|
These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Anopheles gambiae see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_8921#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 12 consensus length = 552 fasta sequence
[CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGACCGAGAACGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTACGTACAGTGT-GCAGT-GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC-GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT-GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT-GGATATGGTGGATATCGT-CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGTAAAATAACAAAAAAATT]
[+] EMBL BM633405 [CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGTCCGAGAACGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGT GTACAGTGT GCAGT GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGTGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGT ]
[+] EMBL BM613075 [ CCGAC CGATCTAGAACGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGT GTACAGTGT GCAGT GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGTGGGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGTGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGT ]
[+] EMBL BM602781 [ cCGATCTAGAACGACAACGGACGCGCCAAAGAGCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTACGTACAGTGT GCAGT GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGCTGGTGGCATTGGTGGCTGTGGCCACAGCCGCCCCAATGGACGACTGAATGCAGCACCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGACCAGCATCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGATATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGACACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTATGGTGGTGGCTTCTGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGAGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGTAAAATAAC ]
[+] EMBL BM636546 [ CCG GAACGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTACGTACAGTGT GCAGT GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGCTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGACACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTATGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGTGGGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGTGGGATATGGAGGATATCGTCCGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAA ]
[+] EMBL BM622014 [ CCG GAACGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTACGTACAGTGT GCAGT GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGCTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATTAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGACACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTATGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGTTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGAGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGT ]
[+] EMBL BM642773 [ ccgACGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTACGTACAGTGT GCAGT GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGCTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGACACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTATGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGAGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGTAAAATAAC ]
[+] EMBL BM623979 [ ccgCGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGT GTACAGTGT GCAGT GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGTGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGT ]
[+] EMBL BX611154 [ GCTCGCTAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTA T AGTGT GCAGT GAGATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGTGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGT ]
[+] EMBL BM596016 [ TAGCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTACGTACAGTGTCGCAGTCGACATTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGCTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTCTTATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGACACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTATGGTGGTGGCTTCTGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGAGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAG ]
[+] EMBL BX613617 [ TTCTGTGTGAAACAAGGTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGTGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGT ]
[+] EMBL BM646153 [ ccgATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGCTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGACACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTATGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGAGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGT ]
[+] EMBL BM630947 [ ccgTGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCAGAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGATGATGGTGATGCTGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGGTTTACGATCAGCCTGAGATGGATTC GATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATCGATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGGCGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGAGGAGGATACGGTGGCTACCGGGGT GGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGT GGATATGGTGGATATCGT CGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGTAAAATAACAAAAAAATT]
consensusID : consensus_8921#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 316 fasta sequence
[GCCGGAGACTCAGACCATCTGAGAAGCTTTGTATTCGTTAACGGTGACAATCTTGAGGTAGCACAGGAGTTCTGCTATCTTGGGATGGTCGTTACTTCAGACAACGACATCAGCAGCGAAATCCGGAGACGAATTGTGCAGTCGAATCGTGCATACTATGGGCTTAACCAACTGCTGAGGTCCAGAAGACTTCAAGCCCGCACCAAATGTGAGATATATCGCACATTCATTCGCCCGGTGGTCCTCTGTGGACACGAGTCCTCGACCATCCGAGCGGAGGATGCAAACGCTCTGGGCGTGTTTGAACGACGCATCC]
[+] EMBL BX615671 [GCCGGAGACTCAGACCATCTGAGAAGCTTTGTATTCGTTAACGGTGACAATCTTGAGGTAGCACAGGAGTTCTGCTATCTTGGGATGGTCGTTACTTCAGACAACGACATCAGCAGCGAAATCCGGAGACGAATTGTGCAGTCGAATCGTGCATACTATGGGCTTAACCAACTGCTGAGGTCCAGAAGACTTCAAGCCCGCACCAAATGTGAGATATATCGCACATTCATTCGCCCGGTGGTCCTCTGTGGACACGAGTCCTCGACCATCCGAGCGGAGGATGCAAACGCTCTGGGCGTGTTTGAACGACGCATCC]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_8921#0 CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGACCGAGAACGACAACGGACGCGCCAGAGAGCTCGCTA 60
consensus_8921#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8921#0 GCGGAAAGGAAAGCCAGCAGTGTACGTACAGTGTGCAGTGAGATTCTGTGTGAAACAA-G 119
consensus_8921#1 ----------------GCCGGAGACTCAGACCAT-CTGAGAAGCTTTGTATTCGTTAACG 43
** * ** * * * * * ** * *** * ** *
consensus_8921#0 GTGAAAGAATGAAGCTATTCGTGTGTGGTTTGCTGTTGGTGGCAGTGGTGGCTGTGGCCA 179
consensus_8921#1 GTGACAATCTTGAGGTAG-CACAGGAGTTCTGCTATC-----TTGGGATGGTCGTTACTT 97
**** * * ** ** * * * * **** * * * *** ** *
consensus_8921#0 GAGCCGCCCCAATGGACGACGGAATGCAGCAGCACGGTGACGCGAT--GATGGTG-ATGC 236
consensus_8921#1 CAGACAACGACATCAGCAGCGAAATCCGGAGACG-AATTGTGCAGTCGAATCGTGCATAC 156
** * * ** * ** *** * * * * ** * ** *** ** *
consensus_8921#0 TGGTGGACGATCCGATGATGCACGAGCAGCAGCCGCAAACGCTGGAGGATATGGTTGCGG 296
consensus_8921#1 TATGGGCTTAACCAACTGCTGAGGTCCAGAAGACTTCAAGCCCGCACCAAATG------- 209
* ** * ** * * * *** ** * ** * * * * ***
consensus_8921#0 TTTACGATCAGCCTGAGATGGATTCGATGGGCGAAATGGCACGGGAGAAGCGGCACCATC 356
consensus_8921#1 --TGAGATATATCGCACATTCATTCGCCCGGTGGTCCTCTGTGGACACGAGTCCTCGACC 267
* *** * * ** ***** ** * ** * * * *
consensus_8921#0 GATATGGCGGCGGCTACGGAGGCTATGG-CGGCTACGGTGGTGGCTTCGGAGGATACAGA 415
consensus_8921#1 ATCCGAGCGGAGGATGCAAACGCTCTGGGCGTGTTTGAACGACGCATCC----------- 316
**** ** * * * *** *** ** * * * ** **
consensus_8921#0 GGAGGATACGGTGGCTACCGGGGTGGGTACGGCGGTTATGGCGGCTTCCGTGGTGGATAT 475
consensus_8921#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8921#0 GGTGGATATCGTCGGGGTGGATTCCACTGAGCATCCAGCGCTGTATGAGCTGTAAAGTGT 535
consensus_8921#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8921#0 AAAATAACAAAAAAATT 552
consensus_8921#1 -----------------
|
| Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||