGATGTATAAATTACAGGATATCAATTAAAGAATGTAAAAAAAAACCAAACTTGTCTGTGCATCACTTACGGCCAGCTATTGAGATTAATTGTACCATCCTTTACACTGTGCATTCCCCTGCCTGTGGCCGATTTTAATGTAATTCTAATTAGTTTTTGCATTCTAACTGGTTTTGTAGTGTCTTCATTTTCTCTAATGAGTAAATTTGTTGC ]
[-] EMBL BM581449 [ CCACGTGCTTTTGTCCGGATATTTTGAAAACGTTCTTCTTTCCACTGCAAGGAAAAAAGCTTATTCCTTTAATGCAAAAACGAGCTAACGAAAACAAAAGTTTGATGTATAAATTACAGGATATCAATTAAAGAATGTAAAAAAAAACCAAACTTGTCTGTGCATCACTTACGGCCAGCTATTGAGATTAATTGTACCATCCTTTACACTGTGCATTCCCCTGCCTGTGGCCGATTTTAATGTAATTCTAATTAGTTTTTGCATTCTAACTGGTTTTGTAGTGTCTTCACCTTCTCTAATGAGTTAGTTTGTTGCTGTTTGTGTCACGATTTGTGGGATTTTAGGAGGGAAAAAATCGTTTCTTTGAAATGGAGAGTTGTAGCTTCCTTTTTCATCTTTTGTATCTGTTTACAAGGGTTTGTTGCCTATGGTTTTTTTTTCTTCCTGTTGTTTCTATCGTCCTTCCTGAGATCAGTAGAGTATAATTGCATTCGACACTCATGCTCCCCCCATTCTGATTTTGTATTGGTTTGTAAGCTTTTCCCGTTGTTTCGCTTATTCGATCACACCACTTATCGCCCTCCCAAAAAACCGG]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
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consensus_8091#1 TCTCTTTGCGTATTTACTTGGTAATACTTCCTCTCTTCCTTTGCAACAAGTAGGACCCCG 108
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consensus_8091#1 TTTTTTTAATTCATGTCGGAACCCTGTGCTCAAATCCCTTTAGTTG----GTGGCAGCTT 343
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consensus_8091#1 ACACTGACTGCCCTCCTGGGCCTTACCATATAGTATATGATACGTGGATTCTTCGCAATG 403
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consensus_8091#1 CGAATCATCCTTCTTTTGCTCCCTCCCCTGTCTCTTCCGTTTGTTGGTTTGTTGTTTAAA 463
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consensus_8091#0 TATGTTTCCAAGTTTCGTTACTTTCTTCGCGTGCATTATCCTAATGTACAATTTGAAGAA 527
consensus_8091#1 TATGTTTCCAAGTTTCGTTACTTTCTTCTCGTGCATTATCCTAATGTACAATTTGAAGAA 523
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consensus_8091#0 GAGCGAGTACAAACGAGCGTCAAATAGCGTACACCTT-----GAGAGTGGCGAATTAAAA 582
consensus_8091#1 TAGCGAGTACAAACGAGTGTCAAATAGCGTACACCTTACCTTGAGAGTAGCGAATTAAAA 583
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consensus_8091#0 TAAATCTTGAATTGTGTTGTACCACGTGCTTTTGTCTGGATATTTTGAAAGCGTTCTTCT 642
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consensus_8091#0 TCCACTGCAAGGAAAAGAGCTTATTCCTTTTAATGCAAAAAAGAACTAACGAAAACAAG- 701
consensus_8091#1 TCCACTGCAAGGAAAAAAGCTTATTCCTTT-AATGCAAAAACGAGCTAACGAAAACAAAA 702
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consensus_8091#0 GTTTGATGTATAAATTACAGGATATCAAATAAAGCATGTAAAAAAAT-CCAAACTTATCT 760
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consensus_8091#0 GTGAAT-----ACGGCCAGCTATTGAGATTAATTGTACCATTCTTTACACTGTGCATTCC 815
consensus_8091#1 GTGCATCACTTACGGCCAGCTATTGAGATTAATTGTACCATCCTTTACACTGTGCATTCC 822
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consensus_8091#0 TTTGGGAGGGAAAAA-TCGTTTCTTTAGAAATGGAGAGTTGTAGCTTTCTTTTTCTTCTT 994
consensus_8091#1 TTTAGGAGGGAAAAAATCGTTTCTTT-GAAATGGAGAGTTGTAGCTTCCTTTTTCATCTT 1001
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consensus_8091#0 TTGTATCTGTT-ACAAGGGTTTGTTGCCTATGGTTTTTGTTTCTTCCTGTTGTTTCTATC 1053
consensus_8091#1 TTGTATCTGTTTACAAGGGTTTGTTGCCTATGGTTTTTTTTTCTTCCTGTTGTTTCTATC 1061
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consensus_8091#0 GTCCTTCCTGAGATCAGTAGAGTATAATTGCATTCGACACTCATGCTCCCCCCCATTCTG 1113
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| Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||