cluster # 9838

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Anopheles gambiae
cluster # 9838 cluster # 9838 Sequences # 22 consensus # 3

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consensus_9838#0 length = 684 sequences # 6

consensus_9838#1 length = 602 sequences # 1
consensus_9838#2 length = 499 sequences # 15

consensusID : consensus_9838#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 6
consensus length = 684
fasta sequence

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>consensus_9838#0
CCGCCCACGCGTCCGCGGACGCGTGGGTTTTTTATTAATTATTTTTTTTTTATTTATAAT
TATTAATAAAAATAATTTTATTTTTTATAGTTTTAGTAATTTATAATGAAATAATAATTT
TAATTATAGTGTATTAGTATTTTAAAAGAATATTGAAATAATTTGAAAAATTTTTAATTT
TTAAGAAAATTTAATTTATTGTACCTTGTGTATCAGGGTTTATTAAATAATAAATTATTA
TAATAATTTTTCTCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGTGGAATAACT
ATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTTTTTTA
AGAAATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAATTTTTTAATTTAATAATTA
AATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATTTT
TAAATAAATATAAGCTTAAAAATAGCTATTATTAATAAATTTGTTATAATTTATTTTTTA
TAAAAAATTATTTAATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTTAATAATAAAAA
TTTAGTAATTATGATAAAATTAGTATATAAATTTATATAAAGTAATTAATTTGATAGGGT
TTAATGAAGAATTCGGCAAATTAA

consensusID : consensus_9838#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 602
fasta sequence

                              [CCGCGGACGCGTGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATTTATAATTATTAATAAAAATAATTTTATTTTTTATAGTTTTAGTAATTTATAATGAAATAATAATTTTAATTATAGGGGATTAGTATTTTAAAAGAATATTGAAATAATTTGAAAAATTTTTAATTTTTAAGAAAATTTAATTTATTGTACCTTGGGTATCAGGGTTTATTAAATAATAAATTATTATAATAATTTTTCCCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGGGGAATAACTATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGGTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTTTTTTAAGAAATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAATTTTTTAATTTAATAATTAAATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATTTTTAAATAAATATAAGCTTAAAAATAGCTATTATTAATAAATTTGGTTATAATTTATTTTTTATAAAAAATTATTTAATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTTAATAATAAAAATT]

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>consensus_9838#1
CCGCGGACGCGTGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATTTATAATT
ATTAATAAAAATAATTTTATTTTTTATAGTTTTAGTAATTTATAATGAAATAATAATTTT
AATTATAGGGGATTAGTATTTTAAAAGAATATTGAAATAATTTGAAAAATTTTTAATTTT
TAAGAAAATTTAATTTATTGTACCTTGGGTATCAGGGTTTATTAAATAATAAATTATTAT
AATAATTTTTCCCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGGGGAATAACTA
TTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGGTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTTTTTTAA
GAAATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAATTTTTTAATTTAATAATTAA
ATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATTTTT
AAATAAATATAAGCTTAAAAATAGCTATTATTAATAAATTTGGTTATAATTTATTTTTTA
TAAAAAATTATTTAATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTTAATAATAAAAA
TT

consensusID : consensus_9838#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 15
consensus length = 499
fasta sequence

                              [CCGCCCACGCGTCCG--------CGAA----T-TTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGTGGAATAACTATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTT-TTTTAAGAAATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAA-TTTTTTAATTTAATAATTAAATAAAGTAATATT-TTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATTTTTAAATAAATATAAGCTTAAAAATAGCTATTATTAATAAATTTGTTATAATTTATTTTTTATAAAAAATTATTTAATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTTAATAATAAAAATTTAGTAATTATGATAAAATTAGTATATAAATTTATATAAAGTAATTAATTTGATAGGTTTTAATGAAGAATTCGGCAAATTAAATATATTCACCTGTTTAACAAAAACATGTCTTTTTGTATTTTATTTAAAGTCT]

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[+] EMBL BM603189             [CCGCCCACGCGTCCGT       CGAA    T TTTAAAGATTTAATTATATGTGGAAGTTATTGTGGAATAACTATTTTAAATATGTAATGAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTG TTTTAAGAAATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAA TTTTTTAATTTAATAATTAAATAAAGGAATATT TTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATTTTTACATAAATATAAGCTTAAAAATAGCTATTATTAATAAATTTGTTATAATTTATTTTTTATAAAAAATTATTTAATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTTAATAATAAAAATTTAGTAATTAT                                                                                                                             ]
[+] EMBL BM642352             [CCGCCCACGCGTCCG        CGAA    T TTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGTGGAATAACTATTTTAAATATGTAATGAGAAATGAAATGTTAATCGTCTTAAAATATATCTAGTT TTTTAAGAAATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAA TTTTTTAATTTAATAATTAAATAAAGGAATATT TTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATTTTTAAATAAATATAAGCTTAAAAATAGCTATTATTAATAAATTTGTTATAA                                                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL BM628290             [CCGCCCACGCGTCCG        CGAA    T TTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGTGGAATAACTATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTT TTTTAAGAAATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAA TTTTTTAATTTAATAATTAAATAAAGGAATATT TTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATTTTTGAATAAATATAAGCTTAAAAATAGCTATTATTAATAAATTTGTT                                                                                                                                                                                                                    ]
[+] EMBL BM629762             [CCGCCCACGCGTCCG         GAA    T TTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGTGGAATAACTATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTT TTTTAAGAAATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAA TTTTTTAATTTAATGATTAAATAAAGTAATAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ]




>consensus_9838#2
CCGCCCACGCGTCCGCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGTGGAATAA
CTATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTTTTT
TAAGAAATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAATTTTTTAATTTAATAAT
TAAATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATT
TTTAAATAAATATAAGCTTAAAAATAGCTATTATTAATAAATTTGTTATAATTTATTTTT
TATAAAAAATTATTTAATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTTAATAATAAA
AATTTAGTAATTATGATAAAATTAGTATATAAATTTATATAAAGTAATTAATTTGATAGG
TTTTAATGAAGAATTCGGCAAATTAAATATATTCACCTGTTTAACAAAAACATGTCTTTT
TGTATTTTATTTAAAGTCT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9838#0      CCGCCCACGCGTCCGCGGACGCGTGGGTTTTTTATTAATTATTTTTTTTTTATTTATAAT 60
consensus_9838#1      CCGCGGACGCGTGGGTTT-TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATTTATAAT 59
consensus_9838#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9838#0      TATTAATAAAAATAATTTTATTTTTTATAGTTTTAGTAATTTATAATGAAATAATAATTT 120
consensus_9838#1      TATTAATAAAAATAATTTTATTTTTTATAGTTTTAGTAATTTATAATGAAATAATAATTT 119
consensus_9838#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9838#0      TAATTATAGTGTATTAGTATTTTAAAAGAATATTGAAATAATTTGAAAAATTTTTAATTT 180
consensus_9838#1      TAATTATAGGGGATTAGTATTTTAAAAGAATATTGAAATAATTTGAAAAATTTTTAATTT 179
consensus_9838#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9838#0      TTAAGAAAATTTAATTTATTGTACCTTGTGTATCAGGGTTTATTAAATAATAAATTATTA 240
consensus_9838#1      TTAAGAAAATTTAATTTATTGTACCTTGGGTATCAGGGTTTATTAAATAATAAATTATTA 239
consensus_9838#2      ----------------------------------------------------------CC 2
                                                                                  

consensus_9838#0      TAATAATTTTTCTCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGTGGAATAACT 300
consensus_9838#1      TAATAATTTTTCCCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGGGGAATAACT 299
consensus_9838#2      GCCCACGCGTCCGCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGTGGAATAACT 62
                          *    * * ************************************* *********

consensus_9838#0      ATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTTTTTTA 360
consensus_9838#1      ATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGGTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTTTTTTA 359
consensus_9838#2      ATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTTTTTTA 122
                      ***************************** ******************************

consensus_9838#0      AGAAATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAATTTTTTAATTTAATAATTA 420
consensus_9838#1      AGAAATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAATTTTTTAATTTAATAATTA 419
consensus_9838#2      AGAAATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAATTTTTTAATTTAATAATTA 182
                      ************************************************************

consensus_9838#0      AATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATTTT 480
consensus_9838#1      AATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATTTT 479
consensus_9838#2      AATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATTTT 242
                      ************************************************************

consensus_9838#0      TAAATAAATATAAGCTTAAAAATAGCTATTATTAATAAATTTG-TTATAATTTATTTTTT 539
consensus_9838#1      TAAATAAATATAAGCTTAAAAATAGCTATTATTAATAAATTTGGTTATAATTTATTTTTT 539
consensus_9838#2      TAAATAAATATAAGCTTAAAAATAGCTATTATTAATAAATTTG-TTATAATTTATTTTTT 301
                      ******************************************* ****************

consensus_9838#0      ATAAAAAATTATTTAATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTTAATAATAAAA 599
consensus_9838#1      ATAAAAAATTATTTAATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTTAATAATAAAA 599
consensus_9838#2      ATAAAAAATTATTTAATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTTAATAATAAAA 361
                      ************************************************************

consensus_9838#0      ATTTAGTAATTATGATAAAATTAGTATATAAATTTATATAAAGTAATTAATTTGATAGGG 659
consensus_9838#1      ATT--------------------------------------------------------- 602
consensus_9838#2      ATTTAGTAATTATGATAAAATTAGTATATAAATTTATATAAAGTAATTAATTTGATAGGT 421
                      ***                                                         

consensus_9838#0      TTTAATGAAGAATTCGGCAAATTAA----------------------------------- 684
consensus_9838#1      ------------------------------------------------------------
consensus_9838#2      TTTAATGAAGAATTCGGCAAATTAAATATATTCACCTGTTTAACAAAAACATGTCTTTTT 481
                                                                                  

consensus_9838#0      ------------------
consensus_9838#1      ------------------
consensus_9838#2      GTATTTTATTTAAAGTCT 499